양도자산의 필요경비

처분청이 2000.6.9 청구인 ○○○외2인(○○○, ○○○, ○○○, 이하 "청구인"이라 한다)에게 결정고지한 1999년도분 양도소득세 68,504,710원과 1995귀속분 종합소득세 2,927,850원, 1996귀속분 종합소득세 3,167,280원, 1997귀속분 종합소득세 3,491,690원, 1998귀속분 종합소득세 4,045,560원은,

(1) 처분청에서 가공지출경비로 보아 필요경비 부인한 140,343,200원중 1991.5.8 1,500,000원, 1991.10.11 6,043,000원, 1992.12.23 3,150,000원, 1994.6.8 5,000,000원등 합계 15,693,000은 양도소득세 필요경비로 인정하여 경정하고,

(2) 나머지 청구는 기각한다.

청구인은 서울특별시 ㅇ구 ○○○가 ○○○ 소재 ○○○빌딩(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 1986.5.21 취득한 후 약 14년간 임대사업을 영위하다가 1999.12.2 이를 양도하고 양도가액은 매매계약서상의 금액 4,300,000,000원으로, 취득가액(필요경비)은 1998.12.31 현재의 장부가액인 3,016,020,875원으로 하여 양도소득세를 실지거래가액에 의해 예정신고·납부하였다. 처분청은 청구인이 신고한 양도가액 4,300,000,000원은 사실로 인정하였으나 1986.5.21 쟁점부동산 취득이후 1999.12.2 양도할 때까지 부동산임대소득에 대한 종합소득세를 매년 서면신고하면서 건물과 구축물계정에 자본적지출로 계상한 금액 중 실제 지출사실을 입증하는 증빙이 미흡한 261,537,246원과 가공지출로 인정되는 140,343,200원, 수익적지출인데도 자본적지출로 계상한 것으로 인정되는 29,250,000원등 합계 431,130,446원을 필요경비부인하여 양도소득세와 종합소득세를 결정고지하였다가 2000.8.18 이의신청 결정에 의해 증빙이 없다는 이유로 부인했던 261,537,246원을 필요경비로 인정하여 1999년도분 양도소득세 68,504,710원과 1995∼1998귀속분 종합소득세 13,632,380원(1995귀속분 2,927,850원, 1996귀속분 3,167,280원, 1997귀속분 3,491,690원, 1998귀속분 4,045,560원)을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.11.17 심판청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청이 요구하는 취득일(1986.5.21) 이후 양도일까지의 자본적지출내역과 관련된 장부 및 증빙서류는 국세기본법 및 소득세법규정에 의한 장부등의 의무보관기간(5년)이 경과되었고 소득세 부과제척기간도 이미 경과하였는 바, 과세관청에 쟁점부동산의 임대소득과 관련하여 매년 신고해 온 자본적지출금액을 10여년이 지나 부인하는 것은 부당하며, 또한 쟁점부동산은 신축한지 40년이 지난 노후건물로 많은 수선유지비 지출이 불가피 했던 사정등을 감안하지 아니한 채 지출내역이 불분명하고 자본적지출과 관련된 원시증빙 등을 양도할 때까지 보관하고 있지 아니하다는 등의 이유로 과세한 이건 처분은 위법부당한 처분이다. 소득세법상 자본적지출은 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키는 것으로 하고 있고 수익적지출은 고정자산의 원상을 회복시키거나 능률유지를 위한 지출로 규정하고 있으므로 이의 구분은 구체적인 공사내용과 규모, 당해공사가 건물에 미치는 영향등을 종합적으로 검토하여 결정하여야 함에도 처분청이 공사후 5-10년이상이 경과된 지출분에 대하여 현장확인은 물론 구체적인 공사내용 확인없이 단지 영수증상의 표기내용만으로 가공지출 또는 수익적지출 여부를 판단하는 것은 국세기본법상의 근거과세원칙과 실질과세원칙을 위배한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 실지거래가액에 의해 양도차익을 계산하는 경우 필요경비로 인정하는 범위는 양도자가 실지부담한 비용중 소득세법 제97조 제1항 각호에서 규정하고 있는 취득가액, 설비비와 개량비, 자본적지출액, 양도비 등으로 하는 것이므로 취득후 계속해서 매년 복식장부에 의거 쟁점부동산의 부동산임대소득에 대한 과세표준과 세액을 서면신고 해 왔다 하더라도 대차대조표상의 건물과 구축물 계정금액이 정당하게 계상된 것이 아니라면 이는 필요경비로 인정할 수 없는 것이며, 또한 자본적지출금액의 경우 그 적정여부를 확인하지 않은 채 장부상에 계상되었다는 이유만으로 양도소득세의 필요경비로 공제할 수는 없는 것이며, 이에 대한 입증책임은 필요경비로 공제하여 과세관청에 신고한 당해 납세자에게 있는 것이므로 처분청 처분에는 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 이 건은 청구인이 1986.5.21 쟁점부동산을 취득하여 임대사업에 공하다가 1999.12.2 이를 양도하고 양도소득세를 실지거래가액으로 신고한 데 대하여, (1) 건물 및 구축물등의 자본적지출로 자산취득가액에 가산하여 감가상각을 해 온 금액중 가공지출비용에 해당하는 140,343,200원이 있고, (2) 경비내용으로 보아 수익적지출에 해당하는데도 자본적지출로 계상한 29,250,000원이 있는 것으로 보아 이를 필요경비 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】에서 『① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 가목 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 그 자산의 취득당시의 기준시가에 의한다.

2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비

3. 대통령령이 정하는 자본적 지출액

② 양도자산보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 양도차익을 실지거래가액에 의하는 경우에 있어서 그 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 및 동호 나목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 기준시가에 의하는 경우(제100조 제1항 단서의 규정에 의하여 취득가액을 환산한 경우를 포함한다)에 있어서는 제1항 제1호 가목 본문 및 동호 나목 단서의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 하고 있다. 같은법 제100조 【양도차익의 산정】에서 『① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』라고 하고 있고, 같은법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】에서 『① 법 제100조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 제3항 각호 및 제157조 제4항·제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우 또는 제4항 각호의 1(제3호의 경우에는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)의 경우를 말한다.

④ 법 제96조 제1호 단서 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 "당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우』라고 하고 있다. 같은법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】에서 『① 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 설비비와 개량비”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 양도자산의 용도변경을 위하여 지출한 비용

2. 양도자산의 개량을 위하여 지출한 비용

3. 양도자산의 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것

④ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 자본적 지출액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제69조의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요한 경비에 산입된 것을 제외한 금액』이라고 하고 있다. 국세기본법 제16조 【근거과세】에서 『① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.』라고 하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 청구인은 쟁점부동산을 1986.5.21 취득한 후 약 14년간 임대사업을 영위하다가 1999.12.2 양도하였으며, 1999.12월 양도소득세 예정신고시 양도가액은 실지거래가액인 4,300,000,000원으로 하면서 취득가액(필요경비)은 1998.12.31 현재의 장부가액인 3,016,020,875원으로 하여 양도소득세를 예정신고·납부하였다. (단위: 원) 구 분 토 지 건 물 구 축 물 합 계 당초 취득가액 1,671,410,122 658,589,878 2,330,000,000 자본적 지출액 1,120,123,028 51,935,452 1,172,058,480 계 1,671,410,122 1,778,712,906 51,935,452 3,502,058,480 감가상각누적액 468,137,524 17,900,081 486,037,605 잔액(장부가액) 1,671,410,122 1,310,575,382 34,035,371 3,016,020,875 처분청은 쟁점부동산의 양도에 따른 양도차익을 실지거래가액에 의해 조사하면서 청구인이 신고한 양도가액 4,300,000,000원은 실지양도가액으로 인정하였으나 1986∼1996년에 청구인이 건물및 구축물과 관련된 자본적 지출로 장부에 취득가액으로 계상한 금액중 1989년도에 1,000,000원, 1991년도에 77,093,200원, 1992년도에 11,950,000원, 1994년도에 31,550,000원, 1996년도에 48,000,000원등 합계 169,593,200원(가공지출경비 140,343,200원과 수익적지출인데도 자본적지출로 계상한 29,250,000원의 합계)을 필요경비 부인하여 부과제척기간이 도과하지 아니한 1994년도 이후분에 대한 종합소득세를 경정결정(환급)하고, 쟁점부동산의 양도에 따른 1999년도분 양도소득세 68,504,710원을 과세하였다. 청구인은 이 건은 국세기본법 및 소득세법등 관련규정에 의한 장부 및 증빙등의 의무보관기간인 5년이 경과되었을 뿐만 아니라 소득세에 대한 부과제척기간이 경과되었음에도 의무보관기관이 경과한 1989∼1996귀속년도의 장부 및 증빙분실등을 이유로 이미 성실하게 신고 및 조사결정된 자본적 지출내용을 부인하는 것은 부당하다는 주장이며, 처분청은 쟁점부동산의 양도가액 및 당초 취득가액등은 확인되나 취득일 이후의 자본적 지출과 관련된 일부 전표철과 입금증등 외에는 원시증빙 대부분이 없을뿐만 아니라 국세청전산자료 조회결과에 의하면 가공지출혐의가 있고, 일부 지출내용은 자본적지출이 아니라 수익적지출에 해당하므로 이를 모두 필요경비부인하여 양도소득세와 종합소득세를 과세한 처분에는 잘못이 없다는 의견이다.

(2) 건물 및 구축물등의 자산취득가액으로 계상한 140,343,200원을 가공지출경비로 보아 필요경비부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부에 대하여 본다. 처분청은 청구인이 1991.5.8 청구외 ○○○(○○○공업사, 사업자등록번호 ○○○)에게 지급한 건물셔터교체공사비 1,000,000원등 1989∼1996년 사이에 9개 거래처에 지급하고 건물과 구축물계정과목에 자산으로 계상한 140,343,200원을 가공지출금액이라 하여 양도소득세 필요경비로 인정하지 아니하였는바, 청구인이 거래한 거래처현황을 보면, ○○○은 1993.4.24, 청구외 ○○○(○○○공사, 사업자등록번호: ○○○)은 1994.8.17, 청구외 ○○○(○○○도료, 사업자등록번호: ○○○)는 1994.5.30, 청구외 ○○○(○○○금속, 사업자등록번호: ○○○)은 1992.5.19, 청구외 ○○○(○○○공사, 사업자등록번호: ○○○)는 1993.8.2, 청구외 ○○○(○○○포루마, 사업자등록번호: ○○○)는 1995.12.31, 청구외 ○○○(○○○도료, 사업자등록번호: ○○○)는 1996.6.26에 각각 폐업한 것으로 확인되고 있으며, 청구외 ○○○(○○○도료상사, 사업자등록번호: ○○○)과 청구외 ○○○(○○○냉열, 사업자등록번호: ○○○)등은 현재 계속 사업중인 것으로 확인되고 있다. 1989년이후 청구인과 거래한 위 거래처 대부분이 현재는 폐업되어 실제거래사실여부확인이 어려우나 처분청이 제시하는 과세근거자료와 청구인이 심리자료로 제시하는 지출증빙등 항변자료에 의해 1989년-1996년 사이에 청구인이 쟁점부동산임대와 관련하여 건물 및 구축물 등의 자산취득가액으로 계상한 140,343,200원이 가공지출인지여부를 보면, 1991.5.8 청구외 ○○○공업사(○○○)에 건물스텐파이프샷터 교체공사비로 지급한 1,500,000원과 1991.10.11 청구외 ○○○공사(○○○)에 건물도색과 관련하여 지급한 6,043,000원은 거래상대방으로부터 세금계산서를 교부받은 것으로 확인되고, 청구인 또한 입금표와 전표등 관련증빙을 제시하고 있어 처분청이 입금표에 표기된 필체가 다른 증빙의 필체와 동일하다거나 1987년도에 쟁점건물에 대해 건물대수선을 한 적이 있어 1991년도에 지출한 건물도색비는 가공지출이라고 한 것은 잘못인 것으로 판단되고, 1994.6.8 옥상방수공사비 5,000,000원에 대하여 청구외 ○○○(○○○도료, 전화번호: ○○○)는 『1994.6.8 ○○○빌딩의 옥상방수공사를 하고 공사대금 5,000,000원을 수령한 사실이 있고, 1996∼1997년에도 거래한 적이 있다』고 확인하고 있으며 청구인도 거래상대방으로부터 세금계산서를 교부받고 전표등 관련증빙을 제시하고 있어 1994.6.8 옥상방수공사비 5,000,000원은 청구인이 당시에 실제로 지출한 경비인 것으로 인정되며, 1992.12.23 난방기기및설치대금 3,150,000원에 대하여 보면 청구인이 세금계산서를 교부받았고 청구외 ○○○(○○○냉열, 휴대전화: ○○○)도 『1992년도에 2차례에 걸쳐 ○○○빌딩 냉난방공사를 한 적이 있으며, 오래전이라 현재 관련증빙은 보관하고 있지 아니하다』고 청구인과의 거래사실을 시인하고 있어 처분청이 가공거래에 따른 지출에 해당된다는 이유로 필요경비 부인한 것은 잘못이라 할 것이다. 처분청이 가공지출로 보아 양도소득세 필요경비를 부인한 140,343,200원중에서 위 15,693,000원을 제외한 1989.5.14 건물샷시공사비 1,000,000원등 124,650,200원은 처분청조사내용 등에 의하면 청구인이 관련지출증빙을 보관하고 있지 아니하거나 거래상대방이 공사사실 자체를 부인하고 있어 처분청 과세에 잘못이 있는 것으로는 판단되지 아니한다.

(3) 청구인이 자본적지출로 계상한 29,250,000원이 수익적지출에 해당하는지 여부를 본다. 소득세법 제33조 및 같은법 시행령 제67조 등의 규정에 의하면 "자본적지출"이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용년수를 연장시키거나 당해자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치, 빌딩 등의 피난시설 등의 설치, 재해 등으로 인하여 건물,기계,설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구, 기타 개량,확장,증설 등으로 위와 유사한 성질의 것을 포함한다고 하고 있다. 청구인이 쟁점부동산의 건물과 구축물과 관련된 자본적지출로 계상한 1991.8.12 청구외 ○○○금속상사 스텐레스공사비 1,500,000원, 1992.5.13 ○○○산업사의 물탱크 교체공사비 4,500,000원, 1992.6.11 ○○○공업사의 옥상공사비 1,700,000원, 1994.5.2 (주)○○○포루마의 옥상방수공사비 19,500,000원, 1994.3.15 ○○○전력(주)의 전기공사비 2,050,000원등 합계 5건 29,250,000원은 청구인이 제시한 지출증빙과 자산취득명세, 처분청조사내용 등을 종합해 보면 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키는 지출로는 인정할 수 없는 것으로 판단되며, 따라서 처분청이 자본적지출이 아니라 수익적지출에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 필요경비를 부인한 데에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.