법인이 특수관계자로부터 시가초과매입 부당행위계산부인대상 여부

심판청구번호 국심2000전 0001(2000. 5.12) 징수 갑종근로소득세 106,014,110원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 충청남도 부여군 석성면 ○○○리 ○○○에서 골재생산 및 판매업을 영위하는 법인으로 1998.2.2 대표이사로 재직하던 청구외 ○○○으로부터 충청남도 부여군 석성면 ○○○리 ○○○ 임야 118,211㎡와 같은리 ○○○ 임야 49,828㎡(합계2필지 168,039㎡를 이하 "쟁점토지"라 한다)를 매매를 원인으로 소유권이전등기하였다. 처분청은 1999.2월 대전지방국세청의 처분청에 대한 정기감사에서 부동산매매계약서상의 쟁점토지대금이 1,003,400,000원이고 청구법인이 감정 의뢰하여 1998.2.9 ○○○감정평가법인이 감정평가한 쟁점토지의 가액은 756,175,500원이므로 청구법인이 쟁점토지를 특수관계 있는 자로부터 시가를 초과하는 금액으로 취득하였다고 보아 구 법인세법 제20조 의 규정에 의하여 부당행위계산부인하여 부동산매매계약서상의 매매대금과 감정평가액과의 차액인 247,224,500원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 손금부인하여 법인세과세표준과 세액을 경정하고 쟁점금액을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하여야 한다는 지적사항에 따라 1999.5.14 청구법인에게 근로소득세 106,014,110원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.8.11 심사청구를 거쳐 2000.1.3 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 쟁점토지대금으로 1997.9.1 대표이사에 대한 선급금으로 처리한 1,003,400,000원은 1998.2.18 쟁점토지가액을 756,175,500원으로 확정하면서 그 차액을 대표이사에 대한 가지급금으로 계상하였고 1999년에 모두 회수하였으므로 쟁점토지는 감정평가에 의한 시가대로 매매된 것으로 부당행위계산부인하여 과세한 처분청의 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지의 매매계약서 및 영수증에 나타난 매매대금이 1,003,400,000원이고 감정평가액은 756,175,500원으로 청구법인이 대표이사로부터 시가를 초과하여 쟁점토지를 매입하였고 고가매입부분을 가지급으로 회계처리하였다는 주장이나 계약서에 그 내용이 나타나지 아니하고 감사지적사항을 소급기장하여 1998사업연도의 결산에 반영한 것으로 판단되므로 쟁점금액을 부당행위계산부인하고 상여처분한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 청구법인의 대표이사로부터 시가를 초과하여 매입하여 부당행위계산부인대상인지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법(1997.12.13 법률 제5418호로 개정되기 전의 것) 제20조(부당행위계산의 부인)에서 "정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다(74.12.21 개정)"고 규정하고 있고 제32조(결정과 경정) 제5항에서 "제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다(94.12.22 개정)"고 규정하고 있다. 법인세법시행령(1997.12.31 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제46조(법인의 부당행위 또는 계산) 제1항에서도 "법 제20조에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다(74.12.31 개정)"고 규정하고 제4호에서 "출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때"를 규정하고 있으며 제94조의2(소득처분) 제1항에서는 "법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다(94.12.31 개정)"고 규정하고 제1호에서 "익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와 제46조의 2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고 조세감면규제법 제36조 제5항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 출자자인 이사중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다(93.12.31 개정)"고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 청구법인이 쟁점토지를 청구법인의 대표이사인 청구외 ○○○으로부터 시가를 초과하여 매입하였다고 보아 부당행위계산부인하고 쟁점금액을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 갑종근로소득세를 과세한데 대하여 청구법인은 쟁점토지를 시가인 감정평가액으로 취득하였으므로 부당행위계산부인 대상이 아니라고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구법인은 1997.9.1 자본금을 10억원으로 하여 설립되었으며 같은날 이사회에서 당시 청구법인의 대표이사의 소유인 쟁점토지를 매매대금 1,003,400,000원에 매입하되 추후 쟁점토지의 감정평가액과의 차액을 정산하기로 의결하였고, 당시 청구법인의 대표이사였던 청구외 ○○○에게 쟁점토지대금 1,003,400,000원을 지급한 것으로 청구법인의 1997년도 선급금계정에 나타나고 있으며 1998.1.28 청구법인과 청구외 ○○○은 쟁점토지를 1,003,400,000원에 매매하기로 계약을 체결하였으며 쟁점토지는 1998.2.2 청구법인 명의로 소유권이전되었음이 이사회회의록, 부동산매매계약서, 등기부등본에 나타난다.

(2) 청구법인은 1998.2.2 쟁점토지를 청구외 ○○○으로부터 청구법인명의로 소유권이전등기한 후 ○○○감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였고 1998.2.9 ○○○감정평가법인은 쟁점토지의 가액을 756,175,500원으로 평가하여 통보하였으며 1998.2.18 청구법인은 쟁점토지의 감정평가액을 취득가액으로 확정하여 자산계정에 계상하고 당초 청구외 ○○○에 대한 선급금으로 처리한 쟁점토지 가액과 감정평가액과의 차액인 쟁점금액(247,224,500원)을 1998년 가지급계정에 대체하였음이 청구법인이 제시하는 감정평가서 및 장부에 나타난다.

(3) 청구법인은 대표자에 대한 가지급금으로 계상한 쟁점금액을 1999.1.9∼1999.2.24 기간 4회에 걸쳐 회수하였는 바, 청구외 ○○○의 차명계좌인 청구외 ○○○(○○○의 자) 계좌에서 1999.1.9 인출된 7,495,000원이 청구법인의 거래처인 청구외 ○○○화학에 대한 외상매입금에 대체되었으며 1999.1.25 인출된 1억원이 청구법인의 계좌에 입금되었고 1999.2.2 인출된 76,000,000원과 1999.2.24 인출된 65,000,000원이 관계회사인 ○○○레미콘주식회사에 대한 차입금 변제에 사용되었음이 청구법인이 제시하는 금융거래내역에 의하여 확인된다.

(4) 대전지방국세청장은 처분청에 대한 정기감사(1999.2.23∼1999.3.12)에서 청구법인이 쟁점토지를 청구법인의 대표자인 청구외 ○○○으로부터 1,003,400,000원에 매입하였음이 부동산매매계약서와 영수증에 의하여 확인되고 1998.2.9 ○○○감정평가법인의 쟁점토지감정평가액은 756,175,500원이므로 감정평가액을 시가로 보아 청구법인이 쟁점토지를 특수관계 있는 자로부터 시가를 초과하여 매입하였다하여 부당행위계산부인하여 쟁점금액을 청구외 ○○○에 대한 상여로 소득처분하였으나 위 사실관계에서 나타난 바와 같이 청구법인이 당초 쟁점토지가액을 잠정적으로 1,003,400,000원으로 하여 대표자로부터 매입하는 것으로 결정하였다가 추후 감정평가액으로 확정하여 그 차액을 정산하기로 하는 이사회의 의결이 있었고 청구법인이 실지로 이건 결정고지전에 잠정매매가액과 감정가액(756,175,500원)과의 차액인 쟁점금액을 대표자의 가지급금으로 계상하였다가 1999.1.19∼1999.1.24 기간 4회에 걸쳐서 청구법인의 대표이사인 청구외 ○○○으로부터 모두 회수하였음이 청구법인의 장부와 금융증빙에 의하여 확인되는 점으로 보아 청구법인은 쟁점토지를 756,175,500원에 취득한 것으로 인정된다. 따라서 처분청이 청구법인이 쟁점토지를 특수관계 있는 자로부터 시가를 초과하여 매입하였다하여 부당행위계산부인하여 쟁점금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.