허가권자인 시장의 위탁으로 허가를 받은 것으로 보아 부가가치세면세라고 결정함
허가권자인 시장의 위탁으로 허가를 받은 것으로 보아 부가가치세면세라고 결정함
심판청구번호 국심2000전 1102(2000.12.22) 기분 부가가치세 15,627,989원, 1995년 1기분 부가가치세 38,331,210원, 1995년 2기분 부가가치세 35,818,333원, 1996년 1기분 부가가치세 24,219,047원, 1996년 2기분 부가가치세 97,020,900원, 1997년 1기분 부가가치세 81,318,903원, 1997년 2기분 부가가치세 106,249,077원, 1998년 1기분 부가가치세 67,454,344원, 1998년 2기분 부가가치세 150,604,947원, 1999년 1기분 부가가치세 57,830,743원은 청구법인의 폐기물처리 운영·관리대행분에 대한 공급가액 3,803,672,470원(1994년 2기분 120,215,332원, 1995년 1기분 131,636,724원, 1995년 2기분 88,870,727원, 1996년 1기분 160,284,841원, 1996년 2기분 406,521,532원, 1997년 1기분 499,284,218원, 1997년 2기분 535,489,518원, 1998년 1기분 413,772,458원, 1998년 2기분 1,005,555,754원, 1999년 1기분 442,041,368원)을 과세표준에서 차감하여 경정하고,
2. 같은날 청구법인에게 고지한 1997사업년도분 법인세 844,349,295원 및 농어촌특별세 18,276,090원과 환급세액으로 결정한 1994사업년도분 법인세 5,006,208원 및 농어촌특별세 312,888원, 1995사업년도분 법인세 14,259,527원 및 농어촌특별세 570,381원, 1996사업년도분 법인세1,261,565,052원 및 농어촌특별세 30,900,382원, 1998사업년도분 법인세 443,219,495원은 위 부가가치세 상당액으로 익금불산입한 1994년부터 1998년까지의 금액 336,163,109원(1994사업년도분 12,021,533원, 1995사업년도분 22,050,745원, 1996사업년도분 56,680,637원, 1997사업년도 103,477,374원, 1998사업년도분 141,932,820원)은 익금산입하여 경정하며,
3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
청구법인은 지방공기업법(제49조)과 ○○○시 ○○○공사설치조례에 의하여 ○○○시가 100% 출자한 지방공기업으로 1993.2.25. 설립되어 부동산개발 등 자체사업과 생활폐기물처리업 등 ○○○시 자치단체 대행사업을 영위하는 법인으로서, ○○○시 ○○○구 ○○○단지내의 쓰레기소각장 등 폐기물처리시설의 건설대행 및 동 시설의 운영·관리대행 계약을 ○○○시와 체결하여 발생한 대행용역의 수입금액에 대하여 부가가치세와 법인세를 신고하면서 1996년까지는 폐기물처리와 관련한 대행사업 전체를 부가가치세 면세대상으로 하여 신고하였는 바, 오다가 종합재활용대행수입 수수료 중 1997년부터 1999년 1기분까지의 공급가액 204,124,410원은 부가가치세 과세되는 용역으로 신고한데 대하여 1999.9월경 ○○○지방국세청에서 청구법인에 대한 법인세조사를 한 결과, 폐기물처리와 관련한 대행용역 전체(이하 "쟁점1의 전체대행용역"이라고 한다)가 부가가치세 과세대상이 된다 하여 1994년 2기분 부터 1999년 1기분 까지의 쟁점1의 전체대행용역의 공급가액 5,338,376,411원(공급대가 5,872,214,052원) 중 청구법인이 과세대상으로 신고한 위 공급가액 204,124,410원을 차감한 공급가액 5,134,252,001원을 부가가치세 신고가 누락한 것 등으로 하여 경정하고, 위 공급대가 5,872,214,052원에서 청구법인이 부가가치세 과세대상으로 신고한 공급대가 224,536,851원(공급가액 204,124,410원과 그에 상당하는 부가가치세액 20,412,441원을 합한 금액임)이 차감되어 법인세 수입금액으로 계상된 5,647,677,201원과 공급가액 5,134,252,001원과의 차액 부가가치세상당액 513,425,200원은 각 사업연도 소득금액에서 익금불산입하였으며, 한편, ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○외 4필지 임야 및 전 692,510㎡(이하 "쟁점2의 토지"라고 한다)가 비업무용부동산에 해당된다 하여 관련지급이자 97,317,787원(1996사업년도분 33,121,971원, 1997사업년도분 30,953,013원, 1998사업년도분 33,242,803원)을 손금불산입하고, 수입이자 111,704,640원(1997년분 46,624,570원, 1998년분 65,080,070원. 이하 "쟁점3의 약정이자"라고 한다.)를 익금산입하는 등 관련법인세를 경정하여 처분청에 통보하자, 처분청은 청구법인에게 다음과 같이 1994년 2기분 부가가치세는 2000.1.20. 고지하고 나머지 부가가치세 및 법인세는 2000.2.10 고지 또는 환급경정한데 대하여 청구법인은 2000.4.18. 본 심판청구를 제기하였다. [고지세액] (부가가치세) 1994년 2기분 15,627,989원, 1995년 1기분 38,331,210원, 1995년 2기분 35,818,333원, 1996년 1기분 24,219,047원, 1996년 2기분 97,020,900원, 1997년 1기분 81,318,903원, 1997년 2기분 106,249,077원, 1998년 1기분 67,454,344원, 1998년 2기분 150,604,947원, 1999년 1기분 57,830,743원 (법인세) 1997사업년도분 법인세 844,349,295원 및 농어촌특별세 18,276,090원 [환급세액] (법인세) 1994사업년도분 법인세 5,006,208원 및 농어촌특별세 312,888원, 1995사업년도분 법인세 14,259,527원 및 농어촌특별세 570,381원, 1996사업년도분 법인세 1,261,565,052원 및 농어촌특별세 30,900,382원, 1998사업년도분 법인세 443,219,495원.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 폐기물관리법 제26조 제1항 의 규정에 의하여 폐기물처리업(운반·수집) 허가를 받아 생활폐기물 운반처리업을 수행하고 있으며, 또한 환경부장관으로부터 폐기물관리법에 의하여 광역일반폐기물 처리시설의 설치 또는 운영을 위탁받을 수 있는 자로 지정을 받아 ○○○시로부터 매립장과 소각장등의 설치 및 운영관리업무를 위탁받아 폐기물관리법 제26조 의 폐기물종합처리업을 수행하고 있는데, 처분청에서 허가를 받은 생활폐기물운반처리용역은 부가가치세가 면세되는 것으로 인정하였으나, ○○○시로부터 매립장과 소각장의 설치 및 운영관리를 위탁받아 수행한 폐기물종합처리에 대한 용역은 허가를 받지 않았다 하여 부가가치세 과세대상으로 보아 과세하였는 바,
① 폐기물처리업에 대한 허가권자는 ○○○시장인데 그 허가권자가 수행하여야 할 사업을 폐기물관리법 제5조 및 같은법시행규칙 제3조의 광역폐기물처리시설운영의 위탁자로 지정을 받은 자는 폐기물처리업 허가없이 위탁받은 폐기물처리시설을 운영할 수 있다는 규정에 따라 ○○○시와 위탁대행 계약을 체결하여 이를 수행하면서 지휘·통제를 받고 있어 실질적으로 허가를 받은 것이나 다름이 없으므로, 폐기물처리시설의 건설대행용역을 포함한 "쟁점1의 전체대행용역"은 부가가치세가 면제되는 기타 의료보건용역 중 생활폐기물처리업에 해당되므로 부가가치세가 과세되어서는 아니되며,
③ 설령 그렇치 아니하더라도 대행수수료로 받은 소각장등 건설대행집행비의 2.5% 상당액 1,650,051,735원(공급대가)과 소각장등 운영·관리비의 10% 상당액 1,566,478,208원(공급대가)만 과세되어야 하는데도 건설대행부문의 시설부대비인 여비 38,122,600원(공급대가)과 소각장등의 운영·관리부문의 인건비등 2,617,561,509원(공급대가)을 용역의 대가에 포함하여 과세하였으나 이들 여비등은 ○○○시로부터 철저히 통제되어 청구법인이 마음대로 할 수 없는 것이고 대행사업을 하면서 집행된 비용 중 일부로써 청구법인이 용역수행대가로 받은 것이 아니므로 부가가치세 과세표준에 포함되어서는 아니되며,
(2) 청구법인이 "쟁점2의 토지"를 취득하여 구 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호 규정의 유예기간내 청구법인의 업무에 직접 사용하지 않은 점은 사실이나, 비업무용부동산에 해당되려면 유예기간의 경과 여부를 판단하기 이전에 구 법인세법 제41조 제1항 제1호 에서 "…지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것으로 인정되는 부동산으로서 …"라고 규정하고 있어 비업무용부동산에 해당되기 위해서는 "지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위한 목적"이 있어야 하는데 "쟁점2의 토지"는 대가를 지급하고 취득한 것이 아니라 증여받은 것이므로 이는 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 볼 수 없으므로 비업무용부동산에 해당되지 않으며,
(3) ○○○시로부터 출자금으로 승계받은 ○○○시 ○○○공영단이 사무실로 임차하여 사용하던 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 소재 ○○○빌딩의 임차보증금을 조기회수할 목적으로 지연되는 기간에 일정률의 이자를 가산하여 지급하도록 약정을 하였으나, 임대인이 사실상 파산한 상황에서 지급능력이 없어 약정이자는 물론이고 원금마저도 지급받지 못하였는데, 처분청은 "쟁점3의 금액"을 약정에 의해 임차보증금이 소비대차로 전환되에 이에 대한 이자수입으로 보아 익금산입하였으나, 사실은 소비대차로 전환된 것이 아니라 임차보증금회수를 조기에 할 목적으로 지체상금을 약정한 것에 불과한 것이며, 그 지체상금의 손익귀속시기는 구 법인세법 제43조 의 규정에 따라 기업회계기준 또는 관행에 따라야 하는데, 기업회계기준등에 관한 해석 55-67에는 "회수가 불확실한 경우에는 채권으로부터 발생한 이자수익을 인식하지 아니한다" 라고 되어 있는바, 이 내용에 따라 수익의 인식시기를 판단하여야 할 것이므로 "쟁점3의 금액"을 익금가산하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
(1) 부가가치세 면제대상의 요건으로 규정하고 있는 부가가치세법시행규칙 제11조 의 2 제4호에서 "폐기물관리법에 의하여 생활폐기물의 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역"이라고 하고 있는 바, 청구법인의 폐기물처리업에 대한 허가증을 보면, 업종은 "폐기물처리업(수집·운반)"으로 되어 있고, 영업대상폐기물은 "생활폐기물"로 되어 있으므로 청구법인은 폐기물관리법 제26조 제3항 제1호 규정의 폐기물수집운반업에 대하여서만 허가를 받은 것이고 그외 폐기물처리업에 대하여서는 허가를 받지 않았으므로 ○○○시로부터 위탁받아 수행한 폐기물처리시설(매립장 및 소각장등)의 건설과 동 시설의 운영관리의 대행용역은 부가가치세가 면제되지 않으며, 특히 매립장 및 소각장등의 건설대행용역은 부가가치세법 기본통칙 4-2-1…12에서도 면세하지 아니한다고 규정하고 있어, 이들 대행수수료로 받은 쟁점(1)의 금액을 공급가액으로 환산하여 부가가치세 신고누락으로 보아 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당하고, 청구법인은 설립 및 사업의 특성상 청구법인의 모든 예산편성 및 집행과 그 결과에 대해 ○○○시로부터 구체적인 통제를 받고 있으나, ○○○시와는 독립된 실체로서 ○○○시의 대행사업과 자체수익을 영위하는 이익을 얻는 법인으로 폐기물처리장에 종사하는 "청구법인 직원의 인건비 등"은 "대행수수료(이윤)"를 얻기 위해 발생되는 원가를 구성하는 금액으로 청구법인의 사용인에게 지급하는 보수 등이며 청구법인은 위 ○○○시 대행사업을 수행하는 대가로 이윤과 원가의 합계액을 지급받은 것이므로 "인건비 등"을 부가가치세 과세표준금액에 포함하여 과세한 당초 처분은 정당하고,
(2) "쟁점2의 토지"는 공익목적으로 무상으로 증여받은 자산으로서 지가상승을 목적으로 유상취득하지 아니하였다 하더라도 당해 토지의 취득 후 1년이내의 유예기간인 1996.7.3.까지 업무에 사용하지 아니 하였으므로 취득시점부터 비업무용부동산으로 판정하여 관련지급이자를 부인한 처분은 정당하며,
(3) 청구법인은 ○○○시 ○○○사업단이 임차해 있던 ○○○빌딩에 대한 임차보증금 550,000,000원을 1995.6.30. 승계합의약정에 따라 인수하여, 1996.1.24. 임대인인 (주)○○○빌딩과 건물임대차 계약보증금 반환에 대한 약정을 체결하면서 계약보증금 반환일과 채권총액을 319,820,540원으로 하였는 바, 1996.7.16.에는 그때까지 회수하지 못한 채권 200,000,000원에 대하여 이자 연 12.25% 와 지연손해금 연 2할5푼을 받을 수 있도록 약정을 하여 공증까지 받았으나, 당초 약정한 반환일까지 반환이 이루어지지 않자, 1997.6.17. ○○○지방법원으로부터 공증증서작성시 연대보증인인 청구외 이○○○의 지분소유 부동산들에 대하여 가압류결정(97카단9266)을 받았으며, 그 후에도 1997.7.1. 1997.11.1. 1998.3.31. 98.12.30. 각 약정시 마다 미회수된 이자를 포함하여 전체금액을 임차보증금 채권액으로 하여 임대차보증금 반환 지급을 약정하였으므로 동 지급약정서상에 채무액으로 증액된 이자상당액인 "쟁점3의 약정이자"를 수입이자로 보아 익금가산한 당초처분은 정당하다.
(1) 청구법인의 폐기물처리시설의 건설대행과 동 시설의 운영대행용역이 부가가치세 면세대상인지의 여부
(2) 수증받은 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지의 여부
(3) 승계받은 임차보증금 채권에 대한 쟁점 약정이자를 수입이자로 보아 법인세를 과세한 처분의 합당 여부
(1) 쟁점(1)에 대한 심리 및 판단 (가) 관련법령 부가가치세법 제12조 [면세] 제1항에서 "다음 각호의 재화 또는 용역의공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1. ~ 3. 생략
4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액
5. 이하 생략"이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제29조[의료보건용역의 범위]에서 "법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.
1. ~ 6. 생략
7. 기타 총리령이 정하는 의료보건위생용역"이라고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제11조의 2[기타 의료보건위생용역의 범위]에서 "영 제29조 제7호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 의료보건위생용역은 다음의 용역으로 한다.
1. ~ 3. 생략
4. 폐기물관리법에 의하여 일반폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 일반폐기물처리용역"이라고 규정하고 있다가 그 제4호는 1997.5.31. 총리령 제641호로 "폐기물관리법에 의하여 생활폐기물의 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역"으로 개정되었다. (나) 심리 및 판단
① 사실관계 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업의 구분 및 허가사항에 대하여 보건대, 그 제2조(용어의 정의) 제1호 내지 제4호에 의하여 폐기물의 종류을 구분하여 보면 폐기물은 생활폐기물과 사업장폐기물로 구분되고, 사업장폐기물은 지정폐기물과 기타 폐기물로 세분되며, 폐기물처리업의 개념과 종류에 대하여 같은법 제26조 제1항에서 폐기물처리업을 "폐기물의 수집·운반 또는 처리를 하는 업"으로 규정하고 있고, 같은조 제2항의 규정에서 폐기물처리업의 업종구분과 영업내용을 폐기물수집·운반업, 폐기물중간처리업, 폐기물최종처리업, 폐기물재생처리업, 폐기물종합처리업으로 분류하고 있다. 폐기물처리업의 허가 관련사항을 보면, 같은법 제26조 제1항에서 폐기물처리업으로 하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 기준에 의한 시설·장비·기술능력·자본금을 갖추어 업종별로 시·도지사의 허가를 받도록 하고 있고, 같은법 제5조에 의하면 광역폐기물은 환경부장관, 시·도지사 및 시장·군수·구청장은 2이상의 시·도 또는 시·군·구에서 발생되는 폐기물을 광역폐기물처리시설(지정폐기물공공처리시설 포함)을 단독 또는 공동으로 설치·운영할 수 있고 총리령이 정하는 자에게 설치 또는 운영을 위탁할 수 있으며, 같은법 제13조(생활폐기물의 처리등)에서는 시장·군수 등이 관할구역안에서 배출되는 생활폐기물을 수집·운반·처리하여야 하는데 이를 폐기물처리업 허가를 받은 자로 하여금 대행할 수 있도록 규정하고 있는 점으로 보아 생활폐기물 수집·운반업을 허가 받은자도 엄밀히 말하면 그 수집운반업무도 시장등이 해야할 업무를 대행하는 것으로 보이며, 청구법인의 허가폐기물처리업허가증에 의하면 위 폐기물관리법 제26조 제2항 제1호 규정의 "폐기물수집·운반업"만 허가를 받은 것으로 보이고 이에 대한 청구법인의 용역은 부가가치세가 면제적용되었으며 이점에 대하여는 다툼이 없다. 본 청구의 다툼의 용역은 청구법인이 같은법시행규칙 제3조의 규정에 의하여 1994.1.29. 환경부장관으로부터 광역폐기물처리시설의 설치·운영의 위탁자로 지정(환경처 고시 제1994-6호)받아 같은법 제5조 제2항 규정에 따라 ○○○시로부터 위탁받은 대행사업에 대한 허가를 받지 않았다고 하여 다투고 있다. 다툼의 대상인 청구법인의 대행사업을 살펴 보건대, 우선 건설대행사업과 관련한 "○○○시 쓰레기 소각시설 건설사업위탁변경협약서"의 의하면 위탁업무내용으로 설계·시공·감리에 관한 사항, 본사업추진과 관련한 인·허가 및 타기관과의 협조사항, 기타 ○○○시장의 필요에 의하여 청구법인에게 요구하는 사항으로 하고 있고, 위탁비용은 ○○○시장이 부담하며, 비용의 범위는 시설비, 감리비, 기타 부대비용 및 대행수수료로 하며, 그 대행수수료는 시설비 집행액의 2.5%로 하도록 하고 있는데 이와 같은 내용은 그외 건설대행계약에서도 같은 것으로 보인다. 한편, 폐기물처리시설의 운영·관리대행사업과 관련한 "○○○시 쓰레기소각장 운영·관리 위탁 협약서"에 의하면 위탁대행사업으로 ○○○시 쓰레기소각장 운영·관리, 쓰레기소각장 시설전반에 대한 안전조치 및 관리, 소각장건설 및 관리와 관련된 자재관리를 위탁대행사업으로 하고, 위탁수수료는 위탁사업비 집행액(자산취득비 제외)의 10%범위내로 지급하며, 청구법인은 위탁사무전반에 대하여 ○○○시장의 지시 및 감독을 받도록 하고 있으며, 그외 매립장등의 운영·관리대행사업도 이와 같은 내용의 약정을 하고 있는 것으로 보인다. 위와 같은 내용으로 보아 청구법인의 쓰레기 소각장 및 쓰레기 매립장등의 운영·관리에 관한 대행사업은 폐기물처리업 중 폐기물종합처리업의 성격인 것으로 보이며, ○○○시에서도 1999.12.28.환경부장관에게 청구법인의 "폐기물처리시설에 대한 허가 여부 질의"시 폐기물종합처리업으로 보고 있다. 그리고 위와같이 처리하는 폐기물은 생활폐기물을 처리한다는 점은 다툼이 없는 것으로 보인다. 처분청은 청구법인의 위 대행사업 중 쓰레기처리시설 건설대행사업은 부가가치세가 면제되는 의료보건위생용역 중 폐기물처리업으로 보지 아니하였고, 폐기물처리시설의 운영·관리대행사업은 허가를 받지 않았다고 하여 부가가치세를 과세하였으며, 그 과세표준에는 청구법인이 받은 각 대행수수료와 대행사업의 집행비 중 건설대행분은 건설부대비 중 청구법인의 종사직원의 여비를 포함하였고, 운영·관리대행분에 대하여는 청구법인의 종사직원의 임금, 복리후생비, 퇴직금등 인건비를 포함하였다.
② 판단 ㉮ 먼저, 청구법인의 폐기물처리시설의 건설대행용역이 부가가치세가 면제되는 의료보건위생용역인지를 보건대, 동 대행용역은 폐기물처리시설의 운영·관리대행용역을 수행하면서 필수적으로 부수되는 용역이 아니고 별도 독립된 용역으로 보여지므로 부가가치세가 면제되는 의료보건위생용역에 해당되지 않는다(부가가치세법 기본통칙 12-29-1 같은 뜻) 하겠고, 건설대행사업의 집행비 중 건설부대비용인 종사직원의 여비는 청구법인이 대행수수료(이윤)을 얻기 위해 종사직원이 활동하면서 지출한 원가이고, 청구법인은 결과적으로 건설대행용역의 대가로 대행수수료와 여비를 지급받은 것이 되므로 처분청이 부가가치세 과세표준에 종사직원의 여비를 포함한 것은 달리 잘못이 없다고 하겠다. ㉯ 다음, 청구법인의 폐기물처리시설의 운영·관리 대행사업을 보건대, 부가가치세법시행규칙 제11조 의 2 제4호 규정에서 폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역은 부가가치세가 면제된다고 하고 있는 바, "허가"를 해석함에 있어서 용어에 의한 형식적 기준이 아니라, 실질적으로 그 지도·감독을 받는 관계에 있거나 지휘·감독을 받은 사실이 있는 때에는 허가를 받은 것으로 보아야 할 것(국심 87서 1858, 1988.2.3. 국세청 부가 46015-681, 1997.3.28. 같은 뜻)으로서 청구법인이 이들 사업에 대하여는 허가를 받지 아니 하였으나, 앞서 본 바와 같이 본대행사업은 허가권자인 ○○○시장으로부터 위탁받아 지도·감독을 받아 본 대행업무를 수행하였으므로 허가를 받아 수행하는 것과 그 실질은 같은 것으로 보여 진다. 따라서 청구법인의 폐기물처리시설의 운영·관리 대행용역은 부가가치세가 면제되어야 할 것이므로 처분청이 1994년 2기분부터 1999년 1기분까지 폐기물처리시설의 운영·관리 대행용역의 대가(대행수수료와 종사직원의 인건비 등)로 보아 과세한 공급가액 합계액 3,803,672,470원은 부가가치세 과세표준에서 차감되어야 할 것이고, 법인세경정시 각사업연도 소득금액에 익금불산입한 부가가치세상당액 336,163,109원은 익금산입되어야 할 것이다.
(2) 쟁점 (2)에 대한 심리 및 판단 (가) 관련법령 구법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 전면 개정되기전의 법률임) 제18조의 3[지급이자의 손금불산입] 제1항에서 "다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하고 있는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것
2. 이하 생략"이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제43조의 2[지급이자의 손금불산입] 제1항에서 "법 제18조의 3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 '비업무용부동산등"이라 한다)을 말한다.
1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산
2. 이하 생략" 이라고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제18조[지급이자의 손금불산입] 제3항에서 "영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 '비업무용부동산등'이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.
1. 부동산(제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산. 단서규정 이하 생략" 이라고 규정하고 있다. (나) 심리 및 판단 "쟁점2의 토지"는 1995.7.3. ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 소재 ○○○송씨 ○○○공파 종중으로부터 증여계약에 의하여 청구법인이 수증받아 1995.7.15. 등기 취득하였음이 "등기권리증서"에 의하여 확인되고 유예기간인 1년이내는 물론 1999.9월경 ○○○지방국세청의 이건 조사당시까지도 업무에 직접 사용하지 않고 있는 사실은 다툼이 없다. 청구법인이 증여에 의하여 취득한 것으로 지가상승의 목적이 없으므로 비업무용부동산이 아니라고 주장하는 점에 대하여 보건대, 비업무용부동산에 해당되는 요건으로 앞서 본 구 법인세법 제18조 의 3 제1항 본문 규정에서 취득하거나 보유하고 있어야 되는데, 이때 그 취득이 유상취득만 한정한다는 별도 규정이 없으므로 증여에 의하여 취득하였던지 유상으로 취득하였던지 관계없이 모두 해당되는 것으로 보이고, 같은조 같은항 제1호에서 "당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용 실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것으로 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것"으로 규정하고 있는데, 여기서 ① 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나, ② 업무에 직접 사용하고 있다 하더라도 그 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것 중 둘중 어느 하나만 해당되면 가능한 것으로 보이므로 무상으로 수증받은 부동산이라 하더라도 1년 이상 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에도 비업무용부동산에 해당된다고 할 것(국심 93광 2259호, 1993.12.28. 같은 뜻)이므로 같은법시행령 제43조의 2 제1호 및 같은법시행규칙 제18조 제3항 제1호규정의 유예기간인 1년이내 청구법인의 업무에 직접 사용하지 않았으므로 비업무용부동산으로 본 처분청의 처분은 적법하다고 판단된다.
(3) 쟁점(3)에 대한 심리 및 판단 (가) 관련법령 구 법인세법 제17조 [손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산] 제1항에서 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다."고 규정하고 있고, 같은법시행령 제35조[손익의 귀속사업연도] 제1항에서 "법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다.
1. ~ 7. 생략
8. 제1호 내지 제7호의 경우에 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 재정경제부령이 정하는 바에 의한다."고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제14조의 4[손익의 귀속사업연도 등] 제2항에서 "영 제36조 제1항 제8호의 규정을 적용함에 있어서 제1항에 규정하는 법인외의 법인의 이자소득의 귀속사업연도는 소득세법시행령 제45조 의 규정에 의한 수입시기가 속하는 사업연도로 한다."라고 규정하고 있고, 한편, 소득세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15969호로 개정되기 전의 시행령임) 제45조[이자소득의 수입시기] 제1항에서 "이자소득에 대한 총수입금액의 수입시기는 다음 각호에 규정하는 날로 한다.
1. ~ 9. 생략 9의 2. 비영영대금의 이익 약정에 의한 이자지급일. 다만, 이자지급일의 약정이 없거나 약정에 의한 이자지급일 전에 이자를 지급하는 경우에는 그 이자지급일로 한다.
10. 이하생략"이라고 규정하고 있다. (나) 심리 및 판단 청구법인이 제시하는 증거서류에 의하면 쟁점3의 약정이자금액이 발생하게 된 동기는 청구외 (주)○○○빌딩 소유인 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 소재 4층건물에 임차보증금 550,000,000원에 임차하여 사용하던 ○○○시 ○○○공영단이 1996.2.23. 청구법인에 자산·부채를 인계하고 그 순자산을 출자금으로 전환하면서 동 임차보증금에 대한 채권이 청구법인에 승계됨에 따라 이를 회수하기 위하여 청구법인이 청구외 (주)○○○빌딩과 약정한 것으로서, 제시된 증거서류 중 우선 1996.1.24.자의 "건물임대차 계약보증금 지급약정서"에 의하면 1996.5.30. 청구법인과 청구외 법인이 상호합의하에 1995.12.31.까지 임차보증금을 받기로 약정하였으나, 1996.1.8.까지 250,000,000원은 받았으나, 나머지 300,000,000원에 대하여는 1996.1.24. 연리 13.25%를 적용한 이자 19,820,540원을 합한 채권(채무)총액 319,820,540원을 1996.6.30까지 받기로 약정하였고, 1997.7.1.자의 "건물임대차 계약보증금 지급약정서"에 의하면 1997.6.30.(1억원)과 1997.7.31.(1억원)에 임차보증금을 반환하기로 하였으나 반환되지 않았으므로 이자 34,133,410원(연리 25%, 1997.3.1.~ 1997.5.31.까지의 이자에 대한 연체이자율 18% 포함)을 포함한 "임대차보증금반환채무액" 234,133,410원을 1997.10.31.까지 반환하기로 약정되었으며(본 약정이전에 위 1996.1.24. 이후 약정이 더 있었던 듯함), 1997.11.1.자 "건물임대차 계약보증금 지급약정서"에 의하면 이자율과 연체이자율은 변동없이 임차보증금반환 채무액 259,137,500원(원금 200,000,000원, 약정이자 54,246,490원, 연체이자 4,889,010원)을 1998.3.31.까지 반환하기로 약정되었으며, 1998.3.31.자 "건물임대차 계약보증금 지급약정서"에는 이자율은 그대로 연리 25%, 연체이자율은 23%로 하여 임차보증금반환 채무액 311,706,640원(원금 259,137,640원, 약정이자 48,810,110원, 연체이자 3,759,030원)을 1998.12.31.까지 반환하기로 약정되었으며, 1998.12.30.자 "건물임대차 계약보증금 지급약정서"에는 이자율은 연리 15%, 연체이자율은 21%로 하여 임차보증금반환 채무액 362,962,420원(원금 311,706,640원, 약정이자 46,755,910원, 연체이자 4,499,870원)을 1999.12.31.까지 반환하기로 약정되어 있다. 한편, 1996.6.17. 동 채권의 연대보증인인 청구외 이○○○의 부동산을 가압류 결정(○○○지방법원 97카단 9266)한 사실이 확인되며, 2000.7.21. 채무자인 (주)○○○빌딩과 제3채무자인 ○○○은행과 ○○○케피탈(주)에 대하여 청구금액 391,101,450원으로 하여 관리비채권을 가압류결정(○○○지방법원 2000가합809호)한 바 있으며, 2000.8.15. 위 제3채무자와 ○○○빌딩이 존속하는 기간까지 매월 (주)○○○빌딩에 납부하는 관리비의 50%씩 청구법인이 수령하는 협약을 하고 동 협약내용에 따라 수령하고 있다는 사실은 다툼이 없는 바, 이러한 사실로 미루어 보아 약정이자와 연체이자를 원본에 가산하여 연대보증인의 부동산에 대하여 가압류결정을 하고, 제3채무자에 대한 관리비채권을 가압류결정에 따라 매월 일정액씩 수령하고 있는 점으로 보아 쟁점3의 약정이자금액은 임차보증금의 채권이 소비대차로 전환되어 발생한 이자소득으로 보여지며, 그 귀속시기는 구 소득세법시행령 제45조 제9의 2호에 의거 당초 받기로 약정한 때가 되므로 처분청의 처분은 타당하다고 판단된다.
(4) 따라서, 본 심판청구는 청구법인의 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 같은법 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.