공공사업용토지를 양도한 토지의 양도소득세를 25%만 감면하여 과제한 처분의 당부

심판청구번호 국심2000중 1614(2000. 9.16).27 사업인정고시된 청구인 소유 ○○도 ○○시 ○○○동 ○○○외 3필지 토지 4,479㎡(임야 2,287㎡, 전 539㎡, 대지 1,653㎡, 이하 "쟁점토지"라 한다)가 1999.3.12 ○○도 ○○시에 수용됨에 따라 1999.5.31 양도소득세 감면율을 50%를 적용하여 양도소득세 73,406,786원과 농어촌특별세 16,312,619원을 자진납부하였다. 처분청은 수용토지 중 ○○시 ○○○동 ○○○ 소재 토지는 등급적용 오류로 전체 수용토지에 대하여는 감면율을 50% 적용한 오류를 지적하여 2000.1.31 납기로 2000.1.6 양도소득세 42,319,570원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.3.3 이의신청을 거쳐 2000.6.7 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 공공용지의취득및손실보상에관한특례법의 적용을 받아 수용된 토지로서 비록 1999년3월12일 수용되었으나 사업인정고시일이 1998년4월9일 以前이므로 구 조세감면규제법 (1998.4.10 법률 제5534호) 부칙 제11조【양도소득세 등에 관한 경과조치】의 규정에 의하여 그 종전 규정인 구 조세감면규제법 제63조(1997.4.10 법률 제5319호)의 규정에 따라 양도소득세 감면율을 50/100으로 적용하는 것이 타당하며, 동 수용토지의 경우 1998년4월10일 개정법률 시행이전인 1998년2월27일 이미 사업인정고시가 된 토지로서 정부 및 지방자치단체의 예산집행등 행정적인 절차문제로 지연된 것에 불과하므로 (구)조세감면규제법을 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 주장하는 (구)조세감면규제법 제63조 제1항에 명시된 "공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면"규정과 같은 법 부칙 제11조(1998.4.10 법률 제5534)의 규정은 조세특례제한법이 신설되면서 폐지되었고, 조세특례제한법이 1999년1월1일 시행되면서 같은 법 부칙에 별도의 경과조치를 두지 않은 입법취지와 국세청의 유권해석(재일 46014-660. 1999.4.3)에 의하여 감면율을 25%로 적용하는 것이 정당하다.

• 가. 쟁점 공공사업용토지로 양도한 쟁점토지의 양도소득세를 25%만 감면하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데에 있다.
• 나. 관련법령 1998.12.28 법률 제5584호로 개정된 조세특례제한법 제77조 【공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2000년12월31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다.』고 규정하고, 제1호에서 "공공용지의취득및손실보상에 관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득』이라고 규정하고 있다. 또한, 그 부칙 제1조【시행일】에는 『이 법은 공포한 날로부터 시행한다』고 규정하면서, 제6조【양도소득세등에 관한 적용례】에서는 『이 법중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 1978.12.18 이전에 취득한 쟁점토지는 공공용지의취득및손실보상에관한특례법의 규정에 의한 사업인정고시(인가기관 ○○도, 고지번호 제98-88호)가 1998.2.27 있었고, 그 후인 1999.3.12 ○○도 ○○시장에게 쟁점토지가 공공사업용토지로 양도됨에 따라서 처분청은 1999.1.1 이후에 공공사업용토지로 수용되었음을 이유로 양도소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면하고 이 건 양도소득세를 과세하였음이 양도소득세 결정결의서등 관련 심리자료에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 전시법령에서 살펴본 바와 같이, 토지수용법 또는 기타 법률에 의하여 공공사업에 필요한 토지 등을 그 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 감면함에 있어서 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 1999.1.1 이후 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 25(토지등의 양도대금을 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면하는 것이므로, 처분청이 1999.3.12 양도한 쟁점토지의 양도소득세를 100분의 25에 상당하는 세액을 감면하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.