이월된 임시투자세액공제액의 공제 순서

심판청구번호 국심2000구 0801(2000.11.23) 1사업연도(이하 "1996사업연도"라 한다) 법인세 29,125,130원과 1997사업연도 법인세 51,224,860원 및 1998사 업연도 법인세 520,240원의 부과처분은 1994사업연도에 취득 하여 1996사업연도에 처분한 자산에 대한 임시투자세액공제 액 70,350,000원을 1994사업연도에 임시투자세액공제를 신청 하여 1997사업연도로 이월된 세액 174,814,610원에서 차감하 여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각 한다.

청구법인은 ○○○시 ○○○군 ○○○읍 ○○○리 ○○○에서 "○○○주식회사"라는 상호로 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로 1990사업연도부터 사업용자산 취득에 따른 임시투자세액공제를 신청하여 각 사업연도마다 세액공제를 받고 있던 중 1993사업연도에 취득한 자산 중 일부(취득가액 100,000,000원, 이하 "쟁점1자산"이라 한다)와 1994사업연도에 취득한 자산 중 일부(취득가액 703,500,000원, 이하 "쟁점2자산"이라 한다. 쟁점1자산과 쟁점2자산을 합하여 "쟁점자산"이라 한다)를 1996사업연도에 처분하였다. 처분청은 청구법인이 임시투자세액공제를 받은 쟁점자산 등을 투자가 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 3년이 경과되기 전에 처분하였다 하여 1999.12.17 청구법인에게 1996사업연도 법인세 29,125,130원과 1997사업연도 법인세 51,224,860원 및 1998사업연도 법인세 520,240원 합계 80,870,230원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.3.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점자산을 취득하고 이에 대한 임시투자세액공제를 신청하였으나, 최저한세의 적용등으로 이를 공제받지 못하여 이월된 세액이 있는 상태에서 쟁점자산을 매각하였음에도 처분청이 이월된 세액에서 먼저 차감하지 아니하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 1993사업연도에 취득한 자산의 임시투자세액공제 신청액 150,854,500원을 1996사업연도에 전액 세액공제받았으며, 1994사업연도에 취득한 자산의 임시투자세액공제 신청액 240,082,767원에 대하여는 1996사업연도에 65,268,157원, 1997사업연도에 나머지 174,814,640원을 공제받았으므로 처분청에서 추징할 시점인 1999사업연도에는 당초 세액공제 신청액 전액을 기 공제받아 미공제된 이월세액이 없으므로 이 건 법인세를 추징한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 임시투자세액공제를 최저한세 등의 적용으로 공제받지 못하여 이월된 세액이 있는 상태에서 그 자산의 일부를 처분한 경우 이월된 세액에서 먼저 차감할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 쟁점자산 처분당시의 조세감면규제법 제27조【임시투자세액공제】 제1항에는 『정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자를 한 경우에는 그 투자금액의 100분의 10)을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다』고 규정하고 있고, 같은법 제121조【세액공제액의 이월공제】 제1항에는 『제5조·제9조·제10조·제25조 내지 제27조·제37조·제45조 제1항 및 제2항·제51조 제2항·제88조 또는 제98조의 규정에 의하여 공제할 세액이 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제118조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(이하생략)이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다』고 규정하고 있으며, 그 제2항에는 『각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조·제9조·제10조·제25조 내지 제27조·제37조·제45조 제1항 및 제2항·제51조 제2항·제88조 또는 제98조의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하되 제9조의 규정에 의한 세액공제액과 기타의 세액공제액의 발생연도가 같은 경우에는 기타의 세액을 먼저 공제한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제124조【감면세액의 추징】에는 『제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제·세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다.

1. (생략)

2. 제5조·제10조·제25조 내지 제27조·제37조·제45조 제1항 및 제2항·제51조 제2항·제88조 또는 제98조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 3년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 때. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있고,

3. (생략)

4. (생략) 같은법 시행령 제108조【기업합리화적립금의 적립등】 제6항에는 『법 제124조 제2호 단서에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 현물출자·합병·통합·사업전환 또는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전되는 경우와 내용연수가 경과된 자산을 처분하는 경우를 말한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 제조업을 영위하는 중소기업으로 1993사업연도에 취득한 자산 중 쟁점1자산을, 1994사업연도에 취득한 자산 중 쟁점2자산을 3년이 경과되기 전인 1996사업연도에 처분한 사실과 1993사업년도에 발생한 임시투자세액공제 신청액 150,854,500원은 최저한세 등의 적용으로 이월되어 1996사업연도에 전액 공제된 것으로, 1994사업연도에 발생한 임시투자세액공제 신청액 240,082,767원도 이월되어 1996사업연도 및 1997사업연도에 각각 65,268,157원과 174,814,640원이 공제된 것으로 하여 법인세를 신고한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 제조업을 영위하는 중소기업이 조세감면규제법 제27조의 규정에 의하여 임시투자세액공제를 신청하였으나 최저한세의 적용으로 공제받지 못하고 이월된 세액이 있는 상태에서 임시투자세액공제대상 자산의 일부를 처분한 경우 처분한 자산에 대한 임시투자세액은 공제받지 못하고 이월된 세액에서 먼저 차감하는 것인 바(국세청 법인 46012-564, 1997.2.24 참고), 이 건 경우 1993사업연도에 취득한 자산에 대한 임시투자세액공제 신청액 150,854,500원은 쟁점1자산 처분 당시인 1996사업연도에 전액 세액공제를 받아 이월된 세액이 없으므로 쟁점1자산 처분에 대하여 세액을 추징한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 그러나, 1994사업연도에 취득한 자산에 대한 임시투자세액공제 신청액 240,082,767원은 쟁점2자산 처분 당시인 1996사업연도에 65,268,157원을 공제받고 나머지 174,814,610원은 1997사업연도로 이월되었으므로 그 이월된 세액 174,814,610원에서 먼저 쟁점2자산에 대한 임시투자세액 70,350,000원을 차감하는 한편, 동 세액에 상당하는 금액 70,350,000원을 1997사업연도에 공제신청한 임시투자세액 110,039,911원에서 공제(1997사업연도에 공제신청한 임시투자세액 110,039,911원 중 70,350,000원을 공제)함이 타당함에도 이 건 과세시점인 1999사업연도에는 당초 세액공제신청액 전액을 기 공제받아 미공제된 이월세액이 없다는 이유로 이 건 법인세를 추징한 처분은 부당하다고 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.