농공단지입주기업에 대한 세액감면의 기산일

심판청구번호 국심2000전 1659(2000.12.31).1 서울특별시 ○○○구에서 ○○○테크라는 상호로 관이음쇠 제조업을 개시하여 영위하다가 충남 ○○○시 농공단지인 현 사업장 소재지로 1992.7.22 전입한 사업자로 처분청이 청구인의 1997사업연도 귀속 종합소득세를 실지조사하여 1999.12.6 163,288,212원을 결정고지 하였으며 2000.3.24 심사청구 결정에 의거 표준소득율에 의한 추계조사 방법으로 소득금액을 결정하고 농공단지 입주기업에 대한 조세특례규정(50%감면)을 적용하여 2000.4 과세표준과 세액을 9,484,620원으로 재경정 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.6.7 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 구 조세감면규제법 제40조의4 제1항의 적용에 있어 "대통령령이 정하는 입주일"을 사업자등록증 교부일인 1992.7.22이 아닌 공장을 설치하여 실지 사업을 영위하는 날인 1995.6.30로 보아야 한다
• 나. 처분청 의견 구 조세감면규제법 제40조의4 제1항의 적용에 있어 "대통령령이 정하는 입주일"은 동법 시행령 제33조의3 제1항 제2호에서 "공장을 농공단지 안으로 이전하는 경우에는 부가가치세법시행령 제11조 의 규정에 의한 사업자등록증 재교부일"로 규정하고 있고, 1993.12.31 법률 제4666호로 개정되면서도 부칙 제13조 제1항에서 "이 법 시행당시 종전의 제40조의4의 규정에 의한 세액감면의 적용대상이 되는 자로서 1995.12.31까지 농공단지에 입주하는 경우에는 제50조의 개정규정에 불구하고 종전의 제40조의4의 규정에 의한다"고 규정하고 있으므로 농공단지로 전입하여 사업자등록증을 교부받은날('92.7.22)을 기준으로 감면율 50%를 적용한 당초처분은 정당하다

• 가. 쟁점 농공단지외의 지역에서 사업을 영위하다가 농공단지로 입주한 경우 종합소득세의 감면기산일이 청구인의 농공단지 입주 사업자등록증 교부일인지 공장을 가동하여 사업을 개시할 날인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제15조【창업중소기업에 대한 조세특례】

① 중소기업창업지원법 제25조 제1항 의 규정에 해당하는 농어촌지역의 중소기업을 창업하여 영위하는 자에 대하여는 대통령령이 정하는 창업일(이하 "창업일"이라 한다)이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일로부터 3년내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 전액을, 그 다음 2년내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다(1989.12.30 개정) 제40조의4【농공단지입주기업에 대한 조세특례】

① 농공단지에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인에 대하여는 해당공장에 발생한 소득에 대한 소득금액 또는 법인세를 제25조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. 이 경우 창업일은 대통령령이 정하는 입주일로 한다(1990.12.31 개정)

(2) 조세감면규제법시행령(1993.12.31 대통령령 14084호로 개정되기 전의 것) 제33조의3【농공단지입주기업에 대한 조세특례】

① 법 제40조의4 제1항에서 "대통령령이 정하는 입주일"이라 함은 농공단지에서 공장을 새로이 설치하여 사업을 영위하는 날로서 다음 각호1에 해당하는 날을 말한다(1990.12.31 개정).

1. 농공단지에서 법인을 설립하는 경우에는 법인설립등기일(90.12.31 개정)

2. 공장을 농공단지 안으로 이전하는 경우에는 부가가치세법시행령 제11조 의 규정에 의한 사업자(등록증 재교부일(1990.12.31 개정)

(3) 조세감면규제법(1993.12.31 법률제4666호로 개정된 것) 제6조【창업중소기업에 대한 세액감면】

① 중소기업창업지원법 제25조 제1항 의 규정에 해당하는 농어촌지역의 중소기업을 창업하여 영위하는 자에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 제50조【농공단지입주기업등에 대한 세액감면】

① 농공단지안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인에 대하여는 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. 부칙 제13조【조세감면에 관한 경과조치】

③ 이 법 시행당시 종전의 제40조의4의 규정에 의한 세액감면의 적용대상이 되는 자로서 1995년 12월31일까지 농공단지에 입주하는 경우에는 제50조의 개정규정에 불구하고 종전의 제40조의4 의 규정에 의한다

• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 청구인이 ○○○에 있는 사업장을 충청남도 ○○○시의 농공단지의 현 사업장으로 이전하고 1992.7.22 사업자등록증을 재교부받았으므로 농공단지입주일을 1992.7.22로 보아 1997사업연도 종합소득세과세시 50% 감면율을 적용한 처분에 대하여 청구인은 종합소득세 감면기산일이 사업개시일인 1995.6.30이므로 1997사업연도는 종합소득세가 100%감면되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구인은 1989.6.1부터 서울특별시 ○○○구에서 관이음쇠 제조업을 영위하다가 충청남도 ○○○시 ○○○동 ○○○ 농공단지로 사업장을 이전하고 1992.7.22 사업자등록증을 재교부받았으며 1995.6.30 공장을 가동하여 사업을 개시하였음이 청구법인이 제시한 사업자등록번호증 교부 및 검열대장 및 공장등록증에 의해 확인된다.

(2) 처분청은 청구인의 1997사업연도 귀속 종합소득세를 실지조사하여 1999.12.6 종합소득세 163,288,212원을 결정고지하였다가 2000.3.24 심사결정에 따라 표준소득율에 의한 추계방법으로 소득금액을 결정하고 농공단지 입주기업에 대한 조세특례규정에 따라 1997사업연도는 사업자등록증 교부일인 1992.7.22로부터 5년이 되는 날이 속하는 연도이므로 50% 감면율을 적용하여 2000.4 종합소득세를 9,484,620원으로 재경정하여 고지하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

(3) 전시 조세감면규제법(1993.12.31 개정되기 전의 것) 제15조 및 40조의4와 같은법시행령 제33조의3의 규정에는 공장을 농공단지 안으로 이전하여 농어촌소득원 개발사업을 영위하는 내국인에 대하여는 해당공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부가가치세법시행령 제11조 의 규정에 의한 사업자등록증 재교부일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일로부터 3년내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 전액을, 그 다음 2년내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있음을 알 수 있다

(4) 한편 1993.12.3 개정된 조세감면규제법 제6조 및 제50조에는 농공단지안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일로부터 5년내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고 동법 부칙 제13조에는 이법 시행당시 종전의 제40조의4의 규정에 의한 세액감면의 적용대상이 되는 자로서 1995.12.31까지 농공단지에 입주하는 경우에는 제50조의 개정규정에 불구하고 종전의 제48조의4의 규정에 의한다고 규정하고 있어 1995.12.31까지 농공단지에 입주한 기업은 개정전 규정에 의해 소득세를 감면한다고 규정하고 있음을 알 수 있다.

(5) 위 사실관계와 관련법령을 종합해 보면 청구인은 1992.7.22 공장을 이전하고 사업자등록증을 재교부 받았으므로 청구인은 1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 조세감면규제법 제40조의4의 규정에 의한 종합소득세감면대상이라고 인정되고 1997사업연도는 사업자등록증 재교부일인 1992사업연도로부터 5년째가 되는 사업연도이므로 100분의 50 감면율을 적용하여야 할 것이다. 따라서 처분청이 청구인이 농공단지로 공장을 이전하여 사업자등록증을 재교부받은 날을 감면율 적용의 기산일로 보아 1997사업연도에 100분의 50의 감면율을 적용하여 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.