경정청구 대상이 되는지 여부.

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 의료보험료 수입금액을 금융기관에 예치운용함에 따라 발생되는 금융이자소득 중 당초 1997∼1998사업연도분 법인세신고시 누락한 이자소득 42,840,855원(이하 "쟁점이자소득"이라 한다)을 추가로 고유목적사업준비금으로 손금산입한 후 1999.3.16 쟁점이자소득에 해당하는 기납부 원천징수세액 8,568,160원을 환급하여야 한다는 내용의 법인세 경정청구를 처분청에 하였다. 이에 대하여 처분청은 이자소득만 있는 비영리법인인 청구법인이 당초 법인세신고시 누락한 쟁점이자소득은 청구법인 스스로 분리과세방법을 선택한 것이므로 쟁점이자소득이 청구법인의 과세소득금액에 합산됨을 전제로 한 기원천징수당한 세액의 환급을 구하는 경정청구는 받아들일 수 없다는 경정청구거부통지를 2000.2.22 청구법인에게 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.5.13 이의신청을 거쳐 2000.9.26 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 그동안 원천징수된 이자소득에 대하여 한 번도 누락함이 없이 과세표준의 신고를 하여 왔는데, 쟁점이자소득이 발생한 금융상품(신종적립신탁)에 대한 이해가 부족하였던 담당직원의 실수로 1997∼1998사업연도분 법인세신고시 누락하게 된 것으로 추후 이러한 사실을 알게 되어 경정청구하게 된 것인 바, 처분청의 주장처럼 분리과세를 선택한 것이 아닌 단순한 과실에 기인하는 것이므로 신뢰보호의 측면에서 청구법인의 법인세경정청구를 인정하여 환급함이 정당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 제62조 제1항 에서 이자소득만이 있는 비영리내국법인은 이자소득에 대하여 법인세의 과세표준신고를 아니할 수 있도록 규정하고 있고, 법인세법시행령 제99조 제1항 에서는 비영리법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있도록 규정하고 있으며, 또한, 법인세법시행령 제99조 제2항 에서 과세표준신고를 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 당초 법인세신고시 누락된 쟁점이자소득을 추가로 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 기납부된 세액을 환급하여 달라는 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 비영리법인인 청구법인이 법인세신고시 과세소득금액에서 누락한 쟁점이자소득을 경정청구에 의해 추가로 과세표준에 포함시킬 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 전면 개정전의 것) 제12조의 2 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 법인세법 제27조 【비영리내국법인의 과세표준신고】

① 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영리대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 이 건 과세자료에 의하면 청구법인(의료보험조직통합운영에 따른 관련법령 개정으로 당초 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 의료보험조합에서 1998.10.1 ○○○공단으로, 2000.7.1에는 ○○○공단으로 변경됨)은 1997사업연도분 이자소득 894,242,680원과 1998사업연도분 이자소득 520,458,845원을 각 사업연도별 법인세 신고기한내에 신고하여 기 원천징수된 세액인 181,485,254원과 104,687,327원을 환급받은 사실이 확인되고, 청구법인은 당초 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점이자소득을 과세소득금액에서 누락한 사실에 대하여는 당사자간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 1999.3.16 쟁점이자소득을 법인세 과세소득금액으로 하여 과세표준에 포함하는 한편 동 금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 쟁점금액 관련 원천납부세액을 기납부세액으로 공제하여 환급을 요구하는 경정청구를 하였으며, 이에 대하여 처분청은 2000.2.2 동 경정청구를 거부하는 통지를 하였음이 경정청구서 등 관련자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 당초 법인세신고시 쟁점이자소득을 누락한 것이 단순한 실수로 인한 것이므로 처분청이 쟁점이자소득에 대한 원천징수세액에 해당하는 금액을 환급요구한 경정청구를 거부함은 부당하다는 주장이므로 이를 살펴본다. 우선, 이 건 환급경정청구 거부의 근거에 대한 관련법령을 보면 처분청은 현행 법인세법 제29조 및 제62조와 같은법시행령 제99조를 들고 있으나, 이 건 과세요건의 성립시기는 1997∼1998년도이므로 이 건에 적용하여야 할 관련법령은 구법인세법(1998.12.28 전면 개정전의 것) 제12조의 2 및 제27조를 적용함이 타당하다고 본다. 위에서 본 법인세법 제27조 제1항 의 규정에 의하면, 비영리법인의 경우 이자소득을 법인세 과세표준에 포함하여 신고할 것인지의 여부는 청구법인 스스로의 선택에 의하여 결정하도록 되어 있는 바, 이는 납세자에게 법인세 과세표준의 신고여부에 대한 선택적 권리를 부여한 것으로서 이자소득이 있는 비영리내국법인이 원천징수된 세액을 환급받으려면 법인세 과세표준 신고기한내에 동 이자소득을 과세소득금액으로 하여 과세표준에 포함시켜 신고를 해야 한다고 할 것이다(국심 2000서1018, 2000.6.15 같은 뜻임). 청구법인이 당초 법인세 과세표준신고시 쟁점이자소득을 과세표준에 포함하여 신고하지 않았다면 쟁점이자소득은 원천징수로서 과세절차가 종결된다고 할 것이고, 경정청구에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수는 없는 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.