건물의 장부가액의 양도비용 여부

심판청구번호 국심2000서 1040(2000.11. 3) 7사업연도 중 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 등 7필지, 75,860.6㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 ○○○시멘트(주)와 ○○○토건(주)에 양도하고 1997사업연도 특별부가세를 신고함에 있어 조세감면규제법 제43조【공장의 지방이전에 대한 양도소득세 등의 감면】의 규정과 같은 법 제66조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】의 규정에 의하여 세액감면신청을 하고 법인세를 신고납부 하였다. 처분청은 특별부가세를 감면받은 세액 중 공장의 지방이전에 대한 특별부가세는 감면요건에 해당되지 않음을 확인하고 감면적용을 배제하여 1999.11.1 청구법인에게 법인세 4,036,062,120원과 농어촌특별세 149,236,640원을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.11.17 심사청구를 거쳐 2000.4.12 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 특별부가세 계산시 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액은 1984.12.31이전 취득분이므로 1985.1.1일을 의제취득일로 하여 1985.1.1 현재의 기준시가를 양도일 현재의 기준시가로 환산하여 환산취득가액을 계산하였으므로 자본적지출은 환산취득가액에 포함된 것으로 보는 것이 타당하나, 본 건과 같이 토지의 양도를 위하여 지상에 잔존하는 건축물을 철거한 경우의 지상건축물은 토지의 양도를 위한 비용으로 보는 것이 합당하고, 환산취득가액 계산시 1985.1.1 현재의 토지의 기준시가에 철거된 건축물의 기준시가가 포함되었다면 건축물가액이 반영되었다고 볼 수 있으나 처분청이 이를 포함하여 계산하지 아니하였으므로 철거한 건축물의 장부가액을 양도비용으로 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 이 건 매매계약의 목적물은 토지로 한정되어 있으며 토지양도이후에도 동 지상건물의 소유권은 청구법인에게 있고, 매매계약서상에 지상건물의 대부분을 양도일 이후 2년 이상 경과된 1999.6.30까지 청구법인이 자신의 사업용도에 정상 사용하는 조건으로 하고 있고, 토지양도일 이후 재고자산 등의 보관목적으로 업무에 계속 사용하였으므로 토지의 양도차익 계산시 지상건물의 장부가액을 취득가액에 포함하지 아니한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지상의 건물을 철거하고 토지만을 양도하기로 매매계약을 체결한 경우 특별부가세 계산시 건물의 장부가액을 양도비용으로 보아 양도가액에서 공제할 수 있는지 여부를 가리는 데에 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제59조 의 2【과세표준】제1항에는 『특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.(1990.12.31개정)』고 규정하고 있고, 제3항에는 『제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다. (1994.12.22 단서개정)』고 규정하고 있으며, 제1호에는 "취득가액. (단서생략)", 제2호에는 "토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 (1980.12.13신설)"으로 규정하고 제4항에는 『제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. (1994.12.22신설)』고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제124조의 2【특별부가세의 과세표준계산】제2항에는 『법 제59조의 2 제3항에서 "취득가액"이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(제37조 제2항의 규정에 의하여 계상한 현재 가치할인차금을 포함하고, 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다. (1994.12.31개정)』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제124조의 5【기준시가의 산정】제2항에는 『법 제59조의 2 제4항에서 "대통령령이 정하는 산식"이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다. (1994.12.31신설)』고 규정하고 있으며 그 산식은 다음과 같다.

1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우 (1994.12.31 신설) 양도가액× { 취득당시의{}기준시가} over { 양도당시의{}기준시가} 매수자 소재지 (대전중구

○○○동) 대 지 면적(㎡) 양도가액(원) 계약일 잔 금 지급일 비 고

○○○시 멘트(주) 계 68,933.9 42,000,000,000 1997.4.29 1997.5.29 이하 "쟁점토 지1"이라 한다

○○○

○○○

○○○

○○○

○○○ 12,615.9 6,797 2,463 10 47,048

○○○토건 (주) 계 6,926.7 4,190,653,500 1996.12.4 1997.1.6 이하 "쟁점토 지2"라 한다

○○○

○○○ 3,811.6 3,115.1

(2) 청구법인은 쟁점토지1과 쟁점토지2(이들 2필지를 합하여 "쟁점토지"라 한다)의 양도에 따른 특별부가세 경정시 양도차익을 계산함에 있어서 쟁점토지상의 건물의 잔존가액을 양도비용으로 공제하지 아니하고 경정결정한 처분은 부당하다는 주장이다.

(3) 이 건에 대한 부동산매매계약의 주요약정 내용을 살펴본다. 첫째, 쟁점토지1의 매매계약서 내용을 보면 1997.4.29 계약당사자를 매도자인 청구법인[○○○제지공업(주)]을 (갑)으로 하고 매수자인 청구외 ○○○시멘트(주)를 (을)로 하여 매매대금을 420억원 (추후 41,740백만원으로 정산)으로 하고 계약금 42억원은 계약(1997.4.29)시 지급하고, 잔금 378억원은 1997.5.29 쟁점토지1의 소유권이전완료 즉시 지급하기로 약정하고, 소유권이전은 매매잔대금지급과 동시에 매매목적물 위에 설정된 모든 제한 물권과 부담을 제거하고 토지거래허가를 받아 소유권이전을 하는 것으로 되어 있다. 한편, 동 계약서 제3조 제1호에 "별지도면 홍색선 표시부분과 그 지상 및 지하시설물은 매매대금 완불과 동시에 명도하고, 그 시설물의 철거는 (을)이 그의 비용으로 하기로 한다."고 되어 있고, 제2호에는 "나머지 부분은 1999.6.30에 명도한다. 단, 그 지상건물 등 시설물은 명도이전에 (갑)이 철거하되 (을)이 그 비용을 부담하거나 또는 (갑)을 위하여 (을)이 철거작업을 수행할 수 있다."고 되어 있으며 제3호에는 "위 제2항 토지부분에 대하여 (갑)은 명도시까지 임대료 없이 사용할 수 있다."고 약정되어 있음이 확인된다. 둘째, 쟁점토지2의 매매계약서 내용을 보면 1996.12.4 계약당사자를 매도자인 청구법인[○○○제지공업(주)]을 (갑)으로 하고 매수자인 청구외 ○○○토건(주)를 (을)로 하여 총 매매대금을 4,190,653,500원으로 하되, 계약금 1,225,000,000은 1996.12.4일, 중도금 1,290,000,000원은 1996.12월, 잔금 1,675,653,500원은 1997.1.6에 지급하기로 하고, 지상물의 철거는 (갑)이 계약목적물상의 지상건축물 및 구축물을 (갑)의 비용으로 철거하고 철거잔존물은 (을)이 처리하도록 되어 있으며, 소유권이전에 대하여는 (갑)은 매매대금의 잔금을 수령함과 동시에 (을)에게 계약목적물의 소유권이전등기에 필요한 서류일체와 목적물을 인도하도록 되어 있음이 확인된다.

(4) 특별부가세 양도차익 계산에 대한 법인세법 제59조 의 2 제3항의 규정을 보면 『양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다.』고 규정하고 제1호에는 "취득가액", 제2호에는 "토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용"이라고 규정하고 있으며, 청구법인이 신고한 특별부가세 신고서와 이건 특별부가세 결의서를 살펴보면 청구법인은 양도가액은 실지거래가액으로 하고, 취득가액은 1984.12.31이전 취득분이므로 그 가액이 불분명하여 법인세법시행령 제124조 의 5【기준시가의 산정】제2항 제1호의 규정을 적용하여 1985.1.1일 현재의 기준시가를 양도시의 실거래가액으로 환산하여 계산하였음이 확인되고 있다.

(5) 특별부가세 양도차익 계산시 양도자가 매매계약조건에 따라 부담한 건물의 철거비용을 양도비용으로 인정하는 데는 다툼이 없으나 이 건의 경우 청구외 ○○○시멘트(주)에 양도한 쟁점토지1상의 지상 건축물의 철거비용은 매수인인 청구외 ○○○시멘트(주)가 부담하기로 되어 있으므로 양도비용으로 공제할 수 없다할 것이고, 청구외 ○○○토건(주)에 양도한 쟁점토지2상의 지상건물에 대한 철거비용은 청구법인이 부담한다고 되어 있으나 청구법인이 철거비용에 대한 구체적인 입증자료를 제시하고 있지 아니하므로 쟁점토지2상의 지상건물의 철거비용을 양도가액에서 공제하기는 어렵다 할 것이다.

(6) 청구법인은 쟁점토지상의 건물의 잔존가액을 특별부가세 양도차익 계산에서 양도비용으로 보아 양도가액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있으나 이건 쟁점토지의 매매계약서에는 매매계약목적물을 토지로 한정하고 있음을 알 수 있고, 특별부가세 양도차익 계산과 관련된 규정을 보면 양도가액에서 공제되는 금액은 취득가액과 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용으로 되어 있는 바, 토지의 매매에 따른 지상건물의 잔존가액이 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용으로 보기는 어렵고, 토지와 건물을 동시에 양도한 경우에는 각각 안분계산 방법에 의하여 건물분의 취득원가를 반영하는 것이 타당하다 할 것이나 토지만을 양도한 경우에는 토지와 건물은 별개의 독립된 자산이므로 건물의 잔존가액을 토지의 양도비용으로 공제하는 것은 과세대상이 다른 자산의 취득원가를 공제하는 결과가 되므로 인정하기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청에서 이 건 쟁점토지의 양도차익을 계산함에 있어서 쟁점토지상의 건물의 잔존가액을 양도비용으로 공제하지 아니한 처분은 적법한 처분이라 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점토지를 아래와 같이 양도하고 특별부가세를 신고한 사실과 처분청에서 조세감면규제법 제43조의【공장의 지방이전에 대한 양도소득세 등의 감면】규정에 의한 감면을 배제한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. 【양도 토지 현황】