환급거부처분의 적법 여부

심판청구번호 국심2000전 1339(2001. 1.18) 년도분 기타소득세 307,379,450원에 대한 환급거부처분은 이를 취소한다.

청구법인은 1999.4.14 독일 ○○○사와 기술도입계약을 체결하고 1999.7.9 기술도입관련 기술료 미화 1,738,965불을 지급하면서 기타소득세로 미화 260,844.75불(한화 307,379,450원)을 원천징수하여 1999.8.10 처분청에 납부하였다 청구법인은 1999.9.7 산업자원부장관에게 기술도입신고 및 조세감면신청을 하고 1999.9.16 위 도입기술이 조세특례제한법 제121조 의 6 제1항에 의한 조세감면대상기술임을 확인받은 후 신고를 하고, 2000.1.28 처분청에 원천징수하여 납부한 기타소득세 307,379,450원(이하 "쟁점세액"이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구하였다. 처분청은 2000.3.2 청구법인의 위 경정청구에 대하여 기술도입계약일로부터 1년 또는 기술도입대가의 최초지급일 중 먼저 도래하는 날인 1999.7.9 이내에 조세면제신청을 하지 아니하였다하여 환급이 불가함을 통보하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.5.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 기술도입료를 지급하면서 원천징수하여 처분청에 납부한 기타소득세는 조세특례제한법 제121조 의 6 제1항 및 제2항의 조세감면대상 기술로 소득세가 전액 감면되는 소득으로 현행 조세특례제한법에는 세액감면에 대한 신청을 크게 2가지로 분류하여 첫째는 감면(면제)신청을 하여야 한다와 둘째로 감면(면제)신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다로 구분하여 각 세법조항별로 규정하고 있다. 이렇게 세액감면(면제)신청을 하여야 한다와 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 구분한 이유는 국가가 조세감면(면제)시에 사전에 반드시 확인하여야 하는 경우와 그렇지 않은 경우로 구분하여 행정의 정확성과 신속성을 기하기 위한 구분으로 사료된다. 이 건 관련 감면조항인 조세특례제한법 제121조 의 6 제2항에서 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 조세를 면제받고자 할 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 재정경제부장관에게 면제신청을 하여야 한다고 규정되어 있다. 따라서 처분청에서는 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 계약으로 조세면제대상에 대하여는 조세특례제한법 시행령 제116조 의 12 제4항의 규정에 의거 조세면제신청을 당해 기술도입계약이 체결된 날로부터 1년 또는 기술도입대가의 최초지급일 중 먼저 도래한 날 이내에 감면을 신청하지 않았다하여 이미 납부한 쟁점세액은 면제대상이 아니므로 환급이 불가능하다 하고 있으나, 국가에서 세액에 대한 감면(면제)제도를 두고 시행하는 이유는 조세정책적 목적달성을 위하여 국가가 과세권을 포기한 부분으로 해석함이 타당하고, 기술력선점과 연구개발에 몰두하는 기업의 육성발전을 위하여 신기술도입의 원활한 지원을 위한 본래의 입법취지에 맞게 감면대상소득요건이 충족하였으면 감면신청이 차후에 있었다 하더라도 환급되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 감면신청이 차후에 이루어졌다 하더라도 입법취지에 맞게 감면요건이 충족되었으므로 원천징수한 쟁점세액을 환급하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제121조 의 6 제2항에서는 "당해 조세를 면제받고자 하는 자는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 감면신청을 하여야 한다"고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제116조의 12 제4항에서는 "법 제121조의 6 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청은 기술도입계약이 체결된 날부터 1년 또는 기술도입대가의 최초 지급일 중 먼저 도래하는 날 이내에 하여야 한다"라고 규정되어 있으나, 청구법인은 기술도입대가의 최초 지급일인 1999.7.9 이전에 "기술도입에 대한 신고 및 조세감면신청"을 하여야 함에도 1999.9.7 "기술도입에 대한 신고 및 조세감면신청"을 하여 감면신청기한 이후에 감면신청을 한 경우에도 감면대상소득요건이 충족되었다는 청구주장은 받아들일수 없다고 판단된다.

• 가. 쟁점 청구법인이 원천징수하여 납부한 기타소득세가 환급대상인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제121조 의 6 【기술도입대가에 대한 조세면제】제1항에 『국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 계약으로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약을 체결한 경우 당해 계약의 내용에 따라 기술을 제공하는 자가 받는 기술도입대가에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 계약에서 최초로 그 대가를 지급하기로 한 날부터 5년 동안 이를 면제한다.』, 제2항에 『기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항의 규정에 의하여 조세를 면제받고자 할 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 재정경제부장관에게 면제신청을 하여야 한다.』고 규정하고, 같은법 시행령 제116조의 12 【기술도입대가에 대한 조세면제 기준 등】제1항에 『법 제121조의 6 제1항에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약”이라 함은 재정경제부장관이 외국인투자촉진법 제27조 의 규정에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 기술로서 제116조의 2 제2항 각호의 기준에 해당하는 외국인투자촉진법에 의한 기술도입계약을 말한다.』, 제4항에 『법 제121조의 6 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청은 당해 기술도입계약이 체결된 날부터 1년 또는 기술도입대가의 최초 지급일 중 먼저 도래하는 날 이내에 하여야 한다.』고 규정하고, 같은법 시행규칙 제51조의 6 【기술도입계약에 대한 조세면제 신청】에 『법 제121조의 6 제2항의 규정에 의하여 조세의 면제를 신청하고자 하는 자는 기술도입대가에 대한 법인세 등의 면제신청서 2부에 도입하고자 하는 기술이 조세면제대상에 해당하는 것임을 증명 또는 설명하는 서류를 첨부하여 주무부장관에게 제출하여야 한다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 1992년부터 반도체장비를 제조하여 국내전자업체에 판매하면서 1999.4.14 독일 ○○○사 및 ○○○ U.S.A inc와 기술도입계약을 체결하고 Falcon Photoresist Deep Ultraviorick Equipment (Falcon PR-800) 관련 기술을 도입하면서 Falcon PR-800을 제조하기 위한 정보와 지적소유권(등록상표, 등록명, 특허권 및 노우하우)에 대한 라이선스를 획득하였다. 청구법인은 1999.7.9 기술도입관련 기술료로 미화 1,738,965불을 지급하면서 쟁점세액을 원천징수하여 1999.8.10 처분청에 납부하고, 1999.9.7 산업자원부장관에게 기술도입신고 및 조세감면신청을 하였다. 1999.9.16 산업자원부장관은 청구법인에게 기술도입에 대한 신고수리 및 위 도입기술이 조세감면대상기술임을 확인·통보(반전 55434-175, 1999. 9.16)하였음이 관련자료에 의하여 확인된다. 이 건의 청구법인이 도입한 기술이 조세특례제한법령에 의하여 소득세나 법인세등 조세감면대상기술임에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 다만, 조세특례제한법령에 의거 조세감면을 받기위해서는 기술도입계약일로부터 1년 또는 기술도입대가의 최초지급일 중 먼저 도래하는날 이내에 조세면제신청을 하여야하나 청구법인에서는 1999.4.14 기술도입계약을 하고, 1999.7.9 기술도입대가를 최초로 지불하였으므로 이 건의 경우 법정기한인 1999.7.9 이내에 세액감면신청을 하지못하여 쟁점세액이 조세감면대상인지에 대하여 다툼이 있다. 우선 조세특례제한법령에서 조세감면(면제)을 받기 위하여 세액감면신청이 필요한 요건인지 대하여 살펴보면, 조세감면의 신청과 관련하여 대법원에서는 구조세감면규제법 제55조의 "자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제"를 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 되어 있는 규정에 대하여, 8년이상 자경농지에 대한 양도소득세등의 면제는 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니며, 그 면제신청은 양도인의 협력의무에 불과하다는 입장(대법원 97누10628, 1997.10.24)이고, 구 조세감면규제법(1991.12.27 법률 제4451호로 개정되기 전의 것) 제62조의 "국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면"의 경우 주택건설등록업자가 감면신청을 한 경우에 한하여 이를 적용한다고 되어 있는 규정에 대하여, 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 면제신청을 하지 아니한 경우에는 양도소득세등을 면제받을 수 없다는 입장(대법원 95누9822, 1997.7.8)을 취하고 있는 바, 위 판례의 사례에서 알 수 있는 바와 같이 감면신청을 한 경우에 한하여 적용한다고 한 경우처럼 감면신청이 조세감면의 필수적요건(신청감면)임이 명시된 경우에는 감면신청을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하지만, 감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 한 경우에는 감면신청이 납세자의 협력의무에 불과하다고 하여 감면을 허용(당연감면)하고 있으며, 이러한 대법원 판례의 내용에 따라 이와 같은 해석방법은 현재 조세감면신청여부에 따른 감면적용의 일반화된 해석기준으로 통용되고 있으므로 이처럼 감면신청을 필수적 감면요건으로 법령에 명시한 경우에 한하여 감면신청이 없는 경우에 대해 감면을 배제한다는 해석기준은 기술도입대가에 해당 조세면제여부의 판단에 있어서도 적용되어야 할 것이다.(국심 99경756, 1999.12.28 합동회의, 같은뜻) 따라서 청구법인이 법정기한내에 조세면제신청을 하지 아니하였다고 원천징수하여 납부한 쟁점세액에 대한 경정청구를 거부한 당초 처분은 부당하다고 판단된다.
• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.