임차인이 건축비를 부담하여 건물신축시 관련매입세액의 공제 여부

심판청구번호 국심2000서 0616(2001. 7. 4) 주 문 1. ○○○ 세무서장이 1999.8.4. 청구인에게 한 1995년 제1기 부가가치세 36,028,390원은 매입세액 25,200,000원을 공제하여 그 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구인은 1994.7.5. 청구외 (주)○○○인터내셔날(이하 "임차인"이 라 한다)과 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 및 ○○○ 대지 1,788.4㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 임대기간을 1994.12.1. ∼ 2001.11.30.까지 7년으로 하고, 임대료를 보증금 10억원 및 월세 16,666,000원으로 하는 임대계약을 체결하면서 쟁점토지상에 임차인이 사용할 지하 1층 및 지상 3층의 건물(이하 "쟁점건물"이라 한다)을 임차인부담으로 신축하기로 약정하였고, 청구인은 청구인명의로 쟁점건물의 건축허가를 받아 청구외 ○○○건설(주)와 도급계약을 체결하여 1995.1.16. 준공하고, 쟁점건물신축비 667,273,000원(이하"쟁점건물신축비"라 한다)을 임차인에게 지급하게 한 후 쟁점건물을 청구인명의로 건축물대장에 등재하였으며, 임차인은 심리일 현재까지 쟁점건물에서 스테이크 전문점을 경영하고 있다. 청구인은 1994.12.1. 사업자등록을 하고 1995년 제1기분 부가가치세 신고시 사업자등록후에 지급된 쟁점건물의 신축비 252,000,000원에 대한 매입세액 25,200,000원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 공제받았고, 매과세기간 임대보증금에 대한 간주임대료 및 월세에 대하여 부가가치세와 종합소득세를 신고납부하였다, 1999.7.15 ○○○지방국세청장은 임차인에 대한 부가가치세 특별조사를 하면서 임차인이 쟁점건물을 신축하여 청구인에게 소유권을 이전한 것으로 보아 쟁점건물신축비에 대한 부가가치세를 과세하고, 청구인의 사업장을 관할하는 ○○○세무서장에게 청구인이 공제받은 쟁점매입세액을 불공제하고, 쟁점건물신축비를 임대기간으로 안분하여 청구인의 임대료로 보아 부가가치세를 과세하도록 통보하였는 바, 처분청은 이를 근거로 1999.8.4. 쟁점매입세액을 불공제하고, 쟁점건물신축비를 청구인의 선수임대료로 보아 임대기간으로 안분하여 1995년제1기부터 1998년제2기까지의 부가가치세 76,547,120원(1995년제1기분은 36,028,390원, 1995년제2기분부터 1998년제2기까지는 각각 5,788,390원)과 종합소득세 202,393,070원(1995년 귀속분 55,557,690원, 1996년부터 1998년 귀속분은 각각 48,890,580원)을 경정고지하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점건물은 임대기간종료시 임차인의 부담으로 철거하기로 약정하였고, 임대계약상 쟁점건물신축비를 임대료로 대체한다는 약정이 없으므로 쟁점건물신축비는 청구인의 임대료가 아니므로 처분청이 선수임대료로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 취소되어야 한다. 쟁점건물신축비를 청구인의 선수임대료로 보아 부가가치세를 과세한다면 청구인명의로 교부받은 쟁점매입세금계산서는 정당한 세금계산서로 매입세액이 불공제되는 사실과 다른 세금계산서가 아니므로 처분청의 쟁점매입세액의 추징은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점건물은 임차인의 부담으로 신축하여 청구인명의로 소유권이 이전되었고, 쟁점건물은 재산적 가치가 있으므로 쟁점건물신축비는 약정임대기간동안 청구인의 선수임대료이며, 이에 대하여 처분청이 부가가치세를 과세한 처분을 정당하다. 쟁점건물은 임차인이 신축하여 청구인명의로 소유권을 이전하였으므로 쟁점매입세금계산서는 임차인이 교부받아야 하나 청구인이 교부받았으므로 이는 사실과 다른 세금계산서로서 쟁점매입세액은 불공제함이 타당하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점건물을 실제 신축한 자가 청구인인지 또는 임차인인지 여부를 가리고,

(2) 쟁점건물신축비가 청구인의 선수임대료에 해당되는 지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 부가가치세법 제13조 (과세표준) 제1항 제1호에서 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 지급받는 경우에는 그 대가의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다』고 규정하고, 같은법 제17조(납부세액) 제2항은 『 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 하고, 제2호에서 『 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액』을 규정하고 있으며, 같은법 제21조(경정) 제1항은 『사업장관할세무서장·사업장관할 지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다』고 하고, 제2호에서 『확정신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』를 규정하고, 같은법 시행령 제48조(과세표준의 계산) 제1항은 『 법 제13조제1항에서 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점건물을 실제 신축한 자가 청구인인지 또는 임차인인지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 1994.7.5. 임차인과 쟁점토지의 임대계약을 체결하고, 계약조건에 따라 자신의 명의로 쟁점건물의 건축허가를 받았으며, 청구인은 1994.8.18. 청구외 ○○○건설(주)와 쟁점건물의 신축공사도급계약을 체결하여 1995.1.15. 쟁점건물을 준공하고, 1995.1.16. 일반건축물대장에 청구인명의로 등재하였고, 청구인은 1994.12.1.사업자등록을 한 후 쟁점건물신축비중 사업자등록후에 지급한 252,000,000원에 대한 매입세금계산서를 쟁점건물의 수급자인 청구외 ○○○건설(주)로부터 교부받아 1995년 제1기분 부가가치세 예정신고시에 쟁점매입세액을 공제받았으며, 이러한 사실은 임대계약서, 쟁점건물의 신축도급계약서, 건축물관리대장, 경정결의서등에 의해 확인되며 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 청구인은 쟁점매입세금계산서는 정당하게 교부받은 세금계산서로 사실과 다른 세금계산서가 아니므로 쟁점매입세액을 불공제하는 것은 부당하며, 쟁점매입세액을 추징하는 경우에도 쟁점매입세액은 임차인의 쟁점건물신축비에서 차감되었으므로 임차인으로부터 추징하여야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 쟁점건물을 실제 신축한 자는 임차인이므로 임차인이 청구외 ○○○건설(주)로부터 매입세금계산서를 교부받아 쟁점매입세액을 공제받아야 하므로 청구인이 교부받은 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 청구인이 공제받은 쟁점매입세액을 추징한 처분은 정당하다는 입장인 바, 쟁점건물은 청구인명의로 건축허가를 받았고, 청구인이 청구외 ○○○건설(주)와 쟁점건물의 신축도급계약을 체결하였으며 도급계약조건에서 청구인은 건축주의 입장에서 공사전반을 관리감독하고(계약조건 제5조), 공사자재의 적정여부를 검사하며(계약조건 제7조), 공사대금의 지급의무를 부담(계약조건 제17조)하도록 약정하고 있으며, 일반건축물대장상에도 원시취득자가 청구인으로 되어 있는 점을 볼 때 쟁점건물은 청구인의 책임하에 직접 신축되었다고 보여지며, 처분청은 임차인이 실제 쟁점건물의 신축비를 부담하였다고 하여 임차인이 쟁점건물을 신축하여 그 소유권을 청구인에게 이전하였다고 보았으나 청구인은 쟁점건물을 신축하기 전인 1994.7.5.에 체결한 임대계약서에서 쟁점건물을 임대물건으로 기재하고 있고, 쟁점건물의 신축과정에서 건축주를 청구인으로 하여 건축과정의 모든 책임을 청구인이 부담하고 있으며, 쟁점건물을 신축한 후 청구인은 계속하여 임대용역을 제공하고 그 대가를 임차인으로부터 받기로 되어 있는 점을 고려할 때 쟁점건물의 신축비는 그 자금의 원천이 임차인이라고 하더라도 청구인이 임차인으로부터 임대료의 일부를 미리받아 청구외 ○○○건설(주)에 지급한 금액이라고 보는 것이 사실관계에 부합된다고 하겠다. 따라서 쟁점매입세금계산서가 정당한 세금계산서로 사실과 다른 세금계산서가 아니며, 청구인이 공제받은 쟁점매입세액을 불공제한 처분이 취소되어야 한다고 하는 청구인의 주장은 이유가 있다고 하겠다.

(2) 다음으로 쟁점건물신축비가 청구인의 선수임대료에 해당되는 지 여부를 살펴본다. 상기 (1)에서 살펴본 바와 같이 쟁점건물은 청구인이 임차인으로부터 임대료의 일부를 미리받아 신축하였다고 보여지므로 쟁점건물의 신축비는 청구인의 선수임대료에 해당되며, 이는 청구인의 부채로서 임대용역의 제공정도에 따라 수입임대료로 대체될 금액이며, 쟁점토지와 건물의 임대료가 부가가치세의 과세대상이므로 처분청이 쟁점건물신축비를 각 과세기간별로 안분하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다고 하겠으며, 쟁점건물은 임대기간종료시 임차인의 부담으로 철거하기로 약정하였고, 임대계약상 쟁점건물신축비를 임대료로 대체한다는 약정이 없으므로 쟁점건물신축비는 청구인의 임대료가 아니라고 하는 청구인의 주장은 이유가 없다고 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.