종합소득세 부과처분의 근거가 되는 법인세 추계경정이 정당한지 여부

심판청구번호 국심2000구 1860(2000.12. 7) 07,400원의 부과처분은 이건 과세근거가 된 ○○○건설주식회사의 1996.1.1∼1996.12.31 사업연도분 법인소득 금액을 국세기본법 제16조 및 법인세법 제32조 의 규정에 의 하여 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여 실지조사에 의하여 경정결정하고 그 경정결정된 내용에 따라 종합소득세 과세표 준 및 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 청구외 ○○○건설주식회사(이하"청구외법인"이라 한다.)를 1990.11.7부터 운영하였으며, 청구외법인은 ○○○종합건설(주)와 ○○○산업(주)의 채무보증에 따라, 보증회사의 부도 등으로 1997.3.5 부도처리되어 1996사업연도 법인세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 1999.3월 청구외법인의 법인세 조사시 청구외법인이 1996 사업연도 법인세를 신고하지 아니하였고, 장부 및 기타 증빙서류를 제시하지 아니하여 1999.3.31 추계결정의 방법으로 결정한 소득금액 4,159,616,820원에 대한 법인세 1,726,406,062원을 경정고지 하였으며, 1998.9.8 청구인이 청구외법인의 경영을 사실상 지배한 것으로 보아 법인세 추계소득금액 4,159,616,820원을 청구인에게 상여처분하여 종합소득세 1,813,907,400원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.9.20 이의신청 및 2000.2.3 심사청구를 거처 2000.6.30 이 건 심판청구를 하였다.

• 가. 청구인 주장 청구외법인[○○○건설(주)에서 ○○○건설(주)로 상호 변경]은 1997.3.5 부도전에 1996 사업연도분 원천세 및 부가가치세신고를 이행하였으나 부도 후 채권단의 방해로 외부회계감사를 받지 못하고, 법인세신고를 이행하지 못하였으며 처분청에서 1999.3월 법인세 조사 당시에는 관련 장부 및 증빙서류를 분실하여 제시하지 못하였으나, 이후 청구외법인이 사용하던 컴퓨터와 "3.5"플로피 디스크를 발견하여 하드디스크에 저장된 장부일체를 출력하였고, 출력된 장부로 재무제표 작성이 가능하며, 각 계정별 증빙서류는 세금계산서제출합계표, 소득세징수액집계표, 국가·지방자치단체, 금융기관에 지급한 비용 등으로서 소득금액계산이 가능한데도 법인세를 추계결정한 것은 부당하고, 청구인은 1995.10.10 청구외법인의 총발행주식 200,000주 중 청구인 보유주식 94,550주(이하 "쟁점주식"이라 한다.)를 상근이사 ○○○ 등 6명에게 각각 15,785주씩 전부 양도하기로 하는 내용의 임시주주총회 회의록을 공증 받은 사실이 있고, 1996.2.17 쟁점주식을 1주당 8,500원으로 하여 청구외 ○○○ 등 7명과 2개 법인에게 양도하고 주식 양도에 따른 증권거래세 3,017,500원을 납부하였으나, 주식양도대금은 청구외법인의 부도로 받지 못하였으며, 법인등기부등본에도 동 일자에 ○○○이 대표이사에 취임한 것으로 등재되어 있고 ○○○이 실제로 청구외법인을 경영하였음에도 청구인이 경영을 사실상 지배한 것으로 보아 상여처분한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 이의신청시(1999.9월) 제시한 청구외법인의 장부기록이 저장된 컴퓨터 하드디스크 파일리스트 명세(dir/s)를 출력하여 살펴본 바, 부도발생 이후부터 최근(1999.8월)까지 형성된 파일이 있는 것으로 나타나고 청구외법인의 재무제표를 제시하고 있으나 장부 작성의 근거가 되는 전표와 영수증 등의 증빙서류와 보조장부들을 제시하지 않고 있으므로 정확한 익금과 손금계산이 불가능하고, 청구외법인이 1996사업연도 중 수취한 세금계산서와 계산서 의 합계액이 13,170백만원이나 청구외법인의 재무제표를 보면 세금계산서 등을 받을 수밖에 없는 원재료비, 외주공사비, 중기사용료 등의 합계액이 14,235백만원인 것으로 보아 1,065백만원의 가공원가를 계상한 혐의가 있으며, 청구인이 처분청에 제출한 청구외법인의 소득세징수액집계표상 퇴직금 지급액은 103,634,000원이나 청구인이 제시한 재무제표에 계상된 퇴직급여는 119,832,296원인 점으로 보아 장부를 사후조작한 것임이 명백하므로 당초처분은 정당하다. 처분청에서 청구인이 쟁점주식 중 청구외 ○○○건설(주) 등 9명에게 양도한 71,000주와 청구외 ○○○에게 양도한 23,550주와 관련하여 청구인으로부터 받은 문답서에는 청구외법인의 경영에 문제가 있어서 이사회의 동의를 얻어 관계회사 및 임직원의 명의를 빌려 주주명부에 등재한 것이라고 진술한 바 있고, 청구인으로부터 주식을 양수하였다는 청구인의 제(弟) ○○○와 ○○○, ○○○과의 문답에서도 청구인으로부터 쟁점주식을 사실상 양수한 사실이 없고, 주식양수대금을 지급한 사실이 없다고 진술하고 있으며, 청구인으로부터 주식을 양수하였다는 (주)○○○건설[(주)○○○건설로 상호 변경]과 (주)○○○석유[(주)○○○산업개발로 상호 변경]의 결산서상에 청구외법인의 주식 보유계정이 나타나고 있지 않은 점 등으로 보아 청구인이 타인 명의로 차명(借名)등재한 것이므로 청구인에게 상여처분한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인에 대한 종합소득세 부과처분의 근거가 되는 청구외법인의 법인세 추계결정이 정당한지 여부와 청구인이 청구외법인의 경영을 사실상 지배한 것으로 보아 상여처분한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 법인세 과세요건성립일 현재 시행된 법령은 다음과 같다. 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다. 법인세법 제32조 【결정과 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제26조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.(1996.12.30 개정)

② (생략)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다. (1996.12.30 개정)

⑤ 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다.(1994.12.22 개정) 법인세법시행령 제93조 【과세표준의 추계결정】

① 법 제32조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.(1979.12.31개정)

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품·제품 또는 각종요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 때

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때

② 법 제32조 제3항 단서의 규정에 의한 추계조사결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1에 의한다. (1981.12.31개정)

1. 사업수입금액에 표준소득률을 곱한 금액에서 그 법인의 대표자에게 지급한 급료를 공제한 금액을 그 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다. 이 경우에 대표자에게 지급한 급료의 액이 그 법인의 사업수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. 법인세법시행령 제94조 의 2 【소득처분】

① 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (1994.12.31 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타 소득·기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(출자자인 임원과 그와 제46조의2 제3항의 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총발행주식 또는 총 출자지분의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세감면규제법 제36조 제5항 및 제40조의 5 제6항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 출자자인 이사중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.(1998.2.24 개정)

• 가. 귀속자가 출자자(임원인 출자자를 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당으로 한다.(1993.12.31 개정)
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 한다.(1993.12.31 개정)
• 다. 판단

(1) 청구인에게 부과처분한 종합소득세의 과세근거가 된 청구외법인의 법인세 추계결정이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다. 첫째, 이건 처분청에서 제시한 청구인에 대한 종합소득세 부과처분과 관련된 과세기록을 보면 1999.3월 대구지방국세청에서 청구외법인에 대한 법인세 조사시 청구인에게 장부 및 증빙서류를 제출하도록 요구하였으나 소실되어 제출할 수 없음을 확인하고 1999.3.31 법인세법시행령 제93조 제1항 제1호 의 규정에 근거하여 법인세를 추계결정하여 법인세 1,726,406,062원을 경정고지하고 청구인이 청구외법인의 경영을 사실상 지배한 것으로 보아 추계결정 소득금액 4,159,616,820원을 청구인에게 상여처분하여 1999.9.8 종합소득세 1,813,907,400원을 경정고지한 사실이 확인되고 있다. 둘째, 청구인은 청구외법인의 장부와 전표가 내장된 컴퓨터에 의하여 재무제표작성이 가능하며 재무제표상에 나타난 모든 계정에 대한 증빙서류를 제시할 수는 없으나, 처분청에 제출한 부가가치세신고서, 소득세징수액집계표 및 국가·지방자치단체에 납부한 제세공과금, 금융기관에 지급한 이자 등에 의하여도 소득금액계산이 가능하므로 법인세를 실지조사결정하는 것이 타당하다는 주장이다. 셋째, 처분청은 청구인이 제시한 청구외법인의 컴퓨터 하드디스크 파일리스트에는 최근(1999.8월)까지 형성된 파일이 있는 것으로 보아 장부를 조작하였을 가능성이 있고, 장부작성의 근거가 되는 전표와 영수증 등 증빙서류를 보관하고 있지 않으므로 정확한 익금과 손금계산이 불가능하므로 법인세를 추계결정한 처분은 정당하다는 주장이다. 넷째, 국세기본법 제16조 제1항 에는 납세의무자가 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준과 세액은 비치·기장한 장부와 증빙자료에 의하여 결정하도록 되어 있고 법인세법 제32조 제3항 에는 각사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있다. 다섯째, 청구인은 청구외법인의 1996사업연도 법인세 실지조사결정에 필요한 입증자료로 1996사업연도의 비교식 대차대조표, 당기손익계산서, 분양원가명세서, 공사원가명세서, 처분청에서 확인한 부가가치세 신고서 및 매출, 매입처별세금계산서합계표, 소득세 징수액집계표와 전산출력된 계정과목별원장과 분개장을 제시하고 있고, 1996 사업연도 매출액 및 매출원가 구성에 관련된 재고자산의 등기부등본과 구미시장이 확인한 아파트분양계약서, 일반건축물대장 등을 제시하고 있으며 세금과공과금에 대한 증빙으로 구미시장이 확인한 지방세 납부증명서와 지급이자에 대한 금융기관의 증빙 등을 제시하고 있으며, 처분청에서 법인세를 추계결정한 결정전조사결과통지서를 보면 청구외법인이 1996 과세기간에 신고한 부가가치세 과세표준을 법인세 수입금액으로 확정한 사실이 나타나고 있다. 이러한 사실에 비추어 볼 때 법인세 조사당시에 청구인이 비록 장부와 제증빙을 처분청에 제시하지 못하였다 하더라도 이건 심판청구시 법인세의 각사업연도 소득을 계산할 수 있는 매출액과 매출원가, 판매비와관리비 중 일부의 증빙자료를 제시하고 있다면 이와함께 처분청에 기 신고된 1995 사업연도 법인세 신고서 등을 근거로 각사업연도의 소득금액계산이 가능하다고 보여지므로 법인세를 실지조사결정하여 청구인에게 상여처분할 금액이 있는 경우에는 이를 상여처분하여야 함에도 추계소득금액 전액을 청구인에게 상여처분한 것은 부당하다고 판단된다(국심99경 964호, 1999. 11. 19외 다수 같은 뜻임)

(2) 청구인이 청구외법인의 경영을 사실상 지배한 자로 보아 청구인에게 상여처분한 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다 첫째, 청구인은 청구외 ○○○ 등 6명에게 쟁점주식을 양도하고 청구외법인의 경영을 사실상 지배하지 아니하였다는 입증서류로 쟁점주식을 양도하기로 하는 내용의 임시주주총회 회의록(1995.10.10 ○○○법률사무소 1995년 등부 제2619호 공증인가)을 제시하고 있고, 청구인이 1995.2.27 청구외법인의 대표이사에서 사임하고 동 일자에 청구외 ○○○이 대표이사에 취임한 법인등기부등본을 제시하고 있으며, 1996.2.17 청구외 ○○○ 등에게 양도하였다는 주식매매계약서와 1996.5.12 납부한 증권거래세 영수증(납부세액 3,017,500원) 등을 제시하고 있다. 둘째, 이건과 관련된 법인세법시행령 제94조의2 의 규정을 보면 출자자인 임원과 그와 특수관계에 있는 주주가 소유하는 주식 또는 출자지분을 합하여 당해 법인의 총 발행주식 또는 총 출자지분의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우에는 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 것으로 보아 그 자를 대표자로 하여 소득처분한다고 되어 있다. 셋째, 처분청에서 쟁점주식의 양수자를 상대로 한 문답조사에서 청구인은 관계회사 및 임직원에게 명의신탁한 사실을 인정하고 조사일 현재까지 본인이 실질소유자라는 사실을 확인하였고, 주식매매계약서상 주식양수자로 되어 있는 청구외 ○○○, ○○○, ○○○은 이사회의 동의를 얻어 본인들의 이름을 차명으로 등재하고 주식양수대금을 지급하지 아니하였다는 사실을 확인한 바 있고, (주)○○○건설〔현재 (주)○○○건설로 상호변경〕및 (주)○○○석유〔(주)○○○산업개발로 상호변경〕의 경우 1996 사업연도 결산서상 주식매입과 관련한 계정이 나타나지 아니하고 있는 점과 청구인이 청구주장에서 청구외법인의 부도로 주식양도대금을 수령하지 아니하였다는 사실 등에 비추어 볼 때 청구인이 주식을 실질적으로 양도하였다고 보기 어려우므로 처분청에서 청구인이 청구외법인의 경영을 사실상 지배한 것으로 보아 상여처분한 것은 적법한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.