조세특례제한법 제108조 제1항 및 동법시행령 제110조 제3항 제1호를 적용하여 재활용폐자원 등에 대한 매입세액을 공제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 사실

• 가. 청구인은 재활용폐자원 및 중고품을 수집하여 알미늄 합금을 제조하는 업체로서, 폐기물관리법에 의한 폐기물재생처리업 허가나 또는 폐기물 재생처리 신고를 하지 아니하였다 하여 처분청은 재활용폐자원 및 중고품매입에 대하여 조세특례제한법 제108조 제1항 및 동법시행령 제110조 제3항 제1호에 의하여 부가가치세 매입세액 공제를 부인하고 2000. 9. 9 청구인에게 1999년 1기분 부가가치세 7,857,700원 및 1999년 2기분 부가가치세 6,126,890원을 고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2000. 12. 4 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구주장

(1) 조세특례제한법 제108조에서 재활용 폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례규정을 두면서, 동법시행령 제110조 제3항 제1호에서 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 『폐기물관리법에 의하여 폐기물 재생처리업 허가를 받은 자 또는 폐기물 재생 처리신고를 한 자』로 규정하였으나,

(2) 이는 폐자원 및 중고품의 수입 및 제조, 가공에 대하여 주무관청이나 지방자치단체에 허가를 받든지 신고를 하여, 폐자원 등이 함부로 유출 또는 폐기됨으로써 환경문제에 심각한 영향을 미치는 경우를 규제하기 위한 규정으로 청구인의 경우 실질적으로 중고 알미늄을 수입 및 수입하여 단순가공 판매하기 때문에 폐알미늄을 수입까지 하면서 함부로 유출 및 폐기할 수 없으며, 이는 청구인의 제조장을 실지 조사하여 파악하더라도 알 수 있으며,

(3) 이와 같은 이유로 환경부에서도 2000년 7월 22일 폐기물관리법시행규칙을 개정하여 고철(비철금속을 포함)등은 폐기물재활용 신고대상에서 제외하였으며, 사업장 폐기물 관리대장도 작성하지 않도록 하였다. 위와 같이 청구인이 영위하는 비철금속주조업(알미늄합금)에서는 주무관청이나 지방자치단체에서의 허가나 신고가 요식행위에 지나지 않아 실효성이 없어 폐기물관리법시행규칙을 개정하였으며, 처분청도 위 시행규칙이 개정된 후(2000. 9. 9)에 이 건 부과하였으므로 허가 등을 받지 아니하였다고 고지한 처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제108조에 의거 폐기물재생처리허가 또는 신고하지 않아서 기공제 받은 재활용폐자원 등 매입세액을 부인하고 추징한 사항은 사후 폐기물관리법시행규칙의 개정으로 신고 또는 허가 대상에서 제외하였다는 이유로 이를 소급적용하여 당초 결정을 취소할 수 없다 할 것이다.

3. 쟁점 및 판단

• 가. 쟁점 폐기물관리법시행규칙 개정(2000. 7. 22)으로 인하여 고철(비철금속포함) 등이 폐기물재활용 신고대상에서 제외되었다 하여 폐기물 재생처리업허가나 신고를 주무 관청이나 지방자치단체에 하지 아니한 본건에 대하여 조세특례제한법 제108조 제1항 및 동법시행령 제110조 제3항 제1호를 적용하여 재활용폐자원 등에 대한 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제108조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】 ① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정) 같은법시행령 제110조【재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】 ① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조에 규정된 간이과세자 및 과세특례자를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

② 법 제108조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원등”이라 한다)의 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다. (1998. 12. 31 개정)

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업 허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리신고를 한 자 (1998. 12. 31 개정) 2.∼4호 (생략)

5. 기타 재활용폐자원등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자 (1998. 12. 31 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2000. 7. 22 폐기물관리법시행규칙을 개정하여 고철(비철금속 포함) 등은 폐기물재활용 신고대상에서 제외하였으며, 사업장폐기물 관리대장도 작성하지 아니하도록 되어 있으므로 위 시행규칙 개정후인 2000. 9. 9 이 건 전시한 조세특례제한법 제108조 제1항 동법시행령 제110조 제3항 제1호의 규정에 의하여 이 건 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 주장하고 있는 바 이를 살펴본다.

(2) 이 건 과세는 1999. 1기 및 2기분의 부가가치세로서 이 건 과세 후 개정된 폐기물관리법시행규칙의 내용을 소급하여 조세특례제한법에 적용할 수는 없는 것이며, 이 건 거래당시 폐기물재생처리 허가 또는 신고를 한 경우에 재활용폐자원 등의 매입에 따른 매입세액을 공제받도록 되어 있으므로, 이러한 허가나 신고를 하지 않은 청구인에 대하여 전시한 조세특례제한법 제108조 제1항 및 같은법시행령 제110조 제3항제1호에 의하여 매입세액 불공제한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.