[요지] 토지초과이득세의 결정일로부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우에는 100분의 60을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세에서 공제하는 것이므로, 쟁점 토지에 대하여 토지초과이득세가 결정되었고, 그 결정일로부터 6년 이내 쟁점 토지가 양도되었으므로 토지초과이득세액의 60％은 쟁점 부동산의 양도소득세에서 공제함
[요지] 토지초과이득세의 결정일로부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우에는 100분의 60을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세에서 공제하는 것이므로, 쟁점 토지에 대하여 토지초과이득세가 결정되었고, 그 결정일로부터 6년 이내 쟁점 토지가 양도되었으므로 토지초과이득세액의 60％은 쟁점 부동산의 양도소득세에서 공제함
[주 문]
○○세무서장이 1993.6.3. 청구인에게 한 양도소득세 122,694,870원의 부과처분은 토지초과이득세 3,428,011원을 양도소득세에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 사실 청구인은 서울특별시 ○○구 ○○동 XXX-7번지 대지 367.3㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다)를 1984.3.5. 취득하여 지하1층, 지상6층 기타 건물 1,141.66㎡(토지와 합하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 1993.1.7. 신축하여 1998.10.13. 청구외 ○○○에게 양도하고, 1998.10.8. 5∼6층주택부분(토지 85.76㎡, 건물 266.54㎡)에 대하여는 1세대1주택으로 비과세신고하고, 주택 이외의 부분(이하 “쟁점 건물”이라 한다)에 대하여 실지거래가액(취득가액 491,484,451원, 양도가액 556,422,500원)으로 부동산양도신고를 하였다. 처분청은 쟁점 부동산의 주택부분에 대하여는 비과세결정하고, 쟁점 건물에 대하여 청구인이 신고한 양도당시의 실지거래가액이 거래증빙에 의하여 확인되지 아니한다고 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여, 1999.6.3. 청구인에게 1998년 귀속양도소득세 122,694,870원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.8.18. 심사청구를 거쳐 2000.5.2. 이건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인은 ××시장 등 지역광고지에 쟁점 부동산의 매도광고를 게재하였으나, 지역광고지에 게재된 매도가액은 희망가액일 뿐 양도가액이 아니며, 같은 ○○동이라도 위치ㆍ매도자의 개인적인 사정 등 여러 가지 복합적인 요인에 의하여 매도가액이 결정되는 것이고, 심사결정시 쟁점 부동산인근에 소재한 부동산의 지역광고지에 게재된 매도가격을 단순비교하여 막연하게 쟁점 부동산의 매매가액을 10억원으로 추정하여 양도가액이 불분명하다고 보았으나, 계약서, 거래사실확인서(인감증명서 첨부) 및 통장에 입금된 내용에 의하여 양도가액이 확인됨에도 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 이건 처분은 부당하다.
(2) 실지거래가액을 인정하지 아니할 경우 1991.11.30. 납부한 토지초과이득세 18,124,410원은 산출세액에서 공제하여야 한다.
(1) 청구인은 쟁점 부동산이 매매가 되지 않아 ××시장 등 지역광고지에 급매광고를 하였다고 주장하면서, 광고료로 강남××시장에 1998.2.5. 45,000원, 1998.6.5. 30,000원, 강남×××에 1998.5.7. 70,000원, ×××에 1998.7.2. 70,000원, 1998.9.11. 105,000원을 지급한 무통장입금증을 제시하고 있는바, 청구인에게 위 광고물사본을 제시할 것을 수차 요구하였음에도 제시하지 아니하고 있으며, 지역광고지 ××× 1998.9.11.∼9.12.판(제904호)에 게재된 광고물 중 쟁점 부동산과 동일한 ○○구 ○○동에 위치한 부동산의 경우를 보면, 대지 50평의 상가주택건물이 총매매가 510백만원에 광고된 점으로 보아 쟁점 부동산의 매매가액을 단순면적으로 비교하여 보아도 총매매가액은 10억원 정도로 추정되는바, 쟁점 부동산양도가액이 715,000,000원이라는 청구주장은 신빙성이 없다고 판단되므로 기준시가에 의하여 쟁점 부동산의 양도차익을 산정하여 고지한 처분은 잘못이 없다.
(2) 청구인은 1991.11.30. 납부한 토지초과이득세 18,124,410원을 전액 양도소득세에서 공제하여야 한다고 주장하나, 구토지초과이득세법 제26조 제1항 제2호의 규정에 의하면 토지초과이득세의 결정일로부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우에는 100분의 60을 공제하여야 하는바, 청구인이 납부한 세액은 예정납부세액이므로 확정결정세액을 확인하여 그 결정된 세액의 100분의 60을 공제함이 타당하다.
3. 쟁점 및 판단
(1) 쟁점 (1) 관련 소득세법 제94조(양도소득의 범위)에서 “양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “토지 및 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득”이라고 규정하고, 같은법 제100조(양도차익의 산정) 제1항에서 “양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다(이하 생략)”고 규정하고, 같은법 제96조(양도가액)에서 “양도가액은 다음 각호의 가액으로 한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제166조(양도차익의 산정) 제4항에서 “법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다”고 규정하고, 그 제3호에서 “양도자가 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우”를 열거하고, 같은조 제5항에서 “제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다”고 규정하고, 그 제2호에서 “제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우”를 열거하고 있다.
(2) 쟁점 (2) 관련 토지초과이득세법 제26조(양도소득세 등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세) 제1항에서 “토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 대하여 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “토지초과이득세의 결정일로부터 3년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우: 100분의 100”이라고 규정하고, 그 제2호에서 “토지초과이득세의 결정일로부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우: 100분의 60”이라고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제16조(과세표준과 세액의 결정) 제3항에서 “제1항 및 제2항의 규정에 의한 과세표준 및 세액의 결정은 과세기간종료일이 속하는 연도의 다음연도 11.30.까지 하여야 한다”고 규정하고 있다.
(1) 청구인은 쟁점 토지를 1984.3.5. 취득하여 1993.1.7. 쟁점 토지상에 지하1층, 지상6층 연면적 1,141.66㎡(5∼6층주택 266.54㎡ 포함)의 기타 건물을 신축하여 소유권보존등기를 한 후, 1998.10.13. 쟁점 부동산을 청구외 ○○○에게 양도하고, 주택부분에 대하여는 1세대1주택비과세로, 주택 이외의 부분(쟁점 건물)에 대하여는 1998.10.8. 실지거래가액(취득가액 491,484,451원, 양도가액 556,422,500원)으로 부동산양도신고를 한 사실이 등기부등본, 부동산양도신고서에 의하여 확인되고, 처분청은 쟁점 부동산의 주택부분에 대하여는 비과세결정하고, 쟁점 건물에 대하여 청구인이 신고한 양도당시의 실지거래가액이 거래증빙에 의하여 확인되지 아니하는 경우에 해당된다고 보아 실지거래가액적용대상에서 제외하고, 쟁점 토지의 양도차익을 기준시가로 산정하였음이 양도소득세확정신고서 및 결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.
(2) 청구인은 주택부분을 포함한 쟁점 부동산 전체의 양도가액이 715,000,000원이라고 주장하면서, 양도당시 부동산매매계약서 및 매수인 ○○○의 확인서, 청구인의 자유저축예금통장사본 등을 제시하고 있는바, 이에 대하여 살펴본다. 청구인이 제시한 위 증빙들에 의하면, 쟁점 부동산은 임대보증금 150,000,000원 및 금융기관채무 450,000,000원 합계 600,000,000원의 채무를 인도하는 조건으로 쟁점 부동산을 715,000,000원에 양도한 것으로 되어 있으나, 청구인이 제시한 부동산매매계약서(1998.9.25.)의 특약사항 (1)에 “본 건물임대차계약건은 현존대로 승계하고, 잔금지불시에 보증금을 정산감액하기로 한다”고만 기재되어 있고, 그 금액이 얼마인지 특정되어 있지 아니하고, 매수인의 거래사실확인서(1999.8.)에 그 보증금이 150,000,000원이라고 확인하고 있는바, 일반적으로 부동산을 매매함에 있어서 임대보증금은 잔금에서 공제되는 양도자의 채무로서 그 금액을 명확히 하는 것이 매매관행임에도 매매계약서에 전세보증금금액이 전혀 기재되어 있지 아니하고, 당심에서 탐문조사한 바에 의하면 쟁점 부동산의 5층∼6층의 주택 중, 양도당시 5층은 전세보증금 130,000,000원에 임대하고, 6층은 청구인이 거주한 것으로 확인됨에도, 청구인은 양도당시 5층주택은 공가상태이었다고 주장만 할 뿐, 그에 대한 증빙을 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라, 위 부동산매매계약서에 첨부된 매매가격계산서에 의하면, 매매가액 715,000,000원을 대지 465,000,000원, 건물 250,000,000원으로 임의구분하고, 건물가액 250,000,000원은 주택부분 50,000,000원, 근린생활시설 200,000,000원으로 임의구분하고 있으며, 부동산양도시 위 근린생활시설의 건물가액 200,000,000원에 건물면적으로 안분계산한 토지가액 356,422,500원을 합하여 556,422,500원을 쟁점 건물가액으로 신고하였음이 확인되는바, 쟁점 건물가액이 임의구분되어 산출된 것으로 확인되므로, 청구인이 신고한 쟁점 건물가액의 양도가액를 실지거래가액으로 인정하기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점 건물의 실지양도가액이 확인되지 않는다고 보아, 전시법령의 규정에 따라 기준시가로 쟁점 토지의 양도차익을 산정하여 과세한 이건 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.
(2) 쟁점 (2)에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점 건물의 실지거래가액을 인정하지 아니하고 기준시가로 양도차익을 산정하더라도 1991.11.30. 납부한 토지초과이득세 18,124,410원은 산출세액에서 공제하여야 한다고 주장하면서, 납세고지서 겸 영수증서를 제시하고 있는바, 이에 대하여 살펴본다. 청구인이 제시하고 있는 위 납세고지서 겸 영수증서에 의하면, 청구인은 토지초과이득세(세목코드 1-11-2-XX) 18,124,410원을 1991.12.12. ××세무서에 납부한 것으로 확인되고, 1993.11.5. ××세무서장이 1990.1.1.∼1992.12.31. 과세기간의 쟁점 토지에 대한 토지초과이득세를 5,713,352원으로 확정결정하고, 1993.11.30. 토지초과이득세 12,411,066원을 청구인에게 환급한 사실이 토지초과이득세과세대장과 환급금관리대장에 의하여 확인되는바, 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세의 계산에 있어서, 토지초과이득세법 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 대하여 토지초과이득세의 결정일로부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우에는 100분의 60을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세에서 공제하는 것이므로, 쟁점 토지에 대하여 1993.11.5. 토지초과이득세 5,713,352원이 결정되었고, 그 결정일로부터 6년 이내인 1998.10.8. 쟁점 토지가 양도된 이건의 경우, 쟁점 토지에 대하여 부과된 토지초과이득세액의 60％인 3,428,011원은 쟁점 부동산의 양도소득세에서 공제함이 타당하다 하겠다.