공급대가에 대해 감액을 합의 거래 후 매출에서 차감하여야 하는지 여부.

심판청구번호 국심2000서 0498(2000. 7. 7) 주 문 심판청구를 기각합니다.

청구법인이 1998.3.1부터 1999.1.31까지 서울특별시 동대문구 ○○○동 ○○○ 소재 청구외 ○○○의료원에 공급한 의약품 공급가액에 대하여 1999.2.27. 공급가액을 기준으로 690,875,040원의 감액세금계산서(이하 "쟁점감액세금계산서"라 한다)를 교부하고, 부가가치세 69,087,504원(이하 "쟁점세액"이라 한다)을 매출세액에서 차감하여 1999년 1기 예정분 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구법인이 별도의 계약체결없이 일방적으로 이미 확정된 공급가액을 감액처리한 것이므로 쟁점세금계산서는 실질거래 내용과 다르다 하여 쟁점세액을 매출세액에서 차감하지 아니하고 1999.7.5. 청구법인에게 부가가치세 16,367,800원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.9.29. 심사청구를 거쳐 2000.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인과 청구외 ○○○의료원은 청구법인이 1998.3.1.부터 1999.1.31.까지 청구외 ○○○의료원에 공급한 의약품 가액 중 공급가액 기준으로 690,875,040원을 감액하기로 1999.2.27. 약정하고 약정일이 속하는 1999년 1기 중에 동 감액에 해당하는 주기(朱記)세금계산서를 청구외 ○○○의료원에 발행하고 부가가치세 신고를 마쳤으며, 청구외 ○○○의료원 역시 동 감액분에 대하여 1999년 1기 부가가치세 과세기간내에 신고를 하였으므로 쟁점감액세금계산서에 해당하는 부가가치세 69,087,040원을 매출세액에서 차감하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법시행령 제59조 단서에서 규정하는 당초 세금계산서를 교부한 후 수정세금계산서를 교부할 수 있는 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우라 함은 일부의 공급가액이 재화의 인도 후에 확정되거나, 공급한 재화의 환입·반품의 경우, 인도 전에 세금계산서를 발행하였으나 계약이 취소된 경우, 당초의 특수조건에 의한 감액 등의 경우를 말하는 것으로서 대금의 정산특약에 의한 공급가액의 변경 또는 사전약정에 의하여 판매실적에 따라 당초 공급단가를 조정하는 경우와 재화 또는 용역의 공급가액이 확정되지 아니하여 추후 확정되는 경우 등을 말하는 것이므로 이 건의 경우와 같이 재화의 공급가액이 확정된 후 적법하게 교부한 세금계산서에 대하여 사전약정없이 사후 소급하여 단가를 변경하기로 합의하고 당초 공급가액을 감액하는 것으로 발행된 쟁점세금계산서는 적법하지 아니한 세금계산서로 판단된다.

• 가. 쟁점 청구법인이 1999년 1기에 이전 공급분 중 공급가액을 기준으로 690,875,040원을 감액하여 교부한 수정계산서를 인정할 지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제59조에는 "법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생 한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1998.3.1부터 1999.1.31까지 청구외 ○○○의료원에 공급한 공급가액 중 690,875,040원을 차감하기로 1999.2.27. 청구외 ○○○의료원과 합의하고 동 감액 합의가 이루어진 1999년 1기 예정신고시 쟁점감액세금계산서를 발행하였고, 동 차감액에 대하여 1999년 1기에 청구외 ○○○의료원의 매출채권에서 차감한 후 공급대금을 수령하였다고 주장하고 있는 바 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인과 청구외 ○○○의료원이 1999.2.에 작성한 공급가액감액변경합의서를 보면 1998.3.1부터 1999.1.31까지 청구법인이 청구외 ○○○의료원에 공급한 의약품의 공급가액 중 690,875,040원을 감액하기로 합의하고 감액 대금에 대하여는 매출채권에서 차감하는 것으로 나타나 있다. (나) 처분청의 세금계산서합계표 조회 내용을 보면 쟁점감액세금계산서에 대하여 청구법인과 청구외 ○○○의료원이 해당 과세관청에 신고하였음을 알 수 있다. (다) 청구법인이 의약품의 매출액이 입금되는 계좌라며 제시하고 있는 청구법인 명의의 ○○○은행 ○○○과 ○○○은행○○○을 보면 1998년 1기부터 1999년 1기 예정신고기한까지 청구외 ○○○의료원으로부터 입금된 금액이 동 기간동안 청구인이 처분청에 신고한 공급대가와 일치하고 있어 위 두 계좌가 청구법인의 청구외 ○○○의료원에 대한 거래계좌로 인정이 되고 있으며, 이 중 ○○○은행 ○○○ 계좌를 보면 청구법인이 쟁점감액세금계산서에 해당하는 공급대가 759,962,544원이 감액되어 입금된 사실이 확인된다.

(2) 국세청장은 청구법인이 공급가액의 감액에 대하여 사전에 약정을 체결하지 아니하고 재화의 공급가액이 확정된 후 소급하여 단가를 변경하였다 하여 쟁점세금계산서를 적법하지 아니한 세금계산서로 판단하여 쟁점세액을 청구법인의 1999년 1기 부가가치세 매출세액에서 차감하지 아니하였으나, 당초 계약내용의 변경사유가 발생하여 거래당사자간의 합의에 의하여 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의하여 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 차감되는 사유가 반드시 사전에 약정된 계약의 내용에 따라 이루어져야 한다고 하기는 어렵다 할 것이다.

(3) 이상의 사실관계 및 법률관계를 살펴본건데 청구법인이 쟁점감액세금계산서에 해당하는 공급대가에 대하여 감액하기로 청구외 ○○○의료원과 합의한 후 실제로 처분청에 감액하여 부가가치세 신고를 한 점, 동 감액된 매출액에 대하여 매출채권에서 차감하여 매출대금을 수령한 점, 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의한 감액 사유가 반드시 사전에 약정된 계약의 내용에 따라 이루어져야 한다고 하기도 어려운 점 등을 고려할 때 쟁점세액을 부가가치세 매출세액에서 차감하지 아니한 처분청의 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.