[요지] 뚜렷한 근거도 없이 30％를 차감하여 산정하였고, 또한 적정임대료의 반년분에 상당하는 금액과 신고임대료를 비교하여 미달 여부를 따져 그 미달액만 부당행위계산부인액으로 하여야 함에도 연간분의 적정임대료에 미달하는 금액으로 계산한 부당한 처분임
[요지] 뚜렷한 근거도 없이 30％를 차감하여 산정하였고, 또한 적정임대료의 반년분에 상당하는 금액과 신고임대료를 비교하여 미달 여부를 따져 그 미달액만 부당행위계산부인액으로 하여야 함에도 연간분의 적정임대료에 미달하는 금액으로 계산한 부당한 처분임
[주 문]
○○세무서장이 1999. 1. 13 청구법인에게 한 1998. 제1기분 부가가치세 3,803,590원의 부과처분은 그 신고누락금액 34,578,134원 중에서 26,382,667원을 차감하여 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 경주보문관광단지를 국제수준의 종합관광단지로 개발 유지할 목적으로 청구외 한국관광공사가 100％ 출자하여 설립된 법인인데, 1998. 12월경 대구지방국세청장의 청구법인에 대한 세무조사 결과 1995년에 양도한 경주시 ○○동 XXX번지 소재 ○○하우스의 토지와 건물 및 같은동 XXX-X번지 소재 ○○면세점의 토지 및 건물의 양도소득에 대한 특별부가세 감면신청세액 784,577,186원과 1996년에 양도한 같은시 ◇◇동 XX-X번지 등 3필지 소재 □□콘도의 토지 및 건물의 양도소득에 대한 특별부가세 감면신청세액 736,733,156원이 감면대상이 아니라 하여 감면적용을 배제하고(이하 위 ○○하우스, ○○면세점과 □□콘도를 “쟁점1의 □□콘도 등”이라 한다), 경주시 ○○동 XXX-XX번지 소재 토지 6,727㎡(이하 “쟁점2의 토지”라고 한다)에 대하여는 비업무용부동산이라 하여 관련 지급이자 등을 부인하고, 경주시 ○○동 XXX번지외 2필지 소재의 토지와 지상 건축물 등(이하 “쟁점3의 경주관광교육원시설물”이라고 한다)의 임대수입금액은 특수관계인간의 저가임대에 해당한다 하여 부당 행위계산부인 등을 하여 관련법인세와 부가가치세를 경정하여 처분청에 통보하자, 처분청에서는 다음과 같이 1999. 1. 13 청구법인에게 법인세 등을 고지하였다가 1999. 10. 8 국세청장의 심사결정에 따라 재경정하였으며, 청구법인은 2000. 1. 8 심판청구를 제기하였다. 〈법인세 및 농어촌특별세〉 (단위: 원) ┌───────┬──────────────┬──────────────┐ │ │ 당초 경정고지 │ 재경정 │ │ 사업연도 ├───────┬──────┼───────┬──────┤ │ │ 법인세 │농어촌특별세│ 법인세 │농어촌특별세│ ├───────┼───────┼──────┼───────┼──────┤ │ 1994. 1.∼12. │ 595,088,720 │ 25,804,300 │ 87,717,O10 │ 3,803,967 │ ├───────┼───────┼──────┼───────┼──────┤ │ 1995. 1.∼12. │ 1,334,525,610 │ │ 1,085,423,732 │ │ ├───────┼───────┼──────┼───────┼──────┤ │ 1996. 1.∼12. │1,040,0O7,690 │ │ 926,515,609 │ │ └───────┴───────┴──────┴───────┴──────┘ 1993사업연도분 법인세는 결손금 4,550,026,746원을 과세표준으로 신고한 데 대하여 1999. 1. 8 과세표준금액을 결손금 3,999,593,445원으로 경정하였다가 1999. 10. 8 심사결정에 따라 결손금 4,396,421,073원으로 재경정하였다. 〈 부 가 가 치 세 〉 (단위: 원) ┌────────┬────────┬────────┐ │ 연도, 기분 │ 당초고지 │ 재 경 정 │ ├────────┼────────┼────────┤ │ 1993. 2기 │ 15,739,700 │ 14,100,495 │ │ 1994. 1기 │ 2,657,150 │ 3,020,738 │ │ 1994. 2기 │ 58,546,100 │ 7,071,105 │ │ 1995. 1기 │ 8,940,040 │ 670,646 │ │ 1995. 2기 │ 2,060,600 │ 637,882 │ │ 1996. 2기 │ 18,324,500 │ 변동없음 │ │ 1997. 1기 │ 7,031,740 │ 〃 │ │ 1997. 2기 │ 8,820,600 │ 〃 │ │ 1998. 1기 │ 3,803,590 │ 〃 │ └────────┴────────┴────────┘
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 구 조세감면규제법 제64조 제1항 제3호의 규정에 의하면 관광진흥법에 의한 사업시행자가 관광단지안에서 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의 50％에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있어 청구법인은 이에 따라 조성된 쟁점(1)의 □□콘도 등을 양도함으로써 발생된 소득에 대한 특별부가세를 감면적용하여 법인세를 신고한 데 대하여, 개발사업자가 조성한 토지 등을 사용하다가 양도한 경우 그 소득에 대한 특별부가세 감면적용을 배제한다는 제한규정이 없는데도 처분청이 18년간 계속 적용하여 받아 온 특별부가세 감면을 배제한 것은 조세법률주의를 위배하였을 뿐만 아니라 감면관행과 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배되며,
(2) 쟁점(2)의 토지는 처분청이 토지소유자와 지상건물의 소유자가 다른 임대토지라 하여 비업무용으로 보아 관련 지급이자를 손금부인하였으나, 쟁점(1)의 □□콘도 등의 경우처럼 청구법인이 조성한 토지로서 특별부가세 감면대상이 될 뿐만 아니라 한국관광공사가 운영하고 있는 경주관광교육원의 부지의 일부로서 임대제공하고 있는데 경주관광교육원의 존립근거는 1974. 1. 29 대통령령으로 시행·공포된 1BRD차관협정 조건에 의한 것이므로 법령에 의하여 의무적으로 보유하여야 하는 부동산에도 해당되기 때문에 비업무용부동산에서 제외되어야 하며,
(3) 처분청은 청구법인이 쟁점(3)의 경주관광교육원시설물을 한국관광공사에 임대하면서 임대료를 낮게 받았다고 하여 부당행위계산 부인을 하였으나, 경주관광교육원은 위 1BRD와의 차관협정에 따라 전문관광인력의 양성을 위해 호텔종업원의 훈련을 실시할 목적으로 설립된 것인데, 정부에서 동 학교건물을 건축하여 정부로부터 보문관광단지개발·운영 및 관리 등에 대한 일체의 사항을 승계한 청구법인에 현물출자 형식으로 소유권을 이전하였으나, 청구법인이 체계적이고 효율적인 교육을 위해 동 교육업무를 한국관광공사에 통합이관한 후 교육원시설물을 임대하게 되었고, 위 공사는 거의 무료교육을 실시하고 있는데 이러한 사실로 볼 때 청구법인이 해야 할 교육업무를 위 공사가 대행하고 있는 바, 청구법인이 직접 위 교육업무를 수행할 경우 소요되는 경비나 용도와 수요처 제한 등으로 다른 회사에는 임대가 불가능하여 정상적인 임대료를 징수할 수 없는 사유 등을 감안하여 보면 사회통념과 상관행에 비추어 부당행위부인대상 거래로는 볼 수 없다.
(1) 구 조세감면규제법 제64조 제1항 제3호 규정의 개발사업시행자의 양도소득에 대한 특별부가세 감면은 개발사업시행자가 토지 등을 조성한 후 그대로 직접 상품으로 분양하는 경우에만 한정하여 적용함이 타당할 것(재정경제부 재산 46014-371, 1998. 12. 5)인 바, 개발사업시행자인 청구법인이 조성한 토지 등을 실수요자에게 매각하지 아니하고 콘도 등의 사업용으로 장기간 사용하다가 양도하였음이 확인되는 이 건의 경우 정상적인 조성사업 등 개발사업수행에 따른 양도에 해당되지 않는다 할 것이므로 사업용 고정자산의 양도로 보아 특별부가세 감면을 배제한 것은 정당하며,
(2) 쟁점(2)의 토지도 위에서 보는 바와 같이 사업용고정자산으로 임대하고 있으므로 위 조세감면규제법 규정의 특별부가세 감면대상이 아닐 뿐만 아니라 법령의 규정에 따라 의무적으로 보유해야 할 부동산도 아니면서 소유자가 다른 지상 건축물의 부속토지로서 임대에 공하고 있으므로 1993사업연도에는 구 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제11호 나목 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당되며,
(3) 쟁점(3)의 경주관광교육원시설물은 호텔종업원의 훈련을 실시하기 위하여 1BRD차관협정에 의하여 한국관광공사에 낮은 임대료를 받고 부득이 임대하였다고 주장하나, 청구법인의 내부입주계약규정 제9조 제1항에 의하면 토지임대료는 전문기관의 감정가액을 기준으로 이사회의 결의를 거쳐서 정하고, 그 제2항에서는 토지 및 건물의 연간 임대료는 원칙적으로 해당 재산가액의 100분의 10으로 하되 유사한 다른 관광단지의 실례 등을 참고하여 정할 수 있도록 하고 있고, 한편 청구법인이 1991. 6월경 작성한 경주교육원 임대료조정(안) 검토결과 보고서에도 1983. 12. 31 위 공사와 체결한 임대차 계약은 임대료 산정기준이 관련법령인 국유재산법 등에 비추어 요율상 부적정하고 주변 타임대시설에 비하여서도 상이하여 형평성과 객관성 및 공정성이 결여된 것으로 기재되어 있는 사실로 보아도 부득이 낮은 임대료를 받을 수 밖에 없었다는 청구법인 주장은 신빙성이 없으므로 청구법인의 100％ 출자자인 위 공사에 임대한 거래는 부당행위계산부인 대상에 해당되고, 이 경우 적정 임대료는 특수관계에 있지 아니한 인근 유사 임대실례 등에 의하여 산정하여야 하나 비교가능한 방법이 없는 경우 국유재산법에 의한 사용료율을 적용하여 계산하는 것(국심 97서 1918, 1998. 2. 13)인 바, 국유재산법을 준용하여 산정한 적정임대료가액에 미달하는 금액을 익금가산하여 법인세와 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.
3. 쟁점 및 판단
(1) 개발사업시행자가 관광단지안에서 조성한 토지에 콘도 등을 신축하여 직접 사업을 영위하다가 양도한 경우 동 토지와 건축물의 양도소득이 특별부가세 감면대상인지의 여부
(2) 쟁점(2)의 토지가 비업무용부동산에서 제외되는 특별부가세 감면대상인지의 여부
(3) 쟁점(3)의 경주관광교육원시설물 임대행위가 부당행위계산부인 대상이 되는지의 여부
(1) 쟁점(1)에 대한 심리 및 판단 (가) 관련법령 구 조세감면규제법(1996. 12. 30 법률 제5214호로 개정되기 전의 법률임) 제64조【개발사업시행자에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 “다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 1.∼2. 생략
3. 관광진흥법에 의한 사업시행자가 대통령령이 정하는 관광단지안에서 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득
4. 이하 생략”이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제61조 제2항에서 법 제64조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 판광단지”라 함은 관광진흥법에 의한 관광단지 중 다음의 것을 말한다고 하면서 그 제1호에서 “경주보문관광단지”를 규정하고 있다. (나) 심리 및 판단
① 위 구 조세감면규제법 제64조 제1항 제3호 규정의 특별부세 감면요건 중 청구법인이 관광진흥법에 의한 사업시행자로서 쟁점(1)의 □□콘도 등의 부지는 위 같은법시행령 제61조 제2항 규정의 관광단지의 하나인 경주보문관광단지안에서 조성한 토지이고 청구법인이 이를 조성한 후 그대로 양도하지 아니하고 지상 건축물을 신축하여 콘도 등의 사업 또는 임대사업으로 장기간 사용하다가 양도한 사실에는 다툼이 없고, 다만, 위 법규정의 “조성한 토지 등의 양도”를 사업시행자가 조성한 토지 등을 그대로 양도한 경우로만 한정하여 해석할 것인지와 그렇게 한정하여 해석하더라도 고정자산으로 직접 사업을 영위하다가 양도한 경우에도 특별부가세 감면의 관행이 성립되었다고 볼 수 있는지 등의 신의성실의 원칙과 소급과세금지원칙에 위배되는지를 살펴본다.
② 먼저 위 법령의 입법취지는 관광단지로 조성된 토지 등을 분양받아 관광숙박업 등 관광사업을 영위하고 여타 민간 사업자들에게 감면혜택을 주지 않고 있는 현행규정과의 과세 형평성과 1981. 12. 31 본 감면제도를 도입할 당시 시행된 관광단지개발촉진법 제9조의 관광단지 등의 처분규정에서 있어서도 사업시행자는 개발된 관광단지 및 지원시설(같은법 제2조 제3호 규정의 도로 등)의 일부 또는 전부에 대하여 매각, 임대 및 위탁경영하도록 되어 있으므로 개발사업자가 조성한 토지 등을 일반 실수요자에게 분양한 경우로 한정하여야 하고 청구법인의 쟁점 □□콘도 등의 경우처럼 사업시행자가 조성한 토지 등을 업무용으로 사용한 경우에는 사업시행자의 지위가 분양받은 자의 지위로 변경된 것이므로 개발사업자가 관광단지안에서 조성한 토지 등을 업무용으로 사용하다가 양도한 경우에는 위 법규정에 의한 관광단지안에서 조성한 토지 등에 해당되지 않는다고 할 것(재정경제부 재산 46014-371, 1998. 12. 5 같은뜻)이다.
③ 국세청에서는 1985. 12. 19 본 건의 입법취지와 조문의 표현이 유사한 당시 특별부가세 비과세대상소득인 구 법인세법 제59조의 3 제1항 제14호 규정(1989. 12. 30, 법률 제4615호로 특별부가세액의 50％ 상당하는 세액을 감면하는 구 조세감면규제법 제59조 제5호로 이관되었다가 1993. 12. 31 법률 제4666호로 같은법 제64조 제1항 제4호로 이관됨)의 “…산업기지개발촉진법…의 규정에 의하여 지정된 지역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도 함으로써 발생하는 소득…”라고 하는 문구를 해석함에 있어서 “산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지역의 사업시행자가 조성한 토지등”이라 함은 산업기지개발사업에서 조성된 토지 등을 말하는 것으로 조성된 토지위에 공장 및 사택을 건설하여 사업에 사용하다가 양도하는 경우에는 위 법인세법 규정의 특별부가세 비과세규정이 적용되지 않는 것(국세청 법인 22601-3828, 1985. 12. 19)으로 해석한 바 있고 그 이후로도 일관되게 유지하고 있으며, 이와 달리 위 구조세감면규제법 제64조 제1항 제3호의 규정을 해석한 바도 없으므로 신의성실의 원칙에 위배나 소급과세금지의 원칙에 위배한 것으로 보이지 아니하며, 또한, 청구법인은 1983사업연도와 1992사업연도에도 쟁점(1)의 □□콘도 등과 사안이 유사하게 조성된 토지 등을 직접 사용하다가 양도한 “○○클럽”과 “◇◇하우스”에 대하여 특별부가세를 감면적용하여 법인세를 신고하였는데도 처분청에서 이에 대한 지적이 없이 그대로 감면을 받았으므로 그에 대한 관행이 성립되었다고 하나, 과세관청인 처분청 등에서 이를 명시적으로나 묵시적으로 감면했다는 뜻은 보이지 아니하고 과세누락사실이 장기간 계속된 것으로 보이므로 감면관행이 성립되었다고도 볼 수 없다 하겠다.
(2) 쟁점(2)에 대한 심리 및 판단 (가) 관련법령 구 법인세법시행규칙(1994. 3. 12 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 시행규칙임) 제18조【지급이자의 손금불산입】 제3항에서 “영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 ‘비업무용부동산 등’이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다. 1.∼10. 생략
11. 임대(전세권 또는 지상권설정계약에 의한 부동산의 사용을 포함한다)에 쓰이고 있는 부동산으로서 다음 각 목의 1에 해당하는 것
8. 조세감면규제법 제46조 제2항·제59조(동조 제1O호를 제외한다) 또는 제67조의 3 제1항의 적용을 받는 부동산 9.∼13. 생략
14. 사업의 허가·인가·면허 등에 관한 법령의 규정에 의하여 의무적으로 보유하도록 되어 있는 부동산(임야·농경지·모포장의 경우에는 도시계획구역 밖에 소재하는 것에 한한다)의 최소면적의 1.1배 이내의 부동산”이라고 규정하고 있으며, 한편, 구 조세감면규제법 제59조(1993. 12. 31 법률 제4666호로 전면 개정되기 전의 법률임. 개정 후에는 쟁점(1)의 구 조세감면규제법 제64조로 이관됨) 제1항 제4호 규정에서 관광진흥법에 의한 사업시행자가 대통령령이 정하는 관광단지내에서 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제48조 제1항 제1호에서 경주보문관광단지를 위 법 제59조 제1항 제4호 규정의 대통령령이 정하는 관광단지의 하나로 규정하고 있다. (나) 심리 및 판단
① 쟁점(2)의 토지는 청구법인이 관광진흥법의 사업시행자로서 경주보문관광단지내에서 조성한 토지이고 1979년경 그 지상에 청구외 한국관광공사가 경주관광교육원의 기숙사건물을 신축하고 1993년경 증축하여 임차하고 있는 토지로서 위 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제11호 나목 규정의 건축물과 부속토지의 소유자가 다른 경우의 임대토지에 해당되는 사실은 다툼이 없다.
② 쟁점(2)의 토지는 쟁점(1)에서 본 바와 같이 구 조세감면규제법 제59조 제1항 제4호 규정(1993. 12. 31 법률 제4666호로 같은법 제64조 제1항 제3호로 이관되기 전의 법률임)의 특별부가세 감면대상이 되는 토지에 해당되지 아니하고, 청구법인이 제시하는 1974. 1. 4자 정부와 1BRD간의 체결된 차관협정서상에 청구법인이 쟁점(2)의 토지를 의무적으로 보유하여야 한다는 규정은 보이지 아니하므로 비업무용부동산에서 제외하는 위 법인세법시행규칙 제18조 제4항의 규정에 해당되지 않는 토지라 할 것이므로 비업무용부동산으로 보아 관련지급이자를 손금불산입한 처분청의 처분은 잘못이 없다 하겠다.
(3) 쟁점(3)에 대한 심리 및 판단 (가) 관련법령 구 법인세법 제20조【부당행위계산부인】에서 “정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은법시행령 제46조 제1항 제1호에서 소액주주를 제외한 출자자는 특수관계에 있는 자로 하고 있고, 같은조 제2항 제7호에서 “출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때”를 위 법 제20조의 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”의 하나로 규정하고 있으며, 한편 부가가치세법 제13조【과세표준】 제1항 제3호에서 “부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니한 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가”를 부가가치세 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제52조【부당대가 및 에누리 등의 범위】 제1항에서 “법 제13조 제1항 제3호에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 현저하게 낮은 대가로 한다”고 규정하고 있으며, 같은시행령 제50조【시가의 기준】 제1항에서 “법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계에 있는 자(소득세법시행령 제11조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제46조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다) 외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다”고 규정하고 있다. (나) 심리 및 판단
① 쟁점(3)의 경주관광교육원시설물의 임차자인 한국관광공사는 청구법인에 100％ 출자한 자로서 특수관계에 있는 자에 해당되는 사실과 경주관광교육원의 시설물은 특수관계자가 아닌 자와의 임대가액 실례가 없을 뿐만 아니라 인근 유사 교육원시설물의 임대실례가액이 없는 사실에는 다툼이 없으며, 다만, 임대거래가 부당행위계산부인의 대상이 되는지에 대한 다툼이 있어 이를 살펴본다.
② 처분청이 제시하는 1991. 6월경 청구법인이 작성한 “경주관광교육원 임대료 조정(안) 검토보고” 서류에 의하면 위 검토서류는 1991. 8. 13 체결된 경주관광교육원시설물에 대한 “재산 임대차수정계약서”가 작성되기전의 “수정계약서(안)”과 종전 임대차계약의 임대료산정방법, 내부입주계약규정, 국유재산법상 사용요율 등을 비교·분석한 것으로 그 내용 중에는 내부입주계약규정 제9조 제1항에서 “토지의 분양가격 및 토지의 임대료는 전문기관의 감정가격을 기준하여 이사회의 결의를 거쳐서 정한다”고 하고, 제2항에서는 “토지 및 시설물의 연간 임대료는 원칙적으로 해당 재산가액의 100분의 10으로 한다. 다만, 유사한 다른 관광지의 실례와 수익성, 관리유지비, 원가 등을 참고하여 사장이 정할 수 있다”고 기재되어 있으며, 또한 동 보고서상 경주관광교육원의 임대료는 공사입주계약규정과 국유재산법에 의한 임대료산정기준의 요율과도 불합리하며 타임대시설에 대한 임대료산정기준과 상이할 뿐만 아니라 형평성이 결여되어 있다는 등의 내용이 기재되어 있는 사실 등으로 보아 부득이 저가 임대한 사정이 보이지 않는 것 같으므로 경주관광교육원시설물 임대행위는 부당행위계산부인의 대상은 된다 하겠다.
③ 그런데, 처분청의 적정임대료는 1999. 1. 8 당초 경정시에는 국유재산법을 준용하여 토지에 대하여는 공시지가에 5％, 건물에 대하여는 지방세시가표준액에 10％, 기타 자산에 대하여는 장부가액에 10％를 적용하여 계산된 금액에 30％를 차감하여 산정하였고, 부당행위계산부인은 신고된 임대수입금액이 그 적정임대료에 미달한 1993년부터 1995년까지와 1998년 1기분을 부인액으로 하였다가, 1993년부터 1995년까지 토지의 공시지가가 잘못되었다 하여 이를 정정한 공시지가로 경정하라는 국세심사결정에 따라 1999. 10. 8 1993년분부터 1995년분을 경정하면서 당초 감안한 30％를 반영하지 아니하고 산정된 적정임대료에 미달하는 금액으로 재경정하였는데, 결과적으로 부당행위계산부인액은 1993년분 21,994,142원, 1994년분 19,121,913원, 1995년분 11,597,662원이 각 법인세경정시 익금가산되고, 부가가치세 신고누락금액으로 부가가치세를 경정하였음이 확인되며, 1998년 1기분 34,578,134원은 부가가치세만 경정되었다.
④ 처분청의 적정임대료산정이 타당한 방법인지를 보건대, 이 건 경주관광교육원시설물이 특수관계에 있지 아니한 자와의 임대실례가액이 없을 뿐만 아니라, 인근 유사 시설물에 대한 임대가액이 없으므로 1993년부터 1995년분까지의 적정임대료는 국유재산법상 사용요율 등을 고려하여 토지의 경우 개별공시지가에 5％를 적용하는 등 위와 같이 산정한 것은 청구법인 스스로도 국유재산법의 임대요율과 비교한 점 등으로 보아 합리성과 타당성을 갖추었다고 하겠다(국심 96서 2612호, 1997. 1. 16; 국심 97서 1918호, 1998. 12. 13 같은 뜻). 그러나 1998년 1기분은 위 1993년 등과 같이 계산한 금액에 뚜렷한 근거도 없이 30％를 차감하여 산정하였고, 또한 적정임대료의 반년분에 상당하는 금액과 신고임대료를 비교하여 미달 여부를 따져 그 미달액만 부당행위계산부인액으로 하여야 함에도 연간분의 적정임대료에 미달하는 금액으로 계산한 잘못이 보이므로 이를 위 1993년분 등과 같이 적정임대료를 산정하면 적정임대료는 65,956,662원｛(토지공시지가 1,486,272,000원×5％+건물과세시가표준액 482,286,180원×10％+기타 자산 93,711,083원×10％)÷2｝으로 산정되고, 청구법인의 신고임대료는 57,761,195원이므로 적정임대료에 미달하는 금액인 8,195,467원(65,956,662원 - 57,761,195원)이 부당행위계산부인액이 되는 바, 처분청이 1998년 1기분에 대하여 34,578,134원의 부가가치세 과세표준을 신고누락한 것으로 보아 부가가치세를 경정한 처분은 그 신고누락액 중 26,382,667원(34,578,134원 - 8,195,467원)을 차감하여 부가가치세를 경정하여야 할 것이다.
(4) 따라서 본 청구는 일부 이유가 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 같은법 제65조 제1항 제2호 및 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.