기납부된 원천징수세액을 환급하지 아니한 처분의 당부

심판청구번호 국심2000광 0378(2000.10. 4) 주 문 ㅇㅇ세무서장이 1999.11.23 청구법인에게 한 1998.3.1.∼ 1999.2.28. 사업연도 법인세 905,357,270원의 환급거부처분은 청구법인이 법인세신고시 수익사업으로 신고한 이자소득 101,176,811원에 대한 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하 여 경정한다.

청구법인은 비영리법인인 학교법인으로서 1998.3.1∼1999.2.28사업연도(이하"1998 사업연도"라 한다) 귀속분 법인세 신고시 이자소득 4,443,311,377원에 대한 원천징수법인세 905,357,270원을 환급신청 하였으나 처분청은 청구법인이 법인세 신고시 이자소득 4,342,134,566원을 과세표준에 합산하여 신고하지 아니하였고 과세표준에 포함된 이자소득 101,176,811원은 구분기장하지 아니하였다 하여 1999.11.23 청구법인에게 환급거부 처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.2.10 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 원천징수된 이자소득세액을 환급받기 위하여 원천분리과세방식이 아니라 정상적인 법인세 과세방식을 선택하고자 하였으나 손익계산서에 이자소득 4,342,134,566원이 과소 계상됨에 따라 그 금액만큼이 각 사업연도소득에 합산되지 아니한채 법인세신고가 되었다.그러나 전체이자소득에 대한 원천징수세액 905,357,270원을 기납부세액으로 신고하였고 원천징수세액징수명세서에 이자소득과 법인세원천징수세액을 모두 신고 하였기 때문에 법인세법 제62조 제1항 및 제2항에 규정된 "비영리내국법인의 과세표준신고특례"(이하 "원천분리과세방식"이라 한다)를 선택한 것이 아니라 정상적인 법인세과세방식을 선택한 것으로 보아야 하며 또한 동 이자소득이 고유목적사업에 지출되었고 이자소득을 익금과 손금에 경리하지 아니한 것은 형식상 실수에 불과하므로 국세기본법 제14조 제2항 및 법인세법 제4조 제2항 에 규정된 실질과세원칙에 따라 청구법인이 정상적인 법인세 과세방식을 선택한 것으로 보아 동 이자소득에 대하여 원천징수된 법인세 905,357,270원을 환급하여야한다.
• 나. 처분청의견 청구법인은 단순한 세무상 착오로 인하여 총수입금액에 산입하지 아니한 이자소득에 대한 원천징수법인세를 환급해 달라는 주장이나 법인세법 제62조 제1항 및 동법 시행령 제99조의 규정에 의하여 당초 과세표준에 산입하지 아니한 이자소득은 수정신고 또는 경정등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 것으로서 과세표준에 산입하지 아니한 이자소득에 대한 원천징수법인세는 원천징수로 과세가 종결되므로 이를 환급하지 아니한 당초 처분은 정당하고, 다만 1998사업연도 법인세 신고시 과세표준에 포함하여 신고한 이자소득금액 101,176,811원에 대한 원천징수법인세 20,235,360원은 과세표준에 합산하여 신고하였으므로 환급결정함이 타당하다 하겠으나 법인세법 제113조 제1항 에 규정된 수익사업과 기타사업에 대한 구분기장이 되어 있지 아니할 뿐만 아니라 자금의 지출과 전입사실이 확인되지 아니하므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 법인세신고시 결산서 및 과세표준에 계상하지 아니한 이자소득을 원천징수에 의한 분리과세방법을 선택한 것으로 보아 기납부된 원천징수세액을 환급하지 아니한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 (1) 법인세법 (1998.12.28 법률 제5581호로 전면 개정된 것) 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각사업년도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입 (이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

2. 소득세법 제16조 제1항 각 호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이조에서 '이자소득'이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제73조 【원천징수】

① 소득세법 제127조 제1항 제1호 의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다)과 동법 제17조 제1항 제5호의 증권투자신탁수익의 분배금을 내국법인에게 지급하는 자(이하 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 “원천징수”라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. (

1. 이자소득금액의 경우에는 100분의 22(소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익의 경우에는 100분의 25)

2. 증권투자신탁수익의 분배금의 경우에는 100분의 22 (2) 법인세법 (1998.12.28 법률 제5581호로 개정 되기 전의 것) 제64조의2【구분경리】 소비성서비스업·부동산업 또는 기타의 사업을 함께 영위하는 법인은 자산·부채 및 손익을 각각 사업별로 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (3) 법인세법시행령 (1998.12.31 대통령령 제15970호로 개정 되기 전의 것) 제2조 【수익사업의 범위】

④ 비영리내국법인이 법 제1조 제1항 각 호의 수익사업을 영위하는 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업 (이하 "비영리사업"이라 한다) 에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (4) 법인세법시행령 (1998.12.31 대통령령 제15970호로 개정된 것) 제99조【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. (5) 법인세법시행규칙 (1999.5.24 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의것) 제24조【구분경리의정의】

① 영 제2조 제4항과 영 제4조에 규정하는 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 익금과 손금은 예외로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 1998사업연도 법인세 신고시 이자소득 4,443,311,377원중 101,176,811원만 수입금액으로 신고하였으나 이는 형식상의 실수이고, 이자소득4,443,311,377원에 대한 원천징수세액 905,357,270원을 신고서상 기납부세액으로 기재하고 원천징수세액명세서를 작성 첨부하여 신고하였으므로 원천 분리과세방식을 선택한 것이 아니라 정상적인 법인세과세방식을 선택한 것으로 보아야 하며, 동이자소득이 고유목적사업에 지출되었으므로 실질과세원칙에 따라 원천징수된 법인세를 환급하여 달라고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인이 신고한 1998사업연도 법인세 신고내용을 보면 손익계산서에 이자소득 101,176,811원을 수입금액으로 계상하여 과세표준계산에 포함시켜 신고하였고 이자소득 4,443,311,377원에 대한 원천징수세액 905,357,270원을 기납부세액으로 기재하여 차감환급할세액을 905,357,270원으로 신고하였으며 이에 대해서는 서로 다툼이 없다.

(2) 전시 법인세법 제62조 제1항 의 "비영리내국법인의 과세표준신고 특례"규정에서 원천징수된 이자소득에 대하여 과세표준을 신고하지 않을 수 있다 함은 원천징수된 이자소득을 수익사업소득에 합산하고 원천징수세액을 공제하여 과세표준신고를 하는 방법(정상적인 법인세과세방식)과 수익사업소득에 합산하지 아니하고 원천징수로서 과세절차를 종결하는 방법(원천분리과세방식)을 해당법인이 선택적으로 행사할 수 있음을 뜻하는 것인바, 청구법인의 경우 이자소득 중 101,176,811원은 수익사업부분의 손익계산서에 수입금액으로 계상하고 과세표준에 포함하여 신고하였으므로 이 금액에 대하여는 정상적인 법인세 과세방식을 선택하였다고 할 수 있다. 따라서 이에 대한 원천징수세액은 기납부세액으로 공제되어야 할 것이다. 그러나 나머지 4,342,134,566원은 수입금액으로 계상하지 아니하였으므로 원천분리과세방식을 선택한 것으로 인정된다. 따라서 이에 대한 원천징수세액은 기납부세액 공제대상이 아니라고 판단된다.

(3) 처분청은 1998 사업연도 법인세 신고시 과세표준에 포함하여 신고한 이자소득금액 101,176,811원에 대한 원천징수세액 20,235,360원은 환급결정 함이 타당하지만 수익사업과 기타사업이 별도로 구분기장이 되어 있지 않아 수익사업과 비영리사업간에 자금의 지출과 전입사실이 확인되지 않는다 하여 환급할 수 없다고 하였으나 청구법인이 신고한 101,176,811원은 청구법인의 고유목적사업인 교육사업비로 지출되었음이 신고한 손익계산서상 학교운영비 전출금과 학교시설비 전출금계정에서 확인되고, 각 학교의 세입세출결산서에 수입과 지출내용이 확인되는 바, 단순히 구분경리하지 않았다는 사유만으로 기납부된 원천징수세액을 공제하지 않은 당초처분은 사실관계를 소홀히 한 처분으로 인정되므로 과세표준에 합산하여 신고한 이자소득 101,176,811원에 대한 원천징수세액은 기납부세액으로 공제하여 경정함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.