추계조사방법에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 있는지 여부(경정)

[주 문]

○○세무서장이 1999. 7. 5 청구인에게 한 종합소득세 1996년도 귀속분 187,955,080원, 1997년도 귀속분 216,134,520원, 1998년도 귀속분 201,337,450원의 부과처분은 의료보험료 청구대행수수료 5,053,000원과 실험연구실 관리비 4,440,096원을 필요경비로 인정하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 사 실 청구인은 서울특별시 ○○구 ○○동 XXX ○○상가 303호에서 ○○○치과의원을 영위하고 있는 치과의사로서 처분청은 청구인에 대하여 소득세 실지조사를 실시한 결과, 수입누락금액 1996년도 귀속분 510,822,190원, 1997년도 귀속분 570,617,770원, 1998년도 귀속분 528,626,170원, 합계 1,610,066,130원을 적출하여 총수입금액에 산입하고 필요경비로 계상하지 아니한 급여 등 444,976,650원을 공제하여 1999. 7. 5 청구인에게 1996년도 귀속분 종합소득세 187,955,080원, 1997년도 귀속분 종합소득세 216,134,520원, 1998년도 귀속분 종합소득세 201,337,450원, 합계 605,427,050원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999. 9. 9 심사청구를 거쳐 2000. 12. 7 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 총수입금액 중 장부에 계상한 금액은 1996년 38.2％, 1997년 37.1％, 1998년 41.5％에 불과하고, 실제 발생하였으나, 장부에 계상하지 아니한 비용을 고려해 보면 실제 발생한 총수입금액과 필요경비 중 반 이상이 장부에 계상되지 않았는 바, 종합소득세 신고시 근거로 한 이들 장부는 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당되므로 추계조사방법에 의하여 종합소득세를 결정하여야 하며, 추계조사결정이 불가능한 경우에는 청구시 제출한 각 항목의 증빙을 확인하여 필요경비로 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 1996년부터 1998년까지의 귀속분 종합소득세를 모두 전문 대리인의 세무조정을 받아 실액방법에 의하여 신고하였으며, 소득세 실지조사시 청구인이 비치·기장한 장부 및 증빙서류에 의하여 과세표준을 계산하였는 바, 단지 실지조사에 의하여 산정한 과세표준이 추계조사방법에 의하여 산정한 과세표준보다 많다는 이유로 추계조사방법에 의하여 과세표준을 계산하여야 한다는 청구인 주장은 받아들일 수 없다.

3. 쟁점 및 판단

• 가. 쟁 점

① 청구인의 이 건 종합소득세 신고에 대하여 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 보아 추계조사방법에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 있는지 여부와,

② 추계조사결정이 불가능한 경우 제출된 증빙을 근거로 필요경비를 인정할 수 있는지를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 소득세법 제27조【필요경비의 계산】 제1항에서는 부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해 연도의 총수입금액에 대응하는 비용의 합계액으로 한다 라고 규정하고 있다. 같은법 제80조【결정과 경정】 제3항에서는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다 라고 규정하고 있다. 같은법시행령 제143조【추계결정 및 경정】 제1항에서는 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다 라고 규정하고, 제1호는 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우이며, 제2호는 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가, 각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우라고 규정하고, 제3호는 기장의 내용이 원자재사용량, 전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인에 대하여 소득세 실지조사를 실시한 결과, 1996년부터 1998년까지 수입누락금액 1,610,066,130원을 적출하여 총수입금액에 산입하고 청구인에게 1996년∼1998년 귀속분 종합소득세 605,427,050원을 결정고지하였는 바, 청구인은 자신이 보관하고 있는 장부와 증빙으로는 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부가 없거나 중요한 부분이 미비한 경우에 해당하므로 추계조사방법으로 세액을 결정하여야 하며, 만일 실지소득금액으로 결정하더라도 공제하지 않은 필요경비를 인정하여 세액을 결정하여야 한다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다.

(1) 쟁점①에 대하여 본다. 전시법령에 의하면, 소득세의 과세표준은 실지조사방법에 의하여 확인된 가액에 의하여 결정함이 원칙이고, 다만 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위인 경우로서 기재내용에 신빙성이 없어 그 소득의 실액을 밝힐 수 없을 때 한하여 예외적으로 추계조사방법에 의한 결정을 허용하는 것인 바, 실지조사에 의하는 것이 추계조사방법보다 청구인에게 불리하다는 이유만으로 추계조사에 의하여 과세표준을 결정하는 것은 아니다. 청구인은 1996∼1998년도 귀속분 종합소득세를 장부 및 증빙에 의하여 작성한 대차대조표, 손익계산서 등 재무제표를 첨부하고 세무대리인의 외부조정을 거쳐 과세표준과 세액을 산출하여 신고하였음이 종합소득세·농어촌특별세 과세표준 확정신고 및 자진납부계산서에 의하여 확인되므로, 장부 및 증빙서류에 의하여 과세표준을 계산할 수 없을 만큼 장부 및 증빙서류의 중요부분이 미비 또는 허위라고 볼 수 없으며, 따라서 추계조사방법에 의하여 과세표준을 결정해야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 ○○통상, ××치과기공소, △△치과기공소 등 3개 업체와 거래한 기공료가 모두 누락되었다고 주장하면서, 이의 증빙으로 ○○통상과 청구인간에 거래한 1998년도분 기공료 거래장을 심사청구시에 제시하여 이를 필요경비로 인정받은 바 있으므로, 마찬가지로 1998년도 ○○통상의 수입금액 중 동 연도의 기공료가 차지하는 비율을 적용하여 ○○통상의 1996년도 및 1997년도 누락분과 ××치과기공소와 △△치과기공소의 1996년부터 1998년까지의 기공료 누락분의 합계 171,240,000원을 필요경비로 인정하여야 한다는 주장이나, 청구인이 당해 연도에 위의 업체들과 거래하였다고 인정할 만한 거래장 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다. (나) 청구인은 △△치과기공소 등 3개 업체로부터의 금 매입금액 61,489,152원이 누락되었음을 주장하면서 △△치과기공소의 1998. 8월부터 1998. 12월까지의 금거래장을 제시하고 있으나, 동 거래장에는 금 사용량 등이 기재되어 있을 뿐 금의 매입시기, 수량 및 금액 등이 기재되어 있지 않고, 동 거래내용을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다. (다) 간호사 청구외 □□□ 등 4인의 인건비가 누락되었음을 주장하면서 본인들의 확인서 및 동료직원들의 확인서를 제출하였으나, 청구인의 연도별 인건비 신고내역을 보면, 1996년도 82,850,000원, 1997년도 111,600,000원, 1998년도 109,800,000원이며, 당초 처분시 처분청은 1996년 141,300,000원, 1997년 146,400,000원, 1998년 109,800,000원의 인건비가 누락된 것으로 보아 추가로 필요경비로 인정하였는 바, 위 누락되었다고 주장하는 □□□ 등 4인의 인건비가 당초 신고분 및 추가 인정분에 포함되었는지 여부가 불분명하고 이를 확인할 수 있는 증빙을 제출하지 못하고 있다. (라) 병원 실내수리비로 99,933,900원이 누락되었다고 주장하면서 이에 대한 증빙으로 청구인 및 청구인의 처와 자의 명의로 수리업자에게 입금하였다는 무통장입금증을 제시하였으나, 공사계약서 등 청구인과 실내수리업자간에 공사와 관련된 증빙이 없어 청구인의 사업과 관련한 수리비인지 여부가 불분명하다. (마) 의료보험료 대행수수료 5,053,000원의 누락주장에 대하여 보면, 1999. 7. 27 작성한 대행업자 청구외 ◇◇◇의 확인서와 1997. 1월부터 1998. 12월까지 2년간의 월별 대행수수료 5,053,000원의 영수증을 제출하였으며, 1999년도 6개월간의 대행수수료 1,623,000원의 영수증과 2000년도 대행수수료 3,483,000원을 지불한 영수증을 제출하였는 바, 의료보험료 대행수수료가 지속적으로 지출되고 있다고 보아야 할 것이다. (바) 실험연구실 관리비 4,440,096원이 누락되었다는 청구인의 주장에 대하여 보면, 청구인은 ○○상가 지하 1층 3호를 실험연구실로 사용하고 1997. 12월부터 1998. 12월까지 ○○상가관리사무소에 관리비를 납부하였다고 하면서 월별 관리비 납입영수증과 관리비가 자동이체된 청구인의 ○○은행 하계동지점의 예금통장(계좌번호 38804-XXXXXXX)을 제시하였는 바, 위의 실험연구실 관리비 지급은 사실로 인정하여야 할 것이다. (사) 청구인은 ○○대학교에 20,000,000원을 기부하였다고 주장하면서 1997. 2. 26자 무통장입금증을 제시하였으나, 동 무통장입금증에는 받는 자가 ○○대학교 치과대학 학과장인 청구외 ◎◎◎ 개인으로 되어 있어 동 금액이 ○○대학교에 기부금으로 지급되었는지의 여부가 불분명하다.

(3) 위의 사실관계를 종합해 볼 때, 장부 및 증빙서류에 의하여 과세표준을 계산할 수 없을 만큼 주요 부분이 미비하거나 허위라고 볼 수 없으므로 이 건 추계조사방법에 의하여 결정하여야 한다는 청구인 주장은 받아들일 수 없으며, 필요경비로 인정받지 못하였다는 비용 중 청구인이 제출한 증빙에 의하여 지출한 사실이 인정되는 의료보험료 대행수수료와 실험연구실 관리비를 필요경비로 인정하여 이 건 과세표준과 세액을 경정함이 타당할 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.