공장양도대금으로 신공장의 건축비를 상환한 경우 감면 여부

ㅇㅇㅇ세무서장이 2000.3.17 청구인에게 한 1999년도분 양도소득세 46,128,010원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 1979.1.1부터 "○○○공업사"라는 상호로 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 소재의 농기구 제조업을 위한 공장(이하 "○○○공장"이라 한다)과, 1989.1.20 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 소재의 공장용지 1,671㎡의 지상에 공장건물 492.8㎡(이하 "○○○공장"이라 한다)를 신축, 같은 상호로 함께 운영하는 개인사업자로서, 1999.12.6 ○○○공장을 양도하고 1999.12.31 그에 따른 양도소득세 감면신청서를 처분청에 제출하였다. 처분청은 ○○○공장을 양도한 대금 300,000,000원으로 당해 사업장의 부채를 상환한 것이 아니라는 이유로 양도소득세 감면대상에서 제외하고 2000.3.17 청구인에게 1999년도 귀속분 양도소득세 46,128,010원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.6.15 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 3년이상 계속하여 농기구 제조업을 영위하는 중소사업자로서, 1997년경 청구인이 임차하여 사용하던 ○○○공장을 이전할 계획아래 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○에 부지를 마련하고 공장건물을 신축하는데 필요한 자금을 마련하기 위하여 ○○○공장을 담보로 제공하고 금융기관으로부터 300,000,000원을 차용하여 동 이자를 지급하여 오다가, 외환위기(IMF)로 인하여 1999년말 부득이 ○○○공장을 양도한 대금으로 금융기관으로부터 차입한 부채를 상환하였으므로 조세특례제한법 제36의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 대상임에도 불구하고 이를 배제하고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 ○○○공장과는 별도로 1997.8.6부터 운영하던 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 소재 공장의 차입금을 ○○○공장의 양도대금으로 변제한 것이므로 사업장별로 사업에 공한 토지등을 그 사업장의 금융기관 차입금 상환에 사용한 경우에만 양도소득세 감면이 적용되는 것이며, 차용한 금융기관의 부채가 결산서나 기장장부등에 의하여 확인되지 않고 있어, 해당 사업장 부채인지의 여부가 불분명하고 당초 대출받은 금액의 사용처도 불분명하므로, 양도소득세 감면의 적용대상에서 제외하고 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 청구인이 3년이상 계속하여 사업에 공한 공장건물을 양도한 대금으로 금융기관으로부터 차입한 새로운 공장의 건축비를 상환한 경우에 조세특례제한법 제36조 의 규정에 의한 양도소득세 감면적용대상에 해당되는 지의 여부를 가리는 데에 있다.
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제36조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세 등의 감면】제1항에서『대통령령이 정하는 중소사업자(이하 제40조 및 제41조에서“중소사업자”라 한다)가 대통령령이 정하는 금융기관의 부채(이하“금융기관부채”라 한다)를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지 등을 2000년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다』고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제33조【중소사업자의 경영안정 지원을 위한 양도소득세 등의 감면】에서는 다음과 같이 규정하고 있다. 『①법 제36조 제1항에서“대통령령이 정하는 중소사업자”라 함은 토지 등의 양도일까지 계속하여 3년 이상 사업을 영위한 중소기업을 말한다.

② 법 제36조 제1항에서“대통령령이 정하는 금융기관의 부채”라 함은 금융기관으로부터 사업과 관련하여 차입한 차입금과 이자를 말한다.

1. 금융실명거래및비밀보장에관한법률 제2조 제1호 의 규정에 의한 금융기관으로부터 사업과 관련하여 차입한 차입금

2. 제1호의 차입금에 대한 이자(이하 생략)

③ 법 제36조 제1항의 규정에 의하여 감면하는 세액은 감면대상소득금액에 대한 산출세액의 100분의 100으로 하되, 감면대상소득금액은 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 토지 등(매매사업용의 토지 등을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 양도일 현재 3년 이상 보유한 토지 등을 당해 사업자의 재무구조개선을 위하여 양도함으로써 발생하는 소득금액

2. 금융기관부채의 감소액이 제1호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 받은 대가 중에서 차지하는 비율(그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다)

④ 제3항 제2호의 규정에 의한 금융기관부채의 감소액은 토지 등의 양도일 현재 금융기관부채총액에서 당해 토지 등의 양도일부터 1년이 되는 날 현재의 금융기관부채총액을 차감한 금액으로 한다.

⑩ 법 제36조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 기한”이라 함은 토지 등을 양도한 날부터 3월이 되는 날을 말한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 "○○○공업사"라는 상호로 농기구 제조업을 영위하는 개인사업자로서, 1979.1.1부터 1997.8.6까지의 기간동안은 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 소재의 ○○○공장을 임차(전세금 10,000,000원, 월세 2,600,000원)한 사실이 있고, 1989.1.20 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 소재의 공장부지 1,671.7㎡를 마련하여 그 지상에 공장건물 492.8㎡를 신축한 뒤 같은 상호로 사업자등록을 하여 시흥공장과 함께 영위하였음이 등기부등본, 국세청의 통합전산망(TIS)조회결과 등 관련자료에 의하여 확인되고, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인이 1979.1.1부터 임차하여 운영하던 ○○○공장에서 새로운 공장을 신축·이전하기 위하여 1997.7.3 청구외 ○○○ 소유의 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 답 1,445㎡를 매입하였으며, 그 지상에 공장건물 594㎡(이하 "○○○공장"이라 한다)를 신축(1997.7.31 준공)하여 이전하고 1997.8.6부터 이 건 심리일 현재까지 운영하고 있음이 등기부등본, 토지대장 등에 의하여 확인되는 한편, 청구인이 계속하여 운영하고 있는 ○○○공장 및 ○○○공장의 근로자는 11명과 13명임이 국세통합전산망 조회결과에 의하여 확인되고 있어, 청구인은 토지 양도일 현재 계속하여 3년이상 중소기업을 영위해온 사업자임을 알 수 있다.

(3) 청구인은 ○○○공장 부지구입(가액: 95,000,000원) 및 공장건축공사(1997.5.14 청구인과 ○○○건축 ○○○과 체결한 건설공사도급계약서상 공사금액: 120,000,000원, 이외에 농지조성비외 9건 12,023,600원을 지급한 대금영수증 제시)에 필요한 자금을 마련하기 위하여 1997.1.30 ○○○은행 ○○○지점에서 ○○○공장을 담보로 근저당권을 설정(1987.5.30 채권최고액 390,000,000원)하고 300,000,000원을 차입한 사실이 있으며, 동 차입금의 이자를 지급하여 오다 외환위기 등으로 부득이 ○○○공장을 처분하기로 하고 1999.9.30 청구외 ○○○과 ○○○공장의 양도계약(계약금 50,000,000원, 중도금 90,000,000원, 잔금 160,000,000원, 도합 300,000,000원)을 체결하였으며, 동 양도대금 전액을 1999.12.21 위의 차입금상환에 사용하였다고 주장하면서 매매계약서, 대금영수증, 등기부등본, 여신원장조회표 및 부채상환증명서(○○○은행 ○○○지점장 발행) 등의 입증자료를 제시하였다.

(4) 한편, 청구인이 제시한 ○○○공장의 재무제표를 보면, 1999과세연도의 건설중인 자산계정에 141,110,160원(1997년과 1998년은 73,659,950원) 및 단기차입금계정에 300,000,000원(1997년과 1998년에는 기장내용이 없음)이 각각 계상되었는 바, 이는 청구인이 ○○○공장건물을 신축하기 위하여 ○○○은행 ○○○지점으로부터 차용하였다는 주장내용과 대체로 일치하고 있음을 알 수 있는 반면, 이와 같이 정확하지 아니한 기장을 할 수밖에 없었던 사유로는 영세한 개인사업자로 모든 업무를 청구인 혼자 모두 처리하여야 하고, 경리여직원의 잦은 이직과 업무미숙으로 인한 것이라는 사실확인서를 제시하고 있다.

(5) 위 사실관계를 모아볼 때, 중소사업자인 청구인이 임차하여 사업에 공하여 오던 ○○○공장을 반환하고 자기소유의 새로운 공장의 신축 및 이전을 위하여 부지를 매입하고 공장건물을 신축하는 과정에서, 건축자금의 조달을 목적으로 그의 소유로 되어 있는 유일한 사업용 부동산인 ○○○공장을 담보로 제공하고 ○○○은행 ○○○지점으로부터 건축비를 대출받았다는 청구인의 주장은 신빙성이 있다 할 것이며, 그 후 ○○○공장이 1999.12.6 청구외 ○○○에게 소유권이전등기된 날로부터 9일후인 1999.12.15 그 양도대금(300,000,000원) 전액으로 위 차입금을 상환한 사실이 ○○○은행 ○○○지점장이 발행한 부채상환증명서에 의하여 확인되는 이 건의 경우, ○○○공장의 양도에 대하여 조세특례제한법 제36조 에서 정한 양도소득세 감면규정을 적용하여 이 건 양도소득세 부과처분을 취소함이 타당할 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.