적법하게 발행된 세금계산서 인지 여부.

○○○세무서장이 2000.9.15 청구인에게 한 1998.1기분 부가가치세 12,396,020원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○에서 ○○○제조장을 영위하는 사업자로서, 1998.2.21 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○에서 일반건축공사업을 영위하고 있는 청구외 ○○○ ○○○과 ○○○ 제작·설치 및 샌드위치 패널 100m/m 시공공사(일명 제국실 2차공사, 이하 "쟁점공사"라 한다) 도급계약(건축주: 청구인, 시공자: ○○○)을 체결하고, 1998.5.14 이를 준공하였으며, 같은 날 공급가액 100,000,000원(부가가치세 10,000,000원 별도)상당의 세금계산서 2매(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 1998.1기분 부가가치세 확정신고시 해당 매입세액을 공제하여신고하였다. 한편, ○○○의 사업장 관할세무서장인 ○○○세무서장(현 ○○○세무서장)은 1997.9.30자로 ○○○의 사업자등록을 직권폐업(폐업사유: 1997.9.30 현재 무단폐업)시켰다. 처분청은 청구인이 ○○○과 거래한 사실은 인정되나, ○○○세무서장이 1997.9.30자로 ○○○의 사업자등록을 직권폐업시켰으므로, 쟁점세금계산서 교부당시 ○○○이 미등록사업자에 해당된다 하여 쟁점세금계산서상의 매입세액 10,330,000원을 불공제하여 2000.9.15 청구인에게 1998.1기분 부가가치세 12,396,020원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.10.30 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점공사 도급계약체결시 ○○○의 사업자등록증을 확인하였고, ○○○이 수년 전부터 서울특별시내에 소재하고 있는 다른 탁주제조장의 건설공사를 도급받아 전문적으로 공사를 한 사실이 있는 바, 청구인은 ○○○을 정상사업자로 판단할 수 밖에 없는 선의의 거래자이다. 더구나, 처분청은 2000.9.15 청구인에게 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하여 이 건 과세처분을 한 후, 2000.9.29 ○○○의 사업자등록을 1998.5.14자로 직권등록시키고, 1998.6.30자로 직권폐업시키면서 ○○○에게 쟁점세금계산서상의 공급가액과 같은 금액에 대하여 매출부가가치세를 과세처분하였는 바, 이는 ○○○을 정상적인 사업자로 인정한 것이므로, 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

○○○은 사업의 어려움으로 인하여 사업장을 무단으로 폐업하여 1997.9.30자로 사업자등록이 직권폐업된 자로, 청구인이 쟁점공사 기간동안 ○○○의 사업장을 확인하거나 전화를 한 번이라도 하였다면, ○○○의 사업장이 폐쇄되었다는 사실을 알 수 있었음에도 불구하고, 이를 소홀히 하여 청구인이 성실한 주의·의무를 다한 선의의 거래자라고 볼 수 없다. 또한, 처분청이 ○○○과의 거래 자체를 부인하는 것이 아니라 폐업후의 ○○○의 지위가 미등록사업자이므로, 이로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 매입세액 불공제대상이고, 처분청이 ○○○의 사업자등록을 1998.5.14자로 직권등록시켜 1998.6.30자로 직권폐업시킨 것은 직권폐업시켰던 기존의 사업자등록을 소급하여 취소시킨 것이 아니고 부가가치세를 과세하기 위하여 새로운 사업자등록을 시킨 것(사업자등록번호는 처분청의 전산체계상 동일한 번호로 발행되었음)으로 청구인의 주장은 받아들이기가 어렵다 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실지 거래에 따른 정당한 세금계산서로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제5조 【등 록】제4항에 의하면, 『제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.』고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서는, 『사업자가 폐업하거나 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다.』고 규정하고 있다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】제1항에 의하면, 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』이라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. (단서 생략)』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1998.2.21 ○○○과 쟁점공사도급계약을 체결하고 1998.5.14 이를 준공하였으며, 같은 날 쟁점세금계산서를 교부받아 1998.1기분 부가가치세 확정신고시 해당 매입세액을 공제하여 신고하였고, 처분청은 청구인이 ○○○과 거래한 사실은 인정되나, ○○○세무서장이 1997.9.30자로 ○○○의 사업자등록을 직권폐업시켰으므로, 쟁점세금계산서 교부당시 ○○○이 미등록사업자에 해당된다 하여 청구인이 신고한 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 확인되고, 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) ○○○의 사업장 관할 ○○○세무서장은 ○○○이 1991.8.7 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○에서 건설업 등의 사업을 개시한 후, 부가가치세를 신고하여 오다가, 1997.2기분부터 부가가치세를 신고하지 않았다 하여 ○○○의 사업자등록을 1997.9.30자로 직권폐업시켰고, ○○○의 주소지 관할 처분청은 ○○○이 쟁점공사를 실지 시공하였으며, 쟁점세금세금계산서상의 공급가액 상당액을 매출누락한 것으로 보아 2000.9.26 ○○○ ○○○의 사업자등록을 1998.5.14자로 소급하여 직권등록시키고, 1998.6.30자로 소급하여 직권폐업시킨 후, 2000.9.29 ○○○에게 1998.1기분 부가가치세 13,164,550원을 과세처분한 사실이 국세청전산자료 및 납세고지서 등에 의하여 확인된다.

(3) 처분청이 쟁점세금계산서가 이미 직권폐업된 사업자인 ○○○로부터 교부받은 세금계산서라 하여 해당 매입세액을 불공제한 처분에 대하여, 청구인은 쟁점공사 도급계약체결시 ○○○의 사업자등록증을 확인하였고, ○○○이 수년 전부터 서울특별시내에 소재하고 있는 다른 탁주제조장의 건설공사를 도급받아 전문적으로 공사를 한 사실이 있어, ○○○을 정상사업자로 판단할 수 밖에 없었던 선의의 거래자라고 주장하면서, ○○○이 다른 건설공사를 시공하고 교부한 세금계산서 2매 및 ○○○이 1995.12.11 ○○○(주)와 체결한 하자보증보험증권을 제시하고 있다.

(4) 청구인이 제시한 위 세금계산서 2매를 보면, ○○○이 탁주용기의 부품 제조업체인 ○○○(주)로부터 건물 H빔 보강공사 및 패널공사를 도급받아 이를 시공하고 세금계산서 2매(1997.11.17자 공급가액 12,000,000원, 1997.12.9자 공급가액 128,000,000원)를 교부한 사실이 확인되고 있다. 또한, 1995.12.11자 ○○○증권을 보면, ○○○이 보험계약자로서 보험기간을 1995.12.11부터 1996.12.10까지, 보험계약 내용을 ○○○ 제작 설치 및 샌드위치 판넬 시공공사로 하여 ○○○(주)와 체결하였고, 위 공사는 쟁점공사의 전단계 공사인 제국실 1층 신축공사로서 ○○○이 1995년말 위 공사를 실제 시공한 사실을 알 수 있다.

(5) 한편, ○○○의 사업장 관할 ○○○세무서장은 ○○○이 1997.9.30 폐업한 것으로 직권폐업시켰으나, ○○○의 주소지 관할 세무서장은 ○○○의 사업자등록을 1998.5.14자로 소급하여 직권등록시키고 1998.6.30자로 소급하여 직권폐업시킴으로써, ○○○이 위 과세기간 중 실지사업을 한 것으로 보아 ○○○이 청구인에게 교부한 쟁점세금계산서상의 공급가액에 대하여 매출누락으로 과세한 사실로 볼 때, ○○○은 ○○○세무서장의 직권폐업 여부와 관계없이 위 과세기간 중 실질적으로 사업을 영위하였다고 보아야 할 것이다.

(6) 따라서 청구인이 ○○○을 사업자로 보아 쟁점공사 도급계약을 체결하고 공사가 완료된 후, ○○○로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 실지 거래에 따른 정당한 세금계산서로 보아야 할 것이므로, 처분청이 쟁점세금계산서 교부당시 ○○○이 미등록사업자에 해당된다 하여 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이라고 판단된다(국심 2000광1414, 2000.9.22, 같은 뜻).

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.