매입할인정산금액이 매입할인이 아님을 이유로 곧 바로 익금가산하여 이 건 법인세 등을 과세한 것은 법인세 등 관련법령과 기업회계기준 등에 관한 해석규정에 반하므로 허용될 수 없음
매입할인정산금액이 매입할인이 아님을 이유로 곧 바로 익금가산하여 이 건 법인세 등을 과세한 것은 법인세 등 관련법령과 기업회계기준 등에 관한 해석규정에 반하므로 허용될 수 없음
반포세무서장이 2000.3.15 청구법인에게 한 1994사업연도 법인세 92,482,180원 및 농어촌특별세 3,709,040원과 2000.6.10 청구법인에게 한 1995사업연도 법인세 168,509,070원 및 농어촌특별세 7,583,070원과 1995년 제2기 부가가치세 4,503,420원, 1996사업연도 법인세 153,931,020원과 1996년 제1기 및 제2기 부가가치세 각 4,617,350원 및 2,475,590원, 1997사업연도 법인세 139,245,690원과 1997년 제1기 및 제2기 부가가치세 각 15,604,700원 및 31,473,730원, 1998사업연도 법인세 262,324,650원과 1998년 제1기 및 제2기 부가가치세 각 18,279,930원 및 3,819,560원의 부과처분은
1. 1994사업연도 법인세 92,482,180원 및 농어촌특별세 3,709,040원에 대한 청구는 이를 각하한다.
2. 1995사업연도 내지 1998사업연도의 법인세 등에 대하여 해당사업연도별 매입할인정산금액은 이를 익금산입하지 아니하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
3. 나머지 청구는 이를 기각한다.
청구법인은 1979.4.13 개업하여 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○에 본점(사무소)을 두고 의약품 및 의료용품 도매업에 종사하는 법인으로서 제약업체로부터 의약품 등을 공급받으면서 매입세금계산서는 의약품 발행가액으로 교부받고, 그 후 제약업체로부터 매입할인 승인통지가 오게 되면 그 시점에서 동 할인금액을 영업외수익으로 계상·처리하여 온 바, 처분청은 1999년 11월 중 청구법인에 대한 1997사업연도 귀속분 법인세 정기조사 결과, 의약품 등 매입시 할인받게 되는 금액을 예측할 수 있다 하여 발행가액과 사후 정산된 거래가액간 차액은 정상적인 매입할인의 경우에 해당하지 아니한다는 판단 아래 별지 내역의 1994사업연도부터 1998사업연도까지의 5년간 매입할인정산금액 합계 1,139,637,514원을 다른 업무무관경비금액과 함께 해당연도에 각 익금가산하여 청구법인에게 아래표와 같이 법인세 및 농어촌특별세를 결정하여 세금계산서 제출합계표 기재불성실을 사유로 하는 별도의 부가가치세(가산세)와 함께 이를 청구법인에게 고지하였다. 귀속연도 법 인 세 농어촌특별세 부 가 가 치 세 고지일 (제1기) (제2기) 1994 92,482,180 3,709,040 2000.3.15 1995 168,509,070 7,583,070 4,503,420 2000.6.10 1996 153,931,020 4,617,353 2,475,592 " 1997 139,245,690 15,604,708 31,473,732 " 1998 262,324,650 18,279,938 3,819,566 " 계 816,492,610 11,292,110 80,774,280 청구법인은 이에 불복하여 2000.8.3 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 의약품 등을 매입할 때 이미 할인금액을 알고 있다는 이유만으로 정상적인 매입할인이 아니라 하여 이 건 법인세 등을 과세하였으나 처분청도 인정하고 있는 바와 같이 실제거래가액과 세금계산서 발행가액의 차액이 곧 매입할인임은 움직일 수 없는 사실임에도 불구하고 매입할인을 정상적이라거나 비정상적이라는 불명확한 수식어에 의하여 구분지어 임의로 불이익을 부당하게 가하는 것은 이해할 수 없으며 처분청이 매입할인계상누락으로 처분하면서 장기간 계속하여 받아들여져 오고 있는 관련법규나 통칙의 적용 대상이 아니라고 함은 자가당착이다. 뿐만 아니라 매입할인의 귀속시기는 거래상대방의 정산통지 시점에서 확정될 수 있으므로 청구법인이 거래관행에 따라 약품 매입시 발행가액으로 계상하였다가 제약업체로부터 정산통지를 받은 시점에서 매입할인액을 영업외수익으로 계상한 당초 신고는 조세를 감소시키는 등 하등의 폐해가 없는 정당한 것이므로 이 건 법인세 등 소급처분은 취소함이 마땅하다.
(2) 수많은 거래처를 거래 시마다 사업자등록번호 등 기본사항을 확인하기 어려워 부가가치세 매입처별세금계산서 합계표의 사업자등록번호 등 기본사항을 사실과 다르게 기재하였을 뿐이므로 이 건 가산세 부과는 취소함이 타당하다.
(3) 1997년 7월 중 처분청의 법인세 정기 조사시 1994 및 1995사업연도는 이미 조사를 받았고 그런 이상 이 건 ○○○지방국세청의 법인세 정기 조사에 의한 1994 및 1995사업연도분 법인세 추징 결정은 위법사유인 중복조사의 경우에 해당한다.
(1) 청구법인의 경우 사실상 상품매입시점에 확정되었다고 볼 수 있는 사후 정산거래가액과 세금계산서 발행가액과의 차액에 거래수량을 곱하면 매입할인이라고 주장하는 금액의 산출이 가능한 이상, 정상적인 매입할인의 경우에 해당하지 아니하므로 거래상대방의 정산통지시까지 수익의 인식을 미룰 여지가 없음에도 발행가액으로 기장된 매입가액에서 거래가액과 발행가액의 차액을 즉시 차감하여 실제거래가액으로 회계처리하지 아니하고, 당해 차액을 제약회사의 정산통지를 받은 시점에 매입할인으로 수익계상한 것은 잘못된 것이다.
(2) 청구법인은 그 주장과는 달리 일일 평균 소량인 22매의 매입세금계산서를 수취하고 있음이 통계상으로 파악되고 있거니와 특정업체와의 거래에 대하여 반복적으로 불성실 신고한 이 건에 대하여는 여러 기(期)를 누적적으로 사실과 전혀 다른 사업자등록번호를 기록하고 보완없이 제출한 후 수정신고 등의 의무도 이행하지 아니한 이상 단순 착오 기재가 아닌 고의로 볼 수 밖에 없으므로 청구주장은 이유 없다.
(3) 청구법인은 1997.7.14 처분청의 1995사업연도 법인세 정기조사시 이미 1994 및 1995사업연도분에 대하여 세무조사를 받았으므로 이 건 1997사업연도 법인세 조사 결정시 1994 및 1995사업연도분 법인세에 대하여는 중복조사라고 주장하나 국세기본법 제81조 의 3과 동법시행령 제63조의 2의 규정에 의거 둘(2) 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있고 부과처분을 위한 실지조사의 경우에 해당되어 중복조사 금지 규정에 위배되지 아니하므로 청구주장은 이유없다.
(1) 별지의 매입할인정산금액에 대하여 정상적인 매입할인이 아니라 하여 이 건 법인세 등을 과세한 처분의 당부(쟁점①)
(2) 세금계산서 제출합계표 기재불성실을 사유로 부가가치세(가산세)를 경정·고지한 처분의 당부(쟁점②)
(3) 중복조사에 의한 부당과세의 경우에 해당하는지 여부(쟁점③)
② 내국법인이 매입·제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.
③ 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제36조【손익의 귀속사업연도】에서 『① 법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다.
1. 각 사업연도에 있어서 상품(부동산을 제외한다)·제품 또는 기타의 생산품을 판매함으로써 생긴 판매손익의 귀속사업연도는 그 상품·제품 또는 생산품의 인도일이 속하는 사업연도로 한다.(이하 생략)
② 내국인이 법 제17조 제3항에 규정하는 기업회계기준 또는 관행에 의하여 익금과 손금을 계상하지 아니한 경우에는 당해 익금과 손금의 귀속사업연도는 제1항 각호의 규정에 의한다.』라고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제22조 【가산세】제4항에서 『사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. (제1호 생략)
2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때』라고 규정하고 있다. (3) 국세기본법 제81조 의 3【중복조사의 금지】에서 『세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정·재조사를 할 수 없다.』라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제63조의 2【중복조사의 금지】에서 『법 제81조의 3에서 "기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우』라고 규정하고 있다.
(1) 쟁점①에 대하여 (가) 일 건 서류에 의하여 이 건 과세근거 및 경위를 보면 청구법인은 제약회사로부터 약품을 구입하여 병원 및 의약품 도·소매업체에 판매하는 의약품 도매업체로서 제약회사로부터 의약품을 매입하면서 세금계산서를 발행가액으로 수취하고 그 후 제약회사의 매출할인 정산통지를 받은 때 매입할인으로 수익(영업외수익) 계상처리하고 있는 바, 처분청은 청구법인에 대한 1997사업연도분 법인세 정기조사 결과, 제약업체로부터의 정산통지에 관계없이 의약품 매입시 할인금액을 예측할 수 있는 만큼 진정한 매입할인의 경우에 해당하지 않음을 이유로 1994사업연도부터 1998사업연도까지의 5년간 매입할인정산금액 합계 1,139,637,514원을 해당연도에 각 익금가산하고 이 건 법인세 등을 추징하였음을 알 수 있다. (나) 청구법인의 주장은 매입할인은 제약회사의 사후승인통지에 의한 것이고, 그 시기는 매우 불확실하므로 부득이 매입할인이 실현되는 시점에서 회계처리 할 수 밖에 없고, 이는 전체 의약품업체의 관행이어서 청구법인이 거래관행에 따라 약품 매입시 발행가액으로 계상하였다가 제약업체로부터 정산통지를 받은 시점에 해당 매입할인액을 영업외수익으로 계상한 당초 신고는 조세상 하등의 폐해가 없는 정당한 것임에도 처분청이 약품을 매입할 때 할인금액을 알 수 있다는 이유만으로 법인세 관련 예규 및 기업회계기준 등에 관한 해석 등에 반하여 매입할인 예상금액(별지의 매입할인정산금액)에 대하여 이 건 법인세 등을 과세하는 것은 부당하다는 내용이므로 이를 검토한다. (다) 우선 관련법 규정을 보면 법인세법 제17조 제1항 및 제3항 등 각 규정취지를 종합할 때 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하되 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 특별한 경우를 제외하고는 당해 기업회계기준 또는 관행에 의하여야 함을 알 수 있거니와 구체적인 사안에 있어 수익의 인식시기 등에 관하여는 상품 또는 제품 등을 매출할인에 의하여 판매하는 경우에 그 매출할인의 귀속시기는 동 상품을 판매한 날에 불구하고 그 거래처와의 사전약정에 의하여 지급일이 정하여 있는 경우에는 그 지급일, 지급일이 정하여져 있지 아니한 경우에는 지급한 날이 속하는 사업연도로 하는 것으로 풀이된다. (라) 다음으로 이 건 사실관계를 보면 청구법인과 제약업체간에 거래실적 또는 외상매입금 조기결제 등에 따라 일정율을 할인해 준다는 별도의 사전약정이 있었던 것은 아니지만 사계의 오랜 관행에 따라 제약업체에서 발행가액을 매출로 계상처리한 후 사후에 일정금액을 매출할인으로 청구법인에게 통지하여 비용처리 하여 온 사실이 처분청의 당초 조사서 및 그 부속서류의 각 기재내용에 의하여 확인되고 이 점에 대하여는 다툼이 없는 바, 이러한 사실을 놓고 볼 때 비록 청구법인이 사전에 매입할인금액을 알 수 있었다 하더라도 최초 매입시점에 제약업체가 발행가액으로 세금계산서를 교부한데 대하여 청구법인이 동 세금계산서가 위법 부당한 것이 아닌 한, 임의로 사후 할인여부가 불확실한 금액을 즉시 차감·조정하여 이를 받는다는 것은 상거래 관행상 현실적으로 기대할 수 없는 것이라고 하겠다. 또한, 동 할인금액은 매입시점이 아닌 사후에 이루어진 것임이 분명하고, 따라서 청구법인의 경우에는 위와 같은 정산통지가 있어야만 수익으로 계상할 수 있는 것이지 아무런 정산통지없이 일방적 또는 임의적으로 영업외수익으로 계상할 수 는 없다 하겠다. 그러므로 위와 같은 사정 아래에서는 별지 매입할인정산금액은 그 실질에 있어 사후에 할인 받은 금액으로서 소득세법 시행령 제51조 제3항 제2호 및 부가가치세법 시행령 제52조 제3항 에서 정하고 있는 매입할인에 해당한다고 봄이 타당하고 따라서 처분청이 이러한 매입할인예상금액이 사전에 알 수 있는 상태에 있었다는 사정만으로 이를 즉시 매입에누리와 같이 처리하여야 한다는 처분청의 의견은 지지하기 어려운 점이 있다고 하겠다. (마) 부가적인 판단사항으로 수익의 인식시기 등에 관한 규정은 해당 각 세법이 규정하는 바에 따라야 할 것인바 법인세법은 상법과 마찬가지로 회계의 기본적 역할로서 정보제공기능보다 계약지원기능 또는 이해조정기능에 주안하여 기간손익확정제도를 기본 전제로 운영되고 있음을 알 수 있거니와 청구법인의 이러한 거래태양이 당사자의 의사에 의하여 결정된 법률관계에 기초하여 관행에 따라 이루어 진 이상 선량한 풍속이나 사회질서를 해치는 등의 특단의 사정이 없는 한 세법 등에 의한 것을 포함하는 국가의 간섭은 최소한에 그쳐야 할 필요가 있다 할 것이다. (바) 사실이 이러하므로 처분청이 별지 매입할인정산금액이 매입할인이 아님을 이유로 곧 바로 익금가산하여 이 건 법인세 등을 과세한 것은 법인세 등 관련법령과 기업회계기준 등에 관한 해석규정에 반하는 것으로서 허용될 수 없는 반면 청구법인의 주장은 인정하여 주어도 무방하다고 판단된다. (사) 다만, 위 법인세 등 과세처분 중 1994사업연도 법인세 및 농어촌특별세에 대하여 청구법인은 해당 고지서를 다른 사업연도 법인세 등 과세처분의 고지서에 77일 앞선 2000.3.15 수령하였음에도 그에 대한 심판청구를 다른 처분에 대한 것과 함께 2000.8.3함으로써 법정 심판청구 제기기한에서 51일을 넘긴 사실이 처분청의 고지서 송달부에 의하여 확인되고 달리 반증이 없으므로 동 처분은 더 이상 이를 다툴 수 없이 확정되었다 할 것이므로 본안심리대상에서 제외함이 상당하다 하겠다.
(2) 쟁점②에 대하여 (가) 일 건 서류에 의하여 청구법인의 부가가치세 매입세금계산서 신고 등 현황을 살펴보면 청구법인은 그 규모에 비해 비교적 소량인 일 평균 22매의 매입세금계산서를 수취하고 있으며 실제매입처와 무관한 업체의 사업자등록번호로 전표를 전산 처리하였으며 다른 거래처의 부실기재사항과는 달리 문제가 되는 이 건 거래의 그것에는 아무런 보완이나 수정없이 장기간 계속하여 사실과 다른 사업자등록번호 등을 기재한 채 제출한 바 필요한 수정신고 등 의무의 이행도 없었던 사실이 확인되고 달리 그러한 착오에 고의가 없었다고 볼만한 아무런 자료도 찾아볼 수 없다. (나) 위와 같은 사정아래에서는 청구법인은 매입처별 세금계산서 합계표 성실신고의무를 위반함으로써 가산세부과 요건을 충족한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 세금계산서제출합계표 기재불성실을 사유로 이 건 가산세를 부과한 데에는 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 청구법인의 주장은 1997년 7월 처분청의 법인세 정기조사시 1994 및 1995사업연도는 기히 조사를 받았으므로 금번 법인세 정기조사에 의한 1994 및 1995사업연도분 법인세 등 결정은 중복조사의 경우에 해당한다는 것인 바, 위에서 검토한 바와 같이 청구법인의 주장이 그대로 받아 들여져 더 이상 심리할 실익이나 필요성이 없어졌다 할 것이므로 더 이상의 검토는 이를 생략한다.
○○○제약 9,753,450 9,753,450
○○○제약 540,786 51,502 250,712 193,460 41,592 3,520
○○○제약 574,134 574,134
○○○메디칼 45369,240 45,369,240
○○○제약 56939,000 56,939,000
○○○제약 19834,787 19,834,787
○○○바이오테크 187705,143 34,062,318 51,702,753 57,926,142 44,013,930
○○○제약 149,131,884 43,679,485 40,440,472 37,456,572 36,555,355
○○○약품 12,058,489 12,,058,489
○○○약품공업 1,661,803 1,661,803
○○○제약 2,375,718 2,375,718
○○○제약 24,056,299 24,056,299
○○○제약 5,170,100 5,170,100
○○○제약 2,055,645 2,055,645
○○○약품 16,151,843 16,151,843
○○○제약 1,348,638 1,340,800 7,838
○○○제약,80,776 7,914 72,862
○○○ 5,851,445 5,851,445
○○○제약 8,059,830 8,059,830
○○○제약 384,136,857 46,069,465 101,550,538 132,874,989 103,641,865
○○○신약 3,071,869 3,071,869 연도별 매입할인정산금액 등 내역 거 래 처 금 액 계 1994 1995 1996 1997 1998
○○○약품 1,751,182 1,751,182
○○○약품 294,262 95,500 67,195 131,567
○○○ 45,893,226 45,893,226
○○○종합판매 325,342 325,342
○○○ 4,420,300 4,420,300
○○○ 11,507,239 11,507,239
○○○제약 24,777,315 24,777,315
○○○약품 18,375,945 18,375,945
○○○약품공업 2,793,320 2,793,320
○○○제약 397,269 397,269
○○○약품 31,034,105 31,034,105
○○○ 12,337,175 12,337,175
○○○제약 329,859 201,260 128,599
○○○약품 3,089,310 3,089,310
○○○메디칼 1,421,708 1,421,708
○○○약품 2,483,400 2,483,400
○○○화학 1,349,220 1,349,220
○○○약품 6,986,266 6,986,266
○○○약품 2,250,600 2,250,600
○○○약품 2,870,703 2,870,703
○○○제약 339,990 339,990
○○○약품 15,995,606 14,451,215 1,544,391
○○○ 559,348 559,348
○○○메디칼 11,618,552 11,618,552
○○○ 508,536 508,536 계 1,139,637,514 51,502 116,402,780 211,735,600 229,918,795 581,528,837 (단위: 원)(단위: 원)(단위:원)
결정 내용은 붙임과 같습니다.