신고한 실지거래가액이 사실과 달라 확인된 실지거래가액에 의하여 과세한 처분의 당부

심판청구번호 국심2000부 2196(2001.10.15) 46,056,310원과 농어촌특별세 8,811,130원의 부과처분은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하되 양도당시의 기준시가는 토지수용보상금액인 298,584,410원으로 하고, 취득당시의 기준시가는 ○○○세무서장이 재조사한 금액에 의하여 양도차익을 산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 염전 34,221.709㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 청구외 전○○○과 함께 각 2분의 1지분으로 청구외 박○○○으로부터 1987.12.11취득하였고, ○○○시는 쟁점토지를 1997.9.6 수용을 원인으로 1997.9.8 청구인으로부터 소유권이전등기를 필하였다. 청구인은 쟁점토지중 청구인지분에 대하여 취득일을 1990.5.21, 양도일을 1997.9.8, 양도가액을 298,584,410원, 취득가액을 30,000,000원, 자진납부할 세액을 5,753,469원으로 하여 실지거래가액으로 1998.5.30 양도소득세과세표준확정신고를 하였으나 해당 세액을 납부하지는 아니하였다. 처분청은 쟁점토지중 청구인 지분에 대한 실지거래가액 등을 조사한 후 취득일을 1987.12.11, 양도일을 1997.9.6, 취득가액을 7,500,000원, 양도가액을 수용보상금액인 298,584,410원으로 하여 1999.12.10 청구인에게 1997년귀속 양도소득세 46,056,310원과 농어촌특별세 8,811,130원 합계 54,867,440원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.3.7 이의신청을 거쳐 2000.7.29 심판청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 신고한 쟁점토지중 청구인지분의 실지거래가액이 사실과 다른 경우 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여야 함에도 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지중 청구인지분에 대하여 취득 및 양도가액을 실지거래가액으로 신고한 경우로서 신고한 실지거래가액이 사실과 달라 확인된 실지거래가액에 의하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심판청구는 쟁점토지중 청구인지분의 취득 및 양도가액을 실지거래가액으로 신고한 경우로서 신고한 실지거래가액이 사실과 달라 확인된 실지거래가액에 의하여 과세한 당초처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제96조 【양도가액】는 『양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

2. 제1호 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액. 다만, 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다. 』고 규정하고 있고, 같은법 제97조【양도소득의 필요경비계산】제1항은 『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 가목외의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 그 자산의 취득당시의 기준시가에 의한다. 2.~4. (생략)』라고 규정하고 있으며, 같은법 제100조【양도차익의 산정】제1항은 『양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다.』고 규정하고 있고, 같은조 제3항은 『양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』고 규정하고 있으며, 같은법 제99조【기준시가의 산정】제1항은 『제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1호의 자산

• 가. 토 지 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률의 규정에 의한 공시지가 및 시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다)이 동법 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하“개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
• 나. (생략)

2. (생략)』으로 규정하고 있으며, 같은법시행령 제164조 【토지·건물의 기준시가 산정】제11항은 『다음 각호의 1에 해당하는 가액이 법 제99조 제1항 제1호 가목에 의한 가액보다 낮은 경우에는 그 초과하는 금액을 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액에서 차감하여 양도당시 기준시가를 계산한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업용으로 당해 공공사업의 시행자에게 양도되거나 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되는 경우의 그 보상금액

2. 국세징수법에 의한 공매와 민사소송법에 의한 강제경매 또는 저당권 실행을 위하여 경매되는 경우의 그 공매 또는 경락가액』으로 규정하고 있고, 같은법시행령 제166조【양도차익의 산정】제4항은 『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 "당해 자산의 종류·보유기간·거래규모·거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 단기매매차익을 목적으로 다음의 자산을 양도하는 경우

• 가. 제157조 제3항 제2호의 자산
• 나. 취득후 1년이내의 부동산

2. 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전등의 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우 및 제104조 제3항에 규정된 자산을 양도하는 경우

3. 양도자가 양도소득세과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우』로 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 청구외 전○○○과 2분의 1지분씩 청구외 박○○○으로부터 매매를 원인으로 취득하였고, 쟁점토지의 전소유자인 청구외 박○○○이 전전소유자인 청구외 임○○○(1987.5.14 사망)으로부터 1986.5.26경 매수하였으나 임○○○의 상속인들이 소유권이전등기를 해주지 아니하자 소유권이전등기청구소송을 제기하여 1991.12월경 대법원의 최종승소판결을 받고 1992.5.19 청구외 박○○○명의로 소유권이전등기를 마첬으며, 청구인은 쟁점토지중 청구인지분을 1987.12.11에 청구외 박○○○으로부터 취득하였으나 청구외 박○○○이 1992.5.19 소유권이전등기를 마친 뒤에도 소유권이전등기를 해주지 아니하자 청구인은 전○○○과 함께 1993.1월말경 청구외 박○○○을 상대로 소유권이전등기소송을 제기하여 1995.1.23 대법원의 최종승소판결(대법 94다49397)을 받아 1995.3.25 소유권이전등기를 마쳤음이 등기부등본 및 판결문에 의하여 확인되고 있다.

(2) 청구인은 쟁점토지중 청구인지분에 대하여 취득일을 1990.5.21로 하여 실지거래가액으로 양도소득세신고를 하였으나 처분청은 ○○○세무서에서 ○○○고등법원(○○○고법 93나8504)의 판결문 등에 근거하여 쟁점토지의 소유권취득일 정정자료 통보(재일 46300-343, 1999.4.8)에 따라 쟁점토지의 취득일을 1987.12.11로 적용하였고, 이에 대하여는 당사자간에 다툼이 없다.

(3) 청구인은 쟁점토지중 청구인지분의 취득가액을 30,000,000원으로 신고하였으나 ○○○지방국세청의 조사결과 청구인은 1987.12.11 청구외 전○○○과 함께 쟁점토지를 매매를 원인으로 15,000,000원에 취득하였음이 확인되어 처분청은 쟁점토지중 청구인지분의 취득가액을 7,500,000원으로 결정하였고, 양도가액은 청구인이 신고한 대로 쟁점토지중 청구인지분의 수용보상금인 298,584,410원으로 결정하였음이 이 건 관련 과세기록에 의하여 확인되고 있다.

(4) ○○○시는 쟁점토지중 청구인지분의 수용보상금으로 298,584,410원을 1997.9.4 ○○○지방법원에 공탁하였고, 쟁점토지중 청구인지분의 수용일은 1997.9.6이며, ○○○시는 수용을 원인으로 하여 쟁점토지중 청구인지분의 소유권이전등기를 마쳤음이 공탁서·재결서 및 등기부등본 등에 의하여 확인되고 있는 바, 청구인이 쟁점토지중 청구인지분의 양도일을 1997.9.8로 하여 양도소득세를 신고한 데 대하여 처분청은 그 양도일을 수용일인 1997.9.6로 보았으나 양도시기는 공탁일인 1997.9.4로 봄이 타당한 것으로 판단된다.

(5) 쟁점토지의 공유자였던 청구외 전○○○지분에 대한 ○○○지방국세청의 조사내역을 살펴보면, 양도소득세신고시 청구외 전○○○이 신고한 양도가액은 298,584,410원, 취득가액은 30,000,000원, 필요경비는 109,091,017원으로 청구인과 동일하고, ○○○지방국세청이 조사한 양도가액은 298,584,410원, 취득가액은 7,500,000원, 필요경비는 78,493,295원으로 청구인과 동일하며, 양도당시의 기준시가는 2,395,519,630원, 취득당시의 기준시가는 306,044,743원인 것으로 조사되어 있음이 ○○○지방국세청의 조사복명서 등에 의하여 확인되고 있다. (6) 소득세법시행령 제166조 제4항 제3호 에 해당하는 청구인이 쟁점토지중 청구인지분의 취득 및 양도가액을 실지거래가액으로 신고한 경우로서 신고한 실지거래가액이 사실과 다른 경우에는 확인된 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 과세표준과 세액을 결정하도록 하고 있으므로 이 건의 경우는 기준시가에 의하여 양도차익을 계산함이 타당하다고 판단된다.(국심 2001중513, 2001.7.14와 같은 취지임)

(7) 한편, 소득세법 제99조 제1항 및 같은법시행령 제164조 제11항의 규정에 의하면 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업용으로 당해 공공사업의 시행자에게 양도되거나 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되는 경우의 그 보상금액이 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목에 의한 가액보다 낮은 경우에는 그 초과하는 금액을 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액에서 차감하여 양도당시 기준시가를 계산하도록 규정하고 있으므로 쟁점토지중 청구인지분의 양도당시의 기준시가가 2,395,519,630원이나 실지 수용보상금액은 298,584,410원이므로 쟁점토지중 청구인지분의 양도당시의 기준시가는 298,584,410원이 되고, 취득당시의 기준시가는 306,044,743원인 것으로 확인되나 취득당시의 기준시가가 실지취득가액으로 확인된 7,500,000원과는 상당한 차이가 발견되므로 기준시가산정의 적정성여부를 재조사하여 그 가액을 취득당시의 기준시가로 하여 양도차익을 계산하여 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

(8) 위의 사실관계 및 관계법령 등을 종합하여 볼 때 청구인이 신고한 쟁점토지중 청구인지분의 실지거래가액이 사실과 다른 이 건의 경우 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여야 함에도 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산한 이 건 처분은 부당하다고 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.