부동산을 분할하여 양도하는 경우에 취득원가 계산의 적정 여부

심판청구번호 국심2000서 0229(2000.12.22)

○○○세무서장이 1999.7.2. 청구법인에게 한 1997사업연도(1996.7.1-1997.6.30)법인세 413,384,400원, 특별부가세 295,274,000원과 1998사업연도(1997.7.1-1998.6.30)귀속분 법인세 23,426,000원의 부과처분은 청구법인 소유의 ○○○시 ○○○구 ○○○가 ○○○ 대지 905㎡ 및 위 대지상의 지하3층 지상10층 건물 4,996.09㎡중 1996.5.31자에 지하 1·2층과 지상 3층 내지 10층(단, 701호, 901호, 801호, 902호는 제외)을, 1996.8.13자에 701호를, 1996.10.2자에 901호를, 1997.2.3자에 지상 1·2층을 각각 분할하여 양도한 부분에 대한 양도차익 등을 계산함에 있어 취득원가를 단순 면적기준이 아닌 기준시가비율에 따라 재계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

청구법인은 1993.9.4 ○○○시 ○○○구 ○○○가 ○○○ 대지 905㎡ 및 위 대지상의 지하3층 지상10층 건물 4,996.09㎡(일명 '○○○오피스텔'이라 하며 이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 경락받아 1994.4.12 취득하여 보유하다가 쟁점부동산중 지하 1·2층, 지상 3층 내지 10층(단, 701호, 901호, 801호, 902호는 제외)을 1996.5.31자에, 701호를 1996.8.13자에, 901호를 1996.10.2자에, 지상 1·2층을 1997.2.3자에 각각 분할하여 양도하고, 특별부가세를 계산함에 있어 위 쟁점부동산의 양도분에 대한 취득원가를 1996.3.22자로 실시한 개인감정사(동해감정평가사)의 감정가액을 기준으로 계산하되 양도가액을 초과하지 않도록 조정 계산하여 법인세과세표준 및 세액을 신고하였다. 처분청은 청구법인의 취득원가 산정방법을 부인하고 면적기준에 따른 취득원가 배분방법에 따라 재계산하여 1999.7.2 청구법인에게 1997사업연도(1996.7.1-1997.6.30) 법인세 413,384,400원, 특별부가세 295,274,000원, 1998사업연도(1997.7.1-1998.6.30)법인세 23,426,000원을 결정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.2.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 취득원가 배분방법은 감정가격에 근거하여 거래 관행, 실거래가액, 수익비용대응원칙을 고려한 배분방법에 의한 지극히 타당한 신고로서 누가 보아도 객관적이었음을 인정할 수 있고, 법인세법을 악용하거나 회피하려는 의도가 전혀 없었음을 알 수 있는데도 처분청이 이러한 여러 가지 변수와 회계원칙을 무시하고 단순히 면적비율에 의한 산정방법에 근거하여 부과한 이 사건 관련 세금의 부과처분은 위법부당하다고 할 것이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 위 쟁점부동산중 양도자산의 취득가액을 계산함에 있어 청구법인의 주장대로 감정가액 비율로 산정한 것이 아니고 실지 거래가액인 양도가액을 기준으로 하여 일정한 배부기준도 없이 양도가액의 범위내에서 임의로 산정하여 신고하였는 바, 위 쟁점부동산중 양도분에 대한 토지는 1987.12.26에 2,799,387,560원에, 건물은 1994.5.14에 4,521,180,000원에 취득하여 취득시기 및 취득가액이 각각 상이하고, 동일 필지내의 상가 등을 분양함에 있어 층별, 용도별로 분양시기 및 금액을 달리하여 분양하였으나 각 상가별 개별원가계산에 의한 취득원가 산정이 이루어지지 아니하였고, 청구법인이 주장한 감정가액도 세법에서 규정한 감정평가법인의 감정평가액이 아닌 개인감정사의 감정가액으로서 각 층별, 호수별로 감정평가가 이루어지지 아니하였고, 토지 및 건물의 구별 없이 단순히 층별로 일괄 감정평가하였으므로 토지 및 건물의 취득가액 안분계산이 불가능하다. 결론적으로 청구법인은 취득가액을 실지 양도가액을 기준으로 하여 일정한 배부기준도 없이 양도가액의 범위내에서 임의로 산정하여 신고하였는 바, 법인세법기본통칙(7-2-3...59의2) 및 국세청예규(법인 46012-2626, 97.10.13)의 규정과 같이 하나의 거래단위로 취득한 토지 등을 분할하여 양도하는 경우의 양도토지 등에 대한 취득가액 계산은 면적비율에 의하여 계산하여야 하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 하나의 거래단위로 취득한 부동산을 분할하여 양도하는 경우에 그 양도부동산에 대한 취득원가 계산방법
• 나. 관련법령 법인세법(법률 제5581호, 1998.12.28 전면 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제59조의2【과세표준】⑤법인이 토지등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

⑥ 토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 같은 법 시행령 제124조의 5【기준시가의 산정】③ 법 제59조의2 제5항에서“대통령령이 정하는 방법”이라 함은 다음 각호의 방법을 말한다.

1. 기준시가가 있는 자산만을 취득하거나 양도한 경우에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 기준시가가 있는 자산과 기준시가가 없는 자산을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 비례하여 안분계산한 후, 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 판단

(1) 위에서 본 바와 같이 쟁점부동산중 양도분에 대한 취득 원가를 계산함에 있어 청구법인은 개인감정사가 일괄감정한 감정가액을 기준으로 하되 양도가액을 초과하지 않도록 임의로 취득원가를 산정한 반면, 처분청에서는 청구법인의 취득원가 산정방법을 부인하고 면적비율에 의한 취득원가 배분방법에 따라 취득원가를 산정하였다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산중 양도분에 대하여 청구법인이 한 취득원가계산은 감정가격에 근거하여 거래관행, 실거래가액, 수익비용대응 원칙을 고려한 배분방법이므로 타당하다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 청구법인이 취득가액을 실지 양도가액을 기준으로 하여 일정한 배부기준도 없이 양도가액의 범위내에서 임의로 감액 조정하는 등의 방법으로 산정하였다고 지적하면서 법인세법기본통칙 및 국세청예규에 따라 면적기준에 의하여 계산하는 것이 타당하다는 입장이다.

(3) 살피건대, 하나의 거래단위로 취득한 토지 등을 분할하여 양도하는 경우 그 분할 양도자산별로 각각의 개별원가계산이 이루어졌다면 그에 따라 취득가액을 산정하는 것이 합리적인 방법이라 할 수 있겠으나, 본 건의 경우 청구법인이 개별 양도자산별로 개별원가계산을 한 사실이 없고, 세법에서 정하고 있는 감정평가법인이 아닌 개인감정사의 평가액만을 근거로 하고 있으며, 또한 실지 양도가액을 고려하여 취득원가를 임의로 조정하는 방식으로 취득원가를 산정한 점 등에 비추어 청구법인이 적용한 취득원가 배분방법이 합리적인 것이라고 보기는 어렵다 할 것이다. 한편, 처분청에서 적용한 면적기준에 따른 배분방법도 층별 위치에 따른 평가액의 차이가 있을 수 있는 점 등을 고려할 때 합리적인 방법이라고 할 수는 없다고 하겠다. 따라서, 이 건의 경우 위 쟁점부동산의 양도분에 대한 취득원가를 계산함에 있어 법인세법기본통칙 및 국세청예규에 따라 단순 면적기준으로 안분하기 보다는 법인세법시행령 제124조의5 제3항 제1호 에서 규정하고 있는 취득당시의 기준시가 비율로 안분하여 재계산하는 것이 적법한 처분이라고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으나 처분청의 당초 처분은 불합리한 점이 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.