수도권신공항건설사업은 당연히 과세대상으로 매입세액 공제가 가능하다는 청구주장의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분내용 청구법인은 1994. 9. 1 수도권신공항건설사업을 효율적으로 추진하기 위해 설립된 법인으로 관할세무서에 면세사업자로 사업자등록을 하였으며, 1999. 2. 1 『수도권신공항건설공단』(이하 “공단”이라 한다)에서 『○○국제공항공사』(과세사업자, 이하 “공사”라 한다)로 조직변경을 하고 본사를 『서울특별시 ○○○구 ○○○동 XX-X』에서 『인천광역시 ○구 ○○동 XXXX-X』로 이전하였다. 청구법인은 설립근거법령인 『○○국제공항공사법』의 제정에 따라 1999. 2. 1 과세사업자로 사업자등록을 한 후 공단이 수도권신공항건설을 하면서 공제받지 못한 매입세액 중 경정청구기한내에 해당하는 1998년 제2기 예정분 부가가치세 25,290,108,565원과 1998년 제2기 확정분 부가가치세 39,340,440,430원(합계 64,630,548,995원)에 대해 처분청(○○○세무서장)에 경정청구를 하고, 1999. 1. 1∼1999. 1. 31 기간중의 매입세액 2,933,624,610원에 대해 부가가치세 조기환급신고를 처분청(○○세무서장)에 하였으나 처분청은 2000. 3. 25과 2000. 5. 10 청구법인에게 각각 거부통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 6. 21과 2000. 6. 22 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 공사는 공단의 모든 자산과 부채 및 권리와 의무를 포괄승계하며 신공항건설 준공 후에는 과세사업을 영위하게 되므로 공단의 신공항건설과 관련된 부가가치세 매입세액은 과세사업에 공할 매입세액으로 공제하는 것이 타당하다. 부가가치세 납부세액을 산출하기 위한 매입세액의 공제여부는 당해 사업이 면세사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려 있는 것이 아니므로 과세사업을 위하여 지출한 매입세액은 그것이 설사 면세되는 재화 또는 용역에 관련된 것이라 할지라도 법 제17조 제1항의 매입세액공제에 관한 원칙적 규정에 근거하여 당연히 이를 매출세액에서 공제하여야 한다(대법원 94누 1449, 1995. 12. 21). 부가가치세법상 면세로 규정되지 아니한 모든 재화와 용역의 공급은 과세대상이 된다는 조세법의 엄격해석원칙에 비추어 볼 때 부가가치세법상 면세로 열거되지 아니한 수도권신공항건설공단과 동 공단이 시행하는 수도권신공항건설사업은 매입세액 공제대상으로 해석해야 한다.
• 나. 처분청 의견 수도권신공항건설공단의 수도권신공항건설사업은 사실상 정부업무를 대행하는 단체의 업무로 부가가치세 과세사업이 아니므로 관련매입세액은 공제받을 수 없다.

○○국제공항공사의 신공항건설관련 매입세액은 과세사업과 관련된 매입세액이므로 매입세액 공제를 받을 수 있다 할 것이나 부가가치세법 제5조의 규정에 의거 과세사업자로 사업자등록을 신청한 날 이후 공급받는 분부터 매입세액공제가 가능한 것이므로 이건의 경우에는 그 적용이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

(1) 『수도권신공항건설공단』(면세)의 모든 권리와 의무를 『○○국제공항공사』(과세)가 포괄승계하고 신공항건설 준공 후에는 과세사업을 영위하게 되므로 『수도권신공항건설공단』의 신공항건설과 관련된 부가가치세 매입세액을 과세사업 매입세액으로 『○○국제공항공사』가 공제받을 수 있는지 여부와

(2) 『수도권신공항건설공단』은 부가가치세법에 면세사업자로 열거되어 있지 아니하므로 『수도권신공항건설공단』이 시행하는 수도권신공항건설사업은 당연히 과세대상으로 매입세액 공제가 가능하다는 청구주장의 당부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 부가가치세법 제12조(면세)에서 『① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

17. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

18. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역』이라고 규정하고 있고, 부가가치세법시행령 제38조(정부업무대행단체의 범위)에서 『① 법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체”라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

17. 한국공항공단법에 의한 한국공항공단

② 법 제12조 제1항 제17호의 규정에 의하여 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 부가가치세를 면제하는 재화 또는 용역은 제1항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 총리령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역으로 한다. 다만, 부동산매매업 및 부동산임대업에 속하는 것을 제외한다』라고 하고 있다. 부가가치세법시행규칙 제11조의 5에서는 『영 제38조 제2항에서 “총리령이 정하는 사업”이라 함은 별표 5에 규정된 사업을 말한다』라고 규정하고 있으며 【별표 5】의 범위는 아래와 같다. 【별표 5】 ┌──┬─────────┬────────────────────────┐ │각호│ 단 체 명 │ 면세사업의 범위 │ ├──┼─────────┼────────────────────────┤ │ 17 │한국공항공단법에 │한국공항공단법에 의한 공항시설의 관리, 유지, 운 │ │ │의한 한국공항공단 │영 및 신공항건설사업과 그 부대사업, 기타 공항시 │ │ │ │설의 관리, 운영 및 개선을 위하여 교통부장관이 위│ │ │ │탁하는 사업 │ └──┴─────────┴────────────────────────┘ 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제)에서 『① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제6호의 규정에 의한 것 중 대통령령이 정하는 것과 제7호 및 제8호의 규정에 의한 것은 2000년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것』이라고 규정하고 있고, 조세특례제한법시행령 제106조(부가가치세 면제 등)에서 『① 법 제106조 제1항 본문에서 “제6호의 규정에 의한 것 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 제6항의 규정에 의한 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 소매업·음식점업 및 숙박업에 속하는 것을 말한다.

⑥ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.

17. 한국공항공단법에 의한 한국공항공단』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 1998. 10. 25 신고한 1998년도 제2기 예정분 매입세액 불공제분 금 25,290,108,565원과 1999. 1. 25 신고한 1998년도 제2기 확정분 매입세액 불공제분 금 39,340,440,430원의 합계인 총 64,630,548,995원을 감액경정기한내인 2000. 1. 25 당시의 관할세무서였던 ○○○세무서(구 △△△세무서)에 과세표준 및 세액에 대한 경정을 청구하였으나, ○○○세무서장은 수도권신공항건설공단의 신공항건설사업관련 매입세액은 매입세액공제대상이 아니라는 이유로 2000. 5. 10 감액경정거부통지를 하였다. 또한, 청구법인은 1999. 3. 25 부가가치세 조기환급 신고시 1999. 1. 1∼1999. 1. 31까지의 부가가치세 금 2,933,624,610원을 매입세액 불공제분으로 신고하였다가 감액경정청구기한내인 2000. 1. 24에 관할세무서인 ○○세무서에 과세표준 및 세액에 대한 경정(조기환급)을 청구하였으나, 인천세무서장은 같은 이유로 2000. 3. 25 감액경정거부통지를 하였다. 공제받지 못한 매입세액 내역 (단위: 원) ┌────┬─────────┬─────────┬─────────┐ │해당연도│ 제1기 예정 │ 제1기 확정 │ 제2기 예정 │ ├────┼─────────┼─────────┼─────────┤ │ 1994년 │ │ │ │ │ 1995년 │ 1,265,466,342 │ 1,435,681,826 │ 3,700,746,483 │ │ 1996년 │ 2,227,708,606 │ 3,034,095,426 │ 4,781,593,637 │ │ 1997년 │ 5,619,468,453 │ 5,858,603,098 │ 10,004,428,823 │ │ 1998년 │ 9,413,918,525 │ 22,902,932,017 │ 25,290,108,565 │ │ 1999년 │ 2,933,624,610 │ │ │ │ │ (1.1∼1.31) │ │ │ ├────┼─────────┼─────────┼─────────┤ │ 합 계 │ 21,460,186,536 │ 33,231,312,367 │ 43,776,877,508 │ └────┴─────────┴─────────┴─────────┘ ┌────┬─────────┬─────────┬─────────┐ │해당연도│ 제2기 확정 │ 합 계 │ 비 고 │ ├────┼─────────┼─────────┼─────────┤ │ 1994년 │ 8,187,985,469 │ 8,187,985,469 │ │ │ 1995년 │ 5,510,737,042 │ 11,912,631,693 │ │ │ 1996년 │ 5,289,557,407 │ 15,332,955,076 │ │ │ 1997년 │ 9,891,934,526 │ 31,374,434,900 │ │ │ 1998년 │ 39,340,440,430 │ 96,947,399,537 │ 2000서1974 │ │ 1998년 │ │ 2,933,624,610 │ 2000중1683 │ ├────┼─────────┼─────────┼─────────┤ │ 합 계 │ 68,220,654,874 │ 166,689,031,285 │ │ └────┴─────────┴─────────┴─────────┘ 위 관련법령규정 등에 의하면 국가·지방자치단체·지방자치단체조합등의 국가조직으로부터 정부업무를 위임받아 이를 대행하는 단체는 결국 국가조직을 대신하므로 국가조직의 일원으로 보아 당해 공급의 주체를 면세대상으로 규정하고 있음을 알 수 있으며, 수도권신공항건설촉진법 제6조 등의 규정에 의하면 『신공항건설사업은 국가·지방자치단체, ○○국제공항공사법에 의한 ○○국제공항공사 또는 대통령령이 정하는 정부투자기관이 시행한다』고 되어 있다. 수도권신공항건설공단이 건설하고 있는 수도권신공항시설은 준공과 동시에 국가에 소유권이 귀속되고 운영권 및 부채는 한국공항공단이 승계하도록 되어 있고, 이와 같이 소유권이전시 국가에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 즉, 대가관계가 없는 무상조건의 기부채납은 부가가치세법 제12조 제1항 제18호의 규정에 의거 부가가치세가 면제되어 매출세액이 발생하지 아니하고, 운영권을 인계받은 한국공항공단은 구 부가가치세법시행령 제38조 제1항에서 규정하는 정부업무대행단체(국가)로서, 한국공항공단이 공급하는 공항시설의 관리·유지·운영용역에 대하여도 부가가치세가 면제되므로 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액으로 보아야 하며, 또한 신공항건설공단은 국가를 대신하여 공항건설사업만을 영위하는 사실상 정부업무를 대행하는 단체이므로 공단의 건설 관련매입세액은 불공제 대상이라 할 것이다(재소비 46015-263, 1997. 8. 29 같은 뜻). 또한, ○○국제공항공사법 시행으로 ○○국제공항공사가 수도권신공항건설공단을 승계한 것은 1999. 2. 1이고 ○○국제공항공사가 사업자등록을 하고 과세사업을 개시한 것은 1999. 2. 1로써 수도권신공항건설공단이 공항건설을 위해 건설용역을 제공하기 위해 매입한 관련매입세액은 ○○국제공항공사의 등록전 매입세액으로 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 없다고 판단된다.
• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.