과세특례자인 납세자로부터 7회에 걸쳐 일반사업자로 신고서를 접수받은 후 재고납부세액을 부과하는 것이 신의성실에 위배되는지 여부

심판청구번호 국심2000중 0789(2000. 7.26)

○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 상가건물(이하 "쟁점사업장"이라 한다)을 신축하고 부동산임대업을 영위하기 위하여 1997.9.12을 개업일로 하여 일반과세자로 사업자등록을 한 후, 부동산임대용역에 대하여 일반과세자에 관한 규정을 적용하여 부가가치세를 신고납부하였다. 처분청은 청구인의 1998년 제1기분 부동산임대용역의 공급대가가 과세특례범위에 해당됨에도 세법이 정한 기한까지 청구인이 과세특례포기신고서를 제출하지 않았다 하여 1999년 1기 과세기간부터 과세특례자로 과세유형이 전환된 것으로 보고, 직전과세기간 중 공제받은 부가가치세 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하고 이를 납부세액에 가산하여 2000.1.7 청구인에게 1999년 제1기분 부가가치세 6,442,080원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.3.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인이 1999.1.1 과세특례자로 전환되었음에도 불구하고 1년이 경과한 2000.1.1 과세특례자로 전환된 사업자등록증을 청구인에게 교부하여 재고납부세액을 추징하는 고지서를 송달한 것은 부당하며, 세법에 대하여 무지한 납세자의 입장에서 7회에 걸쳐 일반과세자의 지위에서 한 부가가치세 신고에 대하여 아무런 시정조치없이 처분청에서 이를 접수한 것은 청구인이 일반과세자라는 사실을 공식적으로 견해 표명한 것에 해당하므로, 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였다 하여 재고납부세액을 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된 처분이다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법시행령 제74조 의 2 제3항에서 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환되는 사업자에 대하여는 유형전환통지에 관계없이 유형전환하여야 할 시기에 과세특례자에 관한 규정을 적용한다고 규정하고 있고, 청구인이 법정신고기한까지 과세특례포기신고를 하지 않았으므로 처분청이 쟁점사업장의 재고납부세액을 과세특례자로서 납부하여야 할 납부세액에 가산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 쟁점은 청구인의 과세유형이 일반과세자에서 과세특례자로 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 부과한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제25조 제1항 에서『다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다.(단서 생략)』고 규정하면서, 그 제2호에서는『직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 "과세특례자"라 한다)』라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제74조 제1항에서는『개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다』고 규정하면서, 그 제1호에서는 『대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800만원에 미달하는 때』를 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제74조의 2 제1항에서는『법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다』고 규정하고 있고, 제2항에서는『제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다.』고 규정하고 있으며, 제3항에서는『제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제26조의 2에서는『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제74조의 4 제3항에서는『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에 당해 사업자는 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "재고납부세액"이라 한다)을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다.(단서 생략)』고 규정하면서, 그 제3호 가목에서는『제1항 제4호에 규정된 자산으로서 사업자가 직접 제작·건설 또는 신축한 자산 (가) 건물 또는 구축물 재고납부세액 = 당해자산의 건설 또는 신축과 관련하여 공제받은 매입세액(제2항 단서의 규정이 적용되는 경우에는 시가의 100분의 10에 상당하는 세액) × (1 - 10/100×경과된 과세기간의 수)×(1- 법 제26조 제3항 각호에 규정하는 공제율)』이라고 규정하고 있다. 한편, 국세기본법 제15조 에서는 『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점사업장의 최초 과세기간인 1998년 1기의 공급대가를 기초로 하여 12월로 환산한 금액이 과세특례자에 해당하며, 과세특례포기신청의 법정신고기한인 1998.12.20까지 과세특례포기신고를 하지 아니하였으므로 청구인은 부가가치세법 제30조 제1항 및 같은 법 시행령 제74조의 2 제3항의 규정에 따라 1999년 제1기부터 자동적으로 과세특례자로 과세유형이 전환된 사실이 처분청의 과세자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 청구인이 일반과세자에서 과세특례자로 전환된 것으로 보아 쟁점사업장의 건물신축과 관련하여 기 공제받은 매입세액에 대하여 이 건 재고납부세액을 결정고지하였고, 청구인은 이에 대하여 1997.9.12 부동산 임대사업을 개시한 이래 수차례에 걸쳐 일반과세자로 부가가치세 확정신고를 하고 처분청에 의하여 아무런 시정조치없이 상당기간 받아들여진 후에 이 건 재고납부세액을 고지한 처분은 국세기본법이 규정한 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 1997.9.12 일반과세자로 사업자등록후 임대수입금액 967,807원을 1998년 1기 부가가치세 과세표준으로 신고하였으며, 이를 연간과세표준으로 환산하면 과세특례자에 해당되나 과세특례포기신청을 한 사실이 없으므로, 부가가치세법시행령 제74조 의 2의 규정에 따라 처분청의 과세유형전환 통지유무에 관계없이 청구인은 자동적으로 과세특례자에 관한 규정의 적용을 받게 되는 것이므로, 과세특례요건을 갖춘 청구인에게 처분청이 과세특례자로 전환된 사실을 통보하지 않고 과세특례자용 사업자등록증을 교부하지 아니하였다 하더라도 청구인을 과세특례자로 보아 부가가치세를 과세한 처분이 위법하다고 볼 수는 없는 것이다(대법94누9160, 1995.7.24 같은 뜻). (나) 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙은 자기의 언동을 신뢰하여 행동한 상대방의 이익을 침해하여서는 아니된다는 것을 의미하는 것으로서, 위 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 또한 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하는 것인 바, 청구인이 부가가치세를 자진신고하여 옴에 따라 처분청이 이를 받아들였다 하더라도, 이는 청구인의 신고서를 접수한 단순 사실행위로서 이 사실만으로 처분청에서 청구인의 과세유형이 일반과세자라고 하는 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수는 없는 것이며, 가사 청구인의 주장과 같이 신고서 접수사실을 처분청의 공적인 견해표명으로 인정하는 경우에도 이건 부가가치세가 과세된 데 대하여 법정기한까지 과세특례포기신고를 하지 아니한 청구인에게 전연 귀책사유가 없었다고 보기는 어렵다 할 것이므로 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위반하여 취소되어야 한다는 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다(국심 99서 2401, 2000.4.25 같은 뜻 합동회의).

(3) 따라서 처분청에서 청구인이 1999년 제1기 과세기간부터 일반과세자에서 과세특례자로 전환된 것으로 보아 쟁점사업장의 건물신축과 관련하여 기 공제받은 매입세액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.