특별부가세 감면 해당 여부

심판청구번호 국심2000전 1309(2001. 1.26) ケ망떳�개선하기 위하여 1998.12.24 법인소유의 경기도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ읍 ○○○리 ○○○ 대지 8,120㎡외 2필지 28,970㎡(이하 "쟁점토지"라 한다) 등을 청구외 (주) ㅇㅇ(경상북도 ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○, 이하 "청구외법인"이라 한다)에게 4,141,935,000원에 양도하고 1999.3.31 청구법인의 1998.1.1∼1998.12.31 사업연도 법인세신고당시 구 조세감면규제법 제40조의 3 제1항에 의하여 특별부가세 796,484,910원을 면제대상으로 신고하였으나 쟁점토지 양도가 구 법인세법시행령 제43조 의 2 제1항 및 제3항에 규정된 비업무용부동산의 양도에 해당되므로 구 조세감면규제법 제40조의 3 제1항 및 제77조의 규정에 의하여 특별부가세면제대상이 아니라는 감사원의 감사지적에 따라 2000. 2. 8. 청구법인이 이미 면제받은 법인세특별부가세 744,249,210원의 면제를 배제하고 1998.1.1∼1998.12.31사업연도 법인세(특별부가세) 759,675,470원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 4. 28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지는 양도일 현재 법인세법시행규칙 제18조 제4항 에 규정된 비업무용부동산의 요건에 해당되지 아니하고 또한 고유목적사업에 직접 사용하였으므로 구 조세감면규제법 제40조의 3 제1항 제1호 규정에 의하여 쟁점토지 양도소득에 대한 법인세특별부가세가 면제되어야 한다.

(2) 법인의 비업무용부동산매각을 통한 구조조정을 촉진하기 위하여 1998.8.22 개정된 구 법인세법시행규칙의 개정취지에 비추어 볼 때 쟁점토지의 경우 비업무용부동산에서 제외되는 것이고, 또한 재정경제부의 구 법인세법시행규칙 개정목적 및 주요골자는 정부의 정책을 이해관계자에게 명확하게 설명하고 그 내용을 이해시키는 자료라는 점에서 이를 근거로 하여 청구법인이 양도한 쟁점토지에서 발생하는 소득에 대하여 신뢰보호원칙상 법인세특별부가세를 면제하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지를 1981.12.30 취득한 날부터 양도일까지 업무와 관련하여 직접 사용하지 아니하고 보유하다가 양도하였으며 재무구조를 개선하기 위하여 양도대금으로 금융기관부채를 상환하였으나, 구 법인세법시행규칙 제18조 제4항 에 규정된 비업무용부동산에 해당되는 것이므로 구 조세감면규제법 제40조의 3 제1항 제1호의 요건에 맞지 아니하여 쟁점토지 양도소득에 대한 특별부가세면제를 배제한 처분은 달리 잘못이 없다.

(2) 과세요건내용에 관한 확장해석이나 유추해석을 허용하지 아니하는 조세법률주의 원칙상 개정된 조세특례제한법시행령부칙 제1조 내지 제2조에 1999.1.1부터 시행하되 특별부가세에 관한 개정된 규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있기 때문에 쟁점토지의 경우 그 적용대상에서 제외되고, 청구법인이 재정경제부 조세정책자료에 근거하여 쟁점토지를 양도하였다 하더라도 그러한 사정만으로 신뢰보호의 원칙을 적용하여 특별부가세를 면제할 수는 없다.

• 가. 쟁 점

1. 쟁점토지의 양도가 비업무용부동산의 양도에 해당되어 구 조세감면규제법 제40조의 3 제1항 제1호 요건을 충족하지 못하여 특별부가세면제가 배제되는 것인지 여부 및

2. 재무구조를 개선하기 위하여 재정경제부 정책설명자료에 근거하여 양도한 쟁점토지의 양도를 관련법령의 입법취지 또는 신뢰보호의 원칙에 의하여 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령

1. 구 조세감면규제법(1998.12.28 법률 제5584호로 전면 개정되기 전의 것) 제40조의 3【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】 제1항에 "대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. (단서생략)"고 규정하면서 제1호 내지 제3호에는 "1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것.(단서생략)", "당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구(이하 '금융기관협의회'라 한다)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것", "부동산양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환적립금으로 적립할 것"이라고 각 규정되어 있다.

2. 구 조세감면규제법시행령(1998.12.31 대통령령 제15976호로 전면 개정되기 전의 것) 제37조의 3【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】 제6항에는 "법 제40조의 3 제1항 단서 및 동항 제1호에서 '대통령령이 정하는 사업용부동산'이라 함은 당해 법인 또는 자구금융기관의 사업에 사용되는 부동산으로서 법인세법시행령 제43조 의 2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 해당하지 아니하는 것을 말한다."고 규정하고 있다.

3. 구 법인세법시행령(1998.12.31 대통령령 제15970호로 전면 개정되기 전의 것) 제43조의 2【지급이자의 손금불산입】 제1항에 "법 제18조의 3 제1항 제1호에서 '대통령령이 정하는 것'이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 '비업무용부동산 등'이라 한다)을 말한다."라고 규정하고 있고, 제3항에 "제1항의 규정에 비업무용 부동산 등의 판정기준에 관하여는 재정경제부령으로 정한다."고 규정하고 있다.

4. 구 법인세법시행규칙(1999.5.24 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것) 제18조【지급이자의 손금불산입】 제4항에 "다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제2항 및 제3항의 규정에 의한 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 본다."고 규정하면서 제20호 내지 제21호에 "제11호의 규정에 의한 임대용 부동산 외에 당해법인 외의 자가 주로 사용하는 부동산", "제2항 또는 제4항 제12호에 규정된 기간 내에 조세감면규제법 제40조의 3 제1항 또는 제40조의 9 제1항의 규정에 의한 요건을 갖추어 양도하는 부동산"이라고 각 규정하고 있다.

5. 조세특례제한법(1998.12.28 법률 제5584호로 전면 개정된 것) 제37조【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】 제1항에 "대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획(생략)에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다(단서생략)."라고 규정하면서 그 제1호에 "1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것"이라고 규정되어 있다.

6. 조세특례제한법시행령(1998.12.31 대통령령 제15976호로 전면 개정된 것) 제34조【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】 제5항에 "법 제37조 제1항 단서 및 동항 제1호에서 '대통령령이 정하는 사업용부동산'이라 함은 당해 법인 또는 자구금융기관이 재무구조개선을 위하여 양도하는 모든 부동산을 말한다."라고 규정하고 있으며, 그 부칙 제1조【시행일】에 "이 영은 1999.1.1부터 시행한다.(생략)"고 규정되어 있고, 그 제2조【일반적 적용례】 제2항에 "이 영 중 양도소득세·특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다."라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점 1)에 관하여 본다. 청구법인은 쟁점토지가 업무용부동산에 해당되므로 같은 토지의 양도에 대한 특별부가세를 면제하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

• 가) 청구법인은 조경식재업 및 농업관련서비스업 등을 목적사업으로 하는 영리중소기업법인으로 청구법인과 청구외법인이 체결한 쟁점토지 등의 매매계약서(1998.12.17 계약)를 보면 청구법인이 쟁점토지 이외에 경기도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ○○○리 ○○○ 도로(용지) 외 3필지 5,133㎡(이하 "쟁점토지 등"이라 한다, 쟁점토지를 제외한 나머지 도로는 법인세특별부가세 감면배제대상에서 제외)를 청구외법인에게 계약금 742,000,000원, 잔금(12. 24.) 3,399,935,000원에 양도하고 1999.1.13 청구외법인 앞으로 소유권이전등기된 내역이 나타나고, 건축허가신청서 및 허가서에 의하면 청구외법인이 청구법인의 사전 사용승낙을 받아서 청구외 ㅇㅇ시장에게 쟁점토지 등의 지상에 교육연구시설용 건물(연면적 21,991.62㎡, 지상 8층·지하 1층, 이하 "쟁점연구소"라 한다)의 신축허가를 신청하여 1997.6.11 건축허가를 받아 쟁점연구소를 신축 중인 점 및 청구법인이 금융기관협의회의 승인을 얻은 재무구조개선계획에 따라 쟁점토지 등의 매매대금으로 청구법인의 금융기관에 대한 부채를 상환한 사실 등에 관하여 달리 다툼이 없다.
• 나) 위 사실관계와 등기부등본을 보면 쟁점토지는 1998.6.11 지목이 임야에서 대지로 변경되었고 1997.6.11 건축허가를 받아 또한 양도당시 청구외법인이 쟁점연구소를 신축 중이었으므로, 청구법인이 아니라 청구외법인이 쟁점연구소를 건축하고 있는 쟁점토지는 임대용 부동산이 아닌 부동산으로 이를 보유한 법인 외의 자가 주로 사용하는 부동산에 해당되어 구 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제20호 규정에 의한 비업무용부동산으로 보아야 할 것이므로, 구 조세감면규제법 제40조의 3 제1항 제1호의 요건에 해당되지 아니하여 쟁점토지의 양도소득에 대한 특별부가세면제를 배제 하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

2. 쟁점 2)에 관하여 본다. 청구법인은 재무구조를 개선하기 위하여 재정경제부 정책설명자료에 의하여 쟁점토지를 양도한 것이므로 관련법령의 입법취지 및 신뢰보호원칙에 따라 특별부가세가 면제되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

• 가) 청구법인은 1998.8.22 개정된 구 법인세법시행규칙 개정내용에 대한 해설자료 중 개정이유 및 주요골자에 기업의 구조조정을 촉진하기 위하여 법인이 1999년 12월 31일까지 구조조정을 위하여 부동산을 매각하거나, 다른 법인 또는 개인이 구조조정을 위하여 매각하는 부동산을 취득하는 경우 당해 부동산을 비업무용부동산에서 제외하도록 한다는 내용에 따라 쟁점토지를 양도한 청구법인의 경우 개정규칙의 입법취지 및 그에 대한 일반의 신뢰보호 등을 감안할 때 쟁점토지 양도는 특별부가세감면 대상에 해당된다고 청구법인은 주장하고 있다.
• 나) 그러나 쟁점 1)에서 본 바와 같이 쟁점토지는 양도당시 비업무용부동산이었기 때문에 구 조세감면규제법 제40조의 3 제1항 제1호의 규정을 적용할 수 없고, 또한 개정된 조세특례제한법시행령 제34조 제5항 및 같은 영 부칙 제1조와 제2조 제2항을 모아 보면 법인이 1997년 6월 30일 전에 취득한 부동산으로 재무구조개선을 위하여 1999년 12월 31일 이전에 양도하는 때 당해 법인이 보유한 모든 부동산에 대하여 법인세특별부가세를 면제하는 것이지만 1999.1.1 이후 최초로 양도하는 부동산부터 적용하는 것이므로 1998.12.24 양도한 쟁점토지는 적용대상에서 제외되는 것이고, 또한 재정경제부 정책설명자료는 개정취지 및 개정이유를 언급한 것이며 구체적인 시행시기 및 법적 적용요건 등의 공적인 견해까지 표명한 것은 아니기 때문에 이를 믿고서 양도한 사유만으로 신뢰보호의 원칙을 적용할 수는 없는 것이므로 청구법인의 주장은 이를 받아들일 수 없다 할 것이다.
• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.