가산세를 과세한 처분의 당부(취소)

[주 문]

○○○세무서장이 2000. 7. 22 청구법인에게 한 1999년 제1기분 부가가치세 239,746,590원 및 1999사업연도 법인세 38,154,360원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사 실 부산광역시 ○○구 ○○동 XXX-X번지에서 선박건조 및 수리업을 영위하는 청구법인은 부산광역시 ○○구 ○○동 XXX-XX 공장용지 2,813㎡ 및 지상건물 3,867.59㎡(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)을 청구외 ○○○에게, 같은 동 XXX-XX 공장용지 4,120㎡ 및 지상건물 3,990.56㎡(이하 “쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점①부동산과 쟁점②부동산을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 ×××에게 양도하고, 잔금지급과 실제 명도가 이루어진 2000. 4. 3을 공급시기로 보아 매출세금계산서를 발행·교부하고 이에 따른 부가가치세를 신고·납부하였다. 이에 대하여 처분청은 쟁점부동산의 소유권이전등기일인 1999. 2. 6을 공급시기로 보아 2000. 7. 22 청구법인에게 1999년 제1기분 부가가치세 239,746,590원(세금계산서미발행 가산세 31,411,280원, 신고불성실 가산세 15,705,640원, 납부불성실가산세 38,154,360원 포함) 및 1998사업연도 법인세(지급조서미제출 가산세) 포함 38,154,360원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000. 7. 24 이의신청 및 2000. 9. 21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 선박수리업을 영위하는 청구법인의 주거래 상대방인 러시아의 모라토리움선언으로 인하여 거액의 대손금이 발생하는 등 어려움이 가중되어 쟁점부동산의 매각대금으로 청구법인의 부채를 상환하고자 하였으나, 원매자가 없어 재일교포인 대표이사가 일본에서 마련한 차입금으로 양도대금을 지급받고 전액 금융기관의 부채상환에 사용하였으며, 다만 수주물량 처리나 기계설비철거에 장기간이 소요될 것으로 예상되어 소유권이전등기일까지 명도가 곤란하고, 건물분 부가가치세액 부족 등으로 당초 계약의 잔금청산일을 변경하고 실제 명도가 이루어진 때인 2000. 4. 3 세금계산서를 발행·교부하였음에도, 소유권이전등기일을 공급시기로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 제시한 당초 매매계약서상의 잔금청산일은 1999. 1. 8이고, 1999. 2. 6 쟁점부동산의 소유권이 이전등기되었고, 이 건 부과처분에 대한 과세자료 소명시에는 잔금청산일이 변경된 계약서의 제시가 없었으며, 양도대금 전액을 금융기관의 부채 상환에 사용하였으므로 실제 잔금지급이 완료된 데에 따른 쟁점부동산의 명도가 이루진 것으로 보여지고, 대표이사가 일본에서 차입하기 위하여 소유권이전등기를 먼저 하였다는 주장이나 이를 뒷받침할 수 있는 객관적인 증빙자료(근저당권설정이나 담보제공 등)를 제시하지 못하고 있으므로, 쟁점부동산의 소유권이전등기일인 1999. 2. 6을 공급시기로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 쟁점 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 공급시기를 소유권이전등기일로 보아 가산세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데에 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세 제9조【거래시기】 제1항에서 『재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때』라고 규정하고, 같은조 제3항에서는 『사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 때에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 부가가치세법 제9조 제1항 제2호에 의하면 재화가 공급되는 시기에 관하여 재화의 이동이 필요하지 아니하는 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때라고 규정하고 있는 바, “재화가 이용가능하게 되는 때”라 함은 재화를 실지로 사용할 수 있게 되는 때를 말하는 것이고, 공급받는 재화가 부동산인 경우에는 원칙적으로 그 부동산을 명도받기로 한 때가 실지로 이용가능하게 되는 때라고 할 수 있겠으나, 매매계약을 체결함에 있어 그 부동산의 사용시점을 명도한 후 어느 시기를 특약하였다면 그 약정한 시기가 그 재화를 실지로 사용할 수 있게 되는 때라 할 것이어서(대법원 88누 1745, 1989. 3. 28 같은 뜻임), 이 건 양수자가 쟁점부동산을 실제 사용·수익한 날이 언제인지에 대하여 본다.

(1) 쟁점①부동산은 청구법인이 사용하던 공장 사무실이었고, 쟁점②부동산은 선박수리 중 특수용접작업 등을 위한 공장으로 사용하고 있었던 부동산으로서, 그곳에 유압기(500톤), 산소자동절단기, 용접기(20kg, 26개) 등 여러 종류의 기계설비들이 설치되어 있음이 청구법인이 제시한 심리자료에 의하여 나타나고 있다.

(2) 청구법인은 금융기관의 부채를 상환하기 위하여 쟁점부동산을 매각하기로 하고, 1998. 5. 11 청구외 ○○○(청구법인 대표이사의 처)과 쟁점①부동산에 대한 매매계약을 체결(계약금 1,265,000,000원, 1998. 7. 13 1차 중도금 435,000,000원, 1998. 9. 14 2차 중도금 500,000,000원, 1998. 1. 9 잔금 304,000,000원, 도합 2,504,000,000원)하였고,

1998. 4. 23 청구법인의 대표이사 ×××과 쟁점②부동산에 대한 매매계약을 체결(계약금 2,186,000,000원, 1999. 1. 8 잔금 696,000,000원, 도합 2,882,000,000원)한 후인 1999. 2. 6 쟁점부동산의 소유권이 이전등기되었으며, 청구법인이 수령한 양도대금(5,386,000,000원) 전액이 ○○은행 등 3개 금융기관의 대출금 상환에 사용(1998. 4. 34∼1999. 1. 8)됨으로써 조세특례제한법 제36조에 근거한 특별부가세 면제신청서를 제출하였음이 등기부등본, 관할구청에 제출된 검인계약서, 금융기관부채상환명세서 등 관련서류에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 재일교포인 대표이사가 양도대금전액을 일본에서 차입한 자금으로 지급받았고, 그 후에도 계속 법인의 자금사정이 악화되어 부가가치세액에 상당하는 부족분 충당을 위해 양도대금 증액 및 수주물량의 완결처리와 기계설비철거에 장기간 소요가 예상되어, 소유권이전등기경료 전인 1999. 1. 7 이사회를 개최하여 부족분 상당액을 잔금으로 하고, 2000. 4. 30을 잔금지급일로 변경, 잔금이 청산된 후에 쟁점부동산을 명도하기로 결정하고 부동산경신계약서를 작성하였으며, 2000. 4. 3 대표이사 가수금으로 잔금을 청산한 다음, 실제 명도하였음을 주장하면서, 그에 대한 거증으로 경신계약서, 이사회 결의서, 관련장부 회계처리내용 등을 제시하고 있다.

(4) 매월말일에 하청업체에게 선박수리대가를 지급하는 청구법인은 2000. 4. 30 쟁점②공장에 설치되어 있던 기계설비 이전작업비를 포함한 4월분 선박수리대가로 19,095,000원(이전작업비 8,050,000원 포함)을 ○○엔지니어링(대표자 ×××)에게, 18,385,000원(이전작업비 7,100,000원 포함)을 ○○공업사(대표자 △△△)에게 지급하고 그 매입세금계산서를 수취한 사실이 있고, 양수자 ○○○ 및 ×××은 2000. 4. 1을 개업일로, 쟁점부동산 소재지를 사업장으로 하여 부동산임대사업자등록(간이과세자)을 신청하였고, 임차인들과 임대차계약을 체결한 다음 2000. 7. 25 2000년 제1기 부가가치세를 확정신고(○○○의 과세표준 3,186,470원)하였음이 청구법인이 제시한 업체별 외주비내역서 및 이전작업비가 기재된 거래명세서, 사업자등록증, 부동산임대차계약서, 부가가치세 신고서 등 관련서류에 의하여 나타나고 있다.

(5) 위 사실내용과 전시법령을 종합하여 보면, 쟁점부동산의 양도계약을 체결하고 소유권이전등기를 경료(1999. 2. 6)하였으나, 그간 수주받은 물량처리나 당해 공장건물에 설치된 기계설비이전에 장시간이 소요되는 등의 사정으로 당사자간 잔금(부가가치세 상당액)의 지급시기를 변경(2000. 4. 30)하는 약정에 따라 경신계약서를 작성하고 수주물량처리 및 기계설비이전을 2000년 4월에야 완료하였음이 청구법인이 제시한 증빙서류에 의하여 나타나고 있는 점으로 미루어, 쟁점부동산의 소유권이 이전등기된 후에 실제 명도가 이루어졌다는 청구법인주장은 신빙성이 있다고 보아야 할 것이며, 쟁점부동산의 소유권이전등기는 이미 경료하였으나, 청구법인과 양수자간에 당해 건물에 대한 사용시점을 특약하고 실제 명도가 이루어 진 때에 그 매출세금계산서를 교부(2000. 4. 3)하였다면, 그 약정한 시기가 쟁점부동산을 실지로 사용·수익할 수 있게 된 때라 할 것이고, 그 때를 쟁점부동산의 공급시기로 보아야 할 것임에도, 처분청이 소유권이전등기일을 공급시기로 보아 이 건 가산세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.