의제매입세액을 불공제한 처분의 적정성 여부

심판청구번호 국심2000서 0688(2000. 8.29) 翩獰汰�영위하는 청구인이 1998년 2기분 부가가치세 신고시 면세임산물인 수목구입에 따른 의제매입세액 9,467,592원을 매출세액에서 공제한데 대하여 쟁점세액 중 7,423,890원(이하 "쟁점의제매입세액"이라 한다)에 해당하는 수목을 농민으로부터 직접 구입한 것으로 보아 동 금액을 매입세액 불공제하고 1999.8.1 청구인에게 부가가치세 8,166,280원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.9.28 심사청구를 거쳐 2000.3.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 원재료의 공급자인 청구외 ○○○, 청구외 ○○○, 청구외 ○○○(이하 "청구외 ○○○등"이라 한다)은 사업자등록을 하지 아니였으나 10회 이상 계속 청구인에게 수목등을 공급한 사업자임이 입증되고, 청구외 ○○○등의 사실확인서에 의하면 사업자등록증을 수차례 신청하였으나 과세당국으로부터 사업자등록증을 교부받지 못하고 계속 사업하였음이 인정되므로, 청구인이 부가가치세법 제17조 제3항 에 의거 영수증을 첨부하여 신고한 것은 적법하다 할 것이므로 공급자를 농민으로 보아 경정 결정고지한 당초 처분은 부당하므로 이를 취소하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법시행령 제62조 제3항 에서는 의제매입세액 공제를 위한 증빙서류로 공급자가 면세사업자인 경우 소득세법 또는 법인세법의 규정에 의한 계산서 또는 영수증, 제조업을 영위하는 사업자가 농·어민으로부터 직접 구입하는 경우에는 공급자가 주민등록번호가 기재된 일반영수증을 교부받아야 하는 것임에도 불구하고, 청구인은 제조업이 아닌 조경공사업을 영위하는 건설업자로, 사업자등록하지 아니한 농민인 청구외 ○○○외 2인으로부터 조경공사에 필요한 수목 등을 구입하여 주민등록번호가 기재된 일반영수증을 제출하였으나, 이는 소득세법 등이 규정한 계산서 등에 해당하지 아니하고 청구인이 수목 등을 납품받으면서 이에 따른 계산서 등을 교부받아 매입처별계산서합계표 등을 제출한 사실이 없으므로 쟁점의제매입세액을 불공제하여 과세한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

• 가. 쟁 점 청구인의 의제매입세액을 불공제한 처분청의 처분이 타당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】

③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조.·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.

④ 제3항의 규정은 사업자가 제18조 및 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다. 부가가치세법시행령 제62조 【의제매입세액계산】

① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 면세농산물등(제28조제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것을 포함한다. 이하 같다)의 가액에 총리령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받고자 하는 사업자는 법 제17조 제4항의 규정에 따라 매입처별계산서합계표 또는 소득세법 제163조 또는 법인세법 제66조 의 규정에 의하여 교부받는 영수증(제조업을 영위하는 사업자가 농·어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 총리령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류)을 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 소득세법 제163조 【계산서의 작성.교부등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 법인세법 제66조 【계산서의 작성·교부 등】

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산서 또는 영수증을 작성하여 공급받는자에게 교부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 부가가치세법 제17조 제4항 및 같은법시행령 제62조 제3항의 규정에 의하여 의제매입세액의 공제를 받고자 하는 경우, 조경공사업을 영위하는 청구인과 같은 제조업 외의 사업자는 매입처별계산서합계표 또는 소득세법 제163조 나 법인세법 제66조 의 규정에 의한 계산서나 영수증을 관할 세무서장에게 제출하여야 하는 것이다.

(2) 청구인은 면세임산물인 수목을 구입하였다고 주장하면서도 매입처별계산서합계표 또는 소득세법 제163조 에 규정된 계산서나 영수증 등을 제출하지 못한 사유에 대하여, 공급자인 청구외 ○○○가 사업자등록을 신청하였으나 ㅇㅇㅇ세무서로부터 기각당하였기 때문이라고 하면서, 비록 청구외 ○○○등이 사업자등록되지는 아니하였으나 10회 이상 계속 납품한 사업자임이 확인되므로 쟁점의제매입세액 공제를 하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다. (가) ㅇㅇㅇ세무서장이 2000.2.16 청구외 ○○○에게 발급한 사실증명내용 및 청구외 ○○○가 1999.8.12 작성한 확인서를 보면 청구외 ○○○가 1998.3.19 ㅇㅇㅇ세무서에 사업자등록 신청을 하였고 사업장이 없다는 이유로 기각처리된 사실이 나타나 있으나, 단순히 사업자등록을 신청하였다는 이유만으로 청구외 ○○○를 실질적인 사업자라고 보기는 어렵다 할 것이며, (나) 또한 청구인이 1998년 2기 확정신고시 제출한 의제매입세액공제신고서에는 공급받은 일자가 기재되어 있지 아니하나, 동일한 항목에 대하여 1998년 2기 예정신고시 의제매입세액공제신고서에는 1998.7.1 청구외 ○○○으로부터 16,694,000원의 소나무 등을 매입하였다고 신고되어 있는 한편, 청구인이 제출한 납품계약서에는 원 납품종료일과 변경된 납품종료일이 각각 1998.5.30과 1998.6.3으로 나타나고 있어 의제매입세액공제신고서와 납품계약서 상의 매입일자의 과세기간이 일치하지 아니하며, 청구인이 1998년 2기 확정신고시 제출한 의제매입세액공제신고서에 청구외 ○○○등으로부터 269,353,550원을 공급받았다고 기재하였음에도 청구인은 동 공급받은 분에 대하여 16,789,000원의 금융자료만을 제출하고 있는 바, 위 269,353,550원 전체에 대하여 청구외 ○○○등으로부터 수목을 공급받았다고 보기도 어렵다할 것이다.

(3) 이상의 사실관계 및 법률관계를 종합하건대 청구인이 청구외 ○○○등으로부터 269,353,550원에 해당하는 수목을 공급받았음이 명확하게 입증되지 아니하고, 설령 위 거래관계가 진실된 것으로 인정된다하더라도 청구외 ○○○등이 제출한 영수증이 소득세법 제163조 에 규정된 계산서나 영수증으로 보기는 어려우므로 이 건 쟁점의제매입세액을 불공제한 처분청의 처분에 달리 잘못이 없다 할 것이다.

• 라. 결 론 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.