과세특례포기신고서의 미제출시 재고납부세액 부과처분의 당부

심판청구번호 국심2000중 1058(2000. 6.17) �부가가치세 6,135,850원은 부가가치세법 시행령 제74조 의 4 제3항 제2호 (가)목 규정에 의한 재고납부세액 계산시 적용하는 법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율을 1998.12.28 개정된 부가가치세법 제26조 제3항 제4호 의 공제 율(100분의 20)로 적용하여 재고납부세액을 재계산하고 당해 과세기간의 납부세액에 가산하는 것으로 하여 이를 경정 결 정한다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 경기도 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○에서 부동산 임대업을 영위하는 자로서 1997.8.1 과세유형을 일반으로 하여 사업자등록하고 1997년 2기 및 1998년 1기 부가가치세 신고 시 사업설비투자에 따른 7,238,000원의 세액을 환급 받은 바 있으며, 1998년 1기 매출과표 1,825,000원, 1998년 2기 매출과표 1,361,094원으로 부가가치세 신고하였으며, 과세특례포기 법정시한인 1998.12.20까지 과세특례포기신고서(1999.6.30 제출)를 제출하지 아니하고 이후 계속 일반사업자로 부가가치세 신고·납부하였다. 처분청은 청구인이 사업을 개시한 날이 속하는 과세기간을 1998년 1기로 보고, 1998년 1기 부가가치세 과세표준금액으로 1역년 과세표준을 환산하여 48백만원에 미달함에 따라 1999.1.1 과세특례자로 전환되는 것으로 보아 재고납부세액을 가산하여 2000.1.7 1999년 1기분 부가가치세 6,135,850원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.4.4 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 과세유형전환에 대하여 처분청이 사업자등록증을 정정하여 교부하거나 아무런 통지도 하지 아니하고, 청구인이 수회에 걸쳐 일반과세자의 지위에서 한 부가가치세 신고에 대하여 아무런 시정조치도 없이 처분청에서 접수한 사실 등은 처분청이 청구인을 일반과세자라는 사실에 관한 공식적인 견해 표명에 해당하므로, 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였다하여 재고납부세액을 과세한 것은 신의성실의 원칙에 위반된 처분으로 이건 부가가치세는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환되는 사업자로 부가가치세법 관련규정에서 유형전환통지에 관계없이 과세특례자에 관한 규정을 적용하도록 규정하고 있고, 청구인은 법정신고기한까지 과세특례포기신고를 하지 않았으므로 과세유형 전환하여야할 시기인 1999.1.1자로 청구인의 과세유형을 전환한 것은 정당하고, 과세특례포기신고는 납세자가 자진하여 신고하여야 하는 것인바, 과세특례포기신고에 관하여 권장등의 조치를 취하지 아니한 것은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다.

• 가. 쟁점 법정신고기한내에 과세특례포기신고서를 미제출한 경우 청구인의 과세유형이 과세특례자로 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 부가가치세법 제25조 【간이과세 및 과세특례】제1항은 『다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다.(단서 생략)』고 규정하면서, 그 제2호에 『직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 "과세특례자"라 한다)』라고 규정하고 있고, 제2항은 『직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제74조【간이과세 및 과세특례의 범위】 제1항은 『개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다.』고 규정하면서, 그 제1호에『대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800만원에 미달하는 때』라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제74조의 2【간이과세·과세특례 및 일반과세의 적용시기】제1항은 『법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다.』고 규정하고 있고, 제2항은 『제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다.』고 규정하고 있고, 제3항은 『제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다』고 규정하고 있다. 같은 법 제30조【간이과세 또는 과세특례의 포기】제1항은 『간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 제25조 제1항의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정을 적용받을 수 있다. 이 경우 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.』고 규정하고 있다. 같은 법 제26조의 2【재고매입세액가산】는 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다.』라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제74조의 4【간이과세 및 과세특례전환시의 세액계산특례】제1항은 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받은 것에 한한다)을 그 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 간이과세 또는 과세특례전환시의 재고품 및 감가상각자산 신고서에 의하여 각 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.』고 하면서 그 제4호에 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득·건설 또는 신축후 5년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작후 2년 이내의 것에 한한다)을 규정하고 있고, 제3항은 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "재고납부세액"이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다.(단서 생략)』고 하면서, 그 제2호 가목에서 『제1항 제4호에 규정된 자산으로서 다른 사람으로부터 매입한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고납부세액 = 취득가액 × (1 - 10/100 × 경과된 과세기간의 수) × 10/100 × (1 - 법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율)』이라고 규정하고 있다. 한편, 제4항에서는 "제3항 각호의 산식중 법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율은 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 날이 속하는 과세기간에 법 제26조 제3항 각호의 규정에 의하여 당해 재고품 및 감가상각자산에 대하여 적용되는 공제율로 한다"라고 규정하고 있으며, 같은 법 제26조【과세표준과 세액】 제3항 제4호에서는 "과세특례자에 대하여는 당해 예정신고기간 또는 과세기간에 교부받은 세금계산서 등에 기재된 매입세액의 100분의 20에 상당하는 금액(1998.12.28 개정)"이라고 규정하고 있다. 국세기본법 제15조 【신의·성실】는 『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 상가 점포를 매입하면서 1997년 2기 및 1998년 1기 부가가치세 신고 시 7,238,000원을 환급 받은 사실, 1998년 1기부터 부동산 임대용역을 제공하고 1998년 1기분 과세표준을 합계 1,825,000원으로 하여 부가가치세 신고한 사실, 과세특례 포기신고서를 법정 제출기한인 1998.12.20까지 제출하지 아니한 사실에 대해 청구인과 처분청간에 서로 다툼이 없다. 청구인은 처분청이 과세유형전환에 대하여 사업자등록증을 정정하여 교부하거나 이에 관한 아무런 통지도 하지 아니하였고 청구인이 수회에 걸쳐 일반과세자의 지위에서 한 부가가치세 신고에 대하여도 아무런 시정조치 없이 접수한 사실은 처분청이 청구인을 일반사업자로 보는 것이고 이는 처분청의 공식적인 견해표시로 볼 수 있으므로 이후 이에 반하는 처분은 신의성실의 원칙에 반한다고 주장하고 있는 바, 이에 대해 살펴본다. 사업자의 자진신고납부를 근간으로 하는 부가가치세제에 있어서 단지 과세관청이 수회에 걸쳐 청구인이 일반과세자의 지위에서 한 부가가치세 신고서를 접수하였다는 사실만으로 청구인의 과세유형을 일반사업자로 인정한 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 없다(대법원 94부 10719, 1994.12.2, 국심 99서 2401, 2000.4.25 합동회의, 같은 뜻)할 것이며, 청구인의 과세유형이 1999.1.1부터 과세특례로 전환되고 이에 따라 1999년 1기 부가가치세 신고(1999.7.25까지)시 관련 법령의 규정에 의해 재고납부세액을 계산하여 납부세액에 가산하여 납부하여야 하나 이를 반영하지 아니한 데 대하여 2000.1.7 경정 결정·고지한 처분이 청구인에게 상당한 기간동안 일반사업자임을 신뢰하도록 한 것으로 볼 수는 없다 할 것이며 신의성실원칙에 위배된다고도 볼 수 없다 할 것이다. 그러므로 법정신고기한내에 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 청구인은 부가가치세법 시행령 제74조 의 2 제1항 규정에 의해 1999.1.1부터 과세유형이 과세특례자로 전환되어 같은 령 74조의 4 규정에 의해 재고납부세액을 계산하여 1999년 1기 예정 및 확정신고시 납부세액에 가산하여 납부하지 아니하여 재고납부세액을 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다. 다만, 처분청의 과세처분이 적정한지 여부를 직권에 의하여 살펴보면, 일반과세자가 과세특례자로 전환되는 경우 부가가치세법 제26조 의 2 및 동법 시행령 제74조의 4 제3항의 규정에 의하여 재고납부세액을 납부세액에 가산하도록 규정하고 있고, 제4항에서는 과세특례자로 변경되는 날이 속하는 과세기간에 법26조 제3항 각호의 규정에 의하여 당해 감가상각자산에 적용되는 공제율을 적용하여 재고납부세액을 계산하도록 규정하고 있는 바, 처분청은 청구인에 대하여 1999.1기 부가가치세 납부세액에 가산할 재고납부세액을 계산하면서 1998.12.28 개정된 법령 규정의 공제율(20/100)을 적용하지 아니하고 종전 규정의 공제율(10/100)을 적용한 것으로 밝혀지고 있어 이를 살펴본다. 위 부가가치세법 제74조 의 4【간이과세 및 과세특례전환시의 세액계산특례】제3항 제2호 (가)목 및 제4항 규정에 의하면 과세특례자로 변경되는 날이 속하는 과세기간에 부가가치세법 제26조 제3항 제4호 의 규정에 의하여 당해 재고품 및 감가상각 자산에 대하여 적용되는 공제율을 적용하여 재고납부세액을 계산하도록 규정하고 있는 바, 부가가치세법 제26조 제3항 제4호 공제율이 1998.12.28 개정되어 1999.1.1부터 시행(부칙 제1호)하도록 되어 있으므로 이 건의 경우와 같이 1999년 1기에 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환될 때 재고납부세액 계산시 적용되는 공제율은 1998.12.28 개정된 부가가치세법 제26조 제3항 제4호 에 규정하는 공제율(20/100)을 적용하여 재계산하여야 할 것으로 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.