[주 문] 처분청이 1999.3.2 청구인에게 결정고지한 1994년도분 양도소득세 40,493,590원은 청구인이 서울특별시 성동구 OOO동OOO 대지 192㎡ 및 건물 66.12㎡, 부대건물 6.62㎡(이하 “구공장”이라 한다)를 양도한 후 같은구 OOO동OOO외 2필지 대지 146.14㎡ 및 지상2층 건물 136.33㎡(이하 “신공장”이라 한다)를 1년이내에 취득한 것으로 구조세감면규제법시행령 제68조 제1항 제2호에 해당되는 것으로 하여 과세이연세액을 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 서울특별시 성동구 OOO동 OOO 대지 192㎡, 무허가건물 66.12㎡(구공장)를 1994.12.2 160,000,000원에 양도하고 1995.1.6 서울특별시 성동구 OOO동 OOO 2필지 대지 146.14㎡, 2층 건물 136.33㎡(신공장)를 165,000,000원에 취득하여 1995.5.26 멸실한 후 1996.4.9 지하 1층, 지상 4층의 주상복합건물 370.54㎡(이하 “신축공장”이라 한다)를 신축, 준공하였다. 청구인은 1994.12.2 구공장을 양도하고 1995.1.6 신공장을 취득하였으므로 구 조세감면규제법시행령 제68조 제1항 제2호의 『구공장을 양도한 날부터 1년 이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우』에 해당된다하여 공장입지기준면적을 200.03㎡(구공장 대지면적: 192㎡)로 계산하고 과세이연방식에 의해 양도소득세를 전액감면대상으로 하여 신고하였다. 처분청은 청구인이 1995.1.6 신공장을 취득한 후 1995.5.26 지상건물을 멸실하고 1996.4.9 신축공장(주상복합건물)을 준공한 것은 구 조세감면규제법시행령 제68조 제1항 제3호의 『구공장을 양도한 날부터 3년이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우』에 해당되며, 또한 구공장 지상의 무허가건물은 공장건축물 연면적계산시 제외된다하여 신축공장의 기계장치시설의 집적(集積)면적에 의한 『수평투영면적』을 기준으로 감면대상 공장입지기준면적을 23.4㎡로 계산하여 1999.3.2 72,831,400원을 결정고지하였다가 이의신청과 심사청구를 거치면서 40,493,590원으로 감액경정하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.4.19 이의신청, 1999.9.30 심사청구를 거쳐 2000.5.3 심판청구를 하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구인 주장 구공장을 1994.12.2 재개발사업시행자에게 160,000,000원에 양도하고 1994.12.1 165,000,000원에 신공장 매매계약을 체결, 1995.1.6 잔금을 지급한 후 신공장으로 이전하여 공장을 가동하였으며, 1995.3.2 5년이상 가동한 공장의 이전에 따른 양도소득세 감면에 필요한 『과세이연신청서』를 기한내 적법하게 제출하였다. 신공장이 노후하여 1995.5.26 지상건물을 멸실하고 신축공장을 1996.4.9 준공하여 지하1층과 지상1층을 공장으로 사용하고 있으므로 『구공장 양도일로부터 1년이내 신공장을 취득하여 사업을 개시한 경우』에 해당되는데도 처분청이 『3년이내 신공장을 신축준공하여 사업을 개시한 경우』에 해당되는 것으로 보는 것은 사실관계를 오해한 것이다. 공장입지기준면적 계산시 무허가건물도 포함하여 이 건 과세이연세액을 청구인이 1995.3.2 신고한 37,197,600원으로 해야 하는데도 무허가건물을 공장건축물 연면적에서 제외시키고 기계장치시설의 집적(集積)면적에 의한 수평투영면적으로 공장입지기준면적을 23.4㎡로 계산하여 이 건 추징한 것은 부당하며, 처분청 처분은 신축공사비도 감안하지 아니하여 더욱 잘못되었다.
- 나. 국세청장 의견 청구인은 신공장을 취득한 후 바로 이전하여 신공장에서 사업을 개시·영위하다가 멸실하고 신축하였으므로 신축공장 신축전을 기준으로 이 건 감면규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 건물대장에는 신공장이 1995.4.3 청구인에게 소유권이전된 직후인 1995.5.26 멸실된 것으로 등재되어 있고 사업자등록도 멸실이후인 1995.9.6 이전된 사실등에 비추어 볼 때, 이 건의 경우는 청구인주장처럼 구공장을 양도한 날부터 1년 이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시한 경우(구 조세감면규제법 시행령 제68조 제1항 제2호)가 아니라 3년 이내에 신공장을 신축·준공하여 사업을 개시한 경우(동조 동항 제3호)로 보아 관련법령을 적용함이 타당하다. 신축공장 신축전(또는 신축후 청구인이 주장하는 지상 1층을 추가한 면적)을 기준으로 이 건 과세이연금액이나 세액을 계산한다 하더라도 감면규정의 적용대상이 되는 신공장의 취득가액은 이 건 과세내용과 더불어 모두 구공장의 양도가액을 초과하여 조세감면규제법상 감면비율이 모두 100% 이상에 해당되므로 심리의 실익이 없다. 과세이연금액 = 구공장의 양도차익 ×〔신공장의 취득가액 ÷ 구공장의 양도가액(100분의 100한도)〕 관련법령에 의하면 구공장 또는 신공장의 대지 중 공장입지기준면적(공장건축물 연면적 × 100 ÷ 업종별 기준공장면적률)을 초과하는 면적에 대하여는 5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세등의 감면규정이 적용되지 않는 것으로 규정되어 있어 처분청이 구공장의 무허가건물을 제외한 기계장치등의 수평투영면적을 기준으로 다음과 같이 구공장의 공장입지기준면적을 계산하여 이를 초과하는 면적인 168.6㎡에 대하여 과세이연규정을 적용하지 아니하고 과세한 처분은 정당하다. 구공장의 공장입지기준면적 23.4㎡ = 공장건축물연면적 9.36㎡×100÷업종 별 기준공장면적율 40
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 이 건은 구 조세감면규제법상의 『5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세등의 감면』규정을 적용함에 있어 이 건 공장이전이 (1)『구 공장을 양도한 날로부터 1년 이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우』(시행령 제68조 제1항 제2호: 청구인 주장)에 해당되는지 아니면 『3년이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우』(시행령 제68조 제1항 제3호: 처분청 처분)인지 여부와,
(2) 구공장 지상의 무허가건물을 공장 건축물 연면적에 포함하여 공장입지기준면적을 200.03㎡(청구인 주장)로 할 것인지 아니면 무허가건물은 제외되는 것으로 보아 수평투영면적 23.4㎡(처분청)으로 할 것인지 여부를 가리는데 있다.
- 나. 관계법령 구 조세감면규제법 제71조 【5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세등의 감면】제1항에서 『내국인이 5년이상 계속하여 가동한 공장(이하 이 조에서 구공장 이라 한다)을 새로운 공장(이하 이 조에서 신공장 이라 한다)으로 이전하기 위하여 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다음 각호의 방법에 따라 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있다.
1. 구공장의 토지 등의 양도가액으로 신공장의 기계장치를 취득하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 방법
2. 구공장의 토지 등의 양도가액으로 신공장의 대지 및 건물을 취득하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 과세이연을 하는 방법』을 규정하고, 같은법 시행령 제68조 【5년 이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세등의 감면 등】제1항에서 『법 제71조의 규정에 의하여 세액을 감면받거나 과세이연을 받을 수 있는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.
1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 구공장을 양도하는 경우
2. 구공장을 양도한 날부터 1년 이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우
3. 구공장을 양도한 날부터 3년 이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우』를 규정하고 있으며, 제2항에서 『법 제71조 제1항의 규정에 의한 세액의 감면 또는 과세이연의 적용방법등에 관하여는 제30조 제5항 및 동조 제6항의 규정을 준용한다. 이 경우 전환전사업 을 구공장 으로, “전환사업” 을 신공장 으로, 전환전사업양도가액 을 “구공장양도가액”으로 본다.』고 규정하고 있고, 제3항에서 『구공장 또는 신공장의 대지가 총리령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 법 제71조의 규정을 적용하지 아니한다.』고 규정하고 있다. 같은법 시행규칙 제34조 【5년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세등의 감면】제3항에서는 『영 제68조 제3항에서 재정경제부령이 정하는 공장입지기준면적 이라 함은 제23조 각호에 규정된 면적을 말한다.』고 규정하고, 제23조 【공장입지기준면적】에서 『영 제41조 제1항의 단서에서 재정경제부령이 정하는 공장입지기준면적 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 면적을 말한다.
1. 제조공장의 경우에는 지방세법시행령 제84조의 4 제3항 제6호에 규정된 공장입지기준면적』을 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제46조의 5 【공장입지기준면적】에서 『영 제84조의 4 제3항 제6호에서 행정자치부령으로 정하는 공장입지 기준면적 이라 함은 별표 4의 공장입지 기준면적을 말한다.』고 규정하고 있고, 같은법 【별표4】에서는 공장입지기준면적을 다음과 같이 계산하도록 하고 있다.
1. 공장입지기준면적 = 공장건축물 연면적 × 100 ÷ 업종별 기준공장 면적률
2. 공장입지기준면적의 산출기준
- 가. 공장건축물 연면적: 당해 공장의 경계구역안에 있는 모든 공장용 건축물 연면적(무허가 건축물 및 위법시공 건축물 연면적을 제외한다.)과 옥외에 있는 기계장치 또는 저장시설의 수평투영면적을 합한 면적을 말한다(이하 생략).
- 다. 사실관계 및 판단 쟁점(1)에 대하여 처분청은 구 조세감면규제법 제71조 제2항에서 『양도소득세 또는 특별부가세를 감면받거나 과세이연 받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다.』고 규정하고, 동법 동항 제2호 및 제3호에서 『신공장에서 사업을 개시한 후 3년 이내에 당해 사업을 폐지·처분한 때』라고 하고 있어 문언대로라면 구공장을 양도하고 신공장으로 이전한 후 신공장에서 『3년이상』계속 가동하여 사업을 유지해야 감면 또는 과세이연을 받을 수 있는 것이므로 이 건의 경우는 구 조감법시행령 제68조 제1항 제3호의 『구공장을 양도한 날부터 3년이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우』에 해당되는 것으로 보아야 한다는 주장이다. 청구인은 1994.10.14 구공장인 서울특별시 성동구 OOO동 OOO 대192㎡와 무허가공장건물을 금 160,000,000원에 양도하고 1994.12.2 잔금을 수령한바 있고, 신공장인 서울특별시 성동구 OOO동 OOO외 2필지 대지 146.14㎡와 위 지상1층 68.86㎡, 2층 67.47㎡ 건물을 금 165,000,000원에 1994.12.1 매매계약을 체결, 1995.1.6 잔금을 청산·취득하였으며, 이 건물 1층에 면장갑기등 작업시설을 설치하고 2층에 관리실 및 제품창고를 설치하여 1995.1.6부터 신공장을 가동하였고, 구공장 양도일인 1994.12.2부터 신공장으로 기계설비를 이전한 1995.1.5 기간동안은 작업을 일시 중단한 사실등이 확인된다. 청구인은 1994.12.2 구공장을 양도하고 1995.1.6 신공장으로 이전한 후 신공장을 사업장으로 하여 1995.9.6 처분청으로부터 사업자등록증을 교부받고 1995.1.6부터 신공장의 지상건물 멸실신고를 한 1995.5.26까지 신공장에서 사업을 계속한 것으로 인정된다. 위 사실관계 및 관련법령 규정에 의할 때 청구인은 구 조세감면규제법시행령 제68조 제1항 제2호의 『구공장을 양도한 날부터 1년이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우』에 해당된다 할 것이므로 동조 제3항의 규정에 따라 『구공장 사업의 공장건물 및 그 부속토지를 양도함에 따라 발생하는 소득』에 『사업용고정자산의 취득가액이 구공장사업양도가액중에서 차지하는 비율』을 곱한 금액을 과세이연세액으로 계산해야 하는데도 처분청이 구공장 양도일부터 3년이내에 신공장을 준공하여 사업을 개시하는 경우에 해당되는 것으로 보아 청구인의 양도소득세 과세이연신청을 부인하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다. 쟁점(2)에 대하여 처분청은 구조세감면규제법시행령 제68조 제3항에 『구공장 또는 신공장의 대지가 총리령이 정하는 공장입지 기준면적을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 대하여는 법 제71조의 규정을 적용하지 아니한다.』고 되어 있고, 공장입지기준면적 산정의 기준이 되는 공장건축물 연면적의 계산에 있어서 지방세법시행령 제84조의 4 제3항 제6호와 동법시행규칙 제46조의 5 【별표 4】에서 『공장입지기준면적 = 공장건축물연면적 × 100 ÷ 업종별 기준공장면적율』로 하며 공장건축물 연면적이란 『당해 공장의 경계구역안에 있는 모든 공장용 건축물 연면적(무허가 건축물 및 위법시공 건축물 연면적을 제외한다.)과 옥외에 있는 기계장치 또는 저장시설의 수평투영면적을 합한 면적을 말한다.』고 하고 있으므로 이 건의 경우 구공장의 무허가건물은 공장건축물 연면적에서 제외하고 기계장치시설의 집적(集積)면적에 의한 수평투영면적 23.4㎡(7.07평)를 공장입지기준면적으로 해야 한다는 주장이다. 청구인은 구공장의 대지상에 있는 건물은 1982년 1월 이전에 양성화된 무허가 건물로서 재산세 과세대장에 등록되어 있는 건물이고, 또한 건축물 부속토지 기준면적이내임이 무허가 건물확인서(OOO 동장) 및 재산세영수증(1982～1984년도분), 공장등록 공문(성동구), 공장기준조사표등에 의하여 확인된다. 처분청이 과세이연세액을 계산함에 있어 신축공장지층 99.54㎡에 설치되어 있는 기계 및 작업설비와 신축공장 1층 75.35㎡에 설비되어 있는 제품적치장 및 사무실 면적등을 제외시킨 채 면장갑기 13대를 함께 모은 평면면적 9.36㎡(2.83평)을 공장건축물 연면적으로 계산하여 구공장 양도에 따른 공장입지기준면적을 23.4㎡(7.07평)으로 계산한 것은 부당하다는 주장이다. 지방세법시행령 제84조의 4 제3항 제6호와 동법시행규칙 제46조의 5 『별표4』에서 규정하고 있는 『공장용건축물연면적』에서 제외하고 있는 “무허가 건축물 및 위법시공건축물”이란 건축허가나 사용승인을 받지 아니하여 언제든지 철거 또는 시정명령의 대상이 될 수 있는 임시적·불법적 건축물을 뜻하는 것이지 1972.11.15에 취득하여 1982.1월 이전에 공업배치및공장설립에관한법률 제16조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 공장등록을 하고 양성화 조치되어 1994.12.2 양도할 때까지 공장용 건물로 사용한 건물까지 포함하는 것은 아니라고 해석하는 것이 타당하다 할 것이고, 또한 구 조세감면규제법 제71조 및 같은법 시행령 제68조등에서 『공장입지기준면적』을 초과하는 토지의 양도에 대하여는 감면 또는 과세이연을 배제하는 이유는 적정규모를 초과하는 토지의 소유를 억제하고 토지의 효율적인 이용을 제고하고자 하는데 있다할 것이므로 이 건의 경우 기준면적 이내로 1982.1월에 공장등록을 하여 양성화 조치된 구공장의 지상건물은 공장건축물 연면적에 포함시켜 공장입지기준면적을 계산하는 것이 합리적이라고 판단된다.
- 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.