수용보상금을 수령한 경우에 수용토지의 양도시기가 언제인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 1959. 10. 12 경기도 ○○○시 ○○읍 ○○리 XXX-X번지 전 1,689㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와, 같은곳 산 XX-XX 임야 29,911㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다), 같은곳 XXX-X 철도용지 567㎡(이하 “쟁점③토지”라 한다), 같은곳 XX-XX 철도용지 2,559㎡(이하 “쟁점④토지”라 하고, 쟁점①토지, 쟁점②토지, 쟁점③토지, 쟁점④토지를 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 1995. 11. 21 중앙토지수용위원회의 수용재결에 의하여 수용되고, 1995. 12. 20 ○○지방법원 ○○○지원에 수용보상금이 공탁된 후 1996. 1. 8 쟁점토지는 『1995. 12. 20 수용재결』을 원인으로 대한주택공사로 소유권이전 등기되었으며, 청구인은 수용재결에 불복하여 1996. 1. 10 중앙토지수용위원회에 이의신청을 거쳐 1996. 6. 15 ○○○○법원에 행정소송을 제기하여 1999. 7. 28 수용보상금 및 이자를 추가지급하라는 판결을 받았다. 청구인은 수용보상금공탁일인 1995. 12. 20을 양도시기로 하여 쟁점②토지 중 28,363.7㎡와 쟁점③토지 및 쟁점④토지를 8년 이상 자경농지라 하여 양도소득세 면제로 신고하고, 쟁점①토지 중 917.35㎡, 쟁점②토지 중 1,547.3㎡에 대하여는 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 감면한도 3억원을 공제하여 1996. 5. 31 양도소득세를 신고납부하였다. 처분청은 쟁점토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당되지 아니한다고 보아 1999. 5. 15 청구인에게 1995년 귀속 양도소득세 1,148,088,520원을 결정고지하였다가, 쟁점토지의 양도시기가 등기접수일인 1996. 1. 8이라는 국세청장의 심사결정에 따라 당초결정을 1999. 12. 27 취소하고, 양도시기를 1996. 1. 8로 하고 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면한도 3억원을 공제하여, 2000. 1. 6 청구인에게 1996년 귀속분 양도소득세 900,376,130원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000. 2. 9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 공부상 전, 임야, 철도용지 등으로 등재되어 있으나 실제로는 전과 과수원이었고, 청구인은 쟁점토지의 소재지인 경기도 ☆☆시 ☆☆동에 10년 이상 거주하면서 쟁점토지를 직접 경작하여 왔기 때문에 쟁점토지의 양도에 대해 자경농지로 양도소득세를 면제하여야 한다.

(2) 1995. 11. 21 수용재결된 쟁점토지가 1996. 1. 8 한국주택공사에 소유권이전 등기되었는 바, “기업자는 수용목적물을 수용의 효과로서 원시취득하며 수용재결로서 종전의 소유권은 소멸한다”고 대법원이 판시(대법 91다 27617, 1991. 11. 12)하고 있으므로, 쟁점토지의 수용재결로써 청구인의 소유권은 소멸하여 수용재결시에 소유권이전이 확정적으로 이루어졌다고 보아야 하므로, 쟁점토지의 양도시기를 수용재결일인 1995. 11. 21로 하여 이 건 과세가 되어야 한다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 청구인이 주민 등록초본상 1985. 6. 18 이후 현재까지 거주하고 있는 것으로 등재된 경기도 ☆☆시 ☆☆동 XXX-X번지는 ☆☆시의 가장 번화가에 위치한 상업용 건물로 실제로 청구인은 주민 등록상 주소지에 거주하지 아니하고, 서울특별시 ★구 ★동에 있는 큰아들 ★★★의 집에 거주하면서, 청구외 ◎◎◎을 임대건물의 관리인으로 지정하여 주민 등록상 주소지에 있는 임대건물을 관리하고 있었다는 사실이 청구인이 중앙토지수용위원회를 상대로 제기한 토지수용 이의재결처분취소 등에 대한 ○○○○법원의 판결문(96구 19422, 1999. 7. 28)에 의하여 확인되고 있으며, 청구인은 1974. 6. 13∼1992. 7. 29 기간중 ☆☆☆☆☆약품(주)의 공동대표이사의 직에 있었음이 법인 등기부 등본에 의하여 확인되고, 청구인은 쟁점토지를 양도할 당시 ★★시, ☆☆시, ○○○시 지역에 소재한 부동산 10여개를 임대하여 연간 7억원 이상의 임대수입을 얻고 있었으며, 청구인은 자신의 책임하에 영농에 필요한 비료, 농약 및 비품 등을 구입하고 인건비 등을 직접 지출하였다고 주장하면서 1981년∼1996년 기간의 관련비용 출납사항을 기록한 노트사본을 제시하였으나 관련비용 지출사실 및 농작물의 판매수입금액이 객관적인 증빙자료에 의하여 확인되지 아니하고 있어 청구인이 경작한 것으로 인정하기 어려우며, 청구인은 쟁점④토지를 사실상 도로로 사용되고 있다는 이유로 수용대상에서 제외하여 달라고 요구한 사실이 중앙토지수용위원회의 재결에 불복하여 1996. 1. 10 제기한 이의신청서에 의하여 확인되고,

○○○○법원 제2특별부의 의뢰에 의하여 ☆☆감정평가법인이 수용재결인인 1995. 11. 21을 가격시점으로 하여 평가한 감정평가서(☆☆2-XXXXXX-XX)에 쟁점①토지 중 102㎡는 대지, 약 494㎡는 잡종지로 이용중이었으며, 쟁점②토지 중 대부분은 배나무가 식재된 과수원이었으나 약 308㎡는 계사와 주택부지 등으로 이용되었던 대지였으며, 쟁점③토지 중 약 73㎡는 대지, 약 494㎡는 잡종지로, 쟁점④토지 중 2,385㎡는 임야(과수원 등), 174㎡는 대지로 이용중이었다고 감정평가하였음이 확인되며,

○○○○법원은 대한주택공사가 작성한 토지조서에 쟁점토지의 대부분의 실제 이용상황이 임야로 기재되어 있고, 물건조서상에는 쟁점②토지와 쟁점④토지상에 배나무 159주를 비롯하여 약 200여주 정도의 과수만이 식재되어 있다고 기재되어 있는 점에 비추어 보면, 30,000여㎡에 달하는 쟁점②토지 및 쟁점④토지의 수용재결당시 실제 이용상황을 과수원으로 본 것은 부당하다고 아니할 수 없다고 판시(96구 19422, 1999. 7. 28)하였음이 확인되고 있으며, 중앙토지수용위원회의 재결서(1995. 11. 21)에 첨부된 보상금내역에 의하면, 쟁점②토지의 지상에 설치된 수영장, 발전실, 휴게소 및 경비실 등이 지장물 보상대상에 포함되어 있고, 쟁점토지의 실제 지목이 대지, 잡종지, 임야, 도로로 표시되어 있으며, 영농보상금 지급사항이 발견되지 아니한 점으로 보아 쟁점토지가 대한주택공사에 수용될 당시까지 경작에 사용되었다는 청구인의 주장은 인정하기 어렵다.

(2) 토지 등의 수용에 따른 양도시기는 당사자간에 수용보상금에 대한 협의가 성립되어 재결보상금 및 공탁보상금을 이의없이 수령한 경우에는 재결보상금의 수령일 또는 공탁일이 되며, 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송으로 변동된 토지보상금을 수령한 경우에는 변동보상금 확정일과 소유권이전 등기 접수일중 빠른 날을 양도시기로 보아야 하므로, 소유권이전 등기접수일인 1996. 1. 8을 양도시기로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 쟁점토지가 양도소득세가 면제되는 8년 이상 자경농지에 해당되는지의 여부와

(2) 토지수용보상금에 대한 재결에 불복하여 행정소송을 제기하여 추가로 수용보상금을 수령한 경우에 수용토지의 양도시기를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령

(1) 쟁점(1) 관련 구 조세감면규제법(1996. 12. 30 개정되기 전의 것) 제55조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】 제1항에서 『다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고, 그 제1호에서 『대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자』라고 규정하고 있으며, 같은법시행령(1996. 12. 31 개정되기 전의 것) 제54조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】 제1항에서 『법 제55조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (이하생략)』고 규정하고, 제2항에서 『법 제55조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자”라 함은 8년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 자를 말한다』고 규정하고, 그 제1호에서 『농지가 소재하는 시·군·구 안의 지역』, 제2호에서 『제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역』이라고 규정하고 있다. 한편, 같은법 제66조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다』고 규정하고, 그 제1호에서『주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지』라고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제119조【양도소득세감면의 종합한도】 제1항에서 『개인이 제43조·제63조 내지 제66조·제70조, 제71조 및 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다) 내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. (1994. 12. 22 개정)』고 규정하고, 제2항에서 『제55조의 규정에 의하여 1996년 1월 1일 이후 양도분에 대하여 감면할 양도소득세액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다』고 규정하고 있으며, 제3항에서 『제1항의 규정과 제2항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 3억원을 한도로 하여 감면한다. 이 경우 감면의 종합한도액의 계산에 관하여는 대통령령이 정하는 바에 의한다』고 규정하고 있다.

(2) 쟁점(2) 관련 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】에서 『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다』고 규정하고, 같은법시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】 제1항에서 『법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다』고 규정하고, 그 제1호에서 『잔금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일』이라고 규정하고, 제2호에서 『대금을 청산하기 전에 소유권이전 등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 1959. 10. 12 쟁점토지를 취득하여 보유하던 중 1995. 11. 21 중앙토지수용위원회의 수용재결에 의하여 수용되고, 1995. 12. 20 ○○지방법원 ○○○지원에 수용보상금이 공탁된 후, 1996. 1. 8 쟁점토지는 『1995. 12. 20 수용재결』을 원인으로 한국주택공사에 소유권이전 등기되었으며, 청구인은 수용재결에 불복하여 1996. 1. 10 중앙토지수용위원회에 이의신청을 거쳐 1996. 6. 15 ○○○○법원에 행정소송을 제기하여 1999. 7. 28 수용보상금 및 이자를 추가지급하라는 판결을 받은 사실이 토지수용위원회의 재결서, 등기부 등본, ○○○○법원의 판결문(96구 19422, 1999. 7. 28) 등에 의하여 확인된다. (나) 청구인은 쟁점토지의 양도시기가 중앙토지수용위원회의 수용재결일인 1995. 11. 21이라는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. 토지의 수용재결에 의하여 당해 토지를 원시취득하고 종전의 소유권이 소멸되어(대법 91다 27617, 1991. 11. 12 참조) 민법상 부동산의 물권변동이 일어난다 하겠으나, 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 소득세법상의 규정에 의하는 것인 바, 소득세법 제98조 및 같은법시행령 제162조에 의하면 부동산의 양도시기는 원칙적으로 잔금청산일로 하되, 잔금청산일이 분명하지 아니한 경우에는 잔금지급약정일로 하고, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하는 경우 등에는 등기접수일로 하며, 대금청산전에 소유권이전 등기를 한 경우에는 등기접수일로 한다고 규정하고 있으므로, 토지수용법 기타 법률에 의하여 토지가 수용되는 경우 양도 또는 취득시기는 소득세법 제98조 및 동법시행령 제162조의 규정에 의하여 보상금이 공탁되어 공탁금을 수령한 경우에는 공탁일로 보는 것이나, 공탁금을 수령하기 전에 소유권이 이전된 경우에는 소유권이전 등기 접수일이 되는 것이며(재산 46014-220, 1999. 7. 8 ; 대법 94누 6154, 1994. 10. 25 같은뜻), 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송으로 변경된 토지 등의 보상금을 수령하는 경우에는 변동보상금 확정일과 소유권이전 등기 접수일중 빠른 날이 양도시기가 되는 것이므로(재일 46014-279, 1999. 2. 10 같은뜻) 청구인이 수용재결에 불복하여 추가보상금을 지급받기 전에 소유권이전 등기된 이 건의 경우는 소유권이전 등기접수일인 1996. 1. 8이 쟁점토지의 양도시기가 된다 할 것이다. 따라서 쟁점토지의 등기접수일인 1996. 1. 8을 양도시기로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

(2) 쟁점(1)은 쟁점토지의 양도시기가 1996. 1. 8로 결정됨에 따라 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당된다 하더라도 양도소득세 감면 종합한도의 제한을 받아 추가감면의 혜택이 없어 심리의 실익이 없으므로 이의 심리를 생략한다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.