이자소득을 소득금액 계산시 포함 할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인 (재)○○○는 월남한 평안북도민들이 기금을 모아 설립한 비영리재단법인으로 기금에 대한 이자소득만 있는 법인인 바, 1998년간 ○○○신용금고외 2개 금융기관에서 예금이자 75,448,460원(이하 "쟁점이자소득"이라 한다)이 발생하였고 이에 대해 관련 금융기관에서 이자소득세 15,267,318원을 원천징수하였으나, 청구법인이 1998사업연도 법인세과세표준신고를 신고기한인 1999.3.16 까지 하지 않고 2000.2.12에 이르러 동 법인세과세표준신고서를 제출함과 동시에 이자소득에 대한 원천징수세액의 환급을 신청한 데 대하여, 처분청은 청구법인이 법인세과세표준신고 기한내에 신고를 하지 않았으므로 쟁점이자소득은 원천징수에 의한 과세방법을 선택한 것으로 보아야 하고 따라서 청구법인의 소득계산시 합산할 수 없음을 이유로 2000.3.19 환급거부통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 5. 15 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 비영리법인으로 매년 이자소득에 대한 법인세신고를 하였으며 이자소득 원천징수세액을 환급받아 목적사업에 사용하였으나, 1998사업연도의 쟁점이자소득에 대해서는 법인세과세표준신고를 하지 못하여 원천징수세액을 환급받지 못하였던 바, 그 사유는 신고담당 실무자가 신고할 무렵인 1998. 11월초부터 직장암으로 병원에 입원하였고 1999.4.5 사망하여 법인세과세표준신고를 할 수 없었음으로, 청구법인이 법인세과세표준신고를 하지 않은 것이 쟁점이자소득에 대해 분리과세 원천징수방법을 선택하기 위한 것은 아닌 바, 비록 신고기한이 경과하였다 하더라도 법인세과세표준신고서를 제출하였다면 쟁점이자소득의 원천징수된 세액을 환급하여야 하므로 환급거부통보를 철회하고 쟁점이자소득의 원천징수 세액을 환급해야한다.
• 나. 처분청 의견 법인세법의 관련 규정에 의해 비영리내국법인은 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대해서 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없으므로 1998사업연도 법인세과세표준신고를 하지 않은 청구법인의 쟁점이자소득에 대한 원천징수세액은 이를 환급할 수 없는 것으로 환급거부통지는 정당하다.

• 가. 쟁 점 이자소득에 대해 선택적인 방법으로 과세되는 비영리내국법인이 법인세과세표준신고 기간내에 신고를 하지 않은 이자소득을 소득금액 계산시 포함 할 수 있는 지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제62조 (비영리내국법인의 과세표준신고 특례)

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법시행령 제99조 (비영리내국법인의 과세표준신고 특례)

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

(3) 동법부칙 (1998. 12. 28 법률 제5581호) 제1조(시행일) 이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 제4조(신고·납부 등에 관한 적용례)

① 제6조, 제7조, 제62조 및 제109조 내지 제111조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 신고·등록기한이 도래하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 이자소득만 있는 비영리내국법인이고 1998사업연도의 법인세과세표준신고를 하지 않은 데 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (2) 법인세법 제60조 등의 규정에 의하면 납세의무가 있는 내국법인은 신고기한 내에 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하도록 되어있고 다만, 비영리내국법인은 이자소득에 대하여 법인세의 과세표준 신고를 하지 않을 수 있으나 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득에 대하여는 원천징수방법에 의하여 과세한다고 규정하고 있는 바, 법인세법상 이자소득이 있는 비영리법인의 경우 납세자에게 법인세과세표준의 신고여부에 대한 선택적인 권리를 부여하고 있으므로 만일 신고기한내에 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 소득금액 계산시 이를 포함시킬 수 없고, 원천징수방법에 의하여 과세해야 할 것으로 해석된다(같은 뜻 국심97서816, 1999.7.7).

(3) 그러므로 비록 청구법인이 피치 못할 내부사정에 의하여 규정된 신고기한내에 신고를 하지 못할 사유가 발생하였다 하더라도 이는 다른 규정에 의해 신고기한을 연장하는 방법 등으로 해결을 해야 할 것이고, 서면으로 신고하는 것을 전제로 이자소득의 과세방법을 달리하도록 규정하고 있는 전시 법령에서 이러한 경우에 대해 신고한 것으로 인정하는 규정이 없는 이상 법인세과세표준신고를 하지 않는 경우에 해당되므로, 쟁점이자소득에 대한 원천징수 이자소득세를 환급하여야 한다는 청구법인의 주장은 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.