총괄납부사업자의 매입세액공제에 대한 신고불성실가산세의 당부

심판청구번호 국심2000중 0861(2000. 9.28) 주 문 ㅇㅇㅇ세무서장이 1999.3.4 청구법인에게 결정고지한 1996년 2 기분 부가가치세 1,092,922,110원, 1997년 1기분 부가가치세 1,086,364,130원, 1997년 2기분 부가가치세 719,920,620원, 1998 년 1기분 부가가치세 571,971,050원, 1998년 2기분 부가가치세 470,410,630원중 신고불성실가산세는 이를 적용하지 않는 것 으로 하여 각각 그 세액을 경정한다.

청구법인은 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ○○○동 ○○○에 주된 사업장(이하 "본점"이라 한다)을 두고 1996.4.10 사업을 개시하여 1996.7.1부터 총괄납부승인을 얻은 종된 사업장(이하 "지점"이라 한다)으로서 본점으로부터 원자재를 공급받고 아래와 같이 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고하면서 매입세액으로 공제하였다. (단위: 원) 년도기분 공급자 공급가액 세액 96.2기

○○○(주) 9,935,655,630 993,565,563 97.1기 ＂ 9,876,037,595 987,603,759 97.2기 ＂ 6,544,732,980 654,473,298 98.1기 ＂ 5,199,736,880 519,973,687 98.2기 ＂ 4,276,460,325 427,646,031 계 35,832,623,410 3,583,262,338 처분청은 총괄납부승인 사업자의 본점과 지점간의 내부거래는 부가가치세법상 재화의 공급이 아님에도, 청구법인이 세금계산서를 수취하고 부가가치세신고시 매입처별 세금계산서 합계표를 제출하여 매출세액에서 매입세액으로 공제함으로써 매입세액을 과다하게 공제하였다하여 매입세액 3,583,262,338원을 불공제하고 신고불성실가산세 358,326,231원을 가산한 합계 3,941,588,569원의 부가가치세를 청구법인에게 1999.3.4 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.6.7 이의신청, 1999.10.13 심사청구를 거쳐 2000.3.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법상 총괄납부제도는 납세자의 이익과 편익을 위한 제도임에도 착오로 본·지점간 거래에 대하여 세금계산서를 교부하고 신고하게 되면 가산세가 부과되는 문제점이 있어 이를 해소하기 위하여 1999.12.31 부가가치세법령 개정시 세금계산서를 교부하는 경우에는 재화의 공급으로 보도록 관련규정이 개정되었고, 청구법인이 내부거래에 대하여 세금계산서를 교부받고 매입처별세금계산서합계표를 제출함으로써 오히려 거래상황이 명확하게 밝혀지고 부가가치세 탈루도 없음에도 신고불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부 과세기간에 주된 사업장과 종된 사업장간의 내부거래는 부가가치세법 시행령 제15조 제2항 단서규정에 의하여 재화의 공급이 아니므로 청구법인이 주사업장으로부터 세금계산서를 교부받고 공제대상이 아닌 매입세액을 공제한 사실에 대하여 이건 신고불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 총괄납부승인을 받은 사업자가 내부거래에 대하여 세금계산서를 교부받고 부가가치세 신고시 매입세액을 공제한데 대하여 이건 신고불성실가산세를 부과한 처분이 정당한지의 여부에 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제4조 제1항 에는 『부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에는 『사업자에게 2 이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다』고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에는 『제2항의 규정에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻어야 한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제6조 제2항에는 『사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용·소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제15조 제2항에는 『2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 제5조 제3항의 규정에 의하여 총괄납부승인을 얻은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다』고 규정하고 있다. 같은 법 제22조 제5항에는 『사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액 또는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (단서생략)

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 종사업장으로 1996.7.1 부가가치세 총괄납부 승인을 받은 후 1996년 2기부터 1998년 2기 과세기간동안에 주사업장으로부터 35,832,623,410원 상당의 재화를 공급받고 매입세액 3,583,262,341원 상당의 세금계산서를 교부받아 이를 매출세액에서 공제하여 위 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하였음이 부가가치세 신고서에 의하여 확인된다. 처분청은 총괄납부사업자의 내부거래는 부가가치세법상 재화의 공급이 아닌데도 매입세액공제하여 신고하였다하여 공제신고한 매입세액3,583,262,341원에 대한 신고불성실가산세 358,326,231원을 가산하여 과세한 데 대하여 청구법인은 신고불성실 가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. 부가가치세법 제4조 에서『부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다』라고 규정하고 있으므로 2 이상의 사업장을 가지고 있는 사업자인 경우에도 각 사업장을 하나의 과세단위로 하여 사업장마다 과세표준과 납부세액을 계산하여 신고납부하는 것이 원칙이나, 주사업장 총괄납부제도를 두고 있는 취지는 사업장마다 세액을 납부하게 하는 경우 어느 사업장에서는 납부세액이 발생하고 어느 사업장에서는 환급세액이 발생할 수도 있는 바, 이 경우 납부세액은 과세표준의 신고와 함께 납부하여야 하나 환급세액은 그 이후 환급받게 되므로 납세의무자에게 자금상의 부담을 줄 우려가 있어 이를 경감하고 납세편의를 도모하는 데에 그 의미가 있다 할 것이며, 총괄납부사업자의 경우 자기 사업장간 거래에 대하여 세금계산서를 교부하고 신고하게 되면, 가산세가 부과되는 등 불이익이 있어 납세편의 차원에서 1999.12.31 부가가치세법 시행령 개정시 2000.1.1이후부터는 총괄납부사업자의 내부거래분에 대해 세금계산서를 교부하고 신고납부하는 경우에는 재화의 공급으로 보도록 개선하여 이 경우 가산세가 부과되지 아니하도록 하였다. 한편, 부가가치세 신고납부불성실가산세에 대하여 규정하고 있는 부가가치세법 제22조 제5항 을 보면 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때와 납부하지 아니한 세액이 있는 경우 신고나 납부하지 아니한 세액 또는 초과환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로서 징수하도록 규정하고 있어 결국 정부로서는 납세자가 납부하여야 할 세액을 확보하기 위하여 신고납부불성실가산세제도를 운영하고 있다 할 것이다. 이 건의 경우, 청구법인이 자기사업장간의 내부거래에 대하여 주사업장으로부터 세금계산서를 교부받고 매입처별세금계산서합계표를 제출함으로써 거래상황이 명확히 밝혀지고 있고 주사업장과 종사업장을 총괄하여 볼 때 청구법인 전체로서는 정부에 납부하여야할 부가가치세를 과소납부하지 아니하였음을 알 수 있는 바, 이러한 경우에 대하여 각사업장별로 과소납부나 초과환급여부 등을 따져 신고납부불성실가산세를 부과하는 것은 위와 같은 총괄납부제도의 취지상 합당하지 아니한 점이 있다 할 것이다. 또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 세법상 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것인 바(대법 96누15404, 1997.8.22, 같은 뜻), 이 건의 경우에는 총괄납부사업자가 내부거래에 대하여 세금계산서를 교부하고 이를 신고하였더라도 납부세액의 감소를 가져오지 아니하는 경우이며 조세회피 의도가 없이 세법적용의 착오에 기인한 것으로서 국가의 과세권행사에 지장이 없다는 점과 청구법인과 같이 총괄납부승인을 얻는 사업자의 경우에도 부가가치세납부세액만을 주된 사업장에서 납부하는 것이고 부가가치세신고는 각 사업장마다 각각 하는 것이라는 점에서 사업장간의 내부거래에 대하여도 세금계산서를 교부하여 신고하는 것으로 착오를 일으킬 수 있다는 점등을 감안해 볼 때, 가산세를 부과하는 것은 합당하지 아니하다 할 것이므로 처분청이 이 건 신고불성실가산세를 부과한 처분은 부당한 것으로 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.