총매매가액에 양도당시의 기준시가를 적용하여 토지의 양도가액을 산정한 처분의 당부

심판청구번호 국심2000전 1780(2000.11. 7) 30 ○○○(주)로부터 취득한 대전광역시 대덕구 ○○○동 ○○○ 대지 596.4㎡ 중 423.2㎡(이하 "쟁점토지"라 한다) 및 동 지상에 1991.9.28 신축한 건물 1,035.44㎡(이하 "쟁점건물"이라 하고, 쟁점토지와 합하여 "쟁점부동산"이라 한다)를 1997.3.27 청구외 ○○○에게 555,000,000원에 양도하고, 쟁점토지는 실지거래가액(취득가액: 191,589,411원, 양도가액: 210,000,000원)으로, 쟁점건물은 기준시가로 자산양도차익예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액은 실지거래가액으로 인정하고, 양도가액은 쟁점부동산의 양도가액 555,000,000원을 기준시가에 의하여 안분계산한 가액으로 하여 양도차익을 산정한 후, 1999.8.5 청구인에게 1997년 귀속분 양도소득세 22,669,830원을 결정고지하였다(처분청은 2000.3.24 국세청장의 심사결정에 따라 신고불성실 및 납부불성실 가산세 3,712,640원을 경정감하였음). 청구인은 이에 불복하여 1999.10.30 이의신청, 2000.2.21 심사청구를 거쳐 2000.6.29 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 총매매가액 555,000,000원은 다툼이 없으며 쟁점토지의 양도가액 210,000,00원은 기준시가 대비 134%이고, 쟁점건물의 양도가액 345,000,000원은 상속세 및 증여세법상 상업용 건물평가액 대비 103%로 토지는 개별공시지가, 건물은 상업용 건물평가액과 비교하여 볼 때 시가에 근접하고, 처분청은 쟁점부동산을 당초 계약시 일괄하여 555,000,000원에 매매하였다고 하나, 토지거래계약허가증상에도 쟁점토지가액은 210,000,000원, 쟁점건물가액은 345,000,000원으로 구분 기재되었으며, 같은 날에 작성된 부동산매매계약서도 위와 같이 구분 기재되어 토지거래허가내용과 동일하므로 적법한 부동산매매계약서로 보아 쟁점토지를 청구인이 신고한 실지거래가액으로 양도소득세를 과세하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점부동산의 매수인이 진술한 문답서에 의하면, 당초 매매계약서에는 쟁점부동산의 중개인 및 임대 내용이 기재되어 있고, 토지가액 및 건물가액을 구분하여 기재하지 않았다고 진술하고 있으며, 쟁점부동산을 중개한 부동산중개사무소 청구외 ○○○가 진술한 문답서에 의하면, 쟁점부동산의 총매매가액은 토지 및 건물의 구분없이 555,000,000원으로 하여 매매계약을 체결하였다고 진술하고 있으므로 청구인이 제시한 증빙은 신뢰하기 어렵고, 쟁점부동산의 양도가액을 토지와 건물로 구분하여 양도하였다는 청구인의 주장도 신뢰하기도 어려우므로, 처분청에서 토지·건물 구분없이 쟁점부동산을 양도한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분계산한 가액으로 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 토지의 양도가액을 총매매가액에 양도당시의 기준시가에 의하여 안분계산한 가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제94조 에서 『양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득』이라고 규정하고 있고, 같은 법 제96조에서 『양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다』고 규정하고, 같은 법 제97조 제1항에서 『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다』고 규정하고, 같은 법 시행령 제166조 제4항에서 『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.∼2. (이하 생략)

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우』라고 규정하고 있다. 한편, 같은 법 제100조 제2항에서 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1990.11.30 ○○○(주)로부터 취득한 쟁점토지상에 1991.9.28 쟁점건물을 신축하여 1997.3.27 청구외 ○○○에게 555,000,000원에 양도하고, 쟁점토지는 실지거래가액(취득가액: 191,589,411원, 양도가액: 210,000,000원)으로, 쟁점건물은 기준시가로 양도소득세 신고를 하였음이 등기부등본, 양도소득세 신고서 등에 의하여 확인되고, 처분청은 쟁점토지의 취득가액은 청구인이 신고한 실지거래가액을 인정하였으나, 양도가액이 확인되지 않는다고 보아 총매매가액에 양도당시의 기준시가에 의하여 안분계산한 가액을 양도가액으로 하여 이 건 과세를 하였음이 결정결의서등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점부동산의 총매매가액 555,000,000원은 다툼이 없으나, 쟁점토지가액은 210,000,000원, 쟁점건물가액은 345,000,000원으로 구분하여 실지거래하였다고 주장하면서, 관련 증빙으로 부동산매매계약서 및 토지거래계약허가증 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구인이 신고한 쟁점부동산의 양도시 계약내용을 확인하기 위하여 쟁점부동산의 취득자인 청구외 ○○○에게 계약내용을 조사한 바, 쟁점부동산의 실지거래가액은 550,000,000원임이 확인되고, 부동산매매계약서에서 ○○○교회 임대보증금 80,000,000원과 기타 임대보증금 45,000,000원을 제외한 430,000,000원을 지급하기로 약정하였으나 제출된 계약서에는 이러한 내용이 없어 당초 매매계약서 내용과 다르며, 당초 계약서에는 총금액으로 작성하고 토지가액과 건물가액을 구분하여 기재하지 않았다고 진술하고 있으며, 쟁점부동산 매매시 중개인 ○○○의 진술에서도 당초 계약시 쟁점부동산가액을 토지와 건물가액으로 구분하지 않고 작성하였음을 확인하고 있어, 청구인이 제시한 위 부동산매매계약서를 실지 매매계약서로 인정하기 어려우므로, 청구인이 신고한 쟁점토지의 양도가액 210,000,000원을 실지거래가액으로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점토지의 양도에 대하여 실지거래가액이 확인되지 않는다고 보아 쟁점부동산의 총매매가액에 양도당시의 기준시가에 의하여 안분계산한 가액을 쟁점토지의 양도가액으로 하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.