부당행위계산부인한 처분이 정당한지 여부(경정)

[주 문]

○○세무서장이 2000. 3. 12 청구법인에게 한 아래의 1994. 7. 1∼1999. 6. 30 사업연도 법인세 383,816,530원 및 농어촌특별세 6,779,105원의 부과처분은, 〈과 세 내 역〉 ┌────────────┬──────┬──────┐ │ 사업연도 │ 법 인 세 │농어촌특별세│ ├────────────┼──────┼──────┤ │ 1994. 7. 1∼1995. 6. 30 │ 92,385,280원│ 2,609,630원│ ├────────────┼──────┼──────┤ │ 1995. 7. 1∼1996. 6. 30 │ 88,493,120원│ 4,169,470원│ ├────────────┼──────┼──────┤ │ 1996. 7. 1∼1997. 6. 30 │ 74,533,720원│ ­ │ ├────────────┼──────┼──────┤ │ 1997. 7. 1∼1998. 6. 30 │ 70,584,140원│ ­ │ ├────────────┼──────┼──────┤ │ 1998. 7. 1∼1999. 6. 30 │ 57,820,260원│ ­ │ └────────────┴──────┴──────┘ 청구법인이 청구외 ○○○에게 서울특별시 ○○○구 ○○동 X가 XXX-X 대지 1,169.05㎡를 무상임대한 것으로 보고 위 토지의 부당행위계산대상금액은 위 토지의 주차장 신고수입금액을 기준으로 ○○○ 소유 건물 임차인들에 대한 간주주차료(40평당 1대 차량)를 계산한 금액을 재조사하여 주차장 신고수입금액에 간주주차료를 합산한 금액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 사 실 청구법인과 청구법인의 주식 51.7％를 소유하고 있는 청구외 ○○○(이하 “대주주”라 한다)은 서울특별시 ○○○구 ○○동 X가 XXX-X 대지 3,327.6㎡ 및 건물 6,778.77㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 취득대금 2,520,100,000원을 각자의 지분에 따라 한국감정원의 감정평가서상의 감정가액을 기준으로 분담하고 1983. 12. 29 아래와 같이 공유자지분으로 소유권이전등기하였다. 〈지분등기 내역〉 (단위: ㎡, 백만원) ┌──┬────────┬───────────┬───────────┐ │ │ 계 │ 청구법인 │ 대주주 │ │구분├────┬───┼────┬──┬───┼────┬──┬───┤ │ │ 면적 │ 취득 │ 면적 │비율│ 취득 │ 면적 │비율│ 취득 │ │ │ │ 가액 │ │ │ 가액 │ │ │ 가액 │ ├──┼────┼───┼────┼──┼───┼────┼──┼───┤ │토지│ 3,327.6 │ 1,472│1,663.71│ 50.0│ 736│ 1,663.89│ 50.0│ 736│ ├──┼────┼───┼────┼──┼───┼────┼──┼───┤ │건물│ 6,778.77│ 1,048│ 789.32│11.6│ 83│ 5,989.45│ 88.4│ 965│ │ 계 │ │ 2,520│ │ │ 819│ │ │ 1,701│ └──┴────┴───┴────┴──┴───┴────┴──┴───┘ 처분청은 청구법인 소유지분의 토지 1,663.71㎡ 중 387.37㎡는 동 법인이 사용하고 나머지 1,276.34㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 대주주에게 무상임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하고, 쟁점토지의 임대수입금액을 국유재산법상 사용요율 5％｛1999. 1. 1 이후의 기간분에 대하여는 법인세법시행령 제89조 제4항의 정기예금이자율(7.5/100×50/100)｝를 적용하여 1994. 7. 1∼1999. 6. 30 사업연도의 적정임대료 1,086,246,678원을 산정하고 2000. 3. 12 청구법인에게 주문기재의 법인세 383,816,530원 및 농어촌특별세 6,779,100원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 4. 28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 부동산은 청구법인과 대주주가 각자의 지분에 따라 이 건 부동산의 취득대금을 감정가액을 기준으로 분담하고 지분등기에 의하여 공동취득한 것으로서 건물이 등기상으로는 공유이나 실제로는 2동으로 구분되어 있어서 청구법인과 대주주가 자기책임과 계산하에 동별로 독립적으로 사용하므로 아무런 거래도 있을 수 없고, 대주주 지분 건물정착면적(970.25㎡)이 대주주 지분의 토지면적(1,663.89㎡)에 훨씬 못미쳐 대주주가 임대업을 함에 있어 청구법인의 토지를 침범하여 사용한 일이 없을 뿐만 아니라 대주주 지분의 토지만으로도 주차공간이 충분하므로 청구법인의 토지가 대주주의 임대조건이나 임대수입에 영향을 미칠 수 없으며, 청구법인과 대주주가 전체 토지에서 건물정착면적을 제외한 나머지 토지에서 유료주차장업을 영위하여 최근 5년간 주차수입으로 176,034,040원을 신고하였고, 그 이익을 1/2씩 분배하여 각각 신고납부하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로도 볼 수 없으므로 이 건 부당행위계산부인대상으로 볼 수 없다. 설사, 이 건 부당행위계산부인 대상으로 보더라도 부당행위계산대상 토지는 현실적으로 주차장 이외의 다른 용도로는 쓸모가 없고, 실지 청구법인과 대주주가 공동으로 유료주차장으로 활용하여 수익의 수치가 나타나고 있으므로 이의 적정임대료를 국유재산법상 사용요율을 적용한 처분은 부당하고, 당해 주차장용으로 사용하는 토지의 순소득을 기준으로 산정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 대주주가 그의 건물을 임대하면서 임대면적 40평당 1대의 차량에 대하여 무료주차를 허용하고, 대주주 건물 임차인으로서 고객의 왕래가 잦은 ○○상호신용금고, ○○증권 양평동지점 및 ○○목욕탕 등에 대하여는 30분당 500원씩의 주차티켓을 발급(입주업체 부담)하여 외부차량에 비하여 상대적으로 주차비를 저렴하게 받고 있는 것으로 탐문되며, 대주주가 매년 초에 직전 연도의 주차수입에서 인건비 등 제 경비를 공제하고 남은 이익금의 1/2을 청구법인에게 분배하였고, 청구법인은 1994년∼1998년 중 분배받은 14,260,786원을 잡이익으로 계상하였음이 청구법인이 제시한 주차관리수입정산내역서 등에 의하여 확인되는 점으로 보아 사실상 대주주 1인이 이 건 주차장업을 운영하고 있는 것으로 보여지고, 또한 대주주 지분의 건물연면적이 전체 건물연면적의 88.4％를 점유하는 반면에 대주주 토지지분은 전체의 50％에 불과한 점에 비추어 대주주가 그의 토지지분을 초과하여 쟁점토지를 사실상 사용하고 있다 할 것인 바, 국유재산법상 사용요율을 적용하여 부당행위계산부인한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 쟁점 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인의 토지를 특수관계있는 자에게 무상임대한 것으로 보고 그 적정임대료를 국유재산법상 사용요율(5％)을 적용하여 부당행위계산부인한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 법인세법(1998. 12. 28 개정전의 것, 이하 같다) 제20조【부당행위계산의 부인】는 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】 제2항은『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.∼6. (생략)

7. 출자자등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때 (단서 생략)』라고 규정하고 있으며,

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점부동산의 건물에서 신용금고업을 영위하다가 1993. 4. 26 서울특별시 ○○구 ○○동 XX로 본사 사옥을 이전하였고, 이후 이 건 과세기간동안 쟁점부동산의 건물에 대한 사용내역은 다음과 같다. 〈다 음〉 ┌───┬─────────────┬──────────────┐ │ │ 청구법인 지분 │ 대주주 지분 │ │ │ (연면적 789.32㎡)중 │ (연면적 5,989.45㎡)중 │ │ 구분 ├────┬────────┼────┬─────────┤ │ │면적(㎡)│ 용 도 │면적(㎡)│ 용 도 │ ├───┼────┼────────┼────┼─────────┤ │1995년│ 192.94 │ │5,702.60│ │ ├───┼────┤ ├────┤ │ │1996년│ 192.94 │ │ 5,570.37│ 임대용 │ ├───┼────┤청구법인의 ├────┤ │ │1997년│ 192.94 │연락사무소, 서고│ 5,785.24│·지하: 목욕탕 │ ├───┼────┤(나머지: 공실) ├────┤·1층: ○○은행 │ │1998년│ 227.50 │ │ 5,719.13│·나머지: 사무실 │ ├───┼────┤ ├────┤ │ │1999년│ 227.50 │ │5,719.13│ │ └───┴────┴────────┴────┴─────────┘ 한편, 쟁점부동산의 토지 전체면적 3,327.6㎡에서 건물정착면적 1,219.44㎡(청구법인 지분 249.19㎡, 대주주 지분 970.25㎡)를 제외한 나머지 2,108.16㎡는 1991. 11. 26 청구법인과 대주주가 공동으로 영등포구청에 부설주차장 일반이용에 관한 신고를 한 이후 이 건 심리일 현재까지 유료주차장으로 사용되고 있고, 이의 주차수입에 대하여는 1990. 12. 29 청구법인과 대주주사이에 주차장은 대주주가 관리하고 주차총수입에서 관리비용을 공제한 나머지 이익은 매연도 말에 정산하여 그 1/2를 청구법인에게 지급하기로 주차장관리위임계약을 체결함에 따라 대주주 단독 명의로 주차장업 사업자등록을 하고 부가가치세를 신고하였으나 청구법인의 법인세는 매년 말 그 순이익의 1/2을 소득금액으로 하여 아래와 같이 신고납부하였음이 부설주차장 일반이용에 관한 신고서 및 사업자등록증, 법인세와 종합소득세 신고서 등에 의하여 확인되고 있다. 〈주차장 수입금액 및 소득금액의 신고내역〉 ┌──────────┬───────┬──────┐ │ 기 간 │ 총수입금액 │법인소득금액│ ├──────────┼───────┼──────┤ │1994. 7월∼1995. 6월│ 35,187,270원│ 3,671,126원│ ├──────────┼───────┼──────┤ │1995. 7월∼1996. 6월│ 40,180,269원│ 4,505,500원│ ├──────────┼───────┼──────┤ │1996. 7월∼1997. 6월│ 39,873,543원│ 2,048,690원│ ├──────────┼───────┼──────┤ │1997. 7월∼1998. 6월│ 31,069,456원│ 1,998,230원│ ├──────────┼───────┼──────┤ │1998. 7월∼1999. 6월│ 29,723,502원│ 2,037,240원│ ├──────────┼───────┼──────┤ │ 합 계 │ 176,034,040원│14,260,786원│ └──────────┴───────┴──────┘

(2) 먼저, 부당행위계산부인 대상 인지를 본다. 청구법인은 대주주 지분 토지로도 주차공간이 충분하므로 쟁점토지가 대주주의 임대조건이나 임대수입에 영향을 미칠수 없는 한편 청구법인 지분 토지만으로 주차장업을 하는 것보다는 대주주 지분 토지를 합하여 주차장업을 하는 것이 관리비 절약 등 효율적인 면이 있으며, 유료주차장업을 영위하여 최근 5년간 주차수입으로 176,034,040원을 신고하였고, 그 이익을 1/2씩 분배하여 각각 법인세 및 종합소득세를 신고납부하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로도 볼 수 없으므로 이 건 부당행위계산부인대상으로 볼 수 없다고 주장하나, 대주주 소유의 건물 임차인(입주자)들에게 40평당 1대의 차량에 대하여 무료주차를 허용하고 있는 점, 대주주 건물의 입주업체로서 고객의 왕래가 잦은 ○○상호신용금고, ○○증권 양평동지점 및 목욕탕 등에 대하여는 30분당 500원씩의 주차티켓을 발급(입주업체 부담)하여 외부차량에 비하여 상대적으로 주차비를 저렴하게 받고 있는 것으로 보이는 점 등을 볼 때 대주주 지분 건물의 임대에 따른 주차장 수입의 상당부분이 줄어드는 것으로 인정되므로 이 부분 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

(3) 다음, 부당행위계산부인을 함에 있어 적정임대료 산정이 타당한지를 본다. 일반적으로 부당행위계산부인에 있어 적정임대료는 구체적인 당해토지의 위치와 주위환경, 이용상황이나 사용가능범위등 개별적인 제반요건 등을 고려하여 합리적인 방법으로 산정하여야 할 것인 바, 처분청은 청구법인 지분 토지중 대주주에게 무상임대한 것으로 본 쟁점토지를 청구법인 지분의 토지면적에서 청구법인이 사용한 토지면적을 제외한 나머지 부분으로 계산하면서 당해 토지면적을 건물정착면적까지 포함하여 산정하였으나, 이 건 임대 목적물은 건물정착면적을 제외한 나대지(이하 “건물 부속토지”라 한다)이므로 청구법인의 무상임대 토지면적을 계산함에 있어서도 아래와 같이 건물 부속토지를 안분대상으로 한 1,169.05㎡로 하여야 하고, 그 적정임대료는 당해 토지가 위에서 본 바와 같이 주차장용지로 이 건 과세기간 이전인 1991. 11. 26부터 이 건 심리일 현재까지 사용되어 오고 있고, 처분청도 청구법인의 장부상 주차장 소득금액을 인정하고 있으므로 청구법인이 대주주에게 무상임대한 것으로 보는 1,169.05㎡의 부당행위계산부인금액은 이 건 토지 주차장 신고수입금액을 기초로 대주주 소유의 건물 임차인들에게 40평당 1대의 차량에 대하여 무료주차를 허용하고 있는 것에 대한 간주주차료를 처분청이 계산하여 이 계산된 금액을 주차장 신고수입금액에 합산하여 부당행위계산부인금액으로 삼아야 하고, 처분청이 국유재산법상 사용요율을 적용한 것은 공시지가등이 현실화되지 않았던 때의 것으로 공시지가등이 거의 시가에 근접한 현재에는 현실성이 떨어질 뿐만 아니라 쟁점토지의 이용상황이나 사용가능범위는 어디까지나 주차장용 토지이므로 이 건 무상임대토지의 임대료는 국유재산법상 사용요율이 아닌 당해 토지의 주차장 수입금액을 기준으로 산정하여야 한다고 판단된다. 〈쟁점부동산의 토지 현황〉 (단위: ㎡) ┌────┬────┬───────┬───────┐ │ 구 분 │전체토지│건물 정착토지 │건물 부속토지 │ ├────┼────┼───────┼───────┤ │청구법인│ 1,663.71│ 249.19 │ 1,414.52 │ ├────┼────┼───────┼───────┤ │ 대주주 │ 1,663.89│ 970.25 │ 693.64 │ ├────┼────┼───────┼───────┤ │ 합 계 │ 3,327.6 │ 1,219.44 │ 2,108.16 │ └────┴────┴───────┴───────┘ 〈청구법인의 무상임대 토지면적 산정〉 법인지분 토지면적-(전체 토지면적×① 청구법인이 사용한 토지면적) 법인건물 연면적 * ① = ─────────────────── (대주주건물 연면적+법인건물 연면적)

• 처분청(법인지분 토지면적과 전체 토지면적은 건물정착면적 포함) (3,327.6×1/2)-［3,327.6×｛789.32/(5,989.45+789.32)｝］=1,276.34㎡

• 국세심판원(법인지분 토지면적과 전체 토지면적은 건물정착면적 제외) (1,414.52)-［2,108.16×｛789.32/(5,989.45+789.32)｝］=1,169.05㎡

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.