토지의 양도가 특별부가세 면제대상에 해당되는지 여부

심판청구번호 국심2000전 0753(2000. 6.16) 인의 설립·운영에 관한 법률에 의하여 설립되어 장학사업을 영위하는 비영리 재단법인으로서 청구법인 소유인 충청북도 영동군 양강면 ○○○리 ○○○ 등 5필지, 답 7,308㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1998.12.7 양도하고 1999.12.21 이에 대한 특별부가세 감면신청을 한 사실이 있다. 처분청은 쟁점토지 양도는 구 조세감면규제법 제74조의 규정에 의한 특별부가세 감면요건에 해당되지 아니한다 하여 2000.3.13 청구법인에게 1998년도분 법인세(특별부가세) 11,204,970원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.3.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지의 경작수입금 등을 고유목적사업인 장학사업에 사용하였고 그 양도대금을 장학사업에 사용하기 위해 기금에 적립하였으므로 쟁점토지 양도는 구 조세감면규제법 제74조 제1항과 같은법시행령 제71조 제2항 제2호의 규정에 의해 특별부가세면제대상임에도 불구하고 쟁점토지 양도에 대하여 이 건 특별부가세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지 양도는 구 조세감면규제법 제74조 제1항과 동법시행령 제71조 제2항 제2호의 규정에 의한 특별부가세 면제요건에 해당되지 아니하므로 이 건 과세는 적법하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지 양도가 구 조세감면규제법에 의한 특별부가세 면제대상에 해당되는지 여부에 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법 제74조 【사회복지법인등에 대한 특별부가세의 면제】제1항과 제4항에서는『 ① 다음 각호의 1에 해당하는 토지등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다. 1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지등 2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지등 3. 한국보훈복지공단법에 의하여 설립된 한국보훈복지공단이 동법 제6조 제1호의 규정에 의한 사업수행을 위한 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지등 4. 보호관찰등에 관한 법률에 의하여 설립된 한국갱생보호공단이 그 고유목적에 3년이상 직접 사용한 토지등 5. 대통령령이 정하는 공익법인이 교육법에 의한 중·고·대학교(대학원을 포함한다)에 재학중인 학생용 기숙사로 3년이상 직접 사용한 토지등 6. 정신보건법에 의하여 설립된 정신의료법인 및 기타 비영리법인이 동법 제15조의 규정에 의한 허가를 받은 사회복귀시설로 3년 이상 직접 사용한 토지 등 ④ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다.』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제71조 【사회복지법인 및 종교법인의 업무용토지등에 대한 특별부가세의 면제】제1항과 제2항에서는 『① 법 제74조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에서 사용할 목적으로 토지등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다. ② 법 제74조 제1항 제5호에서 "대통령령이 정하는 공익법인" 이라 함은 공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 적용을 받는 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. 1. 외교통상부장관의 허가를 받아 설립된 사단법인 한국외교협회 2. 교육부장관의 허가를 받아 설립된 비영리법인으로서 장학사업을 영위하는 공익법인』이라고 규정하고 있다.
• 다. 판단 (가) 청구법인은 공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 적용을 받는 비영리 장학재단으로서 청구법인은 농지(답)인 쟁점토지를 1982.1.1 취득하여 그 임대수입을 장학사업에 사용하다가 1998.12.7 양도하였음이 청구법인의 기본재산 처분허가서와 세입세출 결산서에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 쟁점토지는 설립당시부터 출연재산으로서 양도일까지 경작하여 그 수익금액으로 고유목적사업인 장학사업을 영위하였으므로 위 관련법에 의해 쟁점토지의 양도에 대한 특별부가세는 면제되어야 한다고 주장하고 있으나, 일반적으로 비영리법인의 경우에도 토지 등 양도시 조세특례제한법(구 조세감면규제법)에서 이에 대한 감면 등의 규정에 해당되지 아니한 경우에는 특별부가세를 납부할 의무가 있다 할 것인 바, 청구법인은 "공익법인의 설립·운영에 관한 법률"에 의하여 설립된 장학재단으로서 구 조세감면규제법 제74조 제1항 제1호에 규정된 사회복지법인에 해당되지 아니하고 쟁점토지는 농지로서 위 제5호(학생용기숙사로 3년이상 직접 사용한 토지 등)에도 해당되지 아니하여 위 관련 법령에 의한 특별부가세 감면요건에 해당되지 아니하므로 처분청이 쟁점토지 양도에 대하여 이 건 특별부가세를 과세한 처분은 적법하다고 판단된다. (다) 따라서, 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.