이자소득 관련 원천징수로서 과세절차가 종결되는지 여부.

심판청구번호 국심2000서 1173(2000. 6.23) 주 문 심판청구를 기각합니다.

청구법인은 비영리내국법인으로 1996.3.1∼1997.2.28사업연도 및 1997.3.1∼1998.2.28사업연도 법인세를 신고납부하면서, 이자소득 1996.3.1∼1997.2.28사업연도 174,288,944원, 1997.3.1∼1998.2.28사업연도 122,710,691원(이하 "쟁점이자소득"이라 한다)에 대한 원천납부세액 1996.3.1∼1997.2.28사업연도 34,679,300원, 1997.3.1∼1998.2.28사업연도 24,536,610원(이하 "쟁점원천납부세액"이라 한다)을 기납부세액으로 각각 공제하였다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 쟁점이자소득을 법인세과세표준에 포함하여 신고하지 아니하였으므로 쟁점원천납부세액은 기납부세액에서 공제될 수 없는 것으로 보아 1999.7.7 청구법인에게 1996.3.1∼1997.2.28사업연도 법인세 45,211,400원, 1997.3.1∼1998.2.28사업연도 법인세 28,501,720원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.10.4 심사청구를 거쳐 2000.4.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 비영리내국법인의 이자소득에 대하여는 동 금액의 한도내에서 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금산입할 수 있고, 고유목적사업에 지출한 금액은 이를 당해 사업연도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 지출한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 결국 이자소득은 법인세과세표준에서 계상될 소득이 없으므로 법인세 과세표준신고서의 형식요건이 불비라는 이유로 쟁점원천징수세액을 기납부세액에서 제외하여 법인세를 결정한 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 비영리내국법인이 이자소득에 대하여 과세표준신고를 하지 아니한 경우에는 원천징수의 방법에 의하여 과세하는 것이고 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니하는 것이므로 고유목적사업준비금을 손금에 계상할 수 없는 것인 바, 법인세 각 사업연도소득에 쟁점이자소득을 포함하지 않고 법인세를 신고한 이 건의 경우, 쟁점원천징수세액을 기납부세액에서 제외하여 법인세를 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이 건은 비영리내국법인이 법인세 신고시 이자소득을 법인세과세표준에 포함하지 아니한 경우 동 이자소득 관련 원천납부세액을 기납부세액으로 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 법인세법 제26조 제1항 에 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법 제27조 제1항에 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영리대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 "이자소득"이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다고 규정하면서, 같은조 제2항에 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 학교법인으로서의 비영리내국법인에 해당되며, 1996.3.1∼1997.2.28사업연도 및 1997.3.1∼1998.2.28사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시, 비수익사업에서 발생한 쟁점이자소득을 법인세과세표준에 포함하지 아니하고 쟁점원천납부세액을 기납부세액으로 공제하였는 바, 이에 대하여 청구법인과 처분청간 다툼은 없다.

(2) 법인세법상 이자소득이 있는 비영리내국법인의 경우 납세자에게 법인세과세표준의 신고여부에 관한 선택적 권리를 부여하고 있으므로 비영리내국법인이 이자소득에 대하여 법인세과세표준 신고기한내 과세표준에 포함하여 신고하지 아니한 경우에는 원천징수로서 과세절차가 종결된다고 할 것인 바(국심97서816, 1997.7.7외 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점이자소득을 법인세과세표준에 포함하지 아니하고 신고한데 대하여 다툼이 없는 이 건의 경우, 쟁점이자소득은 원천징수로서 과세절차가 종결되는 것이므로 쟁점이자소득에 대한 원천납부세액을 기납부세액으로 공제할 수는 없다고 할 것이고, 비영리내국법인의 이자소득에 대하여는 동 금액의 한도내에서 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금산입할 수 있어 이자소득은 법인세과세표준에서 계상될 소득이 없다는 청구주장은 이유없는 것으로 판단되므로 청구법인이 쟁점원천납부세액은 기납부세액으로 공제한 것을 부인하고 처분청이 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 할 것이다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.