공장이전시 중복감면 가능 여부

심판청구번호 국심2000중 0257(2000. 7. 8) 68,110,350원의 부과처분은 청구법인이 1997.1.6 청구외 ○○○건설주식회사에게 양도한 인천광역시 서구 ○○○ 동 ○○○ 공장용지 7,828㎡에 대하여 국민주택건설용지 등에 대한 특별부가세도 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경 정한다.

청구법인은 1997사업연도에 경기도 김포시 ○○○면 ○○○리 ○○○로 공장을 이전함에 따라 1997.1.6 청구외 ○○○건설주식회사(이하 "○○○건설"이하 한다)에게 인천광역시 서구 ○○○동 ○○○ 공장용지 7,828㎡(이하 "쟁점공장용지"라 한다)를 국민주택건설용지로 양도하고, 1998.3.31 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제42조의 공장지방이전에 대한 특별부가세 184,579,152원 및 제66조 제1항의 국민주택건설용지 등에 대한 특별부가세 133,633,032원의 세액감면신청을 하였다. 처분청은 청구법인이 신청한 공장지방이전에 대한 특별부가세 및 국민주택건설용지 등에 대한 특별부가세를 중복하여 감면할 수 없다고 하여 감면세액이 큰 공장지방이전에 대한 특별부가세만을 감면하고 2000.1.5 청구법인에게 1997사업연도 법인세 168,110,350원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.1.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 구 조세감면규제법 제117조(중복지원의 배제) 및 제120조(특별부가세 감면의 종합한도)나 어느 다른 법조항에서도 같은법 기본통칙 2-16-8…57에서 규정하고 있는 바와 같이 감면세액이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나를 배제한다고 규정하고 있지 아니하다. 따라서 처분청이 법에 열거하지 아니한 위 기본통칙을 근거로 같은법 제66조에서 규정하고 있는 감면세액을 부인한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 구 조세감면규제법에 의하여 토지 등의 양도에 대한 특별부가세 감면규정이 다른 법과 동시에 적용되거나 같은 법 내에서 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용하는 것이다. 따라서 처분청이 청구법인이 쟁점공장용지를 양도한 것에 대하여 공장지방이전에 따른 특별부가세 감면만을 한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공장 지방이전에 따라 구 공장용지를 국민주택 건설용지로양도한 경우 공장 지방이전에 따른 특별부가세 감면과 국민주택 건설용지 등에 대한 특별부가세 감면을 중복하여 받을 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제42조 제2항은 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있다.

(2) 구 조세감면규제법(1996.12.30 법률 제5193호로 개정된 것) 제66조 제1항은 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 "주택건설등록업자"라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 "국민주택"이라 한다)의 건설용지(2∼3호 생략)이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 공장지방이전에 따라 쟁점공장용지를 ○○○건설에게 국민주택건설용지로 양도한 것에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 토지 등의 양도에 대한 특별부가세 감면규정이 다른 법과 동시에 적용되거나 법내에서 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용하는 것이므로 소유 부동산을 양도함에 있어서 조세감면규제법에 의한 둘 이상의 감면요건에 해당될 경우에는 납세자의 선택에 의하여 감면신청하는 감면대 상법률 1개 조항만을 적용하여야 한다고 하여 전시한 바와 같이 공장지방이전에 대한 특별부가세만을 감면하였다(조세감면규제법 기본통칙 2-16-8…57 및 국세청 예규 재일01254-2632, 1990.12.27 참고).

(3) 구 조세감면규제법 제117조(중복지원의 배제)는 제42조의 공장지방이전에 대한 특별부가세 면제와 같은법 제66조 제1항의 국민주택건설용지 등에 대한 특별부가세 면제를 중복지원하는 것을 배제한다고 규정하고 있지 아니하다. 공장지방이전에 대한 특별부가세 면제와 국민주택건설용지 등에 대한 특별부가세 면제는 구 조세감면규제법상 감면취지가 서로 상이할 뿐 아니라 제117조는 동일한 과세요건 사실에 대하여 조세감면규제법상의 서로 다른 감면조항이 중복하여 적용되는 경우에 적용되는 것으로서 동 조항은 중복지원을 배제하는 경우를 열거하고 있다고 봄이 타당하다. 그러하다면 구 조세감면규제법에 의하여 중복감면을 배제하고 있지 아니한 이 건과 같은 경우 처분청이 공장지방이전에 대하여만 특별부가세를 면제하고 국민주택건설용지에 대한 특별부가세를 면제하지 아니한 처분은 위법하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.