영세율 적용 여부

심판청구번호 국심2000부 3168(2001. 5.16)

○도 ○○○시 ○○○동 ○○○에 본점을 두고 제조업(동물용 배합사료)을 영위하는 법인으로서 1996년 제2기∼1999년 제2기 중 5,942,245,189원 상당액의 배합사료(이하 "쟁점배합사료"라 한다)를 청구외 영농조합법인 ○○○유통(이하 "청구외법인"이라 한다)에게 공급하고 동 거래를 부가가치세 영세율적용대상으로 보아 부가가치세를 신고하였고, 또한 1995년 제2기∼1998년 제1기 중 청구외 ○○○으로부터 매입한 배합사료 원료 296,714,700원과 관련된 매입세액 29,671,470원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 해당 부가가치세를 신고납부하였다. 처분청은 청구법인의 거래상대방인 청구외 법인의 경우 축산업 등에 종사하는 농민에 해당하지 아니하고 쟁점배합사료를 매입하여 이를 다시 실수요자인 축산농민에게 판매하였다고 하여 조세감면규제법 제99조의 규정에 의해 청구법인의 매출에 대해 영세율 적용을 배제하였고, 또한 쟁점매입세액의 경우 청구외 ○○○이 1994.12.31. 폐업한 이후의 거래와 관련한 매입세액이라 하여 이를 사실과 다른 세금계산서상의 매입세액으로 보아 2000.9.8. 청구법인에게 1995년 제2기분∼1999년 제2기분 부가가치세 834,606,950원을 부과처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.12.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 청구외법인에게 쟁점배합사료를 공급한 것에 대하여 영세율 적용을 배제하였으나, 청구법인은 쟁점배합사료를 청구외법인에게 직접 공급한 것이 아니고 청구외법인을 통하여 쟁점배합사료의 실수요자인 축산농민에게 공급할 것을 전제로 하여 공급한 것인 바, 이러한 경우 위수탁거래로서 청구법인이 축산농민에게 공급한 것과 같은 것으로 보아야 하므로 이 건 거래는 영세율 적용대상으로 보아야 한다.

(2) 또한, 청구법인은 청구외 ○○○과의 거래당시 사업자등록증을 확인하고 동인으로부터 쟁점배합사료의 원료(우지)를 실제로 매입하였으며, 이러한 사실은 입금표, 어음발행자료 등에 의해 확인되고 거래당시 위 ○○○이 직권폐업된 사실을 알지 못하였으므로 청구법인의 경우 선의의 거래당사자에 해당되어 쟁점매입세액은 공제대상이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 청구외법인과의 거래를 위수탁거래로 보아야 한다는 주장이나, 상품(쟁점배합사료)의 실물 및 대금의 흐름을 보면 청구외법인이 그의 계산과 책임하에 청구법인으로부터 쟁점배합사료를 공급받아 사료의 실수요자인 축산농민에게 다시 판매한 사실이 확인되므로 청구법인과의 거래를 위수탁거래로 볼 수 없으며, 따라서 청구외법인의 경우 배합사료의 실수요자인 축산농민 등에 해당하지 아니하여 조세감면규제법 제99조의 규정에 의한 영세율 적용대상이 아니다.

(2) 청구법인이 직권폐업으로 사업자등록이 말소된 청구외 ○○○으로부터 수취한 매입세금계산서는 사업자의 지위에 있지 아니한 자로부터 받은 세금계산서로서 이러한 경우 거래의 실질여부를 떠나 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 볼 수 없으므로 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점배합사료를 청구외법인에게 공급한 것이 조세감면규제법 제99조의 규정에 의한 부가가치세 영세율 적용대상에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부

② 청구법인이 쟁점배합사료 원료를 청구외 ○○○의 폐업일 이후에 매입한 것에 대하여 이를 선의의 거래로 보아 쟁점매입세액을 공제할 수 있는지 여부

• 나. 쟁점①에 대하여

(1) 관련법령 조세감면규제법 제99조에서 {다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.}고 규정하면서, 그 제4호에서 {대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법·축산업협동조합법·엽연초생산협동조합법·인삼협동조합법 또는 임업협동조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다.)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 것}이라고 규정하고, 그 마목에서 {사료관리법에 의한 사료(부가가치세법 제12조 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것을 제외한다.)}라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령인 농·축산·임·어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율 적용에 관한 특례규정 제2조에서 {법 제99조 제4호에서 "대통령령이 정하는 농민"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표상의 농업 중 작물생산업·축산업 또는 복합농업에 종사하는 다음의 자(이하 "농민"이라 한다)를 말한다.}고 규정하고, 제1호에서 {개인}, 제2호에서 {농어촌발전 특별조치법에 의하여 설립된 영농조합법인과 농업회사법인}이라고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 제16조 제1항 에서 {납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항}이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제58조 제1항에서 {위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도하는 때에는 수탁자 또는 대리인이 세금계산서를 교부하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 교부할 수 있다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.}고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 동물용 배합사료를 제조하는 회사로서 양곡 등 도소매업과 농축산물가공에 관한 제조업을 영위하는 청구외법인에게 쟁점배합사료를 공급하고 영세율 세금계산서를 발행하였고, 한편, 청구외법인은 위와 같은 청구법인으로부터 공급받은 쟁점배합사료를 다시 축산농민(실수요자)에게 공급(판매)하면서 영세율 세금계산서를 발행한 사실이 처분청이 제시한 세금계산서 등에 의해 알 수 있으며, 동 세금계산서에 쟁점배합사료의 공급과 관련하여 청구법인과 청구외법인이 부가가치세법시행령 제58조 제1항 에서 정한 위수탁거래임을 나타내는 내용은 기재되어 있지 아니한 사실이 확인되고 있다. (나) 청구외법인은 청구법인으로부터 공급받은 쟁점배합사료를 축산농민에게 다시 판매하고 그 판매수입을 다음과 같이 매출로 계상하였을 뿐만 아니라 판매량에 따른 판매장려금까지 청구법인으로부터 받은 사실이 청구외법인의 재무제표 등에 의해 확인된다. (단위: 원) 구 분 1996년 1997년 총 매 출 6,425,302,764 8,531,276,309 (배합사료) (61,936,980) (1,538,190,690) 위와 같이 청구외법인은 자기의 계산과 책임하에 쟁점배합사료를 구입하여 이를 실수요자인 축산농민에게 다시 판매한 것으로 밝혀지고 있다. (다) 청구법인은 청구외법인이 쟁점배합사료의 실수요자(축산농민)를 선정하여 청구법인에게 통보하면 청구법인이 쟁점배합사료를 축산농민에게 전달(공급)하고 있으므로 청구법인과 청구외법인의 거래관계를 위수탁거래로 보아야 한다는 주장이나, 앞에서 살펴본 바와 같이 쟁점배합사료의 공급과 관련된 세금계산서의 발행형식이나 청구외법인의 회계처리내용 등으로 미루어 보면 양 법인이 각각 독립사업자의 지위에서 거래한 것으로 인정되므로 청구주장을 받아들일 수 없다. 조세감면규제법 제99조의 규정은 사업자가 사료관리법에 의한 사료를 축산업 등에 종사하는 개인 및 영농조합법인 등에게 공급하는 경우에만 부가가치세 영세율이 적용되고, 당해 영농조합법인 등이 판매용으로 공급받는 경우에는 부가가치세 영세율이 적용되지 않는 것으로 이해하여야 할 것인 바(부가46015-1081, 1998.5.22. 같은 뜻임), 이 건 거래의 경우 청구외법인이 청구법인으로부터 쟁점배합사료를 판매용으로 공급받은 것으로 확인되므로 처분청이 이에 대하여 부가가치세 영세율 적용을 배제하고 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 다. 쟁점②에 대하여

(1) 관련법령 부가가치세법 제17조 제1항 에서 {사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액}이라고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 {다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.}고 규정하고 그 제1의 2호 본문에서 {제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액}이라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 처분청은 청구법인이 1995년 제2기∼1998년 제1기 중 청구외 ○○○으로부터 수취한 세금계산서가 1994.12.31. ○○○의 폐업일 이후에 교부된 것이라 하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하였고, 청구법인은 위 ○○○의 폐업사실을 알지 못하고 거래한 선의의 거래당사자라는 주장을 하고 있다. (나) 청구외 ○○○의 폐업경위 등을 보면, 동인은 1989.9.25. 최초로 사업자등록(등록번호 ○○○)을 하고 영업을 하였는데, 1994.12월 처분청이 위 ○○○의 사업장을 현지 확인한 바, 영업사실 등이 확인되지 아니하여 1994.12.31. 직권폐업시켰고(○○○지방국세청 조일이46600-10023, 2001.3.12), 청구법인은 위 ○○○의 직권폐업일 이후인 1995.7.31.부터 1998.3.31.까지 쟁점매입세액과 관련된 세금계산서(33건으로 공급가액 296,714,700원)를 수취하였으며, 위 ○○○은 1998.7.1. 사업을 다시 개시하는 것으로 하여 사업자등록(등록번호 ○○○)을 한 사실이 처분청의 조사자료에 의해 알 수 있다. 이와 같이 쟁점매입세액과 관련된 세금계산서의 경우 위 ○○○의 폐업기간 동안에 교부되었던 세금계산서임이 확인된다. (다) 청구외 ○○○은 1995.1.1∼1998.6.30. 폐업기간 중 부가가치세를 신고한 사실이 없으며, 한편, 청구법인은 2000.7.27. 작성하여 처분청에 제출한 사실확인서에서 폐업자인 위 ○○○으로부터 세금계산서(공급가액 296,714,700원)를 교부받아 매입세액을 부당하게 공제신고한 사실을 스스로 인정하고 있다. (라) 청구법인은 청구외 ○○○과의 거래당시 동인의 폐업사실을 알지 못하였다는 주장이나, 거래당시 동인의 사업자등록 등을 확인하고 거래하였다는 구체적인 입증이 없어 청구주장을 진실된 것으로 보기 어렵다. 위 사실을 종합하여 보면, 쟁점매입세액과 관련된 세금계산서의 경우 청구법인이 청구외 ○○○의 폐업기간 중에 교부받은 세금계산서일 뿐만 아니라 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 만한 사정도 존재하지 아니하므로 처분청이 동 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 것은 정당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2001년 5월 16일 주심국세심판관 박 ○○○ 배석국세심판관 신 ○○○ 이 ○○○ 이 ○○○