신고누락한 이자소득의 과세방법

○○○세무서장이 1999.9.11. 청구법인에게 고지한 법인세 16,441,840원(1996사업연도 1,099,880원, 1997사업연도 2,297,350, 1998사업연도 2,256,690원, 1999사업연도 11,777,920원)중 1997사업연도 법인세 2,297,350원은 이자소득 2,270,210원에 상당하는 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하여 그 세액을 경정하고, 나머지 부분은 기각한다

청구법인은 비영리법인인 학교법인으로서 1996∼1999사업연도(1995.3.1∼1999.2.28)에 대한 법인세과세표준과 세액을 신고하면서 중·고등학교 공납금등의 일시적인 자금운용에서 발생한 이자소득을 수익사업의 수입으로 신고하지 아니하고 원천징수된 세액 1995.3.1∼1996.2.28 사업연도(이하"1996사업연도"라 하고 "1997, 1998, 1999 사업연도"도 같이 칭한다)분 109,880원, 1997사업연도분 2,297,350원, 1998사업연도분 2,256,690원, 1999사업연도분 11,777,920원(합계16,441,840원 이하"쟁점세액"이라 한다)을 기납부세액으로 신고하였다. 처분청은 쟁점세액을 기납부세액으로 공제하지 아니하고 각 사업연도별로 경정하여 1999.9.11 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.12.1 심사청구를 거쳐 2000.6.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 학교회계에서 발생한 이자수입과 원천징수세액을 장부에 계상하고 그에 터잡아 법인세신고시 과세표준에 합산하여 신고하였으므로 법인세법 제26조 규정의 신고납부방법을 택하였으며 고유목적사업준비금을 설정하지 않았더라도 고유목적사업에 지출한 경우 고유목적사업준비금을 계상하여 즉시 사용한 것으로 보도록 규정하고 있고 이자소득이 고유목적사업에 사용되었음이 학교회계장부와 결산서에 확인되므로 고지처분을 취소하여야 한다
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점이자소득을 손익계산서와 법인세과세표준에 계상하지 않았으므로 원천징수로 과세절차를 종결하는 방법을 선택한 것으로 보아야 함으로 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하지 않은 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이자소득을 수입금액으로 신고하였는지 여부와 신고하지 않는 경우 원천징수에 의한 분리과세방법을 선택한 것으로 보아 기납부된 원천징수세액을 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제1조 【납세의무】

① 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하"내국법인"이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하"비영리내국법인"이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하"수익사업"이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다

3. 소득세법 제16조 제1항 각 호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 제27조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이조에서 '이자소득'이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다 제39조 【원천징수】

① 소득세법 제127조 제1항 제1호 의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다)과 동법 제17조 제1항 제5호의 증권투자신탁수익의 분배금을 내국법인에게 지급하는 자(이하 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 “원천징수”라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. 이 경우 이자소득의 지급시기 등에 관하여는 대통령령으로 정한다.

1. 이자소득금액의 경우에는 100분의 20 다만, 소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익의 경우에는 100분의 25로 한다

2. 증권투자신탁수익의 분배금의 경우에는 100분의 20

• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 청구법인이 이자소득을 신고하지 아니하였다하여 기납부된 원천징수세액을 공제하지 않고 법인세를 과세한데 대하여 청구법인은 학교회계에서 발생한 이자수입과 원천징수세액을 장부에 계상하고 법인세신고시 과세표준에 합산하여 신고하여 신고납부방법을 택하였으므로 원천징수된 법인세를 기납부세액으로 공제하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다. (1)청구법인이 1996 사업연도부터 1999 사업연도까지 이자소득과 이에 관련된 원천징수세액으로 신고한 법인세 신고내용을 보면 아래표에 나타난 바와 같이 청구법인의 손익계산서상에는 1996∼1999사업연도의 이자수입은 122,748,950원이고 원천세액은 24,648,113원으로 되어 있으나 원천납부세액명세서 상에는 같은 기간동안 이자수입은 204,380,736원이고 원천세액은 41,089,965원으로 되어있음이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다. 사업연도 손익계산서 원천납부세액명세서 차 액 이자수입 원천세액 이자수입 원천세액 이자수입 원천세액 1996 25,496,913 5,101,527 26,046,097 5,211,410 549,184 109,883 1997 22,055,375 4,410,612 33,543,370 6,707,970 11,487,995 2,297,358 1998 26,472,375 5,294,430 37,755,920 7,551,120 11,283,545 2,256,690 1999 48,724,287 9,841,543 107,035,349 21,619,465 58,311,062 11,777,922 계 122,748,950 24,648,113 204,380,736 41,089,965 81,631,786 16,441,852

(2) 청구법인은 이자소득과 원천징수세액을 장부에 계상하고 법인세신고시 과세표준에 합산하여 신고하였다고 주장하나 처분청이 제시한 심리자료를 보면 원천납부명세서상 이자수입(계204,380,736)이 모두 손익계산서상 매출액항목의 이자수입(계 122,748,950원)에 계상되지 않음으로서 81,631,786원(차액)이 손익계산서상 수입금액계상에 누락되었음이 확인된다.

(3) 그러나 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 확인결과 1997사업연도 이자소득2,270,210원이 손익계산서상 특별이익항목으로 계상되었음이 확인되므로 1997사업연도 이자소득중 손익계산서에 수입금액으로 계상되지 않은 이자소득은 11,487,995원이 아닌 9,217,785원으로 확인된다.

(4) 전시 법인세법 제27조 제1항 "비영리내국법인의 과세표준신고 특례"규정에서 원천징수된 이자소득에 대하여 과세표준을 신고하자 않을 수 있다 함은 원천징수된 이자소득을 수익사업소득에 합산하고 원천징수세액을 공제하여 과세표준신고를 하는 방법(정상적인 법인세 과세방식)과 수익사업소득에 합산하지 아니하고 원천징수로서 과세절차를 종결하는 방법(원천분리과세방식)을 해당법인이 선택적으로 행사할 수 있음을 뜻하는 것인바, 청구법인의 경우 1996∼1999사업연도 이자소득중 125,019,160원(122,748,950원+2,270,210원)은 손익계산서에 수입금액으로 계상하고 과세표준에 포함하여 신고하였으므로 이 금액에 대하여는 정상적인 법인세과세방식을 선택하였다고 할 수 있고 나머지 79,361,576원(204,380,736원-125,019,160원)은 수입금액으로 계상하지 아니하였으므로 원천분리과세방식을 선택한 것으로 인정된다.

(5) 위 사실관계를 종합해 보면 처분청의 경정시 청구법인이 1996∼1999사업연도에 신고누락한 것으로 본 이자소득 81,631,786원 중 1997 사업연도 이자소득중 특별이익으로 계상하여 법인세신고시 기 과세표준에 포함된 2,270,210원에 상당하는 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하여야 할 것이고 손익계산서상 수입금액으로 계상되지 않는 나머지 이자소득 79,361,576원 (1996 사업연도: 549,184원, 1997 사업연도: 9,217,785원, 1998사업연도: 11,283,545원, 1999사업연도: 58,311,062원)은 법인세과세표준에 포함되지 않았으므로 원천분리과세방식을 선택한 것으로 인정되는 바, 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하지 아니하고 법인세를 과세한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.