사실과 다른 세금계산서인지 여부

심판청구번호 국심2000광 1414(2000. 9.22) 47,406,260원 및 1997년 1기 부가가치세 7,014,500원의 부과처분은 (1) 1997사업연도 법인세 47,406,260원은 법인소득금액 계산시 50,000,000원을 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, (2) 1997년 1기 부가가치세 7,014,500원은 5,000,000원을 매입세액 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정하며, (3) 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구법인은 1997년 1기 과세기간 중 청구외 ○○○철강(주)로부터 공급가액 70,200,000원의 세금계산서 3매(이하 "쟁점①세금계산서"이라 한다)를, ○○○산업이라는 상호로 건설업을 영위하는 청구외 ○○○으로부터 공급가액 50,000,000원의 세금계산서 3매(이하 "쟁점②세금계산서"라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액 공제하고 법인소득금액 계산시 손금산입하였다가, 쟁점①세금계산서는 실지 청구외 ○○○에게 공사하도급을 주고 청구외 ○○○철강(주)으로부터 교부받은 사실과 다른 세금계산서임을 인정하고 매입세액 불공제하여 부가가치세를 수정신고납부하였다. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사에서 청구외 ○○○철강(주)는 자료상, 청구외 ○○○은 폐업자임을 확인하고 위 세금계산서(쟁점①+쟁점②)를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 그 공급가액을 손금불산입하고 쟁점②세금계산서의 매입세액을 불공제하는 등 법인세 및 부가가치세 과세표준을 경정하여 1999.12.16 청구법인에게 1997사업연도 법인세 47,406,260원, 1997년 1기 부가가치세 7,014,500원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.1.12 이의신청을 거쳐 2000.5.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 청구외 ○○○농기구(주)의 집진기 및 배기시설공사를 하면서 청구외 ○○○에게 공사하도급을 주었으나 세금계산서를 교부받지 못하여 청구외 ○○○철강(주)로부터 쟁점①세금계산서를 교부받았으므로 그 공급가액을 손금으로 인정하여야 한다.

(2) 청구외 ○○○은 세무서장의 직권에 의하여 폐업처리되었는 바, 청구법인은 청구외 ○○○과 실지 거래를 하고 쟁점②세금계산서를 정상적으로 교부받았음에도 처분청이 단순히 직권 폐업자와의 거래분이라 하여 이를 가공세금계산서로 보는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 당초 청구외 ○○○에게 청구외 ○○○기업의 공사 일부를 하도급 주었다고 주장하면서 입금표 등을 제시하였다가 이 건 심판청구시 청구외 ○○○농기구(주) 공사를 하도급 준 것으로 주장하고 있어 그 주장이 신빙성이 없고, 실지거래 사실을 확인할 만한 증빙을 제시하지 못하고 있어 위 하도급 금액을 손금으로 인정하기는 어려우며,

(2) 쟁점②세금계산서는 폐업한 지 2년이 경과한 청구외 ○○○으로부터 교부받은 것으로서 청구법인은 실지 거래를 입증할 수 있는 자료를 제시하지 못하고 있으므로 동 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이 건은 ①청구법인이 청구외 ○○○에게 공사하도급을 주고 청구외 ○○○철강(주)로부터 사실과 다른 세금계산서를 교부받은 것으로 보아 그 공급가액을 손금으로 인정할 수 있는지 여부와 ②청구외 ○○○으로부터 교부받은 세금계산서를 실지거래에 따른 정당한 세금계산서로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 법인세법 제9조 제1항 에 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은조 제3항에 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제17조 제1항 에 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은조 제2항에 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서, 그 제 1의 2호에 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 쟁점①에 대하여 본다.

(1) 청구외 ○○○철강(주)는 ㅇㅇㅇ세무서장에 의하여 자료상으로 확정되어 1999.3.17 ㅇㅇㅇ지검 동부지청에 고발된 법인으로서 청구법인은 위 ○○○철강(주)로부터 실물거래 없이 쟁점①세금계산서를 교부받았는 바, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 청구외 ○○○농기구(주)의 집진기 및 배기시설공사를 수주하여 공사금액 70,200,000원, 공사기간 1996.12.9∼1997.3.28로 하여 위 공사 일부를 청구외 ○○○에게 하도급을 주었으나 세금계산서를 교부받지 못하여 청구외 ○○○철강(주)로부터 쟁점①세금계산서를 교부받았다고 주장하면서, 그 증빙으로 공사하도급계약서와 확인서, 약속어음 사본을 제시하고 있다.

(3) 청구법인이 제시한 약속어음 사본의 배서자를 보면 ○○○기독병원 발행분(금액 20,000,000원, 자가04577523)은 (주)○○○건설 → 청구법인 → ○○○, ○○○환경 발행분(금액 20,000,000원, 자가00146229)은 청구법인 → ○○○ → ○○○스트로폴 ○○○으로 나타나고 있다.

(4) 청구외 ○○○은 ○○○기공이라는 상호로 도장설비업을 영위하는 자로서 1997년 1기 과세기간 중 청구법인은 청구외 ○○○과 거래를 하고 공급가액 300,000,000원의 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제한 사실이 청구법인의 부가가치세 신고내역에 의하여 확인된다.

(5) 살피건대, 청구법인이 제시한 약속어음 사본의 배서관계에 의하여 청구법인이 위 약속어음을 청구외 ○○○에게 지급한 사실은 확인되나 동 약속어음은 청구법인이 청구외 ○○○으로부터 교부받은 공급가액 300,000,000원의 매입세금계산서와 관련하여 지급한 대금으로 볼 수도 있고, 계약서와 확인서는 당사자간 이해관계에 따라 임의로 작성될 수 있어 실제거래를 입증할 만한 객관적인 자료로 인정하기 어려우며, 청구법인이 1997년 1기 과세기간 중 청구외 ○○○과 거래를 하고 정상적으로 발행된 공급가액 300,000,000원의 세금계산서를 교부받았음에도 쟁점①세금계산서와 관련하여 세금계산서를 교부받지 못하여 자료상인 ○○○철강(주)로부터 사실과 다른 세금계산서를 교부받을 만한 합리적인 사유도 없다고 할 것이므로 처분청이 쟁점①세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 쟁점②에 대하여 본다.

(1) 청구외 ○○○은 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○에 사업장을 두고 1989.10.28 사업을 개시한 후 관할세무서장인 ㅇㅇㅇ세무서장에게 부가가치세를 신고해오다가 1995년 2기분부터 신고를 하지 아니하였으며, 1996.12.31 ㅇㅇㅇ세무서장은 폐업일을 1995.6.30, 폐업사유를 사업부진으로 하여 위 ○○○을 직권 폐업처리하였음이 국세청전산자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 청구외 ○○○으로부터 쟁점②세금계산서 외 1996년 1기 과세기간 중 공급가액 71,000,000원의 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제하였고, ㅇㅇㅇ세무서장은 청구외 ○○○이 교부한 위 1996년 1기분 세금계산서에 대하여 청구외 ○○○이 실지 공사를 하였으나 매출누락한 것으로 보아 청구외 ○○○에게 부가가치세를 부과하였음이 과세자료에 의하여 확인된다.

(3) 처분청은 쟁점②세금계산서에 대하여 그 진위를 파악하기 위하여 청구외 ○○○으로부터 문답서와 확인서를 징취하였는 바, ○○○은 1989년 개업 당시부터 1995년까지는 사업실적에 대하여 부가가치세 신고의무를 이행하였으나 그 후 자금압박 등으로 이를 이행하지 못하였고, 1998년도 말 실질적으로 폐업을 하였으며, 청구법인이 수주한 청구외 ○○○금속공업(주) 오수처리장 공사와 청구외 (주)○○○포장 오수정화조 설치공사를 하도급 받아 실지 공사를 하고 쟁점②세금계산서를 청구법인에게 교부하였으며, 당시 공사인부는 청구외 ○○○, ○○○ 등이고, 공사대금의 일부는 가계수표로 지급받은 것으로 진술하고 있다.

(4) 청구법인이 청구외 ○○○금속공업(주)와 청구외 (주)○○○포장의 공사를 수주받고, 공급가액을 29,529,000원, 28,285,000으로 하여 각각 매출신고하였음이 부가가치세 신고내역 등에 의하여 확인되며, 청구외 ○○○과 ○○○은 1997년도에 ○○○금속공업(주)와 (주)○○○포장의 정화조 설치공사에 ○○○산업의 현장 작업자로 참여한 것으로 진술하고 있으며, 동 사실을 기재한 확인서에 기명날인하였다.

(5) 위의 내용을 종합해 보면, ㅇㅇㅇ세무서장은 청구외 ○○○이 1995.6.30 폐업한 것으로 직권 폐업처리하였으나 1996년 1기 과세기간 중 실지 사업을 한 것으로 보아 청구법인에게 발행한 1996년 1기분 세금계산서에 대하여 매출누락으로 과세한 사실로 볼 때 청구외 ○○○은 관할세무서장의 폐업처리 여부와 관계없이 실지 사업을 계속 하였음을 알 수 있고, 청구외 ○○○은 쟁점②세금계산서에 대하여 청구법인으로부터 하도급을 받아 실지 공사를 한 사실을 인정하고 있으며, 당시 공사인부, 대금결재 과정 등에 대한 진술도 신빙성이 있어 쟁점②세금계산서는 실지 거래에 따른 정당한 세금계산서로 보는 것이 타당하다고 판단되므로 처분청이 쟁점②세금계산서를 폐업자가 발행한 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 잘못이라고 할 것이다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 내지 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.