이자소득발생 비영리법인의 원천납부세액 환급신청의 적정 여부

심판청구번호 국심2000구 2098(2000.12.31) 주 문 심판청구를 기각합니다.

장학사업을 하면서 법인세법상 수익사업소득으로 이자소득만 발생하는 비영리법인에 해당하는 청구법인이 법인세신고기한이 지난 2000.5.19에 이르러 원천징수대상 이자소득 125,182,074원을 청구법인의 고유목적사업준비금으로 손금산입하므로서 발생되는 이자소득에 대한 기납부원천징수세액 27,539,930원을 환급하여 달라는 내용의 1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하자, 처분청은 2000.6.20 청구법인에게 원천납부세액에 대한 환급신청은 법인세법 제62조 및 같은법시행령 제99조 제2항에 의거 분리과세·원천징수로 납세의무가 종결되었음을 이유로 청구법인의 환급청구를 거부하는 통지를 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2000.8.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 국세기본법 제45조 의 3에서 규정하는 기한후 신고제도의 입법취지는, 종전에는 무신고자가 수정신고나 경정청구를 할 수 없었으므로 세무서장이 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지는 신고기한 후라도 납세자가 신고를 할 수 있도록 하여 납세자에게 편의를 제공하고 납세자의 가산세를 경감하며 과세관서의 과세자료 취득을 용이하게 하기 위하여 제정되었음을 볼 때, 기한후 신고제도는 납부할 세액이 있는 경우에만 가능한 것으로 처분청이 해석하여 청구법인의 기한후 법인세 신고에 대하여 조사결정하지 아니함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 제62조 (비영리법인의 과세표준 신고특례) 및 같은법시행령 제99조의 규정에 의하면, 비영리법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 같은법 제60조(과세표준등의 신고) 제1항 규정의 과세표준신고 의무에도 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 하고 있는 점으로 보아 청구법인이 법인세신고기한내에 이를 신고하지 아니하였으므로 본 건 이자소득에 대한 원천납부세액은 분리과세·원천징수로 납세의무가 종결되었고, 국세기본법상 기한후 신고제도는 납부세액이 있는 자만 해당될 뿐만 아니라 원천징수된 이자소득에 대하여는 그 요건에 해당되지 아니하므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 이자소득만 발생되는 비영리법인이 법인세 신고기한 경과후 원천납부세액공제로 발생하는 법인세 환급세액을 신고하였을 경우에 이를 국세기본법 제45조 의 3에서 규정하는 기한후 신고로 볼 수 있는지의 여부
• 나. 관련 법령 법인세법 제3조 (과세소득의 범위) 제2항 제2호에서는 " 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익"을 비영리내국법인의 각사업연도 소득으로 규정하고, 같은법 제29조에서는 비영리내국법인이 각사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 일정범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금산입하도록 규정하고 있으며, 같은법 제62조(비영리 내국법인의 과세표준신고 특례) 제1항에서는 "비영리 내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 '이자소득'이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다."고 규정하고 있고, 그 제2항에서는 "제1항의 규정에 의한 비영리 내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다"고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제99조(비영리내국법인의 과세표준신고의 특례) 제2항에서는 "법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다"고 규정하고 있다. 한편, 국세기본법 제45조 의 3(기한후 신고) 제1항에서는 "법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부하여야할 세액(세법에 의한 가산세를 제외한다)이 있는 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 자산재평가법 제15조 의 규정에 의한 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니하다.(99.8.31 신설)"고 규정하고, 그 제2항에서는 "제1항의 규정에 의하여 기한후 과세표준신고서를 제출한 자는 기한후 과세표준신고액에 상당하는 세액과 세법에서 정하는 가산세를 기한후 과세표준신고서의 제출과 동시에 납부하여야 한다.(99.8.31 신설)"고 규정하고 있으며, 같은법 제45조의 2(경정등의 청구) 제1항에서는 "과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 1∼2. (생략)"고 규정하고, 그 제2항에서는 "과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 그 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 1∼5.(생략)"이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 법인세법상 수익사업으로 원천징수된 이자소득만 발생된 비영리법인으로 법인세 신고기한내 법인세를 신고하지 아니하였는 바, 신고기간을 경과하여 동 이자소득에 대한 법인세를 신고하면서 원천징수된 세액 27,539,930원을 환급세액으로 계산한 법인세과세표준 및 세액신고서를 처분청에 제출한 사실에는 다툼이 없다. 법인세법 제62조 제1항 에서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며, 같은법시행령 제99조 제2항에서는 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 수정신고 또는 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 명문으로 규정하고 있으므로 청구법인의 신고가 국세기본법 제45조 의 3에서 규정하는 기한후 신고에 해당하는지에 대하여 살펴본다. 기한후 신고제도는 일변으로 계산되는 무납부가산세를 경감시키고 과세관서의 무신고자 조사결정에 필요한 과세자료의 취득을 용이하게 할 목적으로 "법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자로서 세법에 의하여 납부할 세액(가산세 제외)이 있는 자"가 신고하도록 한 제도인 바, 청구법인은 세법에 의하여 납부할 세액이 없고, 이자소득에 대한 납부세액은 원천징수방법으로 이미 분리과세되어 그 납세의무가 종결되었다고 할 것이므로 청구법인의 2000.5.19자 법인세 신고는 관련법령에 따른 기한후 신고에 해당한다고 볼 수 없다고 할 것이다. 한편, 청구법인의 신고가 기한 후 신고에는 해당되지 아니하더라도 경정청구에 해당하는지에 대하여 살펴보면, 경정청구를 할 수 있는자는 국세기본법 제45조 의 2【경정등의 청구】 제1항 및 제2항에서 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 과세표준 및 세액을 결정 받은 자가 할 수 있는 바, 청구법인의 경우는 법정신고기한내 과세표준신고서가 제출되지 아니하였고, 과세표준 및 세액의 결정을 받은 사실이 없어 경정청구로도 볼 수 없는 것으로 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.