국민주택건설용지로 양도한 토지가 특별부가세 감면요건에 해당하는지 여부

심판청구번호 국심2000부 0661(2000. 7.20) 6.3.27 ○○○도 ○○○시 ○○○읍 ○○○리 ○○○ 대지 2,026㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 청구외 ○○○건설(주)에 양도하고, 1996사업연도 법인세 과세표준 및 세액의 신고시 국민주택건설용지등에 대한 양도소득세등의 감면규정을 적용하여 특별부가세 49,541,160원을 감면세액으로 신고하였으며, ○○○건설(주)는 1998.7.22 세액감면신청서를 제출하였다. 처분청은 쟁점토지를 매수한 청구외 ○○○건설(주)가 세액감면신청서 제출기한이 경과한 1998.7.22 감면신청서를 제출하였다 하여 청구법인이 신고한 특별부가세 감면을 배제하고 1999.12.16 청구법인에 대한 1996사업연도 법인세(특별부가세) 98,804,160원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.3.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 양도하고 특별부가세 감면을 받기 위하여 청구외 ○○○건설(주)의 감면신청과는 별도로 관련 증빙서류인 토지거래계약허가 신청서등을 첨부하여 세액감면신청서를 1996사업연도 과세표준 신고기한내에 제출하였는 바, 청구법인에게는 귀책사유가 전혀 없음에도 매수자인 ○○○건설(주)가 감면신청서를 늦게 제출하였음을 이유로 추징세액을 청구법인에게 결정고지한 처분은 부당하며, 관련법령인 구 조세감면규제법시행령 제63조 제9항 단서에 의하면 기한내에 세액 감면신청서등을 제출하지 못한 경우에는 그 과세표준의 신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다고 규정하고 있어, 매수자인 ○○○건설(주)가 세액감면신청서를 제출한 때가 본 건 과세표준 및 세액의 결정일인 1999.12.16 이전인 1998.7.22 임에도 동 규정을 적용함이 없이 세액감면을 배제하고 이 건 특별부가세를 과세함은 부당하다.
• 나. ○○○지방국세청장 의견 구 조세감면규제법 제66조 제1항의 규정에 따르면 국민주택건설용지를 주택건설등록업자에게 양도하는 경우 특별부가세를 감면하되 과세표준 신고기한으로부터 1년이 되는날 이내에 감면토지를 매입한 주택건설등록업자가 신청을 하는 경우에 한하여 적용한다고 규정되어 있으므로 감면신청기한 경과후 감면신청을 하여 이 건 감면요건에 해당하지 않음이 확인되므로 특별부가세 감면을 배제하고 청구법인에게 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 국민주택건설용지로 양도한 쟁점토지가 조세감면규제법상의 특별부가세 감면요건에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법(1997.12.17 법률 제5417호로 개정되기 전의 것) 제66조 제1항에서 『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.』

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 "주택건설등록업자"라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 "국민주택"이라 한다)의 건설용지

2. (이하생략)』으로 규정하고, 제4항에서 『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.』고 규정하고 있으며, 구 조세감면규제법시행령(1997.12.31 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제63조 제9항에서는 『법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 총리령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 소관세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 그 기한내에 세액감면신청서등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다.(각호생략)』으로 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점토지를 1996.3.27 주택건설등록업자인 청구외 ○○○건설(주)에 국민주택 건설용지로 양도한 사실과 쟁점토지의 매수자인 ○○○건설(주)가 과세표준 신고기한일로부터 1년이상이 경과한 1998.7.22 세액감면신청서를 제출한 사실 및 처분청이 세액감면신청을 배제하고 1999.12.16 이 건 특별부가세를 경정고지한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청이 세액감면을 배제한 사유는 양도자의 감면요건에 법인인 경우에는 감면신청서를 주택건설등록업자가 양도자의 주소지 관할 세무서장에게 자산양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한으로부터 1년이 되는 날까지인 1997.9.29까지 제출하여야 하나, ○○○건설(주)가 동 기한 경과후인 1998.7.22 제출하였으므로 감면신청 요건에 맞지 않는다는 것이고, 청구법인은 이에 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없음에도 ○○○건설(주)가 감면신청서를 늦게 제출하였음을 이유로 세액감면을 배제함은 부당하고, 또한 매수자인 ○○○건설(주)가 세액감면신청서를 제출한 때가 본 건 과세표준 및 세액의 결정일인 1999.12.16 이전인 1998.7.22로서 이 건 관련법령인 조세감면규제법시행령 제63조 제9항 단서에 의하면 기한내에 세액 감면신청서등을 제출하지 못한 경우에는 그 과세표준의 신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다고 규정하고 있어 적법한 기한내의 신청임에도 불구하고 감면을 배제하고 이 건 특별부가세를 배제함은 부당하다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

(3) 이 건 관련법령인 조세감면규제법 제66조 제4항에서 국민주택건설용지등에 대한 양도소득세등의 감면요건으로서 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용하도록 하고 있어, 국민주택건설용지로 내국인이 토지를 주택건설등록업자에게 양도한 경우 관련법령에서 규정하는 소정의 세액을 감면받기 위하여는 토지의 양수자인 주택건설등록업자가 기한내에 감면을 신청하여야 하는 것이 필수요건임을 알 수 있으므로 청구법인이 한 세액감면신청 유무에 상관없이 세액감면신청의 주체는 양수자인 ○○○건설(주)로서 ○○○건설(주)가 세액감면신청을 한 때를 기준으로 기한의 경과여부를 판단하여야 할 것인 바, 쟁점토지의 양수자인 청구외 ○○○건설(주)는 1998.7.22 세액감면신청서를 제출하였고 청구법인의 1996사업연도 법인세 과세표준신고기한으로부터 1년이 경과한 날은 1997.9.29인 사실에 대하여는 달리 다툼이 없으므로, 청구외 ○○○건설(주)가 한 특별부가세액감면신청은 쟁점토지를 양도한 날이 속하는 과세표준신고기한으로부터 1년이 되는 날이 경과하였음을 알 수 있고, 또한 청구법인은 이 건 과세표준과 세액의 결정일은 1999.12.16이므로 그 이전에 한 세액감면신청은 유효하다는 주장이나, 동 규정은 그 규정내용으로 보아 "과세표준 신고기한으로부터 1년이 되는날 이내"는 신고납부과세방식의 조세에 적용되고, "과세표준 및 세액의 결정일 이내"는 정부부과과세방식의 조세에 적용된다고 보는 것이 합리적 해석이라고 판단되며, 법인세(이 건의 경우 특별부가세)는 납세의무자가 신고에 의하여 납부할 세액을 확정하는 신고납부방식(일명 자기부과제도라고 함)의 조세로서, 신고납부방식을 채택하고 있는 조세에 있어서는 납세의무자의 신고에 의하여 조세채권이 확정되는 것이 원칙이며, 그 신고가 없거나 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 예외적으로 과세권자인 관할세무서장이 결정 또는 경정으로 조세채권을 확정하는 것인 바, 청구법인은 1996사업연도 법인세의 과세표준 및 세액을 기 신고한 바가 있어 청구법인의 신고에 의하여 1996사업연도 법인세의 과세표준과 세액은 신고와 동시에 결정되었다고 보아야 할 것이고, 처분청이 1999.12.16 고지한 처분은 청구법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에 행한 경정결정으로서 청구법인이 주장하는 바와 같이 ○○○건설(주)의 세액감면신청은 "과세표준 및 세액의 결정일 이내"에 세액감면신청서 등을 제출하는 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 건 특별부가세 감면신청은 그 신청기한을 경과한 것으로 판단되므로 처분청이 감면을 배제한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.