청구법인이 부동산을 양도하고 금융기관채무를 변제한 것은 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 의한 양도로 인정되므로 금액 중 금융기관부채를 상환한 금액에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것이 타당하다고 판단되고 또한 부동산이 수용으로 양도한 경우를 제외한다고한 규정이 없을 뿐만 아니라 이 규정의 취지를 비추어 볼 때 사업용부동산의 양도유형에 불구하고 그 양도대금으로 금융기관부채를 상환한 금액에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것이 타당함
청구법인이 부동산을 양도하고 금융기관채무를 변제한 것은 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 의한 양도로 인정되므로 금액 중 금융기관부채를 상환한 금액에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것이 타당하다고 판단되고 또한 부동산이 수용으로 양도한 경우를 제외한다고한 규정이 없을 뿐만 아니라 이 규정의 취지를 비추어 볼 때 사업용부동산의 양도유형에 불구하고 그 양도대금으로 금융기관부채를 상환한 금액에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것이 타당함
심판청구번호 국심2000서 3124(2001. 5.22) 84,745,450원과 농어촌특별세 89,397,040원의 부과처분 은 청구법인이 ㅇㅇ시에 협의양도한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구
○○○동 ○○○ 대지 8,698㎡ 및 지상건물 양도대금중 금융기관 채무를 상환한 6,119,837,063원에 대하여는 특별부가 세를 면제하는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정한다.
청구법인은 주차장 용지인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 대지 8,698㎡ 및 지상건물(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 ㅇㅇ시에 협의양도(수용)하고 금융기관의 채무를 상환한 7,294,380,156원(이하 "쟁점금액"이라 한다)에 대하여 특별부가세를 면제하고 1999.3.29. 법인세를 신고하였다. 처분청은 당초 청구법인의 법인세신고를 받아들였다가 ㅇㅇ지방국세청장의 지적에 따라 재무구조개선계획승인일 이전에 상환한 부채로 재무구조개선계획에 따라 금융기관부채를 상환한 것으로 볼 수 없다 하여 특별부가세 면제는 배제하고 공공사업용토지의 양도에 대한 감면율(50%)만을 적용하여 2000.8.1. 청구법인에게 1998사업연도 법인세 484,745,450원 및 농어촌특별세 89,397,040원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.11.3. 심판청구를 제기하였다.
(1) 조세감면규제법(1998.12.28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것) 제40조의 3【법인의 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제】
① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. (단서생략)
1. 1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것. 다만, 제40조의 7의 규정에 의하여 증여받은 부동산을 양도하는 경우에는 그러하지 아니하다. (1998. 2. 24. 단서신설)
2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구(이하 “금융기관협의회”라 한다)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것 (1997. 12. 13. 신설)
3. 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환적립금으로 적립할 것 (1997. 12. 13. 신설)
⑤ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 세액면제신청을 하여야 한다. (1997. 12. 13. 신설)
⑥ 재무구조개선계획 또는 자구계획을 승인한 금융기관협의회 또는 감독기관의 장은 승인된 재무구조개선계획 또는 자구계획의 내용 및 그 이행실적을 매년 대통령령이 정하는 바에 의하여 국세청장에게 제출하여야 한다. (1997. 12. 13. 신설)
⑦ 제1항의 규정에 의한 양도의 시기, 금융기관협의회의 구성, 재무구조개선계획 또는 자구계획의 승인기준 등에 관한 사항, 부채의 범위 및 면제세액의 계산과 제2항의 규정에 의한 부채비율 및 기준부채비율의 산정 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1997. 12. 13. 신설)
(2) 조세감면규제법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15976호로 개정되기 전의 것) 제37조의 3 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】
① 법 제40조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 부동산의 양도일까지 계속하여 5년 이상 사업을 영위한 내국법인(제4항의 규정에 의한 자구금융기관을 제외한다)을 말한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사업(제1호 또는 제2호의 사업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 과세연도의 직전과세연도의 사업별 수입금액 중 제1호 또는 제2호의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 영위하고 있는 내국법인을 제외한다. (1997. 12. 31. 신설)
1. 법인세법시행령 제43조 제2항 의 규정에 의한 부동산업. 다만, 건축물 자영건설업(비주거용 건축물의 건설업에 한한다)을 제외한다. (1997. 12. 31. 신설)
2. 법인세법시행령 제43조 제3항 의 규정에 의한 소비성서비스업 (1997. 12. 31. 신설)
② 법 제40조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 재무구조개선계획”이라 함은 법인이 재무구조의 개선을 위하여 수립한 부동산·유가증권 등의 보유자산 또는 당해 법인의 계열기업자산의 처분에 관한 계획으로서 부채의 총액 및 내역, 상환할 금융기관 부채의 총액·상환계획 및 양도부동산의 명세를 명시한 것(이하 이 조에서 “재무구조개선계획”이라 한다)을 말한다. 이 경우 금융기관부채는 당해 법인이 상속세 및 증여세법시행령 제10조 제2항 에 규정하는 금융기관(이하 이 조에서 "채권금융기관" 이라 한다)으로부터 차입한 것(당해 법인이 자금조달의 목적으로 발행한 사채 및 기업어음으로서 금융기관이 매입한 것을 포함하며, 당좌차월을 제외한다. 이하 이 조에서 “금융기관부채”라 한다)에 한한다. (1998. 5. 16. 후단개정)
③ 제2항의 규정에 의한 재무구조 개선계획에 포함될 상환할 금융기관 부채의 총액은 1997년 6월 30일 현재의 금융기관 부채총액을 한도로 한다. 이 경우 1997년 7월 1일 이후 양도분으로서 1997년 6월 30일 이전에 계약금 등 부동산양도대금의 일부로 채권금융기관의 부채를 상환한 경우(채권금융기관이 부채 상환 사실을 확인한 경우에 한한다)에는 당해 금액을 금융기관 부채총액에 가산한다. (1998. 2. 24. 개정)
⑥ 법 제40조의 3 제1항 단서 및 동항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사업용부동산”이라 함은 당해 법인 또는 자구금융기관의 사업에 사용되는 부동산으로서 법인세법시행령 제43조 의 2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 해당하지 아니하는 것을 말한다. (1997. 12. 31. 신설)
⑧ 법 제40조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 금융기관협의회는 다음 각호의 1에 해당하는 자의 요구에 의하여 제2호의 규정에 의한 금융기관(이하 이 조에서 “주관금융기관”이라 한다)의 주관으로 주관금융기관과 다른 채권금융기관으로 구성한다. 이 경우 금융기관협의회의 구성원인 주관금융기관과 다른 채권금융기관의 채권의 합계액이 당해 법인의 채권금융기관 부채총액의 100분의 65 이상에 달하여야 한다. (1998. 2. 24. 개정)
1. 금융기관협의회로부터 재무구조개선계획을 승인받고자 하는 법인 (1997. 12. 31. 신설)
2. 당해 법인의 주거래 금융기관(주거래 금융기관이 없는 경우에는 당해 법인에 대한 채권을 가장 많이 보유한 채권금융기관을 말한다) (1997. 12. 31. 신설)
3. 단독으로 또는 공동으로 당해 법인의 채무합계액의 100분의 30 이상에 해당하는 채권을 보유한 채권금융기관 (1997. 12. 31. 신설)
⑨ 제8항의 규정에 의한 금융기관협의회는 단독으로 또는 공동으로 당해 법인의 채권금융기관 부채총액의 100분의 50 이상에 해당하는 채권을 보유한 금융기관의 찬성으로 재무구조개선계획을 승인한다. (1998. 2. 24. 개정)
⑩ 제9항의 규정에 의하여 재무구조개선계획의 승인을 얻은 법인(이하 이 조에서 “재무구조개선법인”이라 한다)이 부동산을 양도하는 때에는 그 양도대금을 재정경제부령이 정하는 바에 따라 부채상환적립금으로 적립하여 당해 적립금으로 채권금융기관의 부채를 상환하여야 한다. 이 경우 채권금융기관이 채권을 면제받기 위하여 부동산양도대금을 당해 부동산의 취득자로부터 직접 수령하는 방법 등으로 부동산양도와 동시에 부채를 상환한 분에 대하여는 부채상환적립금을 적립하여 상환한 것으로 본다. (1998. 5. 16. 직제개정)
(20) 법 제40조의 3 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 재무구조개선법인 및 자구금융기관(이하 이 조에서 “재무구조개선법인등”이라 한다)은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한내에 세액면제신청서를 당해 법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998. 5. 16. 직제개정)
(21) 제11항 내지 제13항의 규정에 의하여 세액을 면제받은 재무구조개선법인등은 당해부동산의 양도일 또는 부채상환일이 속하는 과세연도와 자구계획이행일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고시 재정경제부령이 정하는 재무구조개선계획이행보고서 또는 자구계획이행보고서를 당해 법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998. 5. 16. 직제개정)
(22) 주관금융기관의 장 또는 자구금융기관의 감독기관의 장(중앙행정기관의 장이 감독기관의 장이 되는 경우에는 자구금융기관의 장을 말한다)은 승인된 재무구조개선계획 또는 자구계획의 내용을 재정경제부령이 정하는 재무구조개선계획서 또는 자구계획서에 의하여 그 승인일이 속하는 달의 다음달 말일까지 당해 법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하며, 재무구조개선계획 또는 자구계획의 이행실적을 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 부동산양도일이 속하는 연도의 다음 연도부터 5년간 매년 3월 31일까지 당해 법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 재무구조개선법인등이 재무구조개선계획서 또는 자구계획서 및 재무구조개선계획 또는 자구계획의 이행실적을 주관금융기관의 장 또는 자구금융기관의 감독기관의 장의 확인을 받아 당해 법인의 납세지 관할세무서장에게 제출하는 경우에는 주관금융기관의 장 또는 자구금융기관의 감독기관의 장이 이를 제출한 것으로 본다. (1998. 5. 16. 직제개정)
(1) 이건 과세경위를 보면, 청구법인이 조세감면규제법에 의한 재무구조개선계획에 따라 쟁점부동산을 양도하고 금융기관채무를 상환하였다 하여 쟁점부동산양도대금 중 쟁점금액에 대하여 특별부가세전액을 감면하여 법인세를 신고하였고 처분청은 청구외법인의 신고에 대한 ㅇㅇ지방국세청장의 감사지적에 따라 재무구조개선계획승인일 이전에 부채를 상환하였다 하여 특별부가세 면제는 배제하고 2000.8.19. 공공사업용 토지에 대한 감면규정을 적용하여 특별부가세 50%를 감면하고 법인세와 농어촌특별세를 부과한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.
(2) 청구법인은 1966.2.21. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○에 법인을 설립하고 사업자등록(업태: 서비스, 종목: 자동차운송 및 수리)을 하였으며 1996.4.29. 청구법인이 차고지로 사용중인 쟁점부동산이 건설교통부로부터 택지개발예정지구로 지정고시 되었고 1997.3.26. ㅇㅇ시로부터 택지개발사업인정고시 되었으며 1997.5.3. ㅇㅇ공사가 청구법인에게 쟁점토지에 대한 수용통지를 한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.
(3) ㅇㅇ공사로부터 쟁점부동산의 수용통지를 받은 청구법인은 1997.5.28. 청구법인의 채권금융기관인 ○○○생명보험(주)에 부채 57억원중 27억원을 우선변제조건으로 근저당권해지를 요청하였고 (주)○○○은행에 대하여는 부채 36억원중 16억원을 우선변제하는 조건으로 근저당권해지를 요청하는 등 쟁점부동산의 양도대금 94억원의 부채상환계획을 제출하였고 이에 대하여 ○○○생명보험(주)는 변호사를 선임하여 쟁점부동산 양도대금 수령 및 부채를 상환하는 업무를 위임하고 ○○○생명보험(주)에 대한 부채 5,571,624,654원과 ○○○은행에 대한 부채 378,212,409원을 변제하는 것을 조건으로 1997.12.26. 채무변제계획을 승인하였고 이에 따라 ○○○생명보험(주)는 1998.1.8. 쟁점부동산에 설정된 근저당권을 해제하였으며, 1998.1.10. 선임된 변호사 ○○○이 쟁점부동산 매매대금 9,409,451,840원을 수령하여 같은날 ○○○생명보험(주)에 5,571,624,654원과 (주)○○○은행에 378,212,409원, ○○○은행 170,000,000원 등 금융기관부채 6,119,837,063원을 상환하는 등 전액을 채무상환 등에 사용한 사실이 청구법인이 제시한 심리자료에 나타난다.
(4) 청구법인은 1999.3.30. 1998사업연도 법인세신고시 조세감면규제법령에 따라 주 채권금융기관인 ○○○생명보험(주)로부터 재무구조개선계획서와 재무구조개선계획승인서 및 부채상환증명서를 발급 받고 재무구조개선이행보고서에 확인을 받아 처분청에 세액감면신청서를 제출한 사실이 청구법인의 1998사업연도 법인세신고서에 나타난다.
(5) 전시 조세감면규제법 제40조의3의 규정을 보면 5년이상 사업을 영위한 내국법인(부동산업, 소비성서비스업 제외)이 1997.6.30. 이전에 취득한 사업용부동산을 1999.12.31.까지 양도하고 금융기관의 부채를 상환하는 경우에는 특별부가세를 면제한다는 것으로 동 규정이 1997.12.13. 개정되어 1998.1.1.부터 시행한다고 부칙에 규정하고 있고 재무구조개선계획서 제출 및 승인에 관한 절차 및 서식에 관한 규정인 금융기관협의회 운영규정이 1998.2.27. 제정되었으며 조세감면규제법 부칙 제6조 제2항은 제40조의 3의 개정규정을 적용함에 있어서 1997.12.31. 이전에 부동산을 양도하는 분에 대하여는 동조 제1항의 규정에 적합하게 양도한 것으로 보아 동조의 개정규정을 적용한다고 규정하고 있고 1998.3.31. 이전에 금융기관협의회에 승인을 얻어 재무구조개선계획을 세액면제신청서와 함께 관할세무서장에게 제출한 경우도 동조 제1항의 규정에 의해 적법하게 양도한 것으로 보아 금융기관의 부채를 상환한 경우 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있음을 알 수 있다.
(6) 청구법인은 20년이상 운수업을 영위한 법인으로 1997.6.30. 이전에 취득한 사업용자산인 쟁점부동산의 양도대금(보상금)을 1998.1.10. 수령하였으므로 쟁점부동산의 양도일은 1998.1.10.이므로 1997.12.13. 개정된 구 조세감면규제법 제40조의3의 적용대상이라 할 것인 바, 위 사실관계에 나타난 바와 같이 청구법인이 1997.3.26. ㅇㅇ시로부터 토지수용통지를 받고 1997.5.28. 주채권금융기관인 ○○○생명보험(주)와 (주)○○○은행에 양도부동산 및 금융권 채무현황과 채무상환금액과 방법에 관한 협의요청 문서를 발송하였고 ○○○생명보험(주)는 청구법인의 채무상환 협의요청에 대하여 채무변제금액과 방법을 변경하는 조건으로 1997.12.26. 재무구조개선계획을 승락하였으므로 청구법인은 조세감면규제법 제40조의3 제1항 제2호에 의한 주채권금융기관에 재무구조개선계획서를 제출하여 승인 받은 것으로 볼 수 있으며(같은 뜻: 재경부 재산 46014-79, 2001.3.21.) 청구법인과 주채권금융기관으로부터 위임을 받은 변호사가 1998.1.10. 쟁점부동산 매매대금 9,409,451,840원을 수령하여 당일 승인된 재무구조개선 계획에 따라 금융기관 채무 등을 변제하고 1998사업연도 법인세신고시 세액면제신청서 및 재무구조개선계획서와 재무구조개선 계획이행보고서를 주채권금융기관의 확인을 받아 제출하였는 바, 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고 금융기관채무를 변제한 것은 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 의한 양도로 인정되므로 쟁점금액중 금융기관부채를 상환한 6,119,837,063원(○○○생명(주) 부채상환액 5,571,624,654원, ○○○은행(구 ○○○은행) 170,000,000원, ○○○은행 378,212,400원)에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다.
(7) 또한 처분청은 청구법인의 쟁점부동산이 수용에 의한 양도이므로 조세감면규제법 제40조의3의 규정에 의한 재무구조개선을 위한 사업용자산의 양도로 볼 수 없다고 하였으나, 조세감면규제법 제40조의3의 규정에 수용으로 양도한 경우를 제외한다고 한 규정이 없을 뿐만 아니라 1997.6.30. 이전에 취득한 사업용부동산을 1999.12.31. 이전에 양도하고 금융기관의 부채를 상환한 경우에 그 금융기관부채를 상환한 금액에 대하여는 특별부가세를 면제한다고 규정한 취지를 비추어 볼 때 사업용부동산의 양도유형에 불구하고 1997.6.30. 이전에 취득한 부동산을 1999.12.31.까지 양도하고 그 양도대금으로 금융기관 부채를 상환한 금액에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것(같은 뜻: 재경부 재산 46014-42, 1998.4.10.)이 타당하다고 할 것이다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.