공통매입세액의 안분

심판청구번호 국심2000전 1006(2000. 7.14) 蚌�○○구 ○○○동 ○○○ 소재 학교법인 ○○○학원으로서 ○○도 ○○시 ○○○동 ○○○(○○○해수욕장 내) 소재 토지 3,626㎡ 지상에 지상건물 3층 건물 1,514.9㎡(이하 "쟁점수련관"이라 한다)를 신축(1996.7.2 준공)하였고, 상호를 "학교법인 ○○○학원"으로 하여 1995.9.20 일반과세자로 비영리수련관 및 부동산임대업사업자(○○○)로 등록하였으며 쟁점수련관을 운영하면서 1995년 제2기부터 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 쟁점수련관 신축 관련 부가가치세 매입세액(101,225,090원)은 매출세액에서 공제받지 못할 매입세액으로 보아 1999.9.16 청구법인에게 1996년 제2기 부가가치세 111,347,590원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.9.30 심사청구를 하였으며, 국세청장은 청구인의 심사청구에 대하여 2000.2.11 면세관련 매입세액(공통매입세액(수련관 신축관련 매입세액) × 면세비율)을 재계산하도록 결정함에 따라 2000.3.27 청구법인에게 1996년 제2기분 부가가치세 109,131,780원을 경정·고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2000.4.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 공통매입세액을 면세분과 과세분으로 안분하라는 국세청장의 결정은 쟁점수련관을 사용하지 아니한 기간(일수)은 모두 면세에 해당한다는 것으로서 청구법인이 학생 또는 교직원에게 쟁점수련관을 임대하면서도 사용료를 받는 등 무상으로 제공하지 아니하였고, 일반인도 언제든지 이용할 수 있도록 개방하였는데도 쟁점수련관이 교육용으로 사용되어 면세분이 있는 것으로 보아 공통매입세액을 안분하도록 하는 것은 불합리하다 할 것이다. 더욱이 수련관등의 임대시 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 근거하여 안분계산하는 것이 합리적일 경우 예외적으로 적용하는 것임에도 불구하고, 이를 확대 해석하여 사용할 때는 과세면적으로, 사용하지 아니할 때에는 면세면적으로 하는 것은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 규정을 잘못 적용한 것이다. 따라서 청구법인이 쟁점수련관 신축과 관련한 매입세액은 쟁점수련관이 임대사업등을 위하여 사용되는 용역의 공급에 해당하므로 전액 공제하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 교육사업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로서 쟁점수련관은 학교 수련관용으로 사용되는 청구법인의 부속건물이고, 불특정 다수인의 일반인들에게는 개방되지 아니하고 교직원 및 일부 교직원의 가족에게만 개방되며, 1996년부터 1998년까지 3년간의 사용료 총액이 22백만원에 불과하여 쟁점수련관의 신축금액 1,030백만원에 비추어 보면 소액이라 할 것이고, 쟁점수련관은 교육목적에 사용하는 것이 주목적이며 일부 기독교 단체 등 일반인이 이용하는 것은 극히 일부이므로 외부에 대관하지 않은 날은 교육사업에 사용되었다고 봄이 타당하고 쟁점수련관이 과세사업에만 사용되었다는 청구법인의 주장은 인정하기 어렵다.

• 가. 쟁점 학교법인인 청구법인이 운영하는 쟁점수련관의 신축공사와 관련하여 청구법인을 과세·면세 겸업자로 보아 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제12조 【면 세】제1항에서 『다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1.∼4. 생략

5. 교육용역으로서 대통령령이 정하는 것 6.∼15. 생략

16. 종교·자선·학술·구호·기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 17.∼18. 생략』라고 규정하고 있고, 같은 법 제17조 【납부세액】 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1.∼3. 생략

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제30조 【교육용역의 범위】본문에서 『법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 교육용역은 정부의 허가 또는 인가를 받은 학교·학원·강습소·훈련원·교습소 기타 비영리단체 및 청소년기본법에 의한 청소년수련시설에서 학생·수강생·훈련생·교습생 또는 청강생에게 지식·기술 등을 가르치는 것으로 한다.』라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제37조【종교·자선·학술·구호단체등이 공급하는 재화등의 범위】본문에서 『법 제12조 제1항 제16호에서 "재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역』이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】 제1항에서 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. { 면세사업에{}관} atop { 련된{}매입세액} { 면세공급가액} over { 총공급가액} =공통매입세액×』라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총 매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 이 건 사실관계 및 과세경위를 보면, 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○○동 ○○○ 소재지에 지상 3층 건물인 쟁점수련관을 신축하였고, 상호를 학교법인 ○○○학원으로 하여 1995.9.20 일반과세자(부동산임대사업자: ○○○)로 등록하고 매입과표를 1995년 제2기 289,300,000원, 1996년 제1기 430,572,000원, 1996년 제2기 292,378,930원으로 하여 이에 해당하는 부가가치세 101,225,090원을 매입세액 공제하여 신고하였다. 처분청은 청구법인이 교육기관을 운영하는 공익법인으로서 면세사업자에 해당한다 하여 쟁점수련관 신축과 관련하여 발생한 부가가치세 매입세액을 전액 불공제하고 1999.9.16 청구법인에게 1996년 제2기분 부가가치세 111,347,590원으로 경정·결정하였고, 국세청장의 심사결정에 따라 면세관련 매입세액을 재계산하여 2000.3.27 청구법인에게 109,131,780원을 경정·고지하였음이 부가가치세 신고서, 과세표준 및 세액 결정결의서, 국세청장 심사결정문등에 의하여 확인된다. 이에 대하여 청구법인은 1995.9.20 일반과세자(○○○)로 등록한 사실이 있고, 쟁점수련관을 임대하면서 학생 또는 교직원이 쟁점수련관을 이용할 시에도 무상으로 제공하지 아니하였으며, 일반인도 언제든지 이용할 수 있도록 개방되었는데도 청구법인의 매입세액에 면세분이 있는 것으로 보아 안분하도록 하는 것은 불합리하다고 주장하고 있는 바 이를 살펴보면, 청구법인은 교육사업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로서 교육에 필요한 고유목적 사업의 일환으로 방학중에는 학생 및 교직원들에게는 무상으로 쟁점수련관 시설을 이용하게 하고, 방학외의 기간동안 쟁점수련관의 시설유지 비용, 각종 공과금 및 재산세를 충당할 목적으로 일반인에게 임대하여 수입을 올리도록 운영한 사실이 있으며, 쟁점수련관 사용료는 학생은 1인당 1,000원, 교직원에게는 1실당 25,000원, 기독교인은 1인당 5,000원을 받아 1996년∼1998년 기간동안 쟁점수련관 임대수입은 약 22백만원으로 연간 약 7백만원 정도에 불과하여 쟁점수련관의 자산가액 약 1,030백만원(신축에 소요된 금액)에 비추어 극히 소액이라 할 것이며, 쟁점수련관은 관할 관청인 ○○시에 숙박업으로 신고한 사실이 (○○시 사회65400-1264, 1999.4.9) 없고, 건축물대장상 그 용도가 청소년수련시설로 표기되어 있으며, 지방세법에 의거 토지 및 건물에 대하여 학교법인이 운영하는 교육시설로 취득세 및 등록세를 감면받은 사실이 확인되고 있어 쟁점수련관은 임대사업등에 공하여 진 것이 아니고 교육시설로 사용하고 있다고 인정된다. 사실이 이러하다면, 쟁점수련관은 학교법인인 청구법인의 교육용 재산으로서 교육목적에 사용하는 것이 주목적이며, 일반인등에게 임대하는 것은 부수적인 것에 지나지 않는다고 하겠으므로 일반인에게 쟁점수련장을 임대하지 아니한 날은 교육용으로 면세인 교육사업에 사용되었다고 보아야 할 것이다. 따라서, 쟁점수련관의 면세사용면적을 계산함에 있어 일반인에게 임대하지 않은 면적에 임대하지 아니한 일수를 곱하여 계산한 면적을 과세기간의 일수로 나누어 면세비율을 산정하고 일반인에게 임대한 일수를 제외한 나머지 일수를 교육용으로 사용한 것으로 보아 공통매입세액을 안분계산한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(같은 뜻: 국심 98서 385, 1998.10.12).
• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.