의제배당소득 감면에 대한 농어촌 특별세를 원천징수의무자에게 과세한 처분의 당부

심판청구번호 국심2000중 1527(2001. 5. 9) 개선과 관련하여 청구외 ○○○종합금융주식회사(서울특별시 ○○구 ○○○동 ○○○ 소재, 이하 "○○○종금"이라 한다)와 청구외 ○○○은행(강원도 ○○시 ○○○동 ○○○ 소재, 이하 "○○○은행"이라 한다) 및 청구법인(서울특별시 ○○구 ○○○로 ○○○) 등 3개 금융기관이 합병을 추진하면서, 1999.2.9 ○○○은행이 ○○○종금을 흡수합병(합병비율 1: 5.38839)함에 따라 소멸된 ○○○종금의 개인주주인 청구외 ○○○에게 ○○○은행 신주를 교부함으로써 발생한 의제배당소득 480,074,478,058원에 대한 소득세는 조세특례제한법 제49조 에 의거 비과세되지만 이에 대한 농어촌특별세는 비과세되지 아니하는 데도 원천징수의무자인 합병법인인 ○○○은행이 이를 신고·납부하지 아니하였다. 이에 대하여 처분청은 ○○○은행을 다시 합병한 청구법인에게 원천징수의무를 지워 2000.3.14 ○○○종금의 개인주주인 ○○○의 감면소득세에 대한 1999년 귀속 농어촌특별세(원천징수불이행 가산세 포함) 2,115,277,030원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.5.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 동일 과세기간에 3개 법인이 1차, 2차에 걸쳐 합병하는 경우 피합병법인의 주주에 대한 의제배당소득계산은 각각 발생한 소득을 상계하여 실질소득의 발생여부에 따라 과세하여야 함에도, 1차 합병시 발생한 의제배당소득의 감면소득세에 대하여만 농어촌특별세를 부과한 처분은 부당하며, 주식을 예탁받은 증권회사 등이 약정이나 관행상 원천징수의무를 위임받아 이행하므로 청구법인에게는 원천징수의무가 없다.
• 나. 처분청 의견 1999.2.9 ○○○은행이 ○○○종금을 흡수합병함에 따라 피합병법인의 개인주주인 청구외 ○○○에게 신주를 교부함으로써 의제배당소득이 발생하였으므로, 조세특례제한법 제49조 에 의거 소득세는 감면되는 것이나 그에 따른 농어촌특별세를 신고·납부한 사실이 없으므로, 원천징수의무자인 ○○○은행을 흡수합병한 청구법인에게 이 건 감면된 소득세에 대한 농어촌특별세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 피합병법인의 개인주주에게 신주를 교부함으로써 발생된 의제배당소득에 대한 소득세는 감면되었으나, 그에 대한 농어촌특별세를 신고납부하지 아니한 데 대하여 청구법인을 원천징수의무자로 보아 농어촌특별세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데에 있다.
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 조세특례제한법 제49조 【금융기관합병에 대한 법인세 등 과세특례】제1항에서『금융산업의 구조개선에 관한 법률에 의한 금융기관(이하 이 조에서“금융기관”이라 한다)이 동법에 따라 1999년 12월 31일 이전에 합병 또는 영업을 전부 양도하는 경우 그 합병 또는 영업의 전부양도로 인하여 소멸하는 금융기관의 주주·사원 또는 출자자가 지급받는 소득세법 제17조 제2항 제3호·제4호 또는 법인세법 제16조 제1항 제4호·제5호의 규정에 의한 소득에 대하여는 소득세 또는 법인세를 과세하지 아니하며, 당해 금융기관에 대하여는 법인세법 제77조 의 규정에 의한 청산소득에 대한 법인세는 이를 과세하지 아니한다』고 규정하고 있다. 소득세법 제17조 【배당소득】제1항에서『배당소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다』고 규정하면서, 그 제3호에서 『의제배당』이라고 규정하고, 같은 조 제2항에서『제1항 제3호의 규정에 의한 의제배당이라 함은 다음 각호의 금액을 말하며 이를 당해 주주·사원 기타 출자자에게 배당한 것으로 본다』고 규정하면서, 그 제4호에서『합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주·사원 또는 출자자가 합병후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 합계액이 그 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액』이라고 규정하고 있다. 한편, 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】제1항에서『농어촌특별세는 조세특례제한법에 의하여 감면받는 소득세의 100분의 20의 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다』고 규정하고, 같은 법 제7조【신고·납부 등】제1항에서『제5조 제1항 제1호의 규정에 의한 농어촌특별세는 당해 본세를 신고·납부(중간예납을 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고·납부하여야 하며, 신고·납부할 본세가 없는 경우에는 당해 본세의 신고·납부의 예에 따라 신고·납부하여야 한다. 다만, 제2항 및 제3항의 규정이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있으며, 같은 법 제3항에서『소득세법의 규정에 의한 원천징수의무자가 제5조 제1항 제1호 또는 제2호의 규정을 적용받는 소득금액을 지급하는 때에는 소득세법의 원천징수의 예에 따라 농어촌특별세를 징수하여 신고·납부하여야 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 ○○○은행 및 ○○○종금 3개 금융기관은 구조조정에 따라 1999.2.9 ○○○종금과 ○○○은행이 합병(○○○종금주식 1주당 ○○○은행주식 5.38839주의 합병비율로 합병하였으며 이하 "1차합병"이라 한다)하면서, 합병당시 피합병법인의 주식 2,310,159주를 소유한 개인주주 청구외 ○○○에게 합병대가로 합병법인인 ○○○은행이 합병신주 12,448,038주를 교부함으로 인하여 의제배당소득 62,240,185,000원이 발생하였음이 인정된다. 1999.9.11 ○○○종금을 흡수합병한 ○○○은행과 청구법인이 합병(○○○은행주식 1주당 청구법인주식 0.10431주의 합병비율로 합병하면서 이하 "2차합병"이라 한다)하면서, 청구법인은 피합병법인인 ○○○은행의 개인주주 ○○○에게 합병비율에 따라 계산한 합병신주 1,298,330주를 교부하였는데 이로 인하여는 의제배당소득이 발생하지 아니하였다.

(2) 1차합병으로 인하여 개인주주인 ○○○에게 의제배당소득이 발생하였고, 그 소득에 대한 소득세는 조세특례제한법 제49조 에 근거하여 감면되지만 동 감면에 따른 농어촌특별세는 신고·납부하여야 하는 데도 동 농어촌특별세가 신고·납부되지 아니하였다 하여 1차합병시의 합병법인인 ○○○은행을 흡부합병한 청구법인에게 원천징수의무를 지워 이 건 농어촌특별세를 부과하였다.

(3) 청구법인은 같은 과세기간에 3개 금융기관이 1차, 2차로 두차례에 합병하는 절차만 거쳤을 뿐 사실상 청구법인이 나머지 2개 법인을 흡수합병한 것이고, 2차합병시는 물론, 청구법인이 2개 금융기관을 동시에 합병하는 경우(청구법인을 1로 하여 ○○○은행과 ○○○종금의 합병비율을 계산)에도 부의 의제배당소득이 발생됨에 따라서 합병으로 인한 배당소득에 대한 소득세를 감면받은 바도 없는 데도, 1차합병으로 의제배당소득이 발생하였고 이에 대한 소득세가 감면되었다고 보아 그에 대한 농어촌특별세를 부과함은 실질과세원칙에 위배된다는 주장이다.

(4) 이 건의 경우 청구법인·○○○종금·○○○은행이 1998.12.17 체결한 합병합의서에 의하면, 이들 3개 금융기관은 2차에 걸쳐 합병하는 형식을 취하여 종국적으로는 1개의 금융기관이 되는 데 합병절차로서는 ○○○종금과 ○○○은행이 1차로 합병하기로 하고 이로 인한 합병법인이 청구법인인 ○○○은행과 합병하는 방식을 취하기로 하였고, 이와 같은 합의내용에 따라 실제 합병이 이루어 졌다. 따라서, 청구법인의 주장과 같이 청구법인·○○○종금 및 ○○○은행의 3개 금융기관이 합병을 통하여 단일 금융기관이 되도록 1차합병이 이루어지기 전에 약정된 사실은 인정된다. 이 경우 합병으로 인한 의제배당소득을 청구법인이 주장하는 바와 같이 1차합병시의 의제배당소득금액과 2차합병시의 의제배당소득금액을 합산하여야 하는지 또는 비록 1차 및 2차 두 차례의 합병절차를 거쳤지만 1차합병전에 3개 금융기관이 합병을 통하여 단일 금융기관화 하도록 예정되었으므로 3개 금융기관이 동시에 합병을 할 경우를 가정하여 의제배당소득금액을 계산하여야 하는지 그렇지 아니하면 처분청의 처분내용과 같이 각 합병단계별로 의제배당소득금액을 산출하여야 하는지를 살펴본다. 합병으로 인한 의제배당소득에 관한 소득세법 제17조 제2항 제4호 및 법인세법 제16조 제2항 제5호 는 합병으로 인하여 소멸하는 법인인 피합병법인의 주주 등이 합병으로 인하여 설립되거나 합병후 존속하는 법인인 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 주식 등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액인 합병대가가 그 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액을 의제배당소득으로 하도록 정하고 있다. 즉, 피합병법인의 주주 등이 합병으로 인하여 합병법인으로부터 받은 합병대가에서 피합병법인의 주식 등의 취득가액을 차감하여 합병으로 인한 의제배당소득금액을 계산하도록 정하고 있다. 합병으로 인한 의제배당소득금액을 산출함에 있어서의 합병대가에서 차감되는 피합병법인의 주식 등의 취득가액은 취득원가에 의하여 그 가액이 확정되나, 합병대가인 피합병법인의 주주 등이 취득한 합병법인의 주식 등의 가액이나 합병교부금은 합병당사자간의 합병계약에서 정한 합병비율에 의하여 정해진다. 그런데 합병비율은 합병당사 법인의 순재산·수익력 등의 제반요인을 감안하여 합병당사자가 정하게 되므로, 합병당사자에 따라 합병비율이 달리 정해지는 것이고 금융기관간에 순차적으로 이루어진 합병절차에 따른 의제배당소득을 3당사 금융기관이 1회에 합병할 경우를 전제로 하여 의제배당소득금액을 계산하는 것은 3당사간의 합병비율이 정해지지 아니하여 소멸하는 피합병 금융기관의 주주 등에 대한 합병대가를 정할 수 없는 점에 비추어 볼 때, 3당사 금융기관이 동시에 합병할 경우를 가정하여 의제배당소득금액을 산출하여야 한다는 주장은 인정하기 어렵다. 또한 이 건의 경우 ○○○종금과 ○○○은행이 1차로 합병하고 합병후의 합병법인은 청구법인인 ○○○은행과 2차로 합병하기로 되었고, 이에 따라서 ○○○종금을 흡수합병한 ○○○은행이 청구법인과의 합병절차를 거쳐 흡수합병된 사실은 인정되나, 이러한 사실을 들어 1차합병시의 의제배당소득금액과 2차합병시의 의제배당소득금액을 합산하여 계산하여야 한다고 청구법인은 주장하고 있다. 그러나 1차합병으로 ○○○은행으로부터 주식이나 합병교부금을 받은 ○○○종금의 주주는 ○○○은행의 주식을 양도하여 2차합병에 응하지 아니할 수 있고, 더욱이 1차합병시 교부받은 합병교부금에 대하여는 2차합병시 합병법인으로부터 합병대가를 받을 이유가 없는 등 1차합병시의 합병대가가 그대로 2차합병시의 합병대가에 반영되지 아니하므로 이 또한 인정하기 어렵다. 그렇다면, ○○○종금과 ○○○은행의 합병으로 피합병법인인 ○○○종금의 주식을 보유하고 있던 개인주주 ○○○에 대하여 ○○○은행이 그 액면가액에 상당하는 신주를 교부한 것이라면, 그 합병비율에 따라 계산한 합병신주를 교부받음으로써 그 액면가액은 결국 배당으로 의제되는 것이어서, 이 건 합병으로 인한 대가로 ○○○에게 발생한 의제배당소득에 대한 소득세는 비과세하고 그 감면소득세에 대하여 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (5) 농어촌특별세법 제7조 제1항 에서 원천징수의무자가 당해 본세의 원천징수방식에 따라 농어촌특별세를 원천징수하여 납부하도록 규정하고 있고, 이를 신고·납부하지 아니한 경우에는 관할세무서장이 원천징수의무자에게 고지하여 징수하는 것이므로, 처분청이 ○○○종금과 ○○○은행의 흡수합병법인인 청구법인을 원천징수의무자로 보아 이 건 농어촌특별세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.