결손금 소급공제 신청에 의한 환급이 가능한 지 여부

심판청구번호 국심2000광 0170(2000. 7.14) 주 문 심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1997사업연도에 법인세 과세표준을 126,735,778원으로 하고 산출세액을 23,486,017원으로 하여 12,673,570원의 법인세를 납부하고, 1998사업연도에는 법인세 과세표준을 148,912,170원으로 하고 산출세액을 29,695,470원으로 하여 23,756,320원의 법인세를 과세표준신고기한내에 신고납부한 사실이 있다. 처분청은 1999.10월 청구법인에 대한 법인세 경정조사에서 1998사업연도로 신고된 공사대금의 수입금액 667,258,607원(이하 "쟁점수입금액"이라 한다)을 1997사업연도 수입금액으로 이월하고 동 금액을 포함한 합계액 906,714,325원을 1997사업연도 소득금액 계산시 익금가산하여 1999.11.15 청구법인에게 1997사업연도 법인세 184,358,450원을 추가로 경정고지하였다. 청구법인은 1998사업연도 수입금액에 기반영되었던 쟁점수입금액을 1997사업연도로 이월함에 따라 1998사업연도중에 511,679,771원의 결손금이 발생하게 되자, 1999.12.11 1998사업연도 법인세를 경정청구하면서 1997사업연도 법인세 경정세액중 141,483,010원(이하 "쟁점소급공제신청액" 이라 한다)을 소급공제 환급하여 줄 것을 신청하였고, 처분청은 1998사업연도 법인세 기 납부액 23,756,320원은 청구법인에게 환급하였으나, 쟁점소급공제 신청액에 대하여는 소급공제 신청기한인 1998사업연도 법인세의 신고납부기한이 경과하여 신청한 것이므로 적법한 경정청구가 아니라 하여 2000.1.7 청구법인에 환급거부 통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.1.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 1998사업연도 법인세 신고시에는 결손이 없었으므로 결손금 소급공제신청을 할 수 없었으며, 처분청의 1999.11.15 법인세 경정에 의하여 비로소 결손금이 발생한 것으로서 결손이 발생하여야 소급공제사유가 발생하여 결손금 소급공제신청을 할 수 있는 것이지, 법인세 신고시 결손금이 없는데도 경정결정등 후발적 사유를 대비하여 신청서를 미리 제출할 수는 없는 것임에도 처분청이 1998사업연도 결손금 소급공제 신청기한이 1999.3.31이므로 신청기한이 경과하였다 하여 이를 거부하는 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 법인세법 제38조 의 2 제1항의 규정을 살펴보면 "결손금 소급공제에 의한 환급을 신청할 수 있다" 고 규정되어 있으며, 동법 제38조의 2 제2항에 의하면 "결손금 소급공제에 의한 환급을 받고자 하는 자는 법인세 과세표준 신고기한내에 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다" 고 규정하고 있으므로, 법인세법 제9조 제4항 의 결손금은 동법 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 공제를 받거나 동법 제38조의 2 제1항의 규정에 의거 결손금 소급공제를 받을 수 있는 임의선택사항이고, 경정청구에 의하여 과세표준과 세액을 경정함으로써 발생하거나 증가된 결손금은 법인세법 제8조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 공제받아야 하므로 경정청구에 의한 결손금에 대한 소급공제 환급신청을 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 당해연도 법인세 과세표준신고기한이 경과한 후에 처분청에서 직전연도와 당해연도의 법인세의 경정결정을 하여 직전사업연도 법인세액이 증액경정되고 당해연도는 결손이 발생한 경우, 결손금 소급공제 신청에 의한 환급이 가능한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제38조 의 2【결손금 소급공제에 의한 환급】제1항은 대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제8조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.고 규정하고 있고, 같은조 제2항은 [제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 법인은 제26조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.]고 규정하고 있으며, 같은조 제3항은 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.고 규정하고 있고, 같은조 제4항은 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 법인이 제26조의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 적용한다.고 규정하고 있다. 같은법시행령 제100조의 2【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】제1항은 법 제38조의 2 제1항에서 "대통령령이 정하는 법인세액"이라 함은 법 제8조의 규정에 의한 직전 사업연도의 과세표준금액(이하 이 조에서 "과세표준금액"이라 한다)에 법 제22조의 규정에 의한 세율(직전 사업연도에 적용되는 세율을 말하며, 이하 이 조에서 "법인세율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "직전 사업연도 법인세액"이라 한다)을 말한다. 다만, 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 "감면세액"이라 한다)이 있는 경우에는 이를 차감한 금액을 직전 사업연도 법인세액으로 한다.고 규정하고 있고, 같은조 제6항은 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다.고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 1998사업연도의 법인세 신고납부기한이 경과된 1999.10월 1997사업연도와 1998사업연도 법인세 경정에 의하여 당초 신고내용과는 달리 1998사업연도에 결손이 발생하고 1997사업연도에는 세부담이 추가되었으므로 결손금 소급공제신청기한이 경과하였다 하여 이를 거부하는 것은 부당하다는 주장인 바, 계속기업이 사업을 개시하여 최종 청산을 할 때까지의 전 기간동안에 발생한 손익의 계산이 원천적으로 불가능하기 때문에 기업회계나 세법에서는 일정기간을 단위로 기간손익을 계산하도록 하면서 전체손익과 기간손익 계산에 따른 차이는 결손금 공제제도를 통하여 조정하고 있는 바, 결손금 공제방법에는 결손금을 차후연도로 이월하여 차후연도의 소득에서 공제하도록 하는 방법(이월공제방법: carry forward)과 전년도로 소급하여 전년도소득에서 공제하여 기납부한 세금을 환급해 주는 방법(소급공제방법: carry back)의 두가지 방법이 있는바, 우리나라 법인세법에서는 이월공제방법을 원칙으로 하고 중소기업 지원차원에서 중소기업에 대해서만 예외적으로 1년간 소급공제를 허용하여 직전 사업연도에 납부한 세금을 환급받을 수 있도록 하는 내용의 결손금 소급공제제도를 부분적으로 채택하고 있으며, 결손금 소급공제를 적용받을 수 있는 법인은 조세감면규제법시행령 제2조의 규정에 의한 중소기업만을 대상으로 하고 또한 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 법정신고기한 내에 납세지 관할세무서장에게 신고한 법인으로서 결손금 소급공제에 의한 환급신청을 한 법인에 한정하고 있는 바, 결손금소급공제에 의한 환급에 관한 법인세법 관련규정을 보면, 법인세법 제38조 의 2 제2항에서는 "제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 법인은 ……대통령령이 정하는 바에 따라 납세지관할세무서장에게 신청하여야 한다."고 규정하고 있어 소급공제가 이월공제와는 달리 납세자의 신청이 있을 때에만 적용되는 신청공제사항이라는 것과 법상 소급공제금액의 한도만 정하여 있어 그 한도내에서 납세자가 소급공제 받고자 하는 금액이 얼마인지에 대한 구체적인 의사표시가 있을 때에만 적용될 수 있는 것임을 알 수 있고, 다음으로 소급공제 받고자 하는 금액에 대한 의사표시기한에 대해 법인세법은 "……법 제26조의 규정에 의한 신고기한내에 ……신청하여야 한다"고 규정하고 있어 결손이 발생한 사업연도의 법인세 신고시 구체적인 금액을 명시하여 신청하도록 하고 있으며, 법인세 신고기한이 지난 후에 소급공제를 신청하거나 변경할 수 있는 수단이 별도로 마련되어 있지 아니하며, 소급공제가 국세기본법상의 수정신고나 경정청구의 대상이 된다고 보기도 어려우므로 당초 법인세 신고기한내에 신청한 금액의 범위내에서만 환급하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 청구법인은 1998사업연도의 과세표준신고기한까지 결손금소급공제를 신청한 바가 없으므로 청구법인의 결손금소급공제에 의한 1997사업년도 법인세액의 환급신청에 대하여 환급을 거부한 처분청의 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(같은 뜻: 국심99중531, 1999.9.8).
• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.