유휴토지로 보고 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부

심판청구번호 국심1999중 2763(2000. 8. 29) �양도소득세 68,064,070원의 부과처분은 청구인의 양도 토지에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 과세표준과 세 액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

청구인은 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 소재 대지 139㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1978.3.22 취득(원인:1978.3.16)하여 1994.7.15 청구외 ○○○에게 양도한후 1995.5.22 실지거래가액으로 과세표준 확정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 신고한 취득 및 양도가액이 불분명하다고 보아 기준시가로 양도차익을 산정하고 1999.3.16 청구인에게 1995년 귀속분 양도소득세 68,064,070원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.4.1 이의신청, 1999.8.11 심사청구를 거쳐 1999.12.24 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 270만원에 취득하여 16년 4개월동안 보유하다가 1억2천만원에 양도하고 확정신고시에 2,585,810원의 양도소득세와 232,710원의 소득할 주민세 232,710원까지도 납부하였는 바, 쟁점토지는 소방도로가 없어서 수도시설도 안되고 건축을 할 수 없는 자연녹지지역내로 쟁점토지 취득당시로부터 현재까지 조금도 발전이 없는 지역이며, 쟁점토지의 양도대금으로 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ읍 ○○○리 ○○○소재 농지 1,200평을 취득하여 남편도 없이 자녀 4명을 양육하고 있는 청구인에게 장기보유특별공제도 적용하지 아니하고 68,064,700원의 양도소득세를 과세함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견

(1) 청구인이 제출한 취득시 매매계약서는 중개인 없이 작성되었고 그 매매대금 46,900,000원은 기준시가의 약 5배에 달하여 현실성이 없어 보이고, 양도시 매매계약서는 검인계약서로서 실지매매계약서로 보기 어려우며 매매금액을 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙의 제시가 없어 청구인이 주장하는 실지거래가액을 진실한 것으로 인정하기는 어렵다.

(2) 토지초과이득세법상 건축물이 없는 나대지의 경우에는 유휴토지로 보고 취득후 법령에 의하여 사용이 제한된 경우는 유휴토지가 아니라고 규정하고 있는 바, 쟁점토지가 법령에 의한 사용이 제한된 토지인지 여부를 살펴보면 맹지란 대지가 2m이상의 도로에 접하지 아니하여 단독으로 건축이 불가능한 토지이나 인접토지와 공동으로는 건물을 신축할 수 있는 것이어서 사용이 제한되는 토지에는 해당되지 아니한다고 하겠다(재이01254-2373, 1991.8.12 및 국심 92서 921, 1992.6.4 같은 뜻임). 따라서 쟁점토지가 토지초과이득세법상 유휴토지에 해당되어 장기보유특별공제를 배제한 당초처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가로 양도차익을 산정하고 과세한 처분의 당부와

② 장기보유특별공제의 대상이 되는지의 여부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점①에 대하여 본다

(1) 관계법령 이 건 양도소득금액 결정당시의 소득세법 시행령(1995.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것) 제166조 제1항 및 제4항은 소득세법 제100조 (양도차익의 산정)와 제96조(양도가액) 제1호 본문과 단서, 같은법 제97조(양도소득의 필요경비계산) 제1호 "가"목 본문과 단서의 규정을 원용하고 있고, 위의 소득세법 제96조 제1호 와 제97조 제1호 "가"목의 규정은 각각 소득세법 제94조 제1호 를 원용하고 있어 위 규정들을 종합하여 보면, 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득으로서 자산양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 양도가액과 취득가액은 양도 및 취득당시의 기준시가에 의한 금액으로 하되, "당해자산의 종류, 보유기간, 거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"에는 실지거래가액에 의하도록 하고 있다. 이의 위임을 받은 같은법 시행령 제166조 제4항에서 "당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"를 제1호 내지 제3호에서 규정하고 그 제3호(1995.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것)에서는 "양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고한 경우"를 규정하고 있는데, 이 경우 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 소득세법 제100조 본문에서 규정하고 있다. 한편, 소득세법 시행령 부칙(1995.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것) 제8조에서는 위 소득세법 시행령 제166조 (양도차익의 산정)의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도소득금액을 결정하는 것부터 적용한다고 규정하고 있다.

(2) 심리 및 판단 (가) 청구인은 1994.7.15 쟁점토지를 양도하고 1995.5.22 과세표준확정신고시에는 쟁점토지의 취득가액을 46,900,000원으로 하고 양도가액을 92,435,000원으로 신고하였다가 이 건 심판청구시에는 쟁점토지의 취득가액이 270만원이고 양도가액이 1억2천만원이라고 주장하고 그 거증으로 취득당시의 매매계약서 원본을 제시하고 있다. (나) 거주자가 토지·건물등을 양도하고 그 양도차익을 실지거래가액으로 산정하기 위해서는 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지관할세무서장에게 신고하여야 하는데, 청구인은 이 건 심판청구에 이르러 청구인의 취득 및 양도가액이 각각 270만원과 1억2천만원이라고 주장하고 있을뿐 아니라, 청구인이 제시하고 있는 취득당시의 매매계약서도 매도자는 청구외 ○○○으로 기재되어 있으나 쟁점토지의 토지대장에 의하면 전 소유자는 청구외 ○○○로 기재되어 있으며, 쟁점토지의 양도가액이 1억2천만원이라는 원시의 매매계약서등 객관적이고 구체적인 거증도 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 전시 법령에 의하여 기준시가로 양도차익을 산정하고 과세한 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 다. 쟁점②에 대하여 본다.

(1) 관계법령 구 소득세법 (1994.12.22 법률 제4803호로 개정되기 이전의 것)제23조 제2항 및 같은법 시행령 제46조의3의 규정에 의하면, 양도소득금액은 양도차익(양도가액 - 필요경비)에서 양도소득특별공제액과 장기보유특별공제액 및 양도소득공제액을 순차적으로 공제한 금액으로 한다고 규정(보유기간이 2년미만인 것과 미등기양도자산 제외)하면서, 위에서 언급하고 있는 장기보유특별공제(당해자산의 보유기간이 5년이상 10년미만인 것은 양도차익의 100분의10, 10년이상인 것은 양도차익의 100분의30)는 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것 포함)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해건축물의 바닥면적에 소득세법시행령 제15조 제9항 의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 면적에 대하여는 제외하되, 다만 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구인은 쟁점토지를 1978.3.22 취득하여 1994.7.15 양도시까지 약 16년 4개월을 보유하고 있었음이 쟁점토지의 등기부 등본에 의하여 확인된다. (나) 쟁점토지의 1994.3.11자 도시계획 사실관계 확인원에 의하면, 쟁점토지는 자연녹지지역으로 도시계획입안사항은 "용도지역 변경결정 입안지역"임이 확인되고 있고 2000.3.14자 토지이용계획확인서에 의하면 용도지역은 자연녹지지역으로 종전과 같으나 도시개발 사업은 "재개발지구"로 확인되고 있다. (다) 소득세법상 장기보유특별공제를 배제하는 토지는 나대지 이거나 대지위에 건축물이 있는 토지라도 기준면적을 초과하는 토지의 면적으로 하되, 그 토지도 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 토지등 토지초과이득세법상 유휴토지등에 해당하지 아니하면 장기보유특별공제를 함이 타당하다고 할 것이다(대법원 92누 12357, 1993.4.23 국심 94중4010, 1994.11.24 국세청예규 재산22601-1777, 1991.12.10 같은 뜻임). 토지초과이득세법(1994.12.22 법률 제4807호로 개정되기 전의 것) 규정에 의하면 제3조 제1항의 "토지초과이득세는 유휴토지등으로부터 발생한 토지초과이득에 대하여 부과한다"라고 규정하고 있고, 같은 법 제8조 제1항에서는 유휴토지의 대상토지를 "나대지"등 14개호로 규정하고 있으나 그 제3항에서는 토지의 취득후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지, 기타 대통령령이 정하는 부득이한 사유로 유휴토지등에 해당하게 된 토지에 대하여는 위 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 기간에는 유휴토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다. (라) 살피건대, 처분청은 쟁점토지를 "나대지"로 토지초과이득세법상 유휴토지에 해당한다하여 장기보유특별공제를 배제하고 이 건 과세처분을 하였으나, 쟁점토지 양도당시의 도시계획확인원에 의하면 도시계획 용도지역이 미지정 이라는 이유로 행정관청에 의하여 인·허가가 유보되어 있고 현실적으로 그 사용이 금지 또는 제한되어 있었다면 이는 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 경우라고 할 것이고 건축허가권자인 시장등이 도시계획입안시까지 토지의 합리적인 이용과 기존 도시계획과의 조화를 기한다는 이유로 행정지도에 의하여 건축허가를 일괄적으로 제한한 경우도 법령의 규정으로 인한 사용의 금지·제한에 해당된다고 할 것(대법원 93누 21146,1994.6.14)이므로 쟁점토지가 단지 "나대지"라는 이유로 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

• 라. 판단 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.