의사가 개발한 컴퓨터프로그램의 양도를 사업소득으로 보아 과세한 처분의 당부

심판청구번호 국심2000서 3153(2001. 4. 4) 0.30 청구외 주식회사 ○○○(○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 소재, 이하 "○○○"라 한다)와 계약을 체결하여 미화 총 2,161,000불을 받고 그 대가로 청구인이 개발한 신장병병원수입 및 진료비정산용 컴퓨터프로그램(이하 "쟁점컴퓨터프로그램"이라 한다)과 청구인이 소유하던 ○○○ 내과의원(당시 ○○○도 소재)과 ○○○ 내과의원(당시 ○○○특별시 소재)의 상호 등 무형자산과 리스장비 등 일체를 양도하고 아울러 쟁점프로그램의 성능을 개선(이하 이를 "쟁점용역"이라 한다)해 주기로 약정하였다. 처분청은 쟁점컴퓨터프로그램 양도와 쟁점용역 제공에 대해 사업성이 있다고 보아 2000.8.17 청구인에게 1996년도분 종합소득세 73,028,620원과 1998년도 종합소득세 31,491,160원을 각각 결정고지하였고, 아울러 2개 병원 양도에 대해서는 이를 미신고 영업권의 양도로 보아 기준시가를 적용하여 2000.7.12 청구인에게 1996년도분 양도소득세 47,131,000원을 결정고지 하였다. (단위: 미화 $) 쟁점컴퓨터프로그램 별도 S/W License 청구인 운영병원 합 계 임차보증금 (○○○) 임차보증금 (제주) 병원시설 등 고정자산 양도 성능개선 1,000,000 325,000 311,000 242,566 121,284 161,150 2,161,000 청구인은 이에 불복하여 2000.10.20 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 컴퓨터 프로그램을 개발하여 판매하는 것에 대해 사업소득으로 과세하는 것은 프로그램을 개발하는 사업자에게 대한 것인데, 청구인은 쟁점컴퓨터프로그램을 개발할 당시 의사로서 사업자가 아니고 판매목적 없이 병원운영을 위한 자가 목적으로 개발한 것이므로 사업성이 없으며, 쟁점프로그램의 저작권을 등록한 것은 개발된 프로그램을 보호하기 위한 차원인 바, 청구인이 ○○○에 쟁점컴퓨터프로그램을 양도하고 용역을 제공하여 받은 소득은 사업성 없는 기타소득임에도 불구하고 이를 사업소득으로 과세한 처분은 부당하고, 청구인은 병원양도와 관련하여 임차보증금과 부대시설 등 고정자산에 대한 대가만 수령하여 별도의 영업권을 양도한 사실이 없는데도 처분청이 영업권을 함께 양도한 것으로 추정하여 과세함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점컴퓨터프로그램은 저작권이 등록되어 있으므로 이는 사업성 있다고 보아야 하고, 그 실질을 보더라도 청구인은 쟁점컴퓨터프로그램 개발을 위해 임시직원을 고용하고 별도 사무실을 병원내에 설치하여 5년이상 직접비만 6억원 이상 투입하였으므로 그 경제적인 가치가 사업성이 있다고 보기에 충분하고, 특히 청구인은 1998.12.21부터 병원을 폐업하고 컴퓨터 프로그램개발 사업자로 신규사업을 시작한 바 있어 명실공히 청구인은 컴퓨터 프로그램개발 사업자이므로 쟁점컴퓨터프로그램 양도와 쟁점용역 제공에 대해 이를 사업성이 있다고 보아 청구인에게 사업소득으로 과세한 당초 처분은 정당하다. 병원 양도에 대해서는 청구인은 병원내 고정자산과 함께 전세권을 함께 양도하였으므로 이는 관련 법령상 기타자산의 양도에 해당하여 과세대상인 바, 계약서상에도 쟁점컴퓨터프로그램 양도과 영업권은 별도로 구분되어 있고 특히, 청구인과 ○○○간 분쟁에 따른 법원 가처분결정(○○○지법 ○○○지원 99카합513)에서도 병원 양도시 시설뿐만 아니라 환자의 수를 감안했고 경업금지 약정을 체결하였음이 확인되므로 병원 양도에 영업권이 포함되어 있다고 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 ⸁ 청구인이 쟁점컴퓨터프로그램을 양도하고 쟁점용역을 제공한데 대하여 사업소득으로 과세한 처분의 당부와 ⸂병원 양도에 영업권이 포함되어 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 쟁점 ⸁에 대하여 본다.

(1) 관계법령 소득세법 제19조 【사업소득】 제1항에서 "사업소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다."라고 하면서 제15호에서 "사회 및 개인서비스업에서 발생하는 소득"이라고 하고 있고, 같은 법 제94조 【양도소득의 범위】에서 "양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다."라고 하면서 제2호에서 "대통령령이 정하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득"이라고 하고 제5호에서는 "제1호 내지 제4호 외의 대통령령이 정하는 자산(이하 '기타자산'이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득"이라고 하고 있으며, 같은 법 제21조 【기타소득】 제1항에서 "기타소득은 이자소득·배당소득·부동산임대소득·사업소득·근로소득·일시재산소득·퇴직소득·양도소득·산림소득 외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다."라고 하면서 제5호에서 "저작자 또는 실연자·음반제작자·방송사업자 외의 자가 저작권 또는 저작인접권의 양도 또는 사용의 대가로 받는 금품"이라고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 시행령 제41조 【저작권사용료등의 범위】 제1항에서 "법 제21조 제1항 제5호에서 '저작자 또는 실연자·음반제작자·방송사업자외의 자가 저작권 또는 저작인접권의 양도 또는 사용의 대가'로 받는 금품이라 함은 저작권법에 의한 저작권 또는 저작인접권을 상속·증여 또는 양도받은 자가 그 저작권 또는 저작인접권을 타인에게 양도하거나 사용하게 하고 받는 대가를 말한다."라고 하고 있고, 같은 영 제157조 【토지등의 범위】 제3항에서는 "법 제94조 제2호에서 '대통령령이 정하는 부동산에 관한 권리'라 함은 다음 각호의 것을 말한다."라고 하면서 제1호에서 "지상권·전세권과 등기된 부동산 임차권"이라고 하고 있으며, 같은 영 제158조 【기타자산의 범위】 제1항에서는 "법 제94조 제5호에서 '기타 자산'이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다."라고 규정하면서 제3호에서 "사업용부동산 또는 주식등 사업용고정자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회 통념상 영업권이 포함되어 양도된 것으로 인정되는 것과 행정관청으로부터 인가·허가·면허등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)"라고 규정하고 있다. 한편, 컴퓨터프로그램보호법 제21조 【프로그램의 등록】 제1항에서는 "프로그램저작자는 다음 사항을 등록할 수 있다.(이하 생략)"라고 하고 있고, 같은 법 제24조 【프로그램저작권의 등록】 제1항에서는 "다음 각호의 사항은 등록하지 아니하면 제3자에게 대항할 수 없다."라고 하면서 제1호에서 "프로그램저작권의 이전(상속 기타 일반승계의 경우를 제외한다) 또는 처분제한"이라고 하고 제2호에서는 "프로그램저작권을 목적으로 하는 질권의 설정·이전·변경·소멸 또는 처분제한"이라고 규정하고 있으며, 같은 법 제45조 【다른 법률과의 관계】에서는 "이 법에 규정한 것 외에 프로그램의 보호에 관하여 저작권법의 규정이 있는 경우에는 그 규정을 적용한다."라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 청구인은 컴퓨터프로그램 개발 사업자가 아니므로 쟁점컴퓨터프로그램의 개발 및 쟁점용역 제공에 대해 사업소득으로 과세함은 부당하고 대신 기타소득으로 과세해야 한다고 주장하고 있으나, 관련 법령상 기타소득이란 저작자 이외의 자에게 부과되도록 명시되어 있는 것으로서, 청구인은 쟁점컴퓨터프로그램의 저작자이면서 이를 1994.1.3 컴퓨터프로그램보호법 제21조 에 따라 ○○○프로그램보호회에 등록하여 그 경제적인 가치를 보호받고자 하였으므로 이를 사업성이 없는 기타소득이라고 보기 어렵다고 판단되고(소득46011-2078, 1995.7.29외 다수도 같은 뜻임) 또한, 청구인이 쟁점컴퓨터프로그램을 개발하고 양도한 과정을 보더라도 청구인이 ○○○와 체결한 계약서에는 쟁점컴퓨터프로그램 양도 및 성능개선 용역의 대가로 청구인이 미화 1,325,000불(96년 당시 약 11억원 상당)을 수령하게 되어 있어 통상적인 관념에 비추어 볼 때 거래에 따른 경제적인 가치가 사업성이 있다고 볼만큼 크고, 아울러 청구인은 개발당시 전문프로그램머를 고용하고 별도 사무실을 설치하였으며 제작기간 6년에 직접비만 6억 이상 투입된 것이라고 처분청에 진술한 바 있어 사업 목적없이 단순히 병원운영상의 부수적인 편의나 개인의 지적욕구 충족을 위해 개발된 것으로 보기 어려우며, 더욱이 청구인의 사업자등록 현황을 보면 청구인은 1998.12.21부터 병원을 폐업하고 소프트웨어 개발업을 신규로 영위한 것으로 나타나고 있어 이를 종합할 때 비록 쟁점컴퓨터프로그램 양도 당시 청구인이 의사로서 특정법인을 상대로 1회 양도하고 성능개선 용역을 제공한 사실은 인정되나 그러한 사유로 이를 사업성이 없다고 볼 수는 없다고 판단된다.(국심 1989구2150, 1990.3.28 합동회의도 같은 뜻)

• 다. 쟁점 ⸂에 대하여 본다.

(1) 관계법령 국세기본법 제65조 【결정】 제1항에서 "심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다"라고 하면서 제1호에서 "심사청구가 제61조에 규정하는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 심사청구후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다."라고 하고 있고, 같은 법 제68조 【청구기간】 제1항에서 "심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다."라고 하고 있으며, 같은 법 제81조 【심사청구에 관한 규정의 준용】에서는 "제61조 제3항 및 제4항·제63조와 제65조의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용한다.(이하 단서생략)"라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 쟁점⸂에 대해서는 본안 심리에 들어가기 전에 이 건 심판청구가 국세기본법에 따라 적법하게 제기되었는지를 먼저 살펴본다. 처분청이 우리원에 제출한 송달관련 자료에 의하면, 이 건 양도소득세 결정결의일은 2000.7.4이고 고지서 송달을 위해 ○○○우체국에 접수시킨 날짜는 2000.7.11이며, 청구인 소재지를 관할하는 ○○○우체국장이 확인한 우편물배달증명서상의 배달일은 2000.7.12이고 건물 경비원인 청구외 ○○○이 수령한 것으로 되어있어 별다른 반증이 없는 한 상기 고지서가 청구인의 지배권내에 도달하여 수령되어진 것으로 보이는 시점은 2000.7.12이라고 판단된다. 그런데 청구인이 이 건 심판청구서를 ○○○세무서에 접수한 날짜는 2000.10.20이므로 결국 청구인은 양도소득세 처분통지를 받은 날로부터 국세기본법 제68조 에서 정한 불복 청구기간 90일을 경과하여 심판청구를 제기하였다. 우리원은 이러한 사실관계를 조사당시 청구인의 세무대리인을 통해 통보했으나 청구인은 별다른 반증을 제시하지 못하고 있으므로 이 건 양도소득세에 대한 불복은 불복청구 기간이 도과한 사유로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 에서 규정한 각하사항에 해당한다 할 것이다. 처분청의 결정결의일

○○○우체국접수일 고지서 송달일 (우편물배달증명원) 심판청구접수일 (처분청에 접수) 심판청구 경과기간 2000.7.4 2000.7.11 2000.7.12 2000.10.20 100일

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.