시설투자관련 매입세액의 안분계산 여부

심판청구번호 국심2000부 1694(2000.11.10) 청구인 성 명 ○○○수산 ○○○ 주 소 제주도 남제주군 남원읍 ○○○리 ○○○ 대리인 성 명 주 소 행 정 처 분 청 제주 세무서장

제주세무서장이 1999.9.10 청구인에게 경정·고지한 1998.2기분 부가가치세 1,013,130원, 1999.1기분 부가가치세 912,520원의 부과처분(2000.2.11 국세청 심사결정으로 1998.2 기 부가가치세는 19,551,575원으로 환급 결정되고, 1999.1기 부가가치세는 276,710원으로 감액 경정됨)은 처분청이 청구인 의 ○○○수산 사업장의 1999.1기 면세수입금액으로 본 24,524,880원을 수입금액에서 제외하여 1998.2기 및 1999.1기 부가가치세 과세표준(면세수입금액) 및 세액(환급)을 경정한 다.

청구인은 1993.2.10부터 ○○○농수산(○○○)이라는 상호로 ○○○협동조합 소속 중·도매인으로 청구인의 주소지인 제주도 서귀포시 ○○○동 ○○○를 사업장으로 하여 사업자등록을 필하고 써비스·선어 중개업을 영위하여 오다가 이와 별도로 1998.4.7 남제주군수로부터 중소기업 창업지원을 받아 남제주군 남원읍 ○○○리 ○○○에 냉동공장을 건축하여 ○○○수산(이하 "쟁점사업장"이라 한다)이라는 상호로 하고 제조·수산물 냉동, 냉장업을 업태·종목으로 하는 사업자 등록(○○○)을 하였다가 1999.2.22 보관업(냉동창고)업종을 추가하여 2개의 사업장에서 사업을 영위하는 자로서 1998.11.10 쟁점사업장에 수산물냉동공장을 준공하고 1998.2기 부가가치세 확정신고시에 쟁점사업장의 시설투자와 관련하여 92,230,095원의 환급을 신청하고, 1999.1기 부가가치세 예정 및 확정신고시 1,289,566원의 환급을 신청하였다. 처분청은 청구인이 선어중개업자로서 사업자등록이 되어있는 ○○○농수산 명의로 낙찰받은 후 고등어를 쟁점사업장(냉동공장)에 보관하다1999.1.14 청구외 ○○○조합에 인도한 고등어가액 80,408,000원과 1999.6.30 청구외 ○○○수산에 인도한 고등어가액 24,524,880원은 청구인의 쟁점사업장의 면세수입금액에 해당한다하여 쟁점사업장의 시설투자와 관련한 매입세액을 1999.1기분 과세수입금액과 면세수입금액을 기준으로 안분계산함에 따른 1998.2기 부가가치세 1,013,130원, 1999.1기 부가가치세 912,520원을 경정·고지하였다가 국세청의 심사결정에서 위 1999.1.14 제주도 ○○○조합에 인도한 사실은 청구인의 쟁점사업장에 귀속되지 아니하는 수입금액으로 보아 1999.1기분 과세수입금액과 면세수입금액을 재계산하여 이를 기준으로 매입세액을 안분계산하여 1998.2기 66,992,416원, 1999.1기1,892,529원의 쟁점사업장의 시설투자와 관련한 매입세액을 각각 불공제 처분하였다(1998.2기 부가가치세는 19,551,575원의 환급 결정, 1999.1기 부가가치세는 276,710원으로 감액 경정). 청구법인은 이에 불복하여 1999.11.12 심사청구를 거쳐 2000.6.14 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 1998.4월 일반사업자로 사업자등록한 쟁점사업장은 당초사업목적이 해수어류 양식용 배합사료의 공급이었으나 실질적으로는 과세사업인 보관업을 영위하고 있는 바, 냉동공장의 설비투자와 관련한 매입세액은 전액 조기 환급되어야 함에도 불구하고 처분청이 청구인의 다른 사업체인 ○○○농수산(서비스, 중개)이 청구외 제주도 ○○○협동조합 및 ○○○수산의 구매의뢰로 낙찰받은 후 쟁점사업장의 냉동창고에 냉장보관 하였다가 인도한 고등어의 가액을 쟁점사업장의 면세수입금액으로 보아 쟁점사업장의 매입세액을 과세·면세 수입금액 비율로 안분계산하여 면세사업관련 매입세액이라 하여 쟁점사업장의 매입세액을 환급하지 아니한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 당초 쟁점사업장에 귀속되는 것으로 본 제주도 ○○○협동조합에 인도한 냉동고등어 80,480,000원은 사실관계를 오해한 잘못이므로 이를 쟁점사업장의 면세수입금액에서 제외하였으며, 청구인의 쟁점사업장은 당초 과세·면세 겸영사업자로 보아야 하므로 1998.2기 매입세액은 청구인이 제주도청에 제출한 자금지원신청서에 의해 확인되는 과세·면세 예정공급가액(과세 0원, 면세 900백만원)으로 쟁점매입세액을 안분계산하여야 하며, 이후 과세·면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간(사업자가 공통매입세액을 안분계산함에 있어 당해 재화를 실제로 과세사업과 면세사업에 사용하여 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 발생하는 과세기간: 이 건의 경우 1999.1기)에 부가가치세법 시행령 제61조 의 2 제1호의 산식에 의해 정산하는 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 처분청이 청구인의 쟁점사업장에서 청구외 ○○○수산에 고등어 등을 인도하고 수취한 24,524,880원을 청구인의 쟁점사업장의 면세수입금액으로 보아 쟁점사업자의 시설투자관련 매입세액을 안분 계산하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 부가가치세법 제4조 【납세지】제1항에서는 "부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다"라고 규정하고 있고, 부가가치세법 제5조 【등록】제1항에서는 "신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다(1995.12.29 개정)"라고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제17조 【납부세액】제2항에서는 "다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"라고 규정하면서, 제4호에서 "부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"을 열거하고 있다. 같은 법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항에서는 "사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다(1992.12.31 단서신설)"라고 규정하면서 『면세사업에 관련된매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액』의 산식을 규정하고 있다. 또한, 제4항에서 "제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순으로 한다(단서 생략)"고 규정하면서, "1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입세액

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율"을 열거하고 있고, 같은 법 시행령 제61조의 2【공통매입세액의 정산】에서는 "사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다.(단서 생략)(1995.12.30 개정)"라고 규정하면서 제1호에서 "제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 『가산 또는 공제되는 세액 = 〔총공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 / 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) - 기공제세액〕』산식을 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 사실관계를 살펴본다. 첫째, 청구인은 1998.4.6 쟁점사업장을 "○○○수산"이라는 상호로 "제조, 수산물 냉동·냉장"을 업태·종목으로 하여 사업자등록하였으며, 1999.2.22 업종을 "서비스, 보관(냉동창고)"을 추가하여 사업자등록정정신청한 사실이 국세통합시스템(TIS) 조회 결과 확인된다. 둘째, 청구인은 쟁점사업장과 별도로 ○○○협동조합 소속 중·도매인으로 1993.2.10부터 "○○○농수산"이라는 상호로 "서비스, 선어중개"업을 영위해온 사실이 사업자등록증(○○○)에 의해 확인된다. 셋째, 쟁점사업장은 1998.4.28 남제주군으로부터 수생동물냉동품제조업으로 창업사업계획을 승인받고 제주도로부터 자금지원을 받아 1998.8.8 착공하여 1998.11.10 준공된 사실이 남제주군수의 창업사업계획승인 공문(남제주군 산경○○○, 1998.4.28) 및 건축물대장에 의해 확인된다. 넷째, 처분청은 청구인이 선어중개업자로서 사업자등록이 되어있는 ○○○농수산 명의로 낙찰받은 고등어를 쟁점사업장(냉동공장)에 보관하다 1999.1.14 청구외 ○○○조합에 인도한 사실(80,408,000원)과 같은 방법으로 1999.3.13 이후 1999.6.30까지 8회에 거쳐 청구외 ○○○수산에 인도한 사실(24,524,880원)에 근거하여 쟁점사업장의 면세수입금액을 구성하는 것으로 보아 쟁점사업장의 매입세액을 과세·면세수입금액 비율로 안분계산하였다가 2000.3.10 국세청의 심사결정에서 위 ○○○조합에 인도한 부분은 쟁점사업장에 귀속되는 수입금액이 아니라고 판정한 사실이 국세청장의 심사결정문에 의해 확인된다. 다섯째, 청구외 ○○○수산에 인도한 부분에 대하여 처분청이 청구인의 쟁점사업장의 면세수입금액으로 본 24,524,880원은 ○○○협동조합을 공급자로 하고 ○○○수산을 공급받는자로 하여 1999.6.30 공급가액 21,100,000원의 계산서를 교부한 사실이 확인되고, 또한 동 계산서 비고란에 청구인의 다른 사업장(서비스, 선어중개) 인수분으로 표시되어 청구인의 중개분임을 표시하고 있고, 쟁점사업장이 1999.1기 과세기간 중 청구외 ○○○수산에 냉동보관료 공급가액 2,305,253원, 부가가치세 231,027원의 세금계산서를 교부한 사실이 확인되며, 국세청장이 심사결정에서 쟁점사업장에 귀속되는 수입금액이 아닌 것으로 판단한 위 ○○○조합에 인도한 부분과 동일한 유형의 거래 형태임이 처분청의 조사서에 의해 확인된다. 여섯째, 처분청은 위 ○○○수산의 상무 청구외 ○○○으로부터 청구인의 쟁점사업장으로부터 생사료를 구입하였다는 확인서를 징취하였으나, 확인서 내용에 구체적 매입품목 및 가액, 일자 등이 명시되지 아니하였고 통상적인 구입절차 및 대금지급방법, 보관료와 함께 지급한 사실 등을 당시 조사공무원이 문안을 작성하여 이를 청구외 ○○○이 서명한 것으로 청구외 ○○○이 확인하고 있고, 당시 위 확인자 ○○○은 청구인이 ○○○ 소속의 중·도매인으로만 인식하고 있어 청구인의 ○○○농수산(서비스 선어중개)과 별도로 쟁점사업장이 별개의 사업장이라는 정황을 모르는 상태에서 작성한 것으로 진술하고 있다. 위 사실관계를 종합하여 판단해 보면 청구인은 서비스, 선어중개업(○○○)과 제조·서비스, 수산물 냉동·냉장 및 보관업(○○○)을 각기 다른 사업장에서 영위하고 있어 각 사업장별로 과세표준 및 세액을 각각 신고·납부한 것으로 판단되며, 처분청이 쟁점사업장의 면세수입금액을 구성하는 것으로 본 위 ○○○조합에 인도한 부분은 쟁점사업장에 귀속되는 수입금액이 아니다고 판정한 사실에 비추어 1999.3.13∼1999.6.30 기간 중 청구외 ○○○수산에 인도된 부분도 위 ○○○조합에 인도한 부분과 같은 유형의 거래로서 청구인의 쟁점사업장에 귀속되는 수입금액으로 볼 수 있는 명백한 거증이 없는 것으로 보인다. 청구인의 별개의 사업장이 각각 유사한 상호를 사용하고, 청구인의 각 사업장이 수산물의 중개, 보관 등 유통과정의 중간단계에 역할을 담당하게 되어 쟁점 면세수입금액의 사업장 귀속을 외견상 구분하기 어려운 이 건에 있어서 청구외 ○○○수산에 인도한 거래가 실제로 귀속되는 사업장이 어디인지를 살펴보면, 처분청이 청구인의 쟁점사업장에 귀속되는 수입금액으로 보는 근거자료로 제시하고 있는 청구외 ○○○수산의 1999년 중 수입지출원장의 기록과 ○○○협동조합으로 입금되어야 할 선어의 대금과 청구인의 다른 사업장인 ○○○농수산(서비스, 선어중개)에 입금되어야 할 중개수수료와 쟁점사업장에 귀속되어야 하는 냉동보관료 상당액이 청구인의 구좌로 입금되었다는 사실만으로 ○○○협동조합이 공급자로 발행한 계산서 및 청구인의 쟁점사업장이 발행한 세금계산서상의 거래내용을 부인하기는 어려운 것으로 판단되고, 명백한 거증이 없는 한 이 건 거래와 관련하여 청구외 ○○○협동조합이 자신의 매출로 인식하고 있는 매출액 및 청구인의 쟁점사업장이 매출로 인식하고 있는 냉동보관료, 청구인의 다른 사업장인 ○○○수산(서비스, 선어중개)의 중개수수료 수입을 인정할 수 밖에 없는 것으로 보인다. 또한, 쟁점사업장은 주요설비가 급속동결공장 및 냉장실로 구성되어 있고 당초 사업목적이 해수어류양식업자에게 수산물을 가공 처리한 배합사료를 제조·공급할 목적으로 창업한 것이 창업사업계획서에 의해 인정되는 점 및 시설투자완료 후 냉동(냉장)보관업으로 사업자 등록 정정한 점에 비추어 창업계획상의 업체·종목은 과세사업 품목에 해당되는 것으로 보이며, 처분청이 쟁점사업장을 수산물 등을 자기책임하에 취득하여 냉동보관 후 판매하는 판매업자로 보는 것은 실제 사업내용과 무관하게 청구인이 창업지원을 받기 위해 작성한 사업계획서상 기재된 품목에 기초하여 판단한 것으로 사업의 실질을 고려하지 아니한 잘못이 있는 것으로 판단된다. 처분청의 주장대로 청구인의 쟁점사업장을 시설투자의 완료시점까지 과세·면세 겸업자로 보는 경우에도 위에서 본 바와 같이 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간(1999.1기)의 면세수입금액이 위에서 살펴본 바와 같이 없는 것으로 보아야 하므로 당초 처분이 부당한 것으로 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.