기술 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

○○○세무서장이 2000.3.13 청구법인에게 한 법인세 1994 사업연도분 95,650,180원, 1995사업연도분 163,848,760원, 1998 사업연도분 104,954,330원의 부과처분은 영업개발관련 인건비 1994사업연도분 2,581,522,650원, 1995사업연도분 2,591,108,915 원, 1996사업연도분 2,192,460,630원 합계 7,365,092,195원을 기술 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보아 그 세액을 경정한다.

청구법인이 기술개발관련 인건비로 지급한 1994사업연도분 3,125,111,790원, 1995사업연도분 3,389,845,215원, 1996사업연도분 3,457,096,770원, 1997사업연도분 397,255,160원, 1998사업연도분 303,272,160원 합계 10,672,581,095원을 기술 및 인력개발비 세액공제한 데 대하여 처분청은 직접 기술개발에 종사하지 아니하고 타법인으로부터 기술개발 용역을 의뢰받아 이의 개발에 종사한 직원의 인건비인 1994사업연도분 2,581,522,650원, 1995사업연도분 2,591,108,915원, 1996사업연도분 2,192,460,630원 합계 7,365,092,195원(이하 "쟁점인건비"라 한다)에 대한 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제하여 2000.3.13. 청구법인에게 법인세 1994사업연도분 95,650,180원, 1995사업연도분 163,848,760원, 1998사업연도분 104,954,330원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.6.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 대가를 받지 않는 프로그램 개발업무에 종사하는 자에게 지급하는 인건비만 세액공제대상이며 타인으로부터 위탁받아 대가를 받고 프로그램 개발업무에 종사하는 자의 인건비인 쟁점인건비는 세액공제 대상이 아니라고 하고 있으나, 이는 결과적으로 기술개발이란 대가를 받지 않는 프로그램 개발업무로 한정하여 동 업무를 통하여서만 기술개발을 도모할 수 있으며 대가를 받는 프로그램 개발업무로는 기술개발을 달성할 수 없다는 모순된 논리이다. 프로그램개발이란 특정한 결과를 얻기 위하여 컴퓨터등의 장치내에서 일련의 지시, 명령으로 표현된 창작물을 만드는 과정을 말하는 바, 용역대가 수수여부와 관계없이 프로그램개발 업무에 종사하므로서만이 프로그램개발 관련 기술을 개발할 수 있는 것이다. 따라서 용역대가 수수여부와 상관없이 프로그램개발 업무에 종사하는 자의 인건비가 자체 기술개발비로서 기술 및 인력개발비 세액공제대상에 해당하므로 쟁점인건비에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제를 하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 용역수입을 위하여 프로그램 개발업무에 종사하는 자의 인건비에 대하여도 기술개발이라는 명제하에 프로그램을 개발하고 있으므로 세액공제를 함이 타당하다고 주장하고 있으나, 기술 및 인력개발비 세액공제의 도입취지는 설비중심에 치중되어 있는 조세지원을 정보기술산업의 육성과 국제경쟁력을 확보하기 위한 관련사업을 지원하기 위하여 제정된 것으로 판단되고 이의 요건으로는 전담부서로 자체 기술개발연구소를 설립하여 이에 종사하는 직원 및 이의 관련비용에 대하여 세액공제 혜택을 부여하는 것이며 타법인으로부터 프로그램개발용역을 의뢰받아 이를 개발하는 내용은 조세지원목적에 위배될 뿐만 아니라 순수기술개발을 위하여 지출하는 비용이 아니어서 법에서 정한 기술 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 아니한다. 청구법인의 쟁점인건비는 자체 전담부서인 기술연구소에 근무하는 자에 대한 인건비가 아니고 타법인으로부터 프로그램개발용역을 의뢰받아 이의 개발에 지출한 인건비로서 이는 자체 기술력의 향상 및 국제경쟁력의 제고를 위하여 지출한 인건비로 볼 수 없으므로 기술 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁점 타회사로부터 프로그램 개발용역을 의뢰받아 이의 개발에 지출한 쟁점인건비에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제를 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 구 조세감면규제법(1995.12.29 법률 제5038호로 개정되기 전의 것) 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "기술·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 5(중소기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

③ ∼ ④ (생략) 구 조세감면규제법시행령(1995.12.30. 대통령령 제14869호로 개정되기 전의 것) 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① (생략)② 법 제9조 제1항에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 별표 4의 비용을 말한다． 구 조세감면규제법시행령 [별표4]의 내용을 보면 기술·인력개발세액공제를 적용받는 비용은 기술개발과 인력개발로 나누어져 있고 기술개발은 자체기술개발과 위탁 및 공동기술개발로 나누어져 있으며 자체기술개발은 ① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재무부령이 정하는 자의 인건비 ② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 시험연구비 ③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구용물품·기자재·장비·시설의 임차에 필요한 비용 ④ 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 부가통신업을 영위하는 자(법 제6조의 규정을 적용받는 자를 제외한다)가 지출하는 비용중 재무부령이 정하는 자의 인건비로 규정되어 있다. 이건과 관련이 있는 위 별표 ④호의 개정내용을 살펴보면, 1987.12.31. 프로그램개발업을 영위하는 자(법 제20조의 규정을 적용받는 자를 제외한다)가 프로그램개발을 위하여 지출하는 비용중 재무부령이 정하는 자의 인건비(학사학위 이상의 학위를 가진 자로서 프로그램 개발업무에 1년이상 종사한 자에게 지급하는 급여)로 규정되었고, 1992.12.31 개정시 동 규정이 종전에는 정보산업중 주로 컴퓨터프로그램업에 한해 각종 조세지원을 하던 것을 표준산업분류상의 정보처리 및 컴퓨터운용관련업과 부가통신업등 거의 모든 정보관련산업으로 지원대상범위를 확대하여 위 ④호의 규정으로 개정되었다가 1994.12.31 정보처리 및 기타 컴퓨터운용관련업 또는 부가통신업을 영위하는 자(법 제6조의 규정을 적용받는 자를 제외한다)가 지출하는 비용중 총리령이 정하는 자의 인건비로 개정되었고, 1996.12.31 위 ④호는 직접 감면인 세액공제는 배제하고 간접감면인 기술개발준비금 허용기준으로 사용하게 되어 위 ④호의 규정이 삭제된 바 있다. 구조세감면규제법시행규칙(1995.4.1 총리령 제499호로 개정되기 전의 것) 제7조【기술·인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위】 ① ∼② (생략)

③ 영 별표 4의 1. 기술개발란의 가목의 ④에서 "재무부령이 정하는 자"라 함은 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 부가통신업 관련업무 중 연구개발 관련업무에 1년 이상 종사한 자를 말한다.(이하 생략) 구 조세감면규제법(1996.12.30. 법률 제5038호로 개정되기 전의 것) 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "기술·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술·인력개발비의 100분의 5(중소기업이 지출한 기술·인력개발비의 경우에는 100분의 15로 하고, 중소기업외의 자가 중소기업에 지출한 기술·인력개발비의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세（사업소득에 대한 소득세에 한한다）또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

③ ∼④ (생략) 구조세감면규제법시행령(1996.12.31.대통령령 제15197호로 개정되기 전의 것) 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① (생략)

② 법 제9조 제1항에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 별표 4의 비용을 말한다.(이하 생략) 구 조세감면규제법시행규칙(1997.4.14. 총리령 제628호로 개정되기 전의 것) 제7조【기술·인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위】

① ∼③(생략)

④ 영 별표 4의 1. 기술개발란의 가목의 ④에서 "총리령이 정하는 자"라 함은 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 부가통신업 관련업무중 연구개발 관련업무에 1년 이상 종사한 자를 말한다.(이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1971.7.24. 개업하여 소프트웨어자문업을 영위하고 있는 바, 청구법인이 1994사업연도부터 1998사업연도까지 기술개발관련 인건비로 지급한 10,672,581,095원을 기술 및 인력개발비 세액공제한 데 대하여 처분청은 직접 기술개발에 종사하지 아니하고 타법인으로부터 기술개발용역을 의뢰받아 이의 개발에 지출한 비용인 쟁점인건비는 순수기술개발을 위하여 지출하는 비용이 아니어서 기술 및 인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 하여 세액공제를 배제하여 이건 과세한 사실이 처분청의 결정결의서에 의해 확인된다.

(2) 처분청은 타법인으로부터 프로그램개발용역을 의뢰받아 이를 개발하는데 지출한 인건비는 조세지원목적에 위배될 뿐만 아니라 순수기술개발을 위하여 지출하는 비용이 아니어서 기술 및 인력개발비 세액공제대상이 아니라고 하고 있고, 청구법인은 자체 순수기술 개발비용이나 타법인으로부터 용역을 의뢰받아 기술개발하는데 지출하는 비용에 관계없이 기술개발에 지출되는 비용은 세액공제대상이라고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(3) 기술 및 인력개발비 세액공제의 기본취지는 조세감면규제법상 여타의 세액공제가 대부분 일정 조건에 대한 설비투자액에 대한 공제제도인 점에 비추어 이는 비용에 대한 세액공제로서, 동일한 기술개발투자에 있어서도 설비투자는 자산의 대체성, 잔존가액의 존재등의 특성이 있는 반면 기술개발비용은 지출과 동시에 사외로 완전히 유출된다는 점에서 오히려 설비투자보다 위험내재요인은 더욱 많을 수 있어 기술개발이 위축되지 않도록 하기 위하여 동 제도를 도입하여 시행하고 있고, 위 관련법령에서 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에 세액공제를 할 수 있도록 규정하고 있고, 이를 이어받은 대통령령에서는 '대통령령이 정하는 비용'이라 함은 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 별표4의 비용을 말한다고 규정하고 있으며, 별표4에서는 기술·인력개발비 세액공제대상으로 자체 기술개발과 위탁 및 공동기술개발을 규정하고 있고 자체기술개발에서는 전담부서에서 근무하는 요원의 인건비와 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 부가통신업을 영위하는 자가 지출하는 비용(개정 전에는 프로그램개발업을 영위하는 자가 프로그램개발을 위하여 지출하는 비용)중 총리령이 정하는 자의 인건비를 규정하고 있고 총리령에서는 정보처리 및 컴퓨터운용 관련업 또는 부가통신업 관련 업무중 연구개발 관련업무에 1년이상 종사한 자를 말한다고 규정하고 있는 바, 위 별표4에서 다른 업종과는 달리 정보처리 및 컴퓨터운용 관련업 또는 부가통신업을 영위하는 자에 대한 세액공제는 그 대상을 위 전담부서가 지출하는 비용으로 한정하지 아니하고 있고 총리령에서도 그 인건비를 연구개발 관련업무에 1년이상 종사한 자라고 규정하고 있어 순수기술개발하는데 지출하는 인건비나 타회사로부터 기술개발용역을 의뢰받아 기술개발하는데 지출하는 인건비를 구별하지 아니하고 있어 쟁점인건비는 기술 및 인력개발비 세액공제 대상이라고 보여지고, 청구법인의 이건관련 질의에 대한 재정경제부장관의 회신(조예 46070-201, 2000.5.31.)도 프로그램개발의 목적(예: 순수개발, 영업관련 개발)에 관계없이 기술 및 인력개발비 세액공제가 적용되는 것이라고 회신한 바 있어 용역대가 수수 여부와 관계없이 프로그램개발업무에 종사하는 자의 인건비는 기술 및 인력개발비 세액공제 대상이라고 해석하는 것이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.